# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.576 0.190 0.134 0.060 0.028 0.010 0.001 2 K 0.409 0.288 0.184 0.073 0.032 0.012 0.001 3 I 0.118 0.136 0.174 0.248 0.188 0.120 0.018 4 P 0.159 0.234 0.190 0.205 0.130 0.070 0.013 5 K 0.100 0.187 0.298 0.238 0.111 0.055 0.011 6 I 0.032 0.060 0.104 0.197 0.301 0.253 0.053 7 Y 0.021 0.043 0.090 0.164 0.269 0.314 0.099 8 V 0.019 0.028 0.053 0.122 0.305 0.381 0.092 9 E 0.053 0.112 0.200 0.296 0.214 0.110 0.015 10 G 0.270 0.308 0.233 0.108 0.049 0.028 0.004 11 E 0.232 0.298 0.229 0.142 0.067 0.029 0.002 12 L 0.126 0.158 0.195 0.279 0.185 0.055 0.002 13 N 0.441 0.279 0.171 0.084 0.020 0.005 0.001 14 D 0.699 0.197 0.079 0.018 0.005 0.001 0.001 15 G 0.396 0.324 0.173 0.078 0.022 0.007 0.001 16 D 0.345 0.305 0.210 0.092 0.035 0.012 0.001 17 R 0.070 0.211 0.282 0.293 0.116 0.026 0.002 18 V 0.016 0.050 0.109 0.223 0.360 0.228 0.014 19 A 0.015 0.042 0.103 0.179 0.311 0.316 0.035 20 I 0.011 0.023 0.059 0.164 0.359 0.351 0.033 21 E 0.056 0.212 0.276 0.289 0.135 0.029 0.002 22 K 0.187 0.284 0.257 0.179 0.070 0.022 0.002 23 D 0.537 0.270 0.132 0.043 0.014 0.003 0.001 24 G 0.560 0.289 0.088 0.051 0.010 0.002 0.001 25 N 0.558 0.245 0.146 0.036 0.012 0.003 0.001 26 A 0.140 0.248 0.254 0.227 0.102 0.028 0.001 27 I 0.086 0.161 0.252 0.263 0.181 0.054 0.002 28 I 0.077 0.184 0.234 0.239 0.174 0.088 0.004 29 F 0.053 0.119 0.257 0.286 0.205 0.079 0.002 30 L 0.054 0.110 0.223 0.306 0.251 0.055 0.002 31 E 0.386 0.364 0.163 0.071 0.013 0.002 0.001 32 K 0.700 0.222 0.061 0.013 0.003 0.001 0.001 33 D 0.639 0.251 0.084 0.023 0.003 0.001 0.001 34 E 0.499 0.269 0.166 0.054 0.011 0.001 0.001 35 E 0.420 0.471 0.087 0.019 0.003 0.001 0.001 36 Y 0.083 0.119 0.232 0.368 0.182 0.015 0.001 37 S 0.448 0.311 0.155 0.072 0.012 0.001 0.001 38 G 0.657 0.239 0.076 0.023 0.005 0.001 0.001 39 N 0.559 0.240 0.153 0.034 0.012 0.003 0.001 40 G 0.168 0.301 0.283 0.162 0.066 0.018 0.001 41 K 0.052 0.229 0.239 0.279 0.154 0.043 0.003 42 L 0.010 0.027 0.092 0.196 0.344 0.302 0.029 43 L 0.006 0.013 0.031 0.074 0.192 0.481 0.204 44 Y 0.005 0.022 0.060 0.137 0.310 0.334 0.131 45 Q 0.015 0.114 0.230 0.308 0.185 0.099 0.050 46 V 0.006 0.029 0.085 0.170 0.270 0.346 0.094 47 I 0.004 0.013 0.032 0.091 0.279 0.415 0.167 48 Y 0.005 0.023 0.075 0.200 0.331 0.307 0.058 49 D 0.098 0.303 0.337 0.160 0.070 0.027 0.005 50 D 0.028 0.147 0.302 0.297 0.155 