# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.32066 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.075 0.080 0.127 0.173 0.155 0.123 0.082 0.049 0.025 0.022 0.007 0.003 0.002 2 K 0.089 0.096 0.126 0.141 0.150 0.118 0.087 0.076 0.054 0.031 0.021 0.007 0.003 0.002 3 I 0.028 0.029 0.036 0.071 0.111 0.114 0.129 0.150 0.111 0.085 0.064 0.036 0.023 0.014 4 P 0.005 0.007 0.010 0.020 0.035 0.070 0.086 0.116 0.183 0.172 0.121 0.107 0.047 0.019 5 K 0.006 0.008 0.016 0.032 0.072 0.083 0.147 0.175 0.132 0.129 0.092 0.054 0.023 0.034 6 I 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.026 0.038 0.137 0.184 0.267 0.177 0.101 0.041 7 Y 0.004 0.005 0.009 0.014 0.028 0.049 0.087 0.141 0.143 0.161 0.167 0.084 0.063 0.044 8 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.025 0.057 0.085 0.152 0.174 0.216 0.150 0.071 0.044 9 E 0.005 0.011 0.014 0.033 0.050 0.090 0.101 0.147 0.196 0.162 0.075 0.061 0.040 0.018 10 G 0.052 0.074 0.076 0.120 0.113 0.127 0.140 0.108 0.074 0.052 0.043 0.012 0.005 0.004 11 E 0.047 0.092 0.120 0.180 0.177 0.156 0.086 0.068 0.040 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 12 L 0.067 0.087 0.089 0.143 0.215 0.149 0.102 0.075 0.041 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 13 N 0.161 0.208 0.187 0.180 0.114 0.072 0.038 0.020 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.336 0.231 0.156 0.112 0.065 0.046 0.034 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.296 0.208 0.194 0.119 0.072 0.046 0.042 0.008 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 16 D 0.098 0.144 0.190 0.172 0.139 0.128 0.062 0.032 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 17 R 0.032 0.046 0.053 0.120 0.201 0.179 0.138 0.096 0.068 0.038 0.014 0.009 0.003 0.002 18 V 0.012 0.009 0.017 0.029 0.063 0.085 0.162 0.171 0.158 0.132 0.096 0.042 0.020 0.005 19 A 0.015 0.010 0.019 0.034 0.063 0.078 0.120 0.162 0.131 0.118 0.116 0.076 0.038 0.020 20 I 0.011 0.009 0.010 0.020 0.030 0.052 0.060 0.098 0.161 0.171 0.108 0.161 0.085 0.023 21 E 0.032 0.047 0.042 0.086 0.118 0.121 0.149 0.155 0.097 0.065 0.049 0.020 0.009 0.009 22 K 0.058 0.086 0.086 0.140 0.156 0.141 0.123 0.095 0.051 0.029 0.022 0.006 0.003 0.003 23 D 0.194 0.152 0.171 0.130 0.105 0.091 0.071 0.031 0.032 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 24 G 0.244 0.172 0.176 0.144 0.095 0.069 0.048 0.019 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 25 N 0.194 0.192 0.168 0.147 0.103 0.087 0.055 0.024 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.103 0.108 0.104 0.148 0.171 0.137 0.114 0.056 0.030 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 27 I 0.086 0.078 0.090 0.130 0.171 0.141 0.118 0.090 0.050 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 28 I 0.086 0.048 0.064 0.105 0.130 0.132 0.120 0.122 0.079 0.057 0.028 0.018 0.008 0.002 29 F 0.108 0.087 0.084 0.141 0.164 0.129 0.099 0.081 0.051 0.027 0.016 0.008 0.003 0.002 30 L 0.104 0.088 0.085 0.139 0.174 0.128 0.107 0.086 0.043 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 31 E 0.295 0.199 0.141 0.140 0.093 0.058 0.039 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.513 0.172 0.112 0.073 0.051 0.038 0.025 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 D 0.467 0.162 0.214 0.061 0.037 0.025 0.021 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.478 0.177 0.117 0.108 0.058 0.031 0.022 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.538 0.213 0.143 0.051 0.026 0.017 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.152 0.129 0.148 0.186 0.201 0.103 0.042 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.404 0.208 0.160 0.108 0.059 0.030 0.019 