# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.342 0.103 0.058 0.089 0.074 0.064 0.088 0.063 0.053 0.039 0.026 2 K 0.136 0.169 0.080 0.184 0.133 0.106 0.094 0.043 0.030 0.015 0.009 3 I 0.042 0.039 0.037 0.067 0.079 0.069 0.120 0.134 0.158 0.126 0.128 4 P 0.026 0.039 0.036 0.091 0.115 0.112 0.175 0.155 0.116 0.085 0.050 5 K 0.058 0.128 0.154 0.244 0.152 0.096 0.069 0.037 0.033 0.019 0.010 6 I 0.018 0.011 0.019 0.040 0.056 0.081 0.164 0.192 0.162 0.150 0.105 7 Y 0.020 0.037 0.043 0.112 0.112 0.125 0.157 0.134 0.126 0.082 0.051 8 V 0.007 0.009 0.020 0.017 0.025 0.027 0.082 0.126 0.212 0.206 0.269 9 E 0.018 0.024 0.059 0.129 0.176 0.114 0.156 0.133 0.091 0.057 0.044 10 G 0.352 0.136 0.129 0.134 0.076 0.053 0.059 0.026 0.020 0.011 0.005 11 E 0.111 0.094 0.068 0.189 0.169 0.105 0.128 0.071 0.036 0.018 0.012 12 L 0.060 0.043 0.038 0.072 0.083 0.087 0.174 0.163 0.126 0.097 0.057 13 N 0.158 0.199 0.146 0.165 0.108 0.076 0.075 0.032 0.020 0.013 0.006 14 D 0.130 0.293 0.189 0.192 0.094 0.046 0.029 0.013 0.007 0.004 0.003 15 G 0.506 0.132 0.038 0.100 0.072 0.042 0.046 0.031 0.017 0.011 0.005 16 D 0.282 0.179 0.065 0.149 0.089 0.068 0.070 0.044 0.030 0.018 0.007 17 R 0.024 0.052 0.076 0.168 0.175 0.183 0.145 0.082 0.051 0.031 0.014 18 V 0.016 0.021 0.053 0.069 0.084 0.146 0.207 0.155 0.120 0.087 0.043 19 A 0.009 0.016 0.035 0.062 0.077 0.130 0.223 0.147 0.148 0.093 0.061 20 I 0.003 0.002 0.009 0.009 0.015 0.020 0.066 0.106 0.217 0.252 0.301 21 E 0.030 0.044 0.092 0.187 0.201 0.133 0.145 0.073 0.050 0.030 0.014 22 K 0.086 0.158 0.152 0.179 0.124 0.104 0.102 0.043 0.028 0.016 0.008 23 D 0.197 0.236 0.073 0.167 0.115 0.074 0.067 0.036 0.018 0.010 0.007 24 G 0.517 0.165 0.037 0.087 0.055 0.039 0.045 0.028 0.015 0.009 0.005 25 N 0.349 0.197 0.086 0.160 0.086 0.047 0.035 0.020 0.011 0.007 0.003 26 A 0.049 0.066 0.067 0.122 0.125 0.156 0.181 0.100 0.070 0.046 0.019 27 I 0.024 0.043 0.070 0.121 0.129 0.180 0.194 0.102 0.071 0.046 0.018 28 I 0.022 0.030 0.105 0.111 0.115 0.168 0.197 0.109 0.075 0.049 0.019 29 F 0.016 0.026 0.094 0.107 0.107 0.143 0.193 0.122 0.095 0.069 0.027 30 L 0.008 0.012 0.034 0.046 0.060 0.115 0.242 0.162 0.156 0.117 0.048 31 E 0.068 0.162 0.247 0.203 0.123 0.080 0.062 0.026 0.016 0.010 0.004 32 K 0.144 0.178 0.195 0.210 0.124 0.065 0.048 0.022 0.009 0.004 0.002 33 D 0.442 0.147 0.077 0.115 0.073 0.045 0.047 0.030 0.013 0.008 0.004 34 E 0.129 0.078 0.066 0.115 0.112 0.137 0.172 0.094 0.053 0.032 0.013 35 E 0.135 0.194 0.226 0.238 0.113 0.045 0.026 0.013 0.005 0.003 0.001 36 Y 0.013 0.014 0.024 0.024 0.036 0.111 0.230 0.154 0.168 0.151 0.076 37 S 0.100 0.259 0.165 0.218 0.121 0.056 0.040 0.020 0.011 0.006 0.004 38 G 0.324 0.196 0.099 0.142 0.085 0.053 0.048 0.028 