# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.390 0.260 0.059 0.146 0.034 0.047 0.007 0.021 0.004 0.001 2 K 0.050 0.388 0.369 0.041 0.032 0.070 0.021 0.002 0.021 0.002 0.003 3 I 0.003 0.312 0.379 0.001 0.010 0.029 0.003 0.001 0.263 0.001 0.001 4 P 0.143 0.004 0.733 0.009 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.079 5 K 0.025 0.572 0.170 0.039 0.139 0.008 0.018 0.003 0.025 0.001 0.001 6 I 0.005 0.629 0.271 0.003 0.016 0.061 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 7 Y 0.012 0.478 0.355 0.006 0.035 0.100 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 8 V 0.017 0.532 0.242 0.009 0.013 0.159 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 9 E 0.078 0.509 0.198 0.104 0.019 0.057 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 10 G 0.053 0.072 0.072 0.025 0.413 0.018 0.040 0.128 0.011 0.169 0.001 11 E 0.113 0.385 0.282 0.045 0.042 0.076 0.017 0.001 0.036 0.001 0.002 12 L 0.155 0.379 0.321 0.050 0.044 0.021 0.004 0.001 0.022 0.001 0.002 13 N 0.221 0.232 0.277 0.064 0.050 0.056 0.016 0.006 0.054 0.021 0.004 14 D 0.144 0.119 0.167 0.387 0.032 0.014 0.105 0.005 0.017 0.004 0.006 15 G 0.009 0.005 0.014 0.010 0.050 0.002 0.063 0.691 0.002 0.154 0.001 16 D 0.038 0.131 0.253 0.439 0.038 0.026 0.058 0.007 0.007 0.001 0.001 17 R 0.008 0.588 0.275 0.031 0.066 0.013 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 18 V 0.005 0.716 0.200 0.012 0.046 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 19 A 0.001 0.779 0.099 0.003 0.098 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 20 I 0.001 0.854 0.080 0.001 0.029 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 E 0.005 0.794 0.131 0.002 0.023 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 22 K 0.061 0.534 0.259 0.018 0.051 0.031 0.005 0.001 0.033 0.005 0.002 23 D 0.025 0.181 0.197 0.163 0.054 0.028 0.296 0.007 0.038 0.007 0.003 24 G 0.006 0.005 0.016 0.006 0.065 0.001 0.067 0.591 0.001 0.241 0.001 25 N 0.035 0.225 0.317 0.254 0.051 0.030 0.065 0.011 0.008 0.002 0.001 26 A 0.008 0.585 0.285 0.032 0.064 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 27 I 0.007 0.726 0.194 0.014 0.030 0.020 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 28 I 0.003 0.814 0.098 0.005 0.057 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 29 F 0.003 0.702 0.157 0.004 0.073 0.040 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 30 L 0.019 0.648 0.226 0.009 0.038 0.037 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 31 E 0.039 0.414 0.333 0.016 0.070 0.051 0.014 0.001 0.055 0.004 0.001 32 K 0.324 0.201 0.303 0.063 0.057 0.016 0.012 0.002 0.014 0.005 0.003 33 D 0.207 0.166 0.172 0.199 0.065 0.062 0.080 0.017 0.024 0.006 0.002 34 E 0.336 0.219 0.265 0.113 0.027 0.019 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 35 E 0.318 0.199 0.176 0.219 0.018 0.037 0.017 0.002 0.013 0.001 0.002 36 Y 0.118 0.451 0.189 0.088 0.045 0.040 0.008 0.001 0.059 0.001 0.001 37 S 0.182 0.155 0.427 0.093 0.033 0.024 0.042 0.003 0.025 0.008 0.005 38 G 0.202 0.019 0.067 0.045 0.094 0.013 0.035 0.230 0.008 0.286 0.002 39 N 0.133 0.064 0.138 0.509 0.020 0.018 0.090 0.005 0.019 0.002 0.002 40 G 0.086 0.019 0.093 0.029 0.112 0.010 0.134 0.353 0.005 0.158 0.001 41 K 0.337 0.197 0.323 0.035 0.021 0.034 0.040 0.004 0.007 0.002 0.001 42 L 0.278 0.281 0.319 0.024 0.017 0.068 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 43 L 0.747 0.092 0.088 0.043 0.006 0.018 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 44 Y 0.699 0.119 0.041 0.079 0.039 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 45 Q 0.616 0.256 0.041 0.011 0.028 0.016 0.024 0.001 0.007 0.001 0.001 46 V 0.577 0.250 0.110 0.006 0.006 0.039 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 47 I 0.560 0.138 0.167 0.022 0.010 0.078 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 48 Y 0.942 0.004 0.014 0.032 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.979 0.003 0.004 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.949 0.002 0.002 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.937 