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.580 0.186 0.092 0.059 0.030 0.029 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.354 0.124 0.289 0.092 0.060 0.034 0.028 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.134 0.115 0.178 0.169 0.166 0.109 0.063 0.030 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 41 K 0.109 0.094 0.095 0.164 0.161 0.143 0.098 0.067 0.037 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 42 L 0.070 0.035 0.044 0.069 0.115 0.112 0.164 0.158 0.089 0.063 0.039 0.027 0.012 0.003 43 L 0.038 0.023 0.030 0.046 0.075 0.113 0.134 0.169 0.154 0.096 0.055 0.040 0.019 0.007 44 Y 0.027 0.023 0.029 0.069 0.105 0.134 0.158 0.147 0.124 0.098 0.048 0.022 0.010 0.006 45 Q 0.100 0.114 0.104 0.164 0.152 0.115 0.093 0.069 0.041 0.024 0.016 0.005 0.002 0.002 46 V 0.106 0.119 0.111 0.137 0.170 0.117 0.092 0.079 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 47 I 0.012 0.023 0.032 0.074 0.133 0.187 0.199 0.172 0.105 0.040 0.016 0.005 0.003 0.001 48 Y 0.011 0.027 0.039 0.110 0.172 0.215 0.192 0.136 0.065 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 49 D 0.349 0.316 0.216 0.068 0.025 0.018 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.157 0.218 0.320 0.166 0.076 0.047 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.012 0.016 0.023 0.093 0.154 0.224 0.253 0.148 0.056 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 52 A 0.048 0.124 0.165 0.250 0.220 0.119 0.049 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.681 0.186 0.097 0.019 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.048 0.088 0.115 0.264 0.230 0.150 0.064 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 M 0.066 0.055 0.064 0.140 0.215 0.195 0.133 0.090 0.027 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 56 S 0.328 0.237 0.226 0.095 0.054 0.035 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.249 0.142 0.160 0.190 0.136 0.065 0.032 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.445 0.210 0.151 0.076 0.046 0.040 0.020 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.162 0.202 0.243 0.160 0.102 0.086 0.026 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.043 0.063 0.041 0.138 0.205 0.178 0.161 0.112 0.032 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 61 K 0.030 0.082 0.117 0.190 0.184 0.148 0.096 0.076 0.046 0.015 0.011 0.003 0.001 0.001 62 K 0.012 0.015 0.023 0.055 0.096 0.118 0.137 0.153 0.148 0.106 0.062 0.047 0.019 0.009 63 D 0.005 0.009 0.015 0.027 0.060 0.092 0.132 0.138 0.175 0.135 0.108 0.058 0.026 0.020 64 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.020 0.044 0.066 0.129 0.193 0.236 0.150 0.098 0.048 65 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.036 0.075 0.147 0.182 0.176 0.166 0.118 0.062 66 I 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.016 0.035 0.064 0.130 0.207 0.193 0.183 0.109 0.046 67 Q 0.005 0.013 0.017 0.037 0.056 0.087 0.124 0.171 0.148 0.120 0.116 0.055 0.024 0.027 68 Y 0.006 0.014 0.023 0.048 0.085 0.117 0.143 0.169 0.146 0.102 0.084 0.032 0.020 0.012 69 P 0.024 0.067 0.081 0.172 0.187 0.166 0.111 0.089 0.058 0.024 0.012 0.005 0.002 0.002 70 D 0.167 0.195 0.235 0.142 0.088 0.083 0.036 0.020 0.023 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 71 K 0.246 0.194 0.241 0.119 0.077 0.052 0.036 0.012 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 H 0.160 0.163 0.186 0.174 0.123 0.085 0.062 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 73 T 0.214 0.175 0.167 0.134 0.107 0.094 0.054 0.025 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 74 L 0.071 0.062 0.072 0.130 0.179 0.150 0.126 0.100 0.055 0.031 0.012 0.007 0.004 0.001 75 T 0.082 0.050 0.063 0.095 