# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.166 0.231 0.043 0.016 0.426 0.011 0.018 0.020 0.017 0.023 0.029 2 K 0.247 0.150 0.069 0.024 0.311 0.024 0.040 0.018 0.017 0.035 0.065 3 I 0.162 0.268 0.139 0.014 0.338 0.010 0.008 0.005 0.005 0.007 0.043 4 P 0.208 0.234 0.035 0.013 0.381 0.026 0.032 0.015 0.013 0.014 0.029 5 K 0.211 0.124 0.014 0.001 0.588 0.004 0.009 0.005 0.005 0.007 0.031 6 I 0.169 0.120 0.004 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 7 Y 0.311 0.117 0.029 0.001 0.478 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.055 8 V 0.299 0.104 0.051 0.031 0.261 0.064 0.019 0.015 0.012 0.021 0.123 9 E 0.044 0.134 0.077 0.220 0.075 0.212 0.098 0.034 0.033 0.051 0.022 10 G 0.037 0.044 0.083 0.310 0.037 0.059 0.023 0.029 0.040 0.262 0.077 11 E 0.109 0.239 0.093 0.017 0.291 0.015 0.025 0.046 0.041 0.069 0.055 12 L 0.213 0.226 0.061 0.020 0.285 0.017 0.021 0.036 0.026 0.036 0.059 13 N 0.094 0.096 0.142 0.199 0.112 0.103 0.054 0.068 0.047 0.042 0.043 14 D 0.022 0.109 0.097 0.182 0.041 0.138 0.249 0.076 0.039 0.035 0.013 15 G 0.045 0.029 0.059 0.215 0.025 0.072 0.042 0.032 0.027 0.343 0.111 16 D 0.093 0.211 0.088 0.071 0.146 0.071 0.051 0.029 0.029 0.152 0.062 17 R 0.283 0.086 0.008 0.003 0.545 0.008 0.007 0.006 0.006 0.018 0.030 18 V 0.239 0.082 0.003 0.001 0.659 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 19 A 0.196 0.099 0.022 0.001 0.648 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 20 I 0.306 0.126 0.016 0.001 0.487 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.056 21 E 0.322 0.143 0.042 0.013 0.320 0.021 0.018 0.013 0.010 0.023 0.076 22 K 0.091 0.131 0.148 0.179 0.119 0.115 0.053 0.045 0.033 0.045 0.040 23 D 0.024 0.084 0.077 0.323 0.036 0.136 0.153 0.067 0.042 0.041 0.016 24 G 0.021 0.032 0.057 0.261 0.018 0.124 0.076 0.041 0.046 0.262 0.062 25 N 0.098 0.174 0.082 0.057 0.128 0.056 0.053 0.025 0.030 0.206 0.090 26 A 0.222 0.133 0.007 0.003 0.579 0.005 0.006 0.005 0.005 0.012 0.023 27 I 0.233 0.073 0.002 0.001 0.676 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 28 I 0.206 0.083 0.013 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 29 F 0.345 0.091 0.015 0.001 0.465 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 0.069 30 L 0.174 0.272 0.072 0.011 0.330 0.012 0.013 0.008 0.007 0.018 0.082 31 E 0.067 0.311 0.326 0.057 0.139 0.017 0.014 0.012 0.011 0.014 0.032 32 K 0.036 0.142 0.088 0.074 0.061 0.088 0.244 0.126 0.080 0.043 0.018 33 D 0.064 0.062 0.060 0.049 0.067 0.038 0.033 0.086 0.161 0.307 0.073 34 E 0.083 0.206 0.033 0.011 0.255 0.014 0.027 0.127 0.147 0.067 0.029 35 E 0.162 0.123 0.053 0.011 0.297 0.013 0.036 0.099 0.053 0.090 0.063 36 Y 0.201 0.166 0.076 0.036 0.257 0.022 0.022 0.056 0.026 0.065 0.072 37 S 0.051 0.110 0.116 0.132 0.069 0.112 0.105 