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.983 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.944 0.005 0.003 0.042 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.750 0.018 0.048 0.153 0.005 0.008 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 55 M 0.514 0.184 0.152 0.080 0.008 0.022 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 56 S 0.235 0.103 0.365 0.077 0.024 0.116 0.040 0.002 0.027 0.008 0.002 57 L 0.605 0.045 0.136 0.175 0.008 0.018 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 58 D 0.482 0.075 0.126 0.163 0.026 0.031 0.064 0.018 0.011 0.004 0.001 59 T 0.362 0.223 0.144 0.179 0.027 0.022 0.022 0.002 0.017 0.001 0.001 60 L 0.153 0.334 0.341 0.078 0.026 0.027 0.017 0.001 0.020 0.001 0.001 61 K 0.175 0.341 0.226 0.079 0.066 0.039 0.044 0.005 0.020 0.003 0.002 62 K 0.053 0.515 0.267 0.038 0.095 0.011 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 63 D 0.104 0.253 0.208 0.206 0.106 0.060 0.037 0.007 0.015 0.001 0.003 64 V 0.002 0.777 0.097 0.007 0.096 0.003 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 65 L 0.005 0.786 0.144 0.002 0.021 0.032 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 66 I 0.002 0.720 0.186 0.003 0.019 0.055 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 67 Q 0.016 0.592 0.228 0.009 0.020 0.112 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 68 Y 0.004 0.261 0.341 0.001 0.045 0.049 0.002 0.001 0.294 0.003 0.001 69 P 0.215 0.004 0.669 0.020 0.003 0.015 0.001 0.001 0.002 0.006 0.065 70 D 0.162 0.054 0.088 0.215 0.069 0.025 0.148 0.194 0.022 0.021 0.001 71 K 0.158 0.189 0.231 0.298 0.042 0.015 0.044 0.007 0.013 0.003 0.001 72 H 0.070 0.220 0.274 0.250 0.067 0.044 0.046 0.011 0.012 0.004 0.001 73 T 0.039 0.539 0.198 0.075 0.086 0.023 0.021 0.001 0.018 0.001 0.001 74 L 0.020 0.599 0.268 0.017 0.057 0.025 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 75 T 0.026 0.731 0.115 0.018 0.081 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 76 Y 0.008 0.720 0.151 0.006 0.056 0.030 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 77 L 0.054 0.717 0.147 0.005 0.009 0.046 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 78 K 0.086 0.412 0.336 0.007 0.037 0.038 0.007 0.001 0.070 0.006 0.001 79 A 0.259 0.068 0.395 0.149 0.020 0.013 0.060 0.001 0.017 0.004 0.013 80 G 0.004 0.001 0.005 0.004 0.024 0.001 0.054 0.827 0.001 0.080 0.001 81 T 0.059 0.205 0.413 0.219 0.039 0.037 0.015 0.004 0.009 0.002 0.001 82 K 0.080 0.389 0.349 0.084 0.023 0.041 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 83 L 0.044 0.532 0.284 0.045 0.022 0.055 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 84 I 0.025 0.668 0.140 0.023 0.108 0.016 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 85 S 0.008 0.478 0.330 0.012 0.053 0.084 0.012 0.001 0.020 0.001 0.002 86 V 0.003 0.721 0.116 0.001 0.035 0.019 0.001 0.001 0.105 0.001 0.001 87 P 0.009 0.009 0.905 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.004 0.004 0.019 88 A 0.172 0.206 0.434 0.052 0.049 0.036 0.004 0.004 0.033 0.006 0.004 89 E 0.123 0.265 0.284 0.190 0.027 0.013 0.062 0.001 0.029 0.001 0.004 90 G 0.007 0.023 0.046 0.015 0.265 0.008 0.115 0.441 0.004 0.075 0.001 91 Y 0.011 0.513 0.313 0.021 0.104 0.018 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 92 K 0.006 0.432 0.429 0.008 0.018 0.087 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 93 V 0.021 0.628 0.203 0.015 0.011 0.102 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 94 Y 0.009 0.523 0.246 0.001 0.066 0.027 0.002 0.001 0.125 0.002 0.001 95 P 0.098 0.006 0.774 0.006 0.011 0.048 0.001 0.001 0.002 0.005 0.051 96 I 0.101 0.538 0.163 0.054 0.039 0.045 0.006 0.001 0.053 0.001 0.001 97 M 0.175 0.396 0.304 0.035 0.038 0.023 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 98 D 0.201 0.160 0.276 0.079 0.066 0.109 0.026 0.011 0.046 0.021 0.005 99 F 0.247 0.109 0.129 0.412 0.029 0.010 0.043 0.001 0.018 0.001 0.002 100 G 0.055 0.009 0.032 0.019 0.106 0.005 0.053 0.507 0.003 0.210 0.001 101 F 0.227 0.181 0.260 0.212 0.051 0.027 0.023 0.005 0.012 0.001 0.001 102 R 0.188 0.459 0.226 