0.013 0.008 0.004 39 N 0.343 0.134 0.058 0.140 0.102 0.066 0.063 0.042 0.027 0.017 0.009 40 G 0.172 0.114 0.043 0.120 0.098 0.101 0.140 0.096 0.061 0.038 0.016 41 K 0.028 0.050 0.065 0.155 0.160 0.188 0.157 0.083 0.058 0.036 0.019 42 L 0.011 0.017 0.034 0.041 0.058 0.096 0.179 0.160 0.165 0.134 0.106 43 L 0.004 0.008 0.019 0.045 0.065 0.077 0.145 0.171 0.195 0.166 0.106 44 Y 0.006 0.009 0.021 0.036 0.052 0.090 0.204 0.156 0.192 0.161 0.074 45 Q 0.031 0.055 0.156 0.261 0.188 0.121 0.089 0.042 0.030 0.018 0.010 46 V 0.029 0.023 0.050 0.071 0.096 0.142 0.214 0.150 0.100 0.084 0.041 47 I 0.008 0.029 0.025 0.057 0.070 0.102 0.186 0.164 0.159 0.139 0.060 48 Y 0.004 0.006 0.011 0.022 0.042 0.110 0.235 0.162 0.184 0.148 0.073 49 D 0.174 0.098 0.353 0.207 0.089 0.039 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 50 D 0.043 0.063 0.099 0.185 0.172 0.162 0.176 0.060 0.024 0.011 0.005 51 L 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.012 0.041 0.081 0.218 0.300 0.332 52 A 0.010 0.014 0.028 0.080 0.156 0.213 0.252 0.121 0.067 0.042 0.015 53 K 0.022 0.071 0.608 0.197 0.061 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 54 Y 0.007 0.007 0.019 0.036 0.067 0.161 0.314 0.173 0.108 0.073 0.036 55 M 0.005 0.004 0.005 0.007 0.011 0.025 0.075 0.111 0.243 0.283 0.232 56 S 0.028 0.208 0.215 0.231 0.150 0.074 0.053 0.021 0.010 0.006 0.003 57 L 0.044 0.040 0.101 0.128 0.174 0.172 0.173 0.083 0.045 0.026 0.014 58 D 0.761 0.111 0.044 0.042 0.017 0.009 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 59 T 0.168 0.146 0.076 0.255 0.148 0.080 0.075 0.030 0.013 0.006 0.004 60 L 0.006 0.006 0.008 0.008 0.016 0.026 0.066 0.099 0.183 0.264 0.317 61 K 0.018 0.146 0.161 0.288 0.210 0.092 0.046 0.020 0.010 0.006 0.002 62 K 0.022 0.050 0.192 0.167 0.147 0.160 0.129 0.066 0.035 0.022 0.009 63 D 0.093 0.081 0.110 0.236 0.163 0.133 0.097 0.047 0.022 0.012 0.006 64 V 0.003 0.004 0.007 0.011 0.016 0.050 0.145 0.153 0.271 0.223 0.117 65 L 0.004 0.011 0.026 0.050 0.067 0.069 0.121 0.131 0.183 0.173 0.165 66 I 0.003 0.003 0.014 0.013 0.021 0.040 0.094 0.115 0.222 0.264 0.212 67 Q 0.022 0.055 0.096 0.181 0.186 0.166 0.141 0.069 0.046 0.025 0.015 68 Y 0.008 0.006 0.011 0.023 0.042 0.050 0.149 0.251 0.177 0.146 0.136 69 P 0.075 0.117 0.054 0.132 0.109 0.101 0.124 0.095 0.083 0.067 0.043 70 D 0.263 0.202 0.065 0.146 0.097 0.069 0.080 0.033 0.025 0.013 0.008 71 K 0.553 0.171 0.045 0.111 0.054 0.026 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 72 H 0.147 0.137 0.044 0.122 0.106 0.107 0.121 0.080 0.065 0.048 0.023 73 T 0.055 0.141 0.064 0.171 0.148 0.138 0.123 0.072 0.045 0.031 0.014 74 L 0.016 0.019 0.029 0.067 0.094 0.182 0.195 0.140 0.117 0.096 0.045 75 T 0.073 0.067 0.091 0.139 