0.156 0.053 0.061 0.034 38 G 0.023 0.041 0.075 0.254 0.027 0.107 0.066 0.179 0.077 0.121 0.030 39 N 0.018 0.177 0.160 0.160 0.039 0.051 0.086 0.122 0.067 0.099 0.021 40 G 0.041 0.050 0.077 0.054 0.033 0.020 0.016 0.069 0.065 0.428 0.148 41 K 0.068 0.386 0.042 0.006 0.292 0.009 0.020 0.086 0.038 0.027 0.026 42 L 0.236 0.146 0.019 0.005 0.312 0.009 0.019 0.134 0.040 0.039 0.042 43 L 0.187 0.097 0.025 0.013 0.240 0.020 0.020 0.243 0.079 0.033 0.043 44 Y 0.062 0.113 0.048 0.021 0.167 0.026 0.033 0.404 0.077 0.025 0.023 45 Q 0.126 0.051 0.013 0.005 0.175 0.005 0.016 0.436 0.065 0.054 0.054 46 V 0.076 0.172 0.012 0.002 0.294 0.003 0.021 0.366 0.030 0.008 0.015 47 I 0.138 0.098 0.021 0.003 0.123 0.002 0.016 0.517 0.032 0.023 0.028 48 Y 0.022 0.021 0.004 0.004 0.030 0.003 0.008 0.803 0.085 0.014 0.008 49 D 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.004 0.018 0.890 0.068 0.005 0.001 50 D 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.013 0.893 0.055 0.019 0.002 51 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.821 0.149 0.018 0.001 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.823 0.158 0.003 0.001 53 K 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.053 0.808 0.098 0.023 0.001 54 Y 0.025 0.010 0.005 0.002 0.020 0.003 0.063 0.665 0.077 0.123 0.008 55 M 0.042 0.199 0.038 0.010 0.133 0.017 0.061 0.329 0.088 0.056 0.027 56 S 0.137 0.114 0.059 0.014 0.141 0.015 0.033 0.222 0.094 0.101 0.071 57 L 0.047 0.130 0.031 0.008 0.128 0.014 0.029 0.301 0.235 0.060 0.017 58 D 0.034 0.066 0.033 0.020 0.053 0.055 0.109 0.290 0.211 0.101 0.028 59 T 0.099 0.051 0.020 0.012 0.124 0.011 0.067 0.199 0.118 0.244 0.055 60 L 0.136 0.232 0.050 0.014 0.273 0.016 0.032 0.082 0.045 0.076 0.044 61 K 0.291 0.122 0.048 0.020 0.308 0.020 0.017 0.036 0.032 0.028 0.078 62 K 0.088 0.128 0.054 0.061 0.149 0.113 0.192 0.090 0.062 0.037 0.026 63 D 0.244 0.039 0.015 0.017 0.230 0.037 0.072 0.022 0.018 0.205 0.099 64 V 0.163 0.107 0.001 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 L 0.177 0.050 0.003 0.001 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 66 I 0.316 0.046 0.004 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 67 Q 0.302 0.115 0.023 0.010 0.385 0.023 0.021 0.008 0.006 0.017 0.089 68 Y 0.111 0.267 0.269 0.009 0.254 0.005 0.003 0.002 0.003 0.005 0.072 69 P 0.074 0.188 0.060 0.088 0.096 0.107 0.127 0.076 0.071 0.078 0.035 70 D 0.059 0.087 0.161 0.173 0.080 0.076 0.074 0.044 0.075 0.126 0.046 71 K 0.107 0.080 0.039 0.042 0.124 0.039 0.050 0.090 0.211 0.173 0.044 72 H 0.101 0.107 0.065 0.069 0.113 0.114 0.109 0.064 0.059 0.144 0.055 73 T 0.175 0.146 0.021 0.012 0.496 0.018 0.014 0.025 0.021 0.036 0.036 74 L 0.349 0.056 0.002 0.001 0.567 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.010 75 T 0.154 0.159 