# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.226 0.023 0.017 0.038 0.060 0.070 0.086 0.004 0.001 0.006 0.471 2 K 0.026 0.002 0.003 0.017 0.019 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.870 3 I 0.067 0.001 0.005 0.039 0.057 0.091 0.040 0.001 0.001 0.001 0.699 4 P 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.956 5 K 0.022 0.001 0.001 0.140 0.129 0.266 0.069 0.001 0.001 0.002 0.371 6 I 0.096 0.002 0.002 0.441 0.066 0.080 0.060 0.001 0.001 0.004 0.249 7 Y 0.006 0.002 0.001 0.361 0.170 0.252 0.040 0.001 0.001 0.001 0.168 8 V 0.002 0.001 0.001 0.288 0.187 0.369 0.021 0.001 0.001 0.001 0.131 9 E 0.004 0.003 0.001 0.256 0.125 0.391 0.033 0.001 0.001 0.002 0.186 10 G 0.008 0.001 0.001 0.179 0.084 0.156 0.072 0.001 0.001 0.004 0.494 11 E 0.072 0.004 0.004 0.063 0.111 0.149 0.066 0.001 0.001 0.008 0.521 12 L 0.026 0.005 0.003 0.107 0.116 0.265 0.062 0.001 0.001 0.003 0.413 13 N 0.008 0.003 0.001 0.058 0.194 0.268 0.160 0.001 0.001 0.003 0.305 14 D 0.035 0.008 0.005 0.028 0.085 0.145 0.064 0.001 0.001 0.017 0.612 15 G 0.061 0.002 0.004 0.029 0.027 0.065 0.232 0.001 0.001 0.084 0.496 16 D 0.439 0.001 0.004 0.014 0.010 0.008 0.293 0.001 0.001 0.036 0.196 17 R 0.162 0.002 0.006 0.057 0.085 0.068 0.213 0.001 0.001 0.009 0.398 18 V 0.011 0.001 0.002 0.091 0.294 0.375 0.072 0.001 0.001 0.001 0.154 19 A 0.001 0.001 0.001 0.070 0.332 0.516 0.015 0.001 0.001 0.001 0.064 20 I 0.001 0.001 0.001 0.051 0.363 0.512 0.005 0.001 0.001 0.001 0.068 21 E 0.001 0.001 0.001 0.040 0.357 0.547 0.006 0.001 0.001 0.001 0.047 22 K 0.001 0.001 0.001 0.025 0.297 0.515 0.021 0.001 0.001 0.001 0.140 23 D 0.003 0.001 0.001 0.022 0.158 0.425 0.034 0.001 0.001 0.002 0.355 24 G 0.029 0.001 0.001 0.031 0.052 0.128 0.154 0.001 0.001 0.026 0.577 25 N 0.361 0.001 0.002 0.019 0.029 0.022 0.204 0.001 0.001 0.035 0.328 26 A 0.123 0.002 0.002 0.033 0.142 0.130 0.116 0.001 0.001 0.006 0.446 27 I 0.006 0.001 0.001 0.025 0.288 0.514 0.044 0.001 0.001 0.001 0.119 28 I 0.003 0.002 0.001 0.045 0.354 0.507 0.016 0.001 0.001 0.001 0.072 29 F 0.001 0.002 0.001 0.030 0.426 0.455 0.009 0.001 0.001 0.001 0.077 30 L 0.001 0.001 0.001 0.037 0.369 0.512 0.010 0.001 0.001 0.001 0.067 31 E 0.002 0.001 0.001 0.030 0.309 0.527 0.037 0.001 0.001 0.001 0.093 32 K 0.004 0.002 0.001 0.021 0.103 0.239 0.077 0.001 0.001 0.002 0.552 33 D 0.021 0.003 0.001 0.023 0.044 0.135 0.154 0.001 0.001 0.013 0.606 34 E 0.264 0.009 0.003 0.012 0.018 0.037 0.167 0.001 0.001 0.033 0.457 35 E 0.080 0.014 0.002 0.010 0.009 0.017 0.341 0.001 0.001 0.009 0.517 36 Y 0.276 0.039 0.010 0.012 0.067 0.119 0.097 0.004 0.001 0.010 0.366 37 S 0.065 0.059 0.010 0.015 0.051 0.088 0.101 0.003 0.001 0.004 0.604 38 G 0.057 0.018 0.004 0.011 0.027 0.045 0.068 0.002 0.001 