0.061 0.009 51 L 0.006 0.011 0.017 0.063 0.271 0.537 0.096 52 A 0.022 0.092 0.230 0.356 0.219 0.072 0.009 53 K 0.135 0.416 0.310 0.097 0.029 0.012 0.001 54 Y 0.023 0.090 0.232 0.375 0.211 0.066 0.002 55 M 0.025 0.039 0.076 0.244 0.395 0.205 0.015 56 S 0.196 0.399 0.286 0.086 0.028 0.006 0.001 57 L 0.251 0.339 0.222 0.145 0.038 0.005 0.001 58 D 0.542 0.348 0.084 0.022 0.003 0.001 0.001 59 T 0.390 0.424 0.124 0.048 0.012 0.002 0.001 60 L 0.022 0.064 0.171 0.364 0.327 0.051 0.001 61 K 0.074 0.323 0.303 0.224 0.057 0.017 0.001 62 K 0.089 0.279 0.258 0.221 0.124 0.027 0.002 63 D 0.036 0.161 0.297 0.297 0.162 0.043 0.004 64 V 0.002 0.010 0.030 0.104 0.342 0.452 0.059 65 L 0.006 0.019 0.053 0.104 0.218 0.463 0.137 66 I 0.005 0.018 0.036 0.107 0.212 0.493 0.128 67 Q 0.027 0.127 0.248 0.307 0.197 0.078 0.015 68 Y 0.020 0.051 0.118 0.264 0.305 0.219 0.022 69 P 0.138 0.232 0.272 0.210 0.105 0.040 0.003 70 D 0.447 0.307 0.149 0.070 0.020 0.006 0.001 71 K 0.531 0.284 0.134 0.036 0.012 0.003 0.001 72 H 0.207 0.303 0.238 0.168 0.063 0.020 0.002 73 T 0.194 0.336 0.232 0.158 0.057 0.021 0.002 74 L 0.035 0.092 0.180 0.316 0.286 0.086 0.005 75 T 0.053 0.169 0.259 0.260 0.175 0.077 0.007 76 Y 0.019 0.047 0.124 0.208 0.344 0.240 0.018 77 L 0.021 0.036 0.092 0.248 0.394 0.195 0.014 78 K 0.192 0.324 0.293 0.140 0.041 0.009 0.001 79 A 0.410 0.362 0.152 0.052 0.018 0.005 0.001 80 G 0.264 0.314 0.225 0.135 0.047 0.014 0.001 81 T 0.414 0.342 0.140 0.078 0.021 0.005 0.001 82 K 0.140 0.317 0.234 0.201 0.090 0.018 0.001 83 L 0.039 0.053 0.136 0.235 0.325 0.201 0.012 84 I 0.058 0.150 0.209 0.285 0.199 0.091 0.008 85 S 0.126 0.229 0.257 0.210 0.120 0.050 0.008 86 V 0.061 0.089 0.123 0.236 0.273 0.190 0.028 87 P 0.148 0.265 0.265 0.188 0.081 0.044 0.008 88 A 0.091 0.107 0.146 0.270 0.251 0.120 0.015 89 E 0.288 0.312 0.212 0.119 0.044 0.021 0.004 90 G 0.178 0.231 0.202 0.170 0.130 0.077 0.013 91 Y 0.096 0.143 0.174 0.260 0.199 0.107 0.021 92 K 0.166 0.254 0.251 0.183 0.082 0.050 0.014 93 V 0.066 0.091 0.128 0.212 0.248 0.205 0.050 94 Y 0.058 0.082 0.114 0.193 0.244 0.236 0.072 95 P 0.076 0.112 0.136 0.171 0.189 0.219 0.097 96 I 0.077 0.090 0.110 0.171 0.204 0.240 0.109 97 M 0.077 0.107 0.124 0.208 0.216 0.195 0.073 98 D 0.194 0.209 0.210 0.158 0.110 0.086 0.032 99 F 0.134 0.150 0.165 0.200 0.173 0.130 0.048 100 G 0.122 0.154 0.174 0.190 0.181 0.143 0.037 101 F 0.118 0.184 