0.113 0.142 0.161 0.094 0.063 0.042 0.016 76 Y 0.007 0.014 0.022 0.064 0.077 0.100 0.188 0.164 0.172 0.116 0.075 77 L 0.002 0.002 0.004 0.007 0.014 0.026 0.082 0.115 0.210 0.238 0.300 78 K 0.060 0.173 0.240 0.239 0.156 0.064 0.038 0.014 0.009 0.005 0.003 79 A 0.095 0.154 0.101 0.218 0.170 0.098 0.087 0.044 0.017 0.010 0.005 80 G 0.286 0.077 0.025 0.061 0.057 0.065 0.098 0.085 0.094 0.094 0.060 81 T 0.264 0.178 0.065 0.180 0.102 0.070 0.064 0.037 0.021 0.012 0.005 82 K 0.039 0.107 0.111 0.239 0.168 0.152 0.093 0.042 0.027 0.015 0.008 83 L 0.005 0.005 0.009 0.011 0.021 0.038 0.078 0.116 0.185 0.225 0.306 84 I 0.018 0.040 0.042 0.112 0.144 0.178 0.208 0.124 0.074 0.043 0.017 85 S 0.045 0.065 0.088 0.167 0.139 0.110 0.123 0.087 0.076 0.060 0.039 86 V 0.012 0.007 0.009 0.019 0.032 0.053 0.123 0.166 0.207 0.194 0.179 87 P 0.183 0.257 0.064 0.243 0.118 0.054 0.043 0.019 0.013 0.005 0.003 88 A 0.007 0.005 0.007 0.009 0.017 0.018 0.048 0.090 0.157 0.185 0.458 89 E 0.137 0.251 0.082 0.237 0.174 0.058 0.030 0.016 0.008 0.004 0.003 90 G 0.314 0.107 0.048 0.115 0.078 0.062 0.086 0.062 0.060 0.041 0.028 91 Y 0.051 0.043 0.026 0.088 0.092 0.132 0.162 0.118 0.122 0.096 0.070 92 K 0.064 0.171 0.075 0.223 0.142 0.102 0.088 0.052 0.043 0.027 0.012 93 V 0.020 0.022 0.027 0.056 0.068 0.109 0.151 0.148 0.157 0.143 0.101 94 Y 0.032 0.040 0.034 0.098 0.107 0.134 0.183 0.139 0.108 0.079 0.045 95 P 0.041 0.032 0.032 0.078 0.075 0.084 0.144 0.147 0.159 0.133 0.074 96 I 0.018 0.024 0.026 0.064 0.079 0.094 0.151 0.144 0.158 0.134 0.109 97 M 0.021 0.018 0.021 0.052 0.067 0.086 0.161 0.147 0.178 0.141 0.107 98 D 0.102 0.122 0.090 0.172 0.142 0.106 0.105 0.062 0.047 0.032 0.020 99 F 0.030 0.042 0.029 0.091 0.123 0.129 0.200 0.150 0.101 0.067 0.038 100 G 0.125 0.070 0.036 0.091 0.078 0.081 0.119 0.103 0.118 0.114 0.063 101 F 0.049 0.042 0.039 0.105 0.103 0.148 0.197 0.113 0.102 0.069 0.032 102 R 0.059 0.130 0.102 0.223 0.163 0.122 0.095 0.047 0.031 0.018 0.010 103 V 0.006 0.004 0.008 0.011 0.018 0.027 0.071 0.110 0.207 0.231 0.307 104 L 0.029 0.071 0.054 0.121 0.132 0.163 0.188 0.092 0.069 0.057 0.024 105 K 0.059 0.165 0.151 0.246 0.148 0.091 0.064 0.031 0.023 0.014 0.007 106 G 0.395 0.121 0.046 0.114 0.085 0.071 0.073 0.044 0.024 0.016 0.009 107 Y 0.077 0.059 0.033 0.100 0.089 0.114 0.165 0.122 0.112 0.087 0.042 108 R 0.035 0.090 0.061 0.174 0.165 0.155 0.144 0.082 0.049 0.029 0.015 109 L 0.004 0.006 0.014 0.023 0.041 0.079 0.122 0.139 0.192 0.202 0.179 110 A 0.008 0.010 0.022 0.033 0.048 0.084 0.179 0.171 0.190 0.152 0.104 111 T 0.013 0.029 0.049 0.135 0.148 0.136 0.167 0.106 0.101 0.065 0.051 112 L 0.007 0.003 0.010 0.010 0.018 0.024 0.066 0.113 0.205 0.205 0.340 113 E 0.062 0.112 0.060 0.234 0.199 