0.003 0.766 39 N 0.204 0.017 0.012 0.014 0.024 0.030 0.094 0.002 0.001 0.008 0.595 40 G 0.239 0.013 0.011 0.019 0.040 0.044 0.131 0.001 0.001 0.009 0.493 41 K 0.074 0.013 0.012 0.029 0.067 0.073 0.241 0.001 0.001 0.005 0.486 42 L 0.030 0.015 0.004 0.052 0.120 0.157 0.138 0.001 0.001 0.001 0.482 43 L 0.009 0.051 0.003 0.082 0.155 0.313 0.093 0.001 0.001 0.001 0.292 44 Y 0.010 0.101 0.002 0.130 0.176 0.353 0.068 0.001 0.001 0.002 0.158 45 Q 0.023 0.160 0.001 0.098 0.107 0.211 0.070 0.001 0.001 0.002 0.327 46 V 0.044 0.415 0.004 0.039 0.081 0.131 0.060 0.003 0.001 0.001 0.222 47 I 0.019 0.646 0.004 0.015 0.031 0.089 0.043 0.004 0.001 0.001 0.150 48 Y 0.021 0.702 0.003 0.007 0.021 0.080 0.022 0.006 0.001 0.001 0.135 49 D 0.042 0.627 0.005 0.003 0.005 0.016 0.020 0.006 0.001 0.001 0.274 50 D 0.090 0.651 0.004 0.002 0.001 0.002 0.045 0.007 0.001 0.001 0.196 51 L 0.090 0.790 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.091 52 A 0.027 0.892 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.056 53 K 0.037 0.844 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.014 0.001 0.001 0.089 54 Y 0.167 0.743 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.054 55 M 0.085 0.815 0.017 0.005 0.002 0.004 0.005 0.028 0.001 0.001 0.039 56 S 0.090 0.576 0.020 0.007 0.008 0.012 0.034 0.050 0.001 0.001 0.202 57 L 0.138 0.320 0.026 0.016 0.005 0.014 0.023 0.028 0.001 0.003 0.427 58 D 0.080 0.139 0.014 0.013 0.007 0.013 0.132 0.012 0.001 0.007 0.583 59 T 0.194 0.047 0.023 0.009 0.005 0.007 0.332 0.007 0.001 0.008 0.368 60 L 0.242 0.124 0.050 0.044 0.018 0.033 0.097 0.009 0.001 0.009 0.374 61 K 0.097 0.066 0.020 0.126 0.074 0.086 0.165 0.007 0.001 0.007 0.352 62 K 0.068 0.029 0.008 0.107 0.046 0.054 0.071 0.003 0.001 0.007 0.608 63 D 0.088 0.006 0.008 0.213 0.097 0.176 0.078 0.001 0.001 0.009 0.323 64 V 0.052 0.002 0.005 0.537 0.098 0.097 0.074 0.001 0.001 0.001 0.133 65 L 0.002 0.001 0.001 0.589 0.131 0.167 0.016 0.001 0.001 0.001 0.093 66 I 0.001 0.001 0.001 0.588 0.167 0.177 0.009 0.001 0.001 0.001 0.056 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.482 0.106 0.186 0.026 0.001 0.001 0.001 0.196 68 Y 0.001 0.001 0.001 0.214 0.223 0.272 0.039 0.001 0.001 0.002 0.246 69 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 0.910 70 D 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.022 0.096 0.001 0.001 0.001 0.840 71 K 0.202 0.001 0.001 0.013 0.015 0.023 0.064 0.001 0.001 0.024 0.658 72 H 0.090 0.001 0.001 0.013 0.010 0.012 0.225 0.001 0.001 0.021 0.627 73 T 0.296 0.003 0.002 0.016 0.065 0.063 0.228 0.001 0.001 0.014 0.312 74 L 0.059 0.014 0.003 0.038 0.141 0.225 0.086 0.001 0.001 0.004 0.429 75 T 0.003 0.006 0.001 0.047 0.377 0.463 0.045 0.001 0.001 0.001 0.057 76 Y 0.004 0.009 0.001 