0.129 0.132 0.133 0.129 0.078 0.050 0.034 0.017 0.006 0.002 76 Y 0.059 0.047 0.058 0.110 0.153 0.137 0.127 0.131 0.072 0.046 0.030 0.018 0.007 0.004 77 L 0.052 0.040 0.037 0.066 0.105 0.122 0.126 0.130 0.124 0.077 0.062 0.034 0.018 0.006 78 K 0.150 0.144 0.144 0.154 0.130 0.108 0.070 0.049 0.026 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 79 A 0.203 0.140 0.149 0.135 0.110 0.108 0.064 0.033 0.032 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 80 G 0.095 0.090 0.119 0.169 0.176 0.142 0.090 0.055 0.039 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 81 T 0.173 0.147 0.173 0.161 0.111 0.095 0.059 0.036 0.027 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 82 K 0.109 0.103 0.101 0.157 0.169 0.130 0.089 0.070 0.038 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 83 L 0.036 0.027 0.031 0.052 0.086 0.116 0.159 0.158 0.117 0.079 0.075 0.035 0.022 0.007 84 I 0.058 0.038 0.057 0.079 0.113 0.122 0.120 0.130 0.102 0.079 0.049 0.034 0.012 0.007 85 S 0.062 0.038 0.041 0.061 0.087 0.091 0.112 0.128 0.114 0.097 0.084 0.047 0.024 0.015 86 V 0.039 0.021 0.023 0.036 0.058 0.086 0.099 0.110 0.131 0.133 0.122 0.083 0.043 0.016 87 P 0.050 0.052 0.068 0.105 0.144 0.131 0.136 0.119 0.077 0.055 0.031 0.017 0.007 0.007 88 A 0.034 0.021 0.024 0.035 0.062 0.086 0.118 0.133 0.145 0.125 0.122 0.055 0.031 0.011 89 E 0.071 0.073 0.084 0.118 0.142 0.136 0.122 0.102 0.065 0.044 0.025 0.010 0.005 0.004 90 G 0.056 0.049 0.060 0.091 0.120 0.125 0.123 0.115 0.094 0.073 0.047 0.030 0.011 0.006 91 Y 0.055 0.050 0.052 0.083 0.121 0.135 0.128 0.119 0.098 0.074 0.045 0.023 0.012 0.006 92 K 0.083 0.069 0.090 0.110 0.131 0.124 0.108 0.094 0.074 0.053 0.034 0.018 0.007 0.005 93 V 0.040 0.026 0.032 0.048 0.081 0.103 0.124 0.138 0.128 0.111 0.082 0.051 0.026 0.011 94 Y 0.052 0.038 0.048 0.063 0.091 0.107 0.119 0.123 0.116 0.097 0.066 0.045 0.023 0.012 95 P 0.048 0.029 0.038 0.048 0.073 0.089 0.119 0.126 0.124 0.115 0.092 0.060 0.026 0.013 96 I 0.040 0.035 0.041 0.060 0.092 0.111 0.123 0.133 0.119 0.092 0.080 0.040 0.020 0.013 97 M 0.054 0.040 0.049 0.070 0.105 0.111 0.121 0.117 0.106 0.092 0.067 0.040 0.020 0.010 98 D 0.096 0.086 0.093 0.111 0.127 0.115 0.108 0.094 0.071 0.048 0.031 0.012 0.005 0.004 99 F 0.072 0.054 0.069 0.096 0.134 0.137 0.122 0.110 0.080 0.060 0.037 0.017 0.008 0.004 100 G 0.086 0.075 0.087 0.117 0.143 0.137 0.118 0.095 0.066 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 101 F 0.149 0.094 0.096 0.116 0.122 0.115 0.096 0.078 0.056 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 102 R 0.138 0.116 0.125 0.146 0.150 0.114 0.080 0.063 0.034 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 103 V 0.060 0.041 0.049 0.077 0.126 0.135 0.146 0.131 0.097 0.059 0.043 0.019 0.011 0.004 104 L 0.077 0.103 0.119 0.172 0.172 0.128 0.089 0.067 0.040 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 105 K 0.257 0.196 0.136 0.140 0.091 0.073 0.046 0.025 0.016 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 106 G 0.094 0.106 0.107 0.158 0.156 0.146 0.096 0.060 0.039 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 107 Y 0.027 0.040 0.059 0.105 0.157 0.167 0.159 0.126 0.073 0.042 0.023 0.011 0.006 0.003 108 R 0.041 0.040 0.048 0.084 0.131 0.140 0.145 0.130 0.106 0.072 0.031 0.019 0.007 0.005 109 L 0.016 0.013 0.020 0.030 0.057 0.078 0.125 0.135 0.149 0.132 0.120 0.068 0.042 0.017 110 A 0.016 0.010 0.015 0.021 0.037 0.061 0.083 0.110 0.142 0.148 0.147 0.127 0.059 0.025 111 T 0.019 0.020 0.025 0.043 0.067 0.084 0.118 0.140 0.136 0.125 0.087 0.070 0.039 0.026 112 L 0.020 0.013 0.013 0.023 0.040 0.068 0.097 0.122 0.152 0.144 0.151 0.088 0.050 0.019 113 E 0.037 0.055 