0.025 0.001 0.623 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.025 76 Y 0.267 0.121 0.019 0.001 0.494 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.085 77 L 0.194 0.273 0.065 0.024 0.255 0.018 0.027 0.045 0.023 0.026 0.049 78 K 0.048 0.105 0.409 0.177 0.077 0.045 0.023 0.047 0.035 0.014 0.020 79 A 0.008 0.325 0.113 0.053 0.027 0.057 0.294 0.066 0.040 0.013 0.005 80 G 0.022 0.008 0.014 0.039 0.009 0.015 0.007 0.007 0.013 0.587 0.280 81 T 0.044 0.574 0.026 0.010 0.274 0.011 0.010 0.010 0.011 0.014 0.015 82 K 0.284 0.085 0.014 0.005 0.521 0.010 0.014 0.011 0.009 0.015 0.032 83 L 0.470 0.051 0.005 0.006 0.402 0.007 0.007 0.006 0.006 0.011 0.027 84 I 0.158 0.130 0.024 0.005 0.625 0.012 0.012 0.006 0.003 0.004 0.022 85 S 0.318 0.096 0.027 0.004 0.424 0.004 0.006 0.006 0.005 0.019 0.089 86 V 0.082 0.403 0.096 0.010 0.354 0.004 0.005 0.005 0.004 0.006 0.030 87 P 0.154 0.288 0.181 0.008 0.267 0.005 0.012 0.015 0.013 0.010 0.048 88 A 0.223 0.153 0.068 0.024 0.227 0.037 0.057 0.063 0.058 0.031 0.058 89 E 0.017 0.126 0.108 0.170 0.037 0.187 0.233 0.030 0.035 0.043 0.015 90 G 0.100 0.051 0.067 0.146 0.077 0.025 0.013 0.012 0.021 0.331 0.156 91 Y 0.148 0.277 0.021 0.009 0.446 0.014 0.013 0.011 0.013 0.023 0.026 92 K 0.144 0.233 0.049 0.005 0.508 0.010 0.009 0.005 0.003 0.005 0.030 93 V 0.400 0.093 0.022 0.013 0.359 0.009 0.009 0.009 0.009 0.021 0.057 94 Y 0.133 0.282 0.086 0.014 0.417 0.012 0.011 0.008 0.008 0.006 0.023 95 P 0.168 0.241 0.075 0.003 0.416 0.005 0.012 0.016 0.010 0.007 0.046 96 I 0.254 0.167 0.026 0.005 0.333 0.007 0.017 0.029 0.021 0.046 0.095 97 M 0.103 0.283 0.102 0.022 0.290 0.025 0.038 0.038 0.028 0.028 0.044 98 D 0.176 0.139 0.166 0.079 0.180 0.039 0.030 0.059 0.036 0.042 0.055 99 F 0.029 0.183 0.109 0.083 0.060 0.108 0.156 0.122 0.083 0.049 0.018 100 G 0.064 0.036 0.040 0.085 0.043 0.049 0.022 0.064 0.065 0.396 0.137 101 F 0.090 0.282 0.057 0.014 0.292 0.016 0.021 0.095 0.047 0.048 0.037 102 R 0.164 0.173 0.036 0.006 0.439 0.009 0.014 0.071 0.022 0.022 0.044 103 V 0.283 0.103 0.050 0.016 0.242 0.011 0.034 0.140 0.041 0.029 0.051 104 L 0.135 0.068 0.069 0.064 0.132 0.082 0.066 0.202 0.063 0.057 0.062 105 K 0.016 0.299 0.125 0.128 0.044 0.093 0.115 0.088 0.037 0.040 0.014 106 G 0.026 0.016 0.025 0.086 0.017 0.027 0.012 0.037 0.034 0.519 0.201 107 Y 0.061 0.429 0.048 0.015 0.225 0.015 0.016 0.072 0.047 0.046 0.025 108 R 0.212 0.108 0.027 0.011 0.278 0.022 0.043 0.131 0.071 0.054 0.043 109 L 0.293 0.065 0.020 0.026 0.246 0.027 0.034 0.098 0.076 0.062 0.053 110 A 0.151 0.158 0.033 0.017 0.445 0.022 0.028 0.072 0.031 0.018 0.025 111 T 0.232 0.104 0.025 0.004 0.490 0.006 0.011 0.047 0.021 0.019 0.041 112 L 0.274 0.124 0.020 0.004 0.402 0.004 0.025 0.061 0.017 0.023 0.046 113 E 0.144 0.204 0.048 0.016 0.343 