0.034 0.281 0.426 0.029 0.001 0.001 0.001 0.215 77 L 0.002 0.004 0.001 0.038 0.351 0.552 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 78 K 0.002 0.007 0.001 0.043 0.299 0.471 0.020 0.001 0.001 0.001 0.155 79 A 0.015 0.018 0.002 0.035 0.206 0.412 0.036 0.001 0.001 0.003 0.272 80 G 0.092 0.007 0.003 0.051 0.107 0.314 0.068 0.002 0.001 0.017 0.339 81 T 0.449 0.004 0.019 0.018 0.061 0.070 0.053 0.001 0.001 0.016 0.308 82 K 0.041 0.002 0.003 0.060 0.095 0.085 0.077 0.001 0.001 0.002 0.636 83 L 0.014 0.001 0.004 0.028 0.185 0.344 0.024 0.001 0.001 0.001 0.399 84 I 0.011 0.002 0.001 0.086 0.376 0.430 0.022 0.001 0.001 0.001 0.070 85 S 0.004 0.001 0.001 0.062 0.096 0.255 0.023 0.001 0.001 0.001 0.558 86 V 0.007 0.001 0.001 0.087 0.502 0.318 0.011 0.001 0.001 0.001 0.072 87 P 0.001 0.001 0.001 0.020 0.054 0.113 0.008 0.001 0.001 0.001 0.804 88 A 0.001 0.001 0.001 0.052 0.191 0.578 0.016 0.001 0.001 0.001 0.162 89 E 0.007 0.001 0.001 0.071 0.101 0.182 0.148 0.001 0.001 0.005 0.485 90 G 0.063 0.001 0.001 0.042 0.066 0.124 0.065 0.001 0.001 0.023 0.615 91 Y 0.285 0.003 0.006 0.100 0.076 0.097 0.112 0.001 0.001 0.013 0.308 92 K 0.013 0.001 0.001 0.103 0.127 0.103 0.149 0.001 0.001 0.002 0.503 93 V 0.006 0.001 0.002 0.070 0.123 0.214 0.036 0.001 0.001 0.002 0.547 94 Y 0.008 0.002 0.001 0.124 0.269 0.347 0.055 0.001 0.001 0.003 0.191 95 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.025 0.041 0.015 0.001 0.001 0.001 0.901 96 I 0.010 0.002 0.002 0.078 0.144 0.278 0.055 0.001 0.001 0.002 0.428 97 M 0.019 0.005 0.001 0.095 0.128 0.196 0.104 0.001 0.001 0.006 0.445 98 D 0.017 0.009 0.001 0.054 0.115 0.118 0.106 0.001 0.001 0.005 0.573 99 F 0.021 0.024 0.004 0.046 0.069 0.108 0.170 0.001 0.001 0.010 0.545 100 G 0.079 0.018 0.003 0.036 0.054 0.104 0.255 0.001 0.001 0.033 0.417 101 F 0.172 0.030 0.011 0.032 0.055 0.061 0.171 0.002 0.001 0.027 0.438 102 R 0.054 0.048 0.007 0.027 0.148 0.142 0.085 0.002 0.001 0.005 0.482 103 V 0.015 0.018 0.005 0.022 0.162 0.305 0.031 0.001 0.001 0.002 0.438 104 L 0.014 0.043 0.005 0.032 0.215 0.386 0.053 0.002 0.001 0.002 0.248 105 K 0.053 0.045 0.006 0.022 0.092 0.196 0.054 0.002 0.001 0.007 0.523 106 G 0.161 0.019 0.008 0.033 0.059 0.104 0.077 0.002 0.001 0.016 0.522 107 Y 0.499 0.015 0.022 0.012 0.082 0.064 0.059 0.001 0.001 0.011 0.235 108 R 0.044 0.017 0.004 0.036 0.157 0.173 0.074 0.001 0.001 0.002 0.492 109 L 0.008 0.008 0.002 0.021 0.274 0.579 0.025 0.001 0.001 0.001 0.083 110 A 0.005 0.012 0.001 0.017 0.367 0.557 0.009 0.001 0.001 0.001 0.031 111 T 0.005 0.011 0.001 0.018 0.322 0.584 0.010 0.001 0.001 0.001 0.048 112 L 0.004 0.007 0.001 0.017 0.426 0.508 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 113 E 0.004 0.006 0.001 0.008 0.372 0.534 