# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.014 0.042 0.065 0.077 0.039 0.010 0.686 2 K 0.065 0.004 0.043 0.057 0.096 0.102 0.007 0.626 3 I 0.019 0.001 0.054 0.035 0.053 0.037 0.001 0.800 4 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 0.984 5 K 0.013 0.001 0.195 0.056 0.180 0.065 0.001 0.489 6 I 0.039 0.001 0.457 0.165 0.184 0.019 0.001 0.135 7 Y 0.005 0.001 0.675 0.127 0.115 0.019 0.001 0.059 8 V 0.002 0.001 0.435 0.247 0.229 0.015 0.001 0.072 9 E 0.001 0.001 0.269 0.161 0.407 0.038 0.001 0.123 10 G 0.004 0.001 0.061 0.143 0.263 0.042 0.002 0.485 11 E 0.031 0.001 0.040 0.190 0.274 0.098 0.006 0.360 12 L 0.021 0.001 0.016 0.110 0.181 0.032 0.003 0.635 13 N 0.013 0.003 0.016 0.237 0.383 0.130 0.004 0.212 14 D 0.018 0.002 0.008 0.028 0.044 0.091 0.003 0.806 15 G 0.036 0.002 0.011 0.021 0.032 0.247 0.024 0.626 16 D 0.540 0.001 0.009 0.020 0.014 0.237 0.069 0.109 17 R 0.122 0.004 0.063 0.114 0.101 0.279 0.017 0.302 18 V 0.005 0.001 0.046 0.278 0.508 0.044 0.001 0.117 19 A 0.002 0.001 0.043 0.335 0.536 0.012 0.001 0.071 20 I 0.001 0.001 0.034 0.335 0.485 0.006 0.001 0.138 21 E 0.001 0.001 0.041 0.319 0.541 0.017 0.001 0.081 22 K 0.002 0.001 0.027 0.320 0.512 0.039 0.001 0.099 23 D 0.004 0.001 0.027 0.105 0.262 0.096 0.003 0.503 24 G 0.027 0.001 0.011 0.025 0.055 0.185 0.019 0.678 25 N 0.230 0.002 0.008 0.030 0.027 0.473 0.056 0.175 26 A 0.136 0.008 0.021 0.160 0.165 0.143 0.017 0.351 27 I 0.005 0.003 0.013 0.330 0.556 0.034 0.001 0.057 28 I 0.002 0.001 0.007 0.425 0.537 0.004 0.001 0.025 29 F 0.001 0.002 0.013 0.291 0.644 0.004 0.001 0.043 30 L 0.002 0.004 0.010 0.320 0.608 0.009 0.001 0.046 31 E 0.004 0.007 0.012 0.277 0.594 0.018 0.001 0.087 32 K 0.013 0.011 0.012 0.082 0.247 0.087 0.005 0.544 33 D 0.063 0.019 0.017 0.081 0.189 0.156 0.028 0.448 34 E 0.222 0.025 0.016 0.058 0.069 0.143 0.039 0.428 35 E 0.094 0.032 0.016 0.052 0.071 0.180 0.015 0.542 36 Y 0.102 0.040 0.025 0.087 0.176 0.071 0.011 0.489 37 S 0.047 0.046 0.027 0.098 0.141 0.111 0.009 0.521 38 G 0.034 0.012 0.010 0.016 0.030 0.057 0.007 0.834 39 N 0.121 0.018 0.029 0.024 0.038 0.192 0.027 0.550 40 G 0.151 0.011 0.023 0.025 0.030 0.081 0.025 0.652 41 K 0.109 0.016 0.058 0.059 0.073 0.232 0.012 0.440 42 L 0.045 0.015 0.087 0.159 0.166 0.104 0.003 0.422 43 L 0.012 0.024 0.097 0.191 0.374 0.071 0.002 0.230 44 Y 0.011 0.039 0.088 0.172 0.402 0.045 0.001 0.243 45 Q 0.018 0.107 0.110 0.086 0.213 0.068 0.003 0.394 46 V 0.041 0.170 0.064 0.072 0.129 0.097 0.004 0.423 47 I 0.046 0.368 0.048 0.035 0.122 0.067 0.007 0.306 48 Y 0.049 0.620 0.032 0.020 0.079 0.033 0.007 0.160 49 D 0.030 0.585 0.009 0.007 0.016 0.053 0.007 0.294 50 D 0.031 0.668 0.004 0.001 0.002 0.050 0.009 0.236 51 