0.019 0.036 0.065 0.021 0.041 0.064 114 S 0.059 0.243 0.421 0.042 0.106 0.008 0.011 0.052 0.018 0.012 0.028 115 K 0.026 0.031 0.033 0.039 0.030 0.064 0.100 0.466 0.152 0.040 0.019 116 K 0.015 0.424 0.187 0.061 0.039 0.042 0.090 0.057 0.044 0.030 0.010 117 G 0.038 0.024 0.040 0.082 0.023 0.029 0.012 0.025 0.028 0.426 0.274 118 D 0.068 0.389 0.064 0.011 0.338 0.011 0.024 0.033 0.020 0.020 0.024 119 L 0.443 0.071 0.007 0.003 0.358 0.004 0.006 0.013 0.011 0.027 0.056 120 R 0.116 0.297 0.025 0.004 0.506 0.009 0.010 0.007 0.005 0.003 0.018 121 Y 0.410 0.055 0.014 0.006 0.380 0.008 0.008 0.017 0.011 0.028 0.063 122 V 0.205 0.150 0.025 0.018 0.405 0.023 0.030 0.032 0.033 0.036 0.042 123 N 0.118 0.144 0.113 0.064 0.239 0.041 0.052 0.035 0.044 0.066 0.083 124 S 0.063 0.347 0.259 0.046 0.206 0.005 0.007 0.011 0.015 0.016 0.023 125 P 0.197 0.156 0.067 0.026 0.217 0.020 0.069 0.058 0.076 0.057 0.057 126 V 0.129 0.201 0.099 0.032 0.220 0.039 0.083 0.051 0.061 0.043 0.043 127 S 0.087 0.060 0.058 0.148 0.077 0.111 0.182 0.045 0.057 0.114 0.062 128 G 0.072 0.122 0.187 0.217 0.092 0.061 0.030 0.012 0.018 0.120 0.068 129 T 0.146 0.157 0.006 0.002 0.626 0.008 0.014 0.006 0.005 0.011 0.019 130 V 0.185 0.042 0.001 0.001 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 131 I 0.217 0.035 0.002 0.001 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 132 F 0.425 0.043 0.009 0.001 0.462 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 133 M 0.315 0.091 0.016 0.027 0.325 0.064 0.021 0.012 0.011 0.032 0.088 134 N 0.161 0.166 0.089 0.046 0.328 0.043 0.033 0.018 0.019 0.030 0.066 135 E 0.174 0.155 0.066 0.026 0.207 0.023 0.037 0.035 0.035 0.128 0.114 136 I 0.054 0.431 0.223 0.027 0.159 0.011 0.010 0.014 0.015 0.017 0.038 137 P 0.085 0.286 0.104 0.048 0.149 0.035 0.042 0.082 0.103 0.035 0.031 138 S 0.042 0.093 0.066 0.043 0.073 0.053 0.205 0.164 0.164 0.077 0.020 139 E 0.069 0.084 0.085 0.066 0.077 0.035 0.068 0.071 0.103 0.290 0.052 140 R 0.121 0.273 0.170 0.035 0.225 0.011 0.014 0.028 0.042 0.038 0.042 141 A 0.083 0.140 0.054 0.039 0.148 0.068 0.134 0.110 0.139 0.052 0.033 142 N 0.193 0.067 0.030 0.024 0.158 0.043 0.095 0.036 0.037 0.202 0.115 143 Y 0.164 0.148 0.004 0.002 0.645 0.004 0.004 0.003 0.002 0.008 0.017 144 V 0.182 0.046 0.001 0.001 0.764 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 145 F 0.267 0.025 0.001 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 146 Y 0.203 0.072 0.004 0.001 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 147 M 0.414 0.087 0.016 0.002 0.322 0.004 0.005 0.003 0.002 0.010 0.135 148 L 0.084 0.389 0.110 0.023 0.267 0.020 0.016 0.011 0.010 0.014 0.056 149 E 0.100 0.178 0.147 0.096 0.132 0.051 0.052 0.082 0.057 0.057 0.048 150 E 0.060 0.119 0.050 0.019 0.107 0.032 0.067 0.201 0.197 0.108 0.039