0.008 0.001 0.001 0.001 0.067 114 S 0.005 0.004 0.002 0.022 0.341 0.549 0.013 0.001 0.001 0.001 0.061 115 K 0.015 0.005 0.003 0.022 0.280 0.319 0.083 0.001 0.001 0.002 0.269 116 K 0.010 0.005 0.004 0.052 0.067 0.084 0.219 0.001 0.001 0.019 0.539 117 G 0.167 0.002 0.012 0.014 0.108 0.202 0.088 0.001 0.001 0.240 0.168 118 D 0.223 0.002 0.003 0.056 0.099 0.063 0.348 0.001 0.001 0.014 0.192 119 L 0.006 0.001 0.002 0.034 0.139 0.382 0.020 0.001 0.001 0.001 0.416 120 R 0.001 0.001 0.001 0.045 0.439 0.497 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 121 Y 0.001 0.001 0.001 0.053 0.148 0.342 0.016 0.001 0.001 0.001 0.439 122 V 0.003 0.001 0.001 0.117 0.389 0.454 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 123 N 0.004 0.001 0.001 0.068 0.210 0.348 0.050 0.001 0.001 0.003 0.315 124 S 0.006 0.001 0.001 0.032 0.407 0.286 0.023 0.001 0.001 0.001 0.244 125 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.944 126 V 0.006 0.001 0.001 0.049 0.115 0.353 0.154 0.001 0.001 0.002 0.321 127 S 0.056 0.001 0.001 0.039 0.026 0.029 0.143 0.001 0.001 0.027 0.679 128 G 0.222 0.001 0.003 0.036 0.090 0.213 0.060 0.001 0.001 0.038 0.338 129 T 0.096 0.001 0.002 0.269 0.069 0.061 0.290 0.001 0.001 0.005 0.209 130 V 0.007 0.001 0.001 0.200 0.154 0.251 0.050 0.001 0.001 0.001 0.336 131 I 0.001 0.001 0.001 0.432 0.247 0.241 0.016 0.001 0.001 0.001 0.060 132 F 0.001 0.001 0.001 0.357 0.152 0.275 0.024 0.001 0.001 0.001 0.190 133 M 0.001 0.001 0.001 0.364 0.187 0.285 0.033 0.001 0.001 0.001 0.128 134 N 0.002 0.001 0.001 0.253 0.165 0.284 0.073 0.001 0.001 0.003 0.217 135 E 0.007 0.001 0.001 0.089 0.029 0.090 0.120 0.001 0.001 0.006 0.656 136 I 0.036 0.002 0.003 0.061 0.053 0.069 0.214 0.001 0.001 0.006 0.555 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.989 138 S 0.014 0.001 0.001 0.011 0.010 0.023 0.073 0.001 0.001 0.002 0.866 139 E 0.165 0.003 0.002 0.008 0.008 0.018 0.093 0.001 0.001 0.017 0.685 140 R 0.368 0.009 0.004 0.018 0.031 0.038 0.139 0.001 0.001 0.011 0.381 141 A 0.030 0.002 0.001 0.011 0.011 0.016 0.036 0.001 0.001 0.001 0.892 142 N 0.052 0.004 0.005 0.069 0.108 0.168 0.138 0.001 0.001 0.016 0.439 143 Y 0.340 0.003 0.007 0.114 0.065 0.088 0.094 0.001 0.001 0.010 0.279 144 V 0.011 0.002 0.002 0.564 0.150 0.142 0.048 0.001 0.001 0.001 0.080 145 F 0.002 0.001 0.001 0.370 0.208 0.298 0.018 0.001 0.001 0.001 0.102 146 Y 0.001 0.001 0.001 0.714 0.141 0.100 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 147 M 0.001 0.001 0.001 0.515 0.122 0.192 0.015 0.001 0.001 0.001 0.155 148 L 0.001 0.001 0.001 0.447 0.147 0.280 0.027 0.001 0.001 0.001 0.096 149 E 0.001 0.001 0.001 0.213 0.057 0.187 0.080 0.001 0.001 0.002 0.459 150 E 0.012 0.001 0.001 0.073 0.024 0.070 0.083 0.001 0.001 0.004 0.732