L 0.039 0.845 0.006 0.001 0.002 0.010 0.007 0.090 52 A 0.019 0.908 0.007 0.002 0.002 0.010 0.004 0.048 53 K 0.016 0.952 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 54 Y 0.092 0.862 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 55 M 0.059 0.865 0.021 0.002 0.002 0.004 0.014 0.033 56 S 0.064 0.608 0.026 0.012 0.011 0.042 0.035 0.202 57 L 0.148 0.368 0.036 0.011 0.014 0.023 0.041 0.359 58 D 0.110 0.199 0.041 0.013 0.008 0.121 0.039 0.469 59 T 0.179 0.102 0.027 0.014 0.007 0.182 0.029 0.460 60 L 0.158 0.272 0.111 0.031 0.042 0.077 0.021 0.288 61 K 0.138 0.144 0.107 0.074 0.075 0.101 0.014 0.347 62 K 0.078 0.067 0.108 0.088 0.092 0.046 0.012 0.509 63 D 0.098 0.032 0.308 0.074 0.114 0.042 0.020 0.313 64 V 0.043 0.008 0.602 0.117 0.120 0.023 0.006 0.083 65 L 0.002 0.002 0.755 0.096 0.105 0.008 0.001 0.032 66 I 0.002 0.001 0.817 0.082 0.066 0.008 0.001 0.025 67 Q 0.001 0.001 0.620 0.067 0.091 0.018 0.001 0.202 68 Y 0.001 0.001 0.316 0.131 0.251 0.044 0.001 0.257 69 P 0.001 0.001 0.016 0.009 0.031 0.024 0.001 0.919 70 D 0.011 0.001 0.019 0.030 0.069 0.104 0.003 0.764 71 K 0.084 0.001 0.008 0.010 0.017 0.118 0.012 0.750 72 H 0.190 0.003 0.009 0.024 0.026 0.414 0.019 0.314 73 T 0.152 0.008 0.017 0.055 0.084 0.268 0.019 0.396 74 L 0.028 0.011 0.030 0.223 0.366 0.053 0.005 0.284 75 T 0.010 0.006 0.033 0.410 0.430 0.044 0.001 0.066 76 Y 0.009 0.006 0.027 0.294 0.476 0.015 0.001 0.171 77 L 0.003 0.009 0.022 0.325 0.596 0.009 0.001 0.036 78 K 0.006 0.017 0.025 0.328 0.482 0.030 0.002 0.110 79 A 0.016 0.022 0.025 0.069 0.168 0.074 0.008 0.618 80 G 0.155 0.024 0.040 0.071 0.174 0.087 0.111 0.338 81 T 0.531 0.005 0.042 0.061 0.047 0.085 0.036 0.194 82 K 0.012 0.004 0.057 0.122 0.097 0.078 0.003 0.628 83 L 0.011 0.003 0.073 0.197 0.367 0.058 0.002 0.288 84 I 0.025 0.006 0.122 0.303 0.339 0.061 0.002 0.143 85 S 0.010 0.005 0.124 0.075 0.222 0.021 0.002 0.540 86 V 0.020 0.002 0.297 0.275 0.262 0.047 0.001 0.096 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 88 A 0.004 0.001 0.063 0.154 0.409 0.044 0.001 0.325 89 E 0.044 0.002 0.069 0.077 0.141 0.127 0.004 0.536 90 G 0.122 0.003 0.025 0.041 0.083 0.042 0.013 0.671 91 Y 0.312 0.005 0.095 0.106 0.109 0.057 0.015 0.302 92 K 0.037 0.002 0.089 0.161 0.119 0.095 0.003 0.494 93 V 0.005 0.001 0.057 0.073 0.179 0.013 0.001 0.673 94 Y 0.009 0.001 0.166 0.214 0.371 0.060 0.001 0.178 95 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.986 96 I 0.009 0.001 0.110 0.112 0.387 0.055 0.001 0.326 97 M 0.057 0.004 0.114 0.160 0.232 0.063 0.002 0.367 98 D 0.029 0.009 0.084 0.156 0.215 0.062 0.004 0.441 99 F 0.041 0.012 0.060 0.042 0.096 0.149 0.009 0.592 100 G 0.091 0.018 0.045 0.063 0.124 0.170 0.027 0.463 101 F 