0.066 0.110 0.147 0.154 0.149 0.126 0.069 0.041 0.026 0.010 0.004 0.005 114 S 0.038 0.040 0.056 0.080 0.126 0.138 0.142 0.127 0.102 0.065 0.054 0.018 0.009 0.005 115 K 0.090 0.090 0.108 0.154 0.165 0.144 0.092 0.070 0.048 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 116 K 0.131 0.116 0.145 0.157 0.139 0.113 0.073 0.051 0.041 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 117 G 0.099 0.100 0.095 0.139 0.152 0.134 0.106 0.079 0.046 0.025 0.016 0.005 0.002 0.001 118 D 0.101 0.110 0.125 0.170 0.160 0.124 0.082 0.062 0.035 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 119 L 0.037 0.026 0.032 0.052 0.089 0.117 0.148 0.142 0.129 0.089 0.072 0.037 0.021 0.008 120 R 0.083 0.057 0.075 0.078 0.106 0.115 0.124 0.114 0.096 0.068 0.050 0.020 0.009 0.005 121 Y 0.053 0.034 0.050 0.067 0.100 0.097 0.129 0.134 0.096 0.083 0.076 0.043 0.023 0.014 122 V 0.025 0.017 0.018 0.033 0.047 0.085 0.085 0.114 0.174 0.145 0.097 0.091 0.055 0.013 123 N 0.070 0.091 0.094 0.144 0.150 0.124 0.121 0.097 0.047 0.031 0.016 0.008 0.003 0.003 124 S 0.099 0.099 0.092 0.116 0.137 0.130 0.106 0.084 0.060 0.033 0.029 0.009 0.003 0.002 125 P 0.033 0.058 0.069 0.137 0.185 0.172 0.127 0.099 0.061 0.031 0.016 0.005 0.004 0.002 126 V 0.025 0.051 0.061 0.141 0.182 0.165 0.145 0.109 0.057 0.032 0.020 0.009 0.003 0.002 127 S 0.053 0.119 0.134 0.150 0.150 0.135 0.088 0.073 0.054 0.023 0.014 0.004 0.001 0.002 128 G 0.008 0.015 0.023 0.046 0.084 0.117 0.156 0.167 0.140 0.103 0.062 0.044 0.025 0.011 129 T 0.002 0.004 0.008 0.016 0.037 0.074 0.119 0.151 0.197 0.151 0.109 0.071 0.034 0.027 130 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.024 0.053 0.082 0.159 0.198 0.172 0.146 0.087 0.054 131 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.038 0.110 0.154 0.220 0.224 0.136 0.079 132 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.022 0.043 0.115 0.170 0.215 0.211 0.128 0.080 133 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.041 0.075 0.142 0.176 0.249 0.136 0.090 0.064 134 N 0.004 0.008 0.010 0.023 0.034 0.059 0.094 0.134 0.159 0.168 0.137 0.082 0.053 0.036 135 E 0.014 0.034 0.044 0.094 0.110 0.129 0.135 0.146 0.113 0.082 0.049 0.026 0.013 0.010 136 I 0.018 0.037 0.050 0.103 0.179 0.164 0.149 0.139 0.080 0.043 0.021 0.011 0.004 0.003 137 P 0.111 0.156 0.181 0.158 0.137 0.103 0.066 0.040 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 138 S 0.391 0.222 0.119 0.099 0.063 0.048 0.036 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 139 E 0.309 0.216 0.215 0.102 0.065 0.044 0.028 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 140 R 0.118 0.151 0.153 0.177 0.162 0.122 0.058 0.030 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 141 A 0.104 0.149 0.135 0.179 0.147 0.119 0.083 0.039 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 142 N 0.042 0.078 0.089 0.168 0.203 0.147 0.102 0.085 0.045 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 143 Y 0.006 0.008 0.014 0.027 0.058 0.094 0.143 0.158 0.176 0.135 0.083 0.057 0.029 0.011 144 V 0.004 0.004 0.009 0.016 0.040 0.069 0.120 0.160 0.173 0.156 0.119 0.071 0.037 0.022 145 F 0.005 0.005 0.007 0.011 0.022 0.033 0.061 0.084 0.138 0.175 0.165 0.156 0.092 0.047 146 Y 0.007 0.006 0.007 0.014 0.022 0.040 0.056 0.088 0.143 0.171 0.134 0.177 0.093 0.042 147 M 0.003 0.004 0.006 0.012 0.026 0.050 0.108 0.137 0.158 0.140 0.162 0.100 0.057 0.038 148 L 0.006 0.010 0.012 0.024 0.053 0.090 0.142 0.163 0.160 0.116 0.126 0.050 0.030 0.018 149 E 0.069 0.104 0.120 0.142 0.130 0.131 0.104 0.077 0.059 0.031 0.021 0.006 0.003 0.002 150 E 0.091 0.095 0.112 0.175 0.159 0.139 0.087 0.064 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001