# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.009 0.096 0.080 0.078 0.008 0.159 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.040 0.012 0.071 0.124 0.106 0.184 0.001 2 K 0.006 0.007 0.033 0.037 0.225 0.002 0.085 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.025 0.039 0.076 0.144 0.121 0.186 0.002 3 I 0.007 0.007 0.091 0.055 0.052 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.071 0.076 0.025 0.041 0.206 0.345 0.003 4 P 0.016 0.014 0.041 0.039 0.217 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.016 0.156 0.104 0.087 0.012 0.072 0.179 0.011 5 K 0.028 0.051 0.079 0.079 0.054 0.006 0.043 0.007 0.001 0.001 0.024 0.021 0.041 0.129 0.181 0.137 0.022 0.020 0.022 0.014 0.040 6 I 0.040 0.062 0.028 0.016 0.088 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.038 0.033 0.070 0.290 0.075 0.174 0.003 0.005 0.017 0.003 0.040 7 Y 0.060 0.093 0.039 0.018 0.026 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.037 0.049 0.128 0.375 0.099 0.020 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 8 V 0.147 0.095 0.015 0.023 0.137 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.024 0.039 0.075 0.292 0.025 0.091 0.001 0.001 0.003 0.002 0.022 9 E 0.090 0.185 0.029 0.069 0.068 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.020 0.045 0.117 0.301 0.023 0.007 0.002 0.004 0.005 0.011 10 G 0.138 0.158 0.056 0.067 0.127 0.003 0.050 0.005 0.001 0.001 0.018 0.023 0.031 0.039 0.091 0.098 0.016 0.020 0.018 0.029 0.012 11 E 0.052 0.060 0.116 0.081 0.170 0.006 0.035 0.009 0.001 0.001 0.008 0.009 0.015 0.018 0.107 0.077 0.051 0.050 0.054 0.072 0.007 12 L 0.027 0.033 0.092 0.079 0.232 0.005 0.044 0.018 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.004 0.051 0.038 0.109 0.050 0.084 0.114 0.006 13 N 0.026 0.023 0.142 0.089 0.146 0.005 0.067 0.012 0.003 0.004 0.003 0.003 0.006 0.003 0.071 0.010 0.123 0.057 0.084 0.122 0.001 14 D 0.006 0.005 0.060 0.096 0.080 0.002 0.185 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.007 0.242 0.021 0.065 0.201 0.001 15 G 0.003 0.005 0.031 0.027 0.056 0.001 0.434 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.006 0.171 0.126 0.031 0.092 0.001 16 D 0.013 0.014 0.113 0.034 0.149 0.002 0.270 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.016 0.016 0.076 0.093 0.058 0.132 0.001 17 R 0.035 0.045 0.188 0.105 0.295 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.002 0.033 0.021 0.038 0.043 0.047 0.096 0.004 18 V 0.070 0.085 0.075 0.064 0.486 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.008 0.009 0.020 0.008 0.041 0.027 0.015 0.011 0.026 0.025 0.008 19 A 0.094 0.109 0.163 0.215 0.117 0.002 0.010 0.017 0.001 0.001 0.013 0.014 0.036 0.014 0.108 0.013 0.011 0.007 0.020 0.021 0.015 20 I 0.089 0.114 0.059 0.081 0.426 0.003 0.013 0.020 0.001 0.001 0.015 0.014 0.038 0.011 0.027 0.027 0.015 0.008 0.015 0.012 0.011 21 E 0.114 0.123 0.122 0.200 0.120 0.003 0.027 0.027 0.003 0.002 0.009 0.009 0.021 0.013 0.091 0.013 0.024 0.019 0.030 0.024 0.007 22 K 0.056 0.043 0.100 0.150 0.278 0.003 0.060 0.010 0.002 0.003 0.006 0.006 0.011 0.007 0.049 0.025 0.082 0.023 0.027 0.058 0.002 23 D 0.025 0.039 0.085 0.140 0.090 0.002 0.244 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.048 0.017 0.074 0.052 0.042 0.124 0.002 24 G 0.038 0.053 0.046 0.031 0.247 0.002 0.126 0.010 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.003 0.023 0.044 0.087 0.160 0.043 0.067 0.003 25 N 0.082 0.082 0.289 0.109 0.127 0.003 0.027 0.028 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.006 0.085 0.015 0.035 0.020 0.024 0.040 0.006 26 A 0.084 0.142 0.044 0.055 0.431 0.003 0.022 0.035 0.002 0.001 0.011 0.011 0.029 0.017 0.030 0.028 0.014 0.009 0.013 0.009 0.009 27 I 0.129 0.160 0.082 0.132 0.099 0.003 0.015 0.057 0.004 0.001 0.017 0.016 0.051 0.035 0.137 0.014 0.010 0.007 