0.036 0.030 0.031 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 103 V 0.308 0.357 0.243 0.020 0.007 0.047 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 104 L 0.337 0.331 0.188 0.054 0.023 0.033 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 105 K 0.254 0.204 0.235 0.139 0.050 0.020 0.061 0.003 0.025 0.005 0.004 106 G 0.039 0.016 0.043 0.031 0.107 0.011 0.097 0.511 0.005 0.138 0.001 107 Y 0.130 0.208 0.369 0.127 0.060 0.038 0.035 0.010 0.016 0.006 0.001 108 R 0.240 0.283 0.332 0.065 0.028 0.035 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 109 L 0.273 0.438 0.132 0.096 0.028 0.019 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 110 A 0.068 0.550 0.093 0.022 0.243 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 111 T 0.046 0.675 0.134 0.014 0.085 0.023 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 112 L 0.065 0.769 0.089 0.009 0.024 0.018 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 113 E 0.131 0.508 0.180 0.052 0.053 0.038 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 114 S 0.119 0.268 0.215 0.147 0.135 0.029 0.037 0.006 0.033 0.009 0.002 115 K 0.313 0.215 0.165 0.108 0.041 0.038 0.053 0.009 0.045 0.011 0.003 116 K 0.111 0.117 0.136 0.454 0.016 0.008 0.138 0.003 0.014 0.002 0.002 117 G 0.005 0.005 0.019 0.005 0.070 0.002 0.079 0.633 0.002 0.181 0.001 118 D 0.075 0.284 0.428 0.082 0.033 0.044 0.035 0.003 0.014 0.001 0.002 119 L 0.020 0.545 0.338 0.024 0.023 0.037 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 120 R 0.052 0.630 0.169 0.020 0.085 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 121 Y 0.007 0.540 0.279 0.011 0.069 0.060 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 122 V 0.034 0.727 0.137 0.018 0.018 0.043 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 123 N 0.058 0.410 0.236 0.071 0.089 0.044 0.039 0.007 0.036 0.007 0.003 124 S 0.005 0.297 0.306 0.002 0.114 0.015 0.006 0.001 0.247 0.006 0.001 125 P 0.145 0.007 0.681 0.014 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.124 126 V 0.092 0.501 0.218 0.069 0.044 0.012 0.007 0.001 0.055 0.001 0.001 127 S 0.079 0.165 0.374 0.185 0.036 0.021 0.100 0.004 0.025 0.003 0.007 128 G 0.006 0.053 0.087 0.013 0.291 0.011 0.108 0.368 0.005 0.058 0.001 129 T 0.007 0.688 0.220 0.004 0.047 0.019 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 130 V 0.002 0.576 0.333 0.002 0.009 0.069 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 131 I 0.009 0.769 0.109 0.004 0.036 0.063 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 132 F 0.006 0.629 0.199 0.005 0.066 0.066 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 133 M 0.031 0.618 0.209 0.015 0.036 0.057 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 134 N 0.081 0.277 0.258 0.075 0.118 0.084 0.038 0.006 0.047 0.009 0.007 135 E 0.127 0.341 0.277 0.094 0.056 0.034 0.037 0.003 0.027 0.002 0.003 136 I 0.012 0.338 0.349 0.002 0.072 0.015 0.003 0.001 0.206 0.003 0.001 137 P 0.102 0.003 0.772 0.010 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.003 0.078 138 S 0.313 0.107 0.189 0.171 0.045 0.033 0.044 0.064 0.018 0.010 0.003 139 E 0.149 0.183 0.275 0.265 0.028 0.046 0.020 0.006 0.023 0.004 0.002 140 R 0.028 0.218 0.415 0.025 0.055 0.032 0.021 0.002 0.196 0.007 0.001 141 A 0.391 0.017 0.514 0.030 0.008 0.009 0.004 0.001 0.002 0.006 0.018 142 N 0.154 0.110 0.114 0.443 0.072 0.017 0.053 0.026 0.008 0.002 0.001 143 Y 0.010 0.531 0.174 0.026 0.228 0.007 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 144 V 0.009 0.812 0.132 0.004 0.026 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 145 F 0.003 0.807 0.112 0.004 0.047 0.018 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 146 Y 0.002 0.872 0.050 0.001 0.053 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 147 M 0.013 0.545 0.257 0.003 0.006 0.150 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 148 L 0.070 0.399 0.339 0.011 0.040 0.071 0.004 0.001 0.063 0.003 0.001 149 E 0.381 0.060 0.427 0.041 0.023 0.031 0.007 0.001 0.012 0.008 0.009 150 E 0.454 0.165 0.143 0.137 0.036 0.022 0.020 0.004 0.016 0.002 0.001