0.105 0.111 0.055 0.033 0.017 0.012 114 S 0.021 0.017 0.026 0.037 0.048 0.044 0.092 0.122 0.176 0.175 0.243 115 K 0.126 0.252 0.101 0.200 0.139 0.083 0.051 0.022 0.013 0.008 0.005 116 K 0.081 0.109 0.066 0.180 0.151 0.123 0.121 0.072 0.049 0.030 0.018 117 G 0.265 0.111 0.050 0.096 0.079 0.084 0.107 0.081 0.060 0.044 0.023 118 D 0.068 0.130 0.054 0.232 0.149 0.107 0.124 0.061 0.043 0.020 0.012 119 L 0.004 0.003 0.006 0.007 0.012 0.019 0.044 0.088 0.183 0.261 0.374 120 R 0.018 0.052 0.083 0.189 0.206 0.149 0.126 0.081 0.052 0.029 0.016 121 Y 0.012 0.019 0.044 0.088 0.108 0.101 0.175 0.173 0.123 0.093 0.062 122 V 0.005 0.003 0.007 0.012 0.019 0.031 0.072 0.112 0.214 0.243 0.283 123 N 0.083 0.111 0.069 0.198 0.158 0.107 0.119 0.062 0.048 0.030 0.015 124 S 0.038 0.037 0.051 0.094 0.111 0.105 0.148 0.130 0.121 0.086 0.079 125 P 0.148 0.197 0.070 0.161 0.120 0.085 0.088 0.049 0.036 0.025 0.021 126 V 0.077 0.073 0.034 0.083 0.084 0.116 0.196 0.105 0.107 0.072 0.053 127 S 0.262 0.260 0.080 0.203 0.099 0.044 0.027 0.011 0.007 0.004 0.003 128 G 0.041 0.034 0.029 0.052 0.054 0.065 0.130 0.113 0.194 0.174 0.113 129 T 0.012 0.046 0.023 0.106 0.120 0.139 0.177 0.125 0.117 0.083 0.052 130 V 0.001 0.003 0.005 0.010 0.015 0.035 0.062 0.106 0.218 0.275 0.270 131 I 0.002 0.003 0.007 0.017 0.039 0.059 0.133 0.235 0.186 0.168 0.151 132 F 0.001 0.002 0.009 0.015 0.023 0.018 0.061 0.178 0.214 0.252 0.228 133 M 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.018 0.043 0.089 0.227 0.277 0.324 134 N 0.019 0.021 0.032 0.093 0.129 0.130 0.205 0.131 0.126 0.070 0.045 135 E 0.020 0.039 0.069 0.133 0.148 0.131 0.180 0.125 0.078 0.048 0.029 136 I 0.028 0.047 0.038 0.060 0.069 0.100 0.181 0.135 0.137 0.118 0.086 137 P 0.283 0.314 0.059 0.128 0.068 0.045 0.049 0.022 0.016 0.010 0.006 138 S 0.598 0.167 0.039 0.082 0.044 0.024 0.020 0.011 0.008 0.004 0.003 139 E 0.518 0.253 0.038 0.087 0.040 0.024 0.018 0.009 0.006 0.004 0.002 140 R 0.099 0.156 0.037 0.144 0.123 0.127 0.120 0.077 0.056 0.039 0.023 141 A 0.187 0.139 0.063 0.140 0.118 0.112 0.103 0.065 0.036 0.023 0.014 142 N 0.085 0.101 0.101 0.218 0.144 0.122 0.107 0.056 0.036 0.020 0.010 143 Y 0.006 0.009 0.015 0.028 0.038 0.068 0.140 0.152 0.226 0.195 0.123 144 V 0.011 0.027 0.025 0.088 0.102 0.112 0.168 0.146 0.142 0.114 0.065 145 F 0.006 0.009 0.019 0.030 0.041 0.076 0.126 0.146 0.194 0.209 0.145 146 Y 0.015 0.014 0.022 0.054 0.090 0.105 0.189 0.215 0.137 0.097 0.062 147 M 0.006 0.010 0.016 0.025 0.031 0.032 0.086 0.148 0.215 0.227 0.204 148 L 0.008 0.009 0.013 0.034 0.059 0.077 0.172 0.170 0.193 0.142 0.125 149 E 0.330 0.252 0.131 0.149 0.062 0.032 0.022 0.008 0.008 0.003 0.002 150 E 0.157 0.103 0.066 0.166 0.160 0.101 0.123 0.065 0.032 0.015 0.012