0.012 0.007 0.012 28 I 0.128 0.156 0.062 0.124 0.134 0.004 0.018 0.076 0.009 0.001 0.022 0.023 0.074 0.042 0.049 0.021 0.015 0.009 0.010 0.013 0.009 29 F 0.220 0.204 0.037 0.063 0.197 0.003 0.022 0.063 0.006 0.001 0.010 0.009 0.026 0.023 0.031 0.022 0.018 0.014 0.014 0.011 0.004 30 L 0.086 0.110 0.070 0.096 0.122 0.008 0.041 0.155 0.005 0.003 0.007 0.006 0.020 0.013 0.102 0.013 0.074 0.022 0.019 0.026 0.003 31 E 0.052 0.056 0.064 0.090 0.126 0.015 0.093 0.168 0.004 0.003 0.004 0.003 0.008 0.006 0.036 0.017 0.117 0.044 0.040 0.053 0.001 32 K 0.035 0.038 0.043 0.060 0.153 0.009 0.099 0.128 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.030 0.011 0.146 0.064 0.081 0.086 0.001 33 D 0.031 0.023 0.047 0.068 0.109 0.008 0.063 0.153 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.005 0.159 0.063 0.095 0.146 0.001 34 E 0.009 0.009 0.037 0.054 0.099 0.015 0.108 0.100 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.451 0.025 0.030 0.042 0.001 35 E 0.006 0.008 0.033 0.037 0.058 0.016 0.501 0.070 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 0.111 0.064 0.036 0.036 0.001 36 Y 0.009 0.007 0.095 0.064 0.095 0.005 0.081 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.008 0.066 0.156 0.205 0.166 0.001 37 S 0.004 0.005 0.062 0.054 0.095 0.001 0.041 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.236 0.061 0.111 0.297 0.001 38 G 0.007 0.007 0.075 0.036 0.079 0.002 0.257 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.021 0.006 0.260 0.046 0.041 0.148 0.001 39 N 0.006 0.009 0.097 0.091 0.067 0.001 0.302 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.014 0.174 0.036 0.048 0.122 0.002 40 G 0.023 0.042 0.070 0.029 0.335 0.001 0.179 0.006 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.005 0.026 0.033 0.066 0.095 0.025 0.035 0.006 41 K 0.129 0.119 0.249 0.090 0.149 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.013 0.018 0.033 0.023 0.064 0.016 0.010 0.015 0.014 0.018 0.010 42 L 0.190 0.207 0.024 0.038 0.361 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.013 0.019 0.042 0.025 0.026 0.018 0.004 0.003 0.004 0.003 0.013 43 L 0.227 0.317 0.047 0.092 0.054 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.020 0.017 0.049 0.031 0.105 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 44 Y 0.250 0.317 0.027 0.056 0.066 0.001 0.005 0.009 0.002 0.001 0.028 0.025 0.074 0.050 0.044 0.021 0.003 0.001 0.002 0.002 0.016 45 Q 0.277 0.263 0.026 0.041 0.063 0.002 0.008 0.015 0.003 0.001 0.023 0.023 0.060 0.096 0.050 0.021 0.005 0.006 0.004 0.002 0.012 46 V 0.235 0.238 0.029 0.038 0.100 0.002 0.010 0.021 0.004 0.001 0.019 0.019 0.053 0.099 0.055 0.037 0.009 0.010 0.007 0.005 0.009 47 I 0.173 0.188 0.041 0.044 0.127 0.004 0.010 0.047 0.006 0.001 0.013 0.013 0.041 0.051 0.115 0.034 0.029 0.017 0.023 0.018 0.006 48 Y 0.115 0.089 0.039 0.068 0.101 0.006 0.024 0.100 0.008 0.001 0.010 0.010 0.027 0.038 0.084 0.027 0.156 0.024 0.039 0.031 0.002 49 D 0.054 0.045 0.030 0.038 0.085 0.020 0.068 0.239 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.016 0.066 0.015 0.142 0.049 0.051 0.058 0.001 50 D 0.012 0.013 0.013 0.021 0.042 0.013 0.082 0.332 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.010 0.211 0.043 0.077 0.093 0.001 51 L 0.002 0.003 0.009 0.013 0.014 0.004 0.048 0.234 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.006 0.597 0.014 0.015 0.020 0.001 52 A 0.006 0.005 0.007 0.008 0.013 0.012 0.244 0.498 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.139 0.015 0.018 0.016 0.001 53 K 0.011 0.010 0.014 0.017 0.021 0.029 0.192 0.470 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.104 0.064 0.023 0.020 0.001 54 Y 0.009 0.012 0.012 0.016 0.048 0.016 0.146 0.431 0.010 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.011 0.140 0.053 0.047 0.026 0.001 55 M 0.011 0.015 0.054 