This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA K A 3 3 NATAA I A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA I A 7 7 NATAA Y A 8 8 NATAA V A 9 9 NATAA E A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA E A 12 12 NATAA L A 13 13 NATAA N A 14 14 NATAA D A 15 15 NATAA G A 16 16 NATAA D A 17 17 NATAA R A 18 18 NATAA V A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA I A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA K A 23 23 NATAA D A 24 24 NATAA G A 25 25 NATAA N A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA I A 28 28 NATAA I A 29 29 NATAA F A 30 30 NATAA L A 31 31 NATAA E A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA E A 35 35 NATAA E A 36 36 NATAA Y A 37 37 NATAA S A 38 38 NATAA G A 39 39 NATAA N A 40 40 NATAA G A 41 41 NATAA K A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA Y A 45 45 NATAA Q A 46 46 NATAA V A 47 47 NATAA I A 48 48 NATAA Y A 49 49 NATAA D A 50 50 NATAA D A 51 51 NATAA L A 52 52 NATAA A A 53 53 NATAA K A 54 54 NATAA Y A 55 55 NATAA M A 56 56 NATAA S A 57 57 NATAA L A 58 58 NATAA D A 59 59 NATAA T A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA K A 62 62 NATAA K A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA V A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA I A 67 67 NATAA Q A 68 68 NATAA Y A 69 69 NATRO P A 70 70 NATAA D A 71 71 NATAA K A 72 72 NATAA H A 73 73 NATAA T A 74 74 NATAA L A 75 75 NATAA T A 76 76 NATAA Y A 77 77 NATAA L A 78 78 NATAA K A 79 79 NATAA A A 80 80 NATAA G A 81 81 NATAA T A 82 82 NATAA K A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA I A 85 85 NATAA S A 86 86 NATAA V A 87 87 NATRO P A 88 88 NATAA A A 89 89 NATAA E A 90 90 NATAA G A 91 91 NATAA Y A 92 92 NATAA K A 93 93 NATAA V A 94 94 NATAA Y A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA I A 97 97 NATAA M A 98 98 NATAA D A 99 99 NATAA F A 100 100 NATAA G A 101 101 NATAA F A 102 102 NATAA R A 103 103 NATAA V A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA Y A 108 108 NATAA R A 109 109 NATAA L A 110 110 NATAA A A 111 111 NATAA T A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA E A 114 114 NATAA S A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA K A 117 117 NATAA G A 118 118 NATAA D A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA R A 121 121 NATAA Y A 122 122 NATAA V A 123 123 NATAA N A 124 124 NATAA S A 125 125 NATRO P A 126 126 NATAA V A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA T A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA I A 132 132 NATAA F A 133 133 NATAA M A 134 134 NATAA N A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA I A 137 137 NATRO P A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA E A 140 140 NATAA R A 141 141 NATAA A A 142 142 NATAA N A 143 143 NATAA Y A 144 144 NATAA V A 145 145 NATAA F A 146 146 NATAA Y A 147 147 NATAA M A 148 148 NATAA L A 149 149 NATAA E A 150 150 NATAA E