0.196 0.227 0.161 0.096 0.017 102 R 0.111 0.183 0.273 0.232 0.137 0.056 0.007 103 V 0.056 0.051 0.090 0.190 0.326 0.258 0.028 104 L 0.114 0.208 0.246 0.238 0.144 0.045 0.005 105 K 0.379 0.356 0.155 0.075 0.023 0.010 0.002 106 G 0.185 0.242 0.234 0.190 0.103 0.039 0.007 107 Y 0.108 0.206 0.209 0.245 0.141 0.080 0.011 108 R 0.064 0.149 0.209 0.247 0.217 0.099 0.015 109 L 0.030 0.038 0.078 0.134 0.234 0.359 0.126 110 A 0.023 0.043 0.064 0.109 0.185 0.400 0.176 111 T 0.044 0.075 0.134 0.218 0.219 0.208 0.103 112 L 0.036 0.038 0.062 0.121 0.236 0.346 0.161 113 E 0.081 0.174 0.200 0.221 0.156 0.131 0.037 114 S 0.068 0.110 0.158 0.205 0.248 0.180 0.032 115 K 0.123 0.239 0.201 0.210 0.134 0.077 0.016 116 K 0.148 0.217 0.209 0.224 0.125 0.064 0.013 117 G 0.132 0.214 0.196 0.217 0.154 0.075 0.012 118 D 0.103 0.198 0.287 0.225 0.109 0.064 0.013 119 L 0.021 0.035 0.074 0.174 0.357 0.285 0.054 120 R 0.036 0.137 0.233 0.283 0.189 0.104 0.018 121 Y 0.033 0.064 0.100 0.191 0.284 0.268 0.062 122 V 0.022 0.039 0.067 0.159 0.282 0.366 0.065 123 N 0.135 0.266 0.277 0.201 0.076 0.039 0.007 124 S 0.064 0.136 0.194 0.273 0.202 0.116 0.014 125 P 0.103 0.199 0.220 0.205 0.158 0.099 0.015 126 V 0.075 0.205 0.218 0.301 0.142 0.048 0.010 127 S 0.313 0.345 0.224 0.077 0.024 0.013 0.004 128 G 0.011 0.050 0.116 0.236 0.350 0.216 0.021 129 T 0.005 0.025 0.081 0.220 0.353 0.258 0.058 130 V 0.001 0.003 0.008 0.021 0.095 0.489 0.384 131 I 0.001 0.002 0.004 0.011 0.038 0.384 0.560 132 F 0.001 0.003 0.009 0.047 0.119 0.346 0.474 133 M 0.001 0.002 0.004 0.015 0.083 0.401 0.494 134 N 0.010 0.041 0.098 0.228 0.241 0.287 0.095 135 E 0.051 0.143 0.237 0.219 0.182 0.143 0.024 136 I 0.046 0.090 0.191 0.328 0.231 0.107 0.007 137 P 0.357 0.312 0.178 0.105 0.038 0.010 0.001 138 S 0.614 0.239 0.098 0.036 0.010 0.002 0.001 139 E 0.669 0.219 0.084 0.021 0.006 0.001 0.001 140 R 0.267 0.327 0.200 0.144 0.048 0.013 0.001 141 A 0.243 0.280 0.235 0.158 0.066 0.017 0.001 142 N 0.123 0.241 0.270 0.214 0.109 0.039 0.004 143 Y 0.008 0.020 0.054 0.146 0.374 0.352 0.047 144 V 0.007 0.020 0.056 0.115 0.239 0.422 0.140 145 F 0.007 0.016 0.032 0.054 0.117 0.494 0.281 146 Y 0.017 0.051 0.120 0.247 0.237 0.237 0.090 147 M 0.020 0.027 0.058 0.125 0.294 0.363 0.112 148 L 0.044 0.090 0.190 0.298 0.265 0.102 0.011 149 E 0.547 0.308 0.108 0.028 0.006 0.002 0.001 150 E 0.536 0.309 0.101 0.038 0.013 0.002 0.001