0.033 0.029 0.014 0.086 0.404 0.015 0.003 0.003 0.002 0.007 0.004 0.035 0.007 0.131 0.039 0.051 0.057 0.002 56 S 0.017 0.022 0.028 0.033 0.109 0.013 0.102 0.269 0.043 0.005 0.004 0.003 0.009 0.006 0.011 0.021 0.102 0.038 0.065 0.099 0.002 57 L 0.008 0.010 0.022 0.030 0.049 0.009 0.091 0.203 0.023 0.005 0.003 0.002 0.007 0.006 0.035 0.010 0.349 0.031 0.047 0.057 0.002 58 D 0.008 0.009 0.032 0.036 0.035 0.019 0.254 0.252 0.007 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.023 0.009 0.162 0.045 0.041 0.048 0.001 59 T 0.014 0.014 0.037 0.039 0.087 0.024 0.271 0.122 0.004 0.004 0.003 0.003 0.004 0.006 0.023 0.020 0.121 0.094 0.063 0.045 0.001 60 L 0.029 0.030 0.059 0.059 0.115 0.007 0.082 0.063 0.005 0.004 0.003 0.003 0.006 0.008 0.042 0.032 0.089 0.114 0.144 0.101 0.003 61 K 0.046 0.038 0.108 0.105 0.115 0.005 0.038 0.029 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.007 0.060 0.027 0.123 0.037 0.109 0.131 0.005 62 K 0.038 0.073 0.050 0.071 0.197 0.007 0.111 0.036 0.004 0.002 0.008 0.007 0.018 0.024 0.054 0.060 0.111 0.026 0.034 0.052 0.018 63 D 0.058 0.100 0.056 0.059 0.127 0.007 0.100 0.035 0.005 0.001 0.018 0.018 0.035 0.066 0.127 0.053 0.025 0.024 0.035 0.023 0.030 64 V 0.111 0.167 0.076 0.072 0.101 0.002 0.009 0.018 0.004 0.001 0.024 0.017 0.046 0.120 0.070 0.091 0.007 0.007 0.013 0.008 0.039 65 L 0.176 0.138 0.037 0.043 0.177 0.002 0.005 0.008 0.003 0.001 0.017 0.025 0.053 0.104 0.086 0.056 0.004 0.003 0.005 0.002 0.051 66 I 0.109 0.201 0.101 0.147 0.041 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.034 0.024 0.070 0.112 0.081 0.027 0.003 0.004 0.006 0.003 0.022 67 Q 0.128 0.157 0.031 0.028 0.315 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.060 0.047 0.038 0.048 0.007 0.017 0.016 0.014 0.030 68 Y 0.097 0.063 0.113 0.123 0.068 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.013 0.024 0.073 0.025 0.012 0.028 0.106 0.229 0.005 69 P 0.006 0.004 0.016 0.033 0.234 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.045 0.417 0.013 0.036 0.157 0.001 70 D 0.003 0.009 0.054 0.031 0.026 0.002 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.073 0.005 0.099 0.031 0.019 0.069 0.001 71 K 0.006 0.006 0.048 0.039 0.089 0.001 0.320 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.020 0.166 0.104 0.075 0.104 0.001 72 H 0.027 0.031 0.195 0.077 0.205 0.002 0.119 0.013 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.003 0.030 0.013 0.084 0.070 0.027 0.086 0.003 73 T 0.102 0.117 0.100 0.102 0.375 0.002 0.039 0.009 0.001 0.001 0.005 0.008 0.017 0.004 0.019 0.013 0.021 0.018 0.021 0.022 0.005 74 L 0.207 0.295 0.058 0.087 0.204 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.008 0.008 0.027 0.005 0.039 0.007 0.008 0.005 0.007 0.007 0.008 75 T 0.290 0.224 0.080 0.131 0.104 0.002 0.006 0.023 0.001 0.001 0.012 0.012 0.032 0.011 0.039 0.006 0.008 0.003 0.005 0.005 0.007 76 Y 0.172 0.271 0.043 0.082 0.218 0.003 0.015 0.035 0.001 0.001 0.015 0.011 0.036 0.017 0.026 0.019 0.010 0.006 0.007 0.004 0.007 77 L 0.164 0.220 0.069 0.096 0.143 0.003 0.021 0.051 0.003 0.002 0.009 0.009 0.028 0.015 0.077 0.015 0.014 0.018 0.019 0.012 0.010 78 K 0.127 0.095 0.117 0.167 0.184 0.003 0.021 0.018 0.011 0.005 0.009 0.007 0.020 0.012 0.048 0.015 0.050 0.020 0.028 0.039 0.003 79 A 0.037 0.039 0.055 0.090 0.184 0.005 0.194 0.011 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.005 0.036 0.017 0.158 0.031 0.033 0.088 0.002 80 G 0.012 0.019 0.051 0.045 0.095 0.004 0.248 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.038 0.013 0.088 0.217 0.054 0.097 0.001 81 T 0.011 0.011 0.088 0.051 0.125 0.002 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.029 0.085 0.093 0.175 0.263 0.001 82 K 0.009 0.009 0.081 0.072 0.201 0.003 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 0.019 0.204 0.041 0.084 0.187 0.001