0.156 0.020 0.034 0.098 0.098 0.129 0.018 0.449 102 R 0.044 0.027 0.036 0.097 0.106 0.096 0.005 0.588 103 V 0.021 0.043 0.033 0.124 0.275 0.026 0.003 0.475 104 L 0.029 0.130 0.037 0.169 0.341 0.099 0.005 0.191 105 K 0.075 0.090 0.021 0.057 0.130 0.057 0.012 0.558 106 G 0.128 0.106 0.044 0.061 0.144 0.039 0.047 0.433 107 Y 0.253 0.037 0.050 0.086 0.072 0.128 0.032 0.342 108 R 0.023 0.025 0.044 0.105 0.113 0.080 0.005 0.605 109 L 0.014 0.032 0.051 0.187 0.446 0.076 0.004 0.190 110 A 0.019 0.024 0.035 0.394 0.432 0.026 0.002 0.069 111 T 0.017 0.069 0.060 0.326 0.373 0.031 0.003 0.119 112 L 0.013 0.043 0.027 0.382 0.479 0.009 0.002 0.046 113 E 0.008 0.044 0.017 0.318 0.538 0.011 0.003 0.062 114 S 0.013 0.033 0.014 0.333 0.440 0.018 0.008 0.141 115 K 0.040 0.026 0.023 0.119 0.219 0.053 0.016 0.503 116 K 0.047 0.011 0.024 0.095 0.116 0.133 0.021 0.553 117 G 0.147 0.008 0.037 0.117 0.134 0.064 0.037 0.457 118 D 0.108 0.005 0.043 0.108 0.100 0.310 0.009 0.318 119 L 0.008 0.002 0.029 0.075 0.130 0.014 0.001 0.741 120 R 0.006 0.001 0.069 0.359 0.478 0.036 0.001 0.050 121 Y 0.006 0.001 0.043 0.117 0.176 0.016 0.001 0.642 122 V 0.003 0.001 0.086 0.353 0.497 0.012 0.001 0.047 123 N 0.005 0.001 0.059 0.174 0.289 0.022 0.001 0.449 124 S 0.008 0.001 0.056 0.266 0.373 0.031 0.001 0.265 125 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.985 126 V 0.021 0.001 0.025 0.123 0.292 0.070 0.002 0.468 127 S 0.059 0.001 0.021 0.039 0.056 0.084 0.003 0.736 128 G 0.122 0.003 0.078 0.087 0.145 0.088 0.016 0.462 129 T 0.293 0.001 0.275 0.092 0.117 0.087 0.011 0.124 130 V 0.003 0.001 0.536 0.133 0.159 0.014 0.001 0.153 131 I 0.001 0.001 0.717 0.111 0.141 0.014 0.001 0.015 132 F 0.001 0.001 0.638 0.115 0.123 0.010 0.001 0.112 133 M 0.001 0.001 0.666 0.082 0.147 0.019 0.001 0.085 134 N 0.003 0.001 0.283 0.161 0.229 0.078 0.001 0.245 135 E 0.013 0.001 0.154 0.059 0.177 0.128 0.004 0.465 136 I 0.053 0.001 0.059 0.036 0.086 0.249 0.008 0.509 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 S 0.017 0.001 0.009 0.021 0.055 0.105 0.003 0.788 139 E 0.331 0.005 0.008 0.015 0.028 0.099 0.008 0.507 140 R 0.290 0.036 0.018 0.040 0.080 0.081 0.012 0.443 141 A 0.072 0.025 0.028 0.022 0.041 0.052 0.008 0.752 142 N 0.141 0.026 0.067 0.059 0.085 0.119 0.039 0.465 143 Y 0.380 0.013 0.171 0.077 0.075 0.043 0.026 0.215 144 V 0.017 0.009 0.395 0.247 0.196 0.049 0.003 0.083 145 F 0.003 0.003 0.261 0.289 0.342 0.017 0.001 0.084 146 Y 0.003 0.002 0.429 0.273 0.254 0.014 0.001 0.025 147 M 0.002 0.002 0.300 0.170 0.288 0.026 0.001 0.212 148 L 0.003 0.002 0.272 0.227 0.410 0.036 0.001 0.048 149 E 0.003 0.002 0.047 0.059 0.166 0.040 0.001 0.682 150 E 0.013 0.004 0.031 0.037 0.135 0.115 0.005 0.659