# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.011 0.518 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.008 0.160 0.019 0.233 0.023 2 K 0.012 0.008 0.634 0.005 0.008 0.001 0.005 0.001 0.012 0.093 0.041 0.011 0.170 3 I 0.008 0.007 0.608 0.012 0.007 0.001 0.002 0.001 0.020 0.134 0.018 0.117 0.064 4 P 0.017 0.004 0.743 0.017 0.006 0.001 0.009 0.001 0.042 0.042 0.013 0.025 0.081 5 K 0.066 0.005 0.187 0.032 0.014 0.003 0.034 0.016 0.132 0.097 0.023 0.252 0.138 6 I 0.153 0.005 0.069 0.008 0.004 0.001 0.135 0.064 0.159 0.013 0.004 0.077 0.308 7 Y 0.299 0.005 0.015 0.032 0.001 0.001 0.127 0.108 0.075 0.004 0.001 0.276 0.056 8 V 0.164 0.004 0.044 0.014 0.003 0.003 0.107 0.078 0.224 0.005 0.004 0.102 0.250 9 E 0.203 0.005 0.088 0.087 0.005 0.004 0.056 0.028 0.115 0.026 0.033 0.143 0.208 10 G 0.055 0.012 0.183 0.074 0.010 0.005 0.013 0.007 0.093 0.153 0.062 0.254 0.080 11 E 0.034 0.018 0.328 0.005 0.015 0.005 0.007 0.002 0.048 0.143 0.063 0.097 0.236 12 L 0.027 0.152 0.286 0.015 0.027 0.005 0.003 0.001 0.014 0.146 0.090 0.100 0.134 13 N 0.006 0.019 0.567 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.006 0.156 0.084 0.063 0.070 14 D 0.002 0.005 0.076 0.023 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.131 0.684 0.012 0.032 15 G 0.001 0.003 0.090 0.008 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.744 0.009 0.007 16 D 0.007 0.012 0.503 0.009 0.014 0.005 0.001 0.001 0.004 0.267 0.080 0.035 0.061 17 R 0.037 0.048 0.378 0.010 0.010 0.007 0.004 0.001 0.014 0.094 0.025 0.170 0.204 18 V 0.139 0.032 0.089 0.011 0.008 0.006 0.015 0.001 0.014 0.013 0.006 0.141 0.526 19 A 0.237 0.022 0.046 0.058 0.006 0.007 0.016 0.003 0.009 0.008 0.004 0.410 0.174 20 I 0.218 0.012 0.045 0.012 0.017 0.016 0.009 0.003 0.010 0.007 0.011 0.137 0.503 21 E 0.157 0.012 0.088 0.040 0.051 0.044 0.008 0.002 0.013 0.026 0.118 0.158 0.282 22 K 0.071 0.006 0.077 0.065 0.042 0.024 0.004 0.001 0.007 0.096 0.369 0.107 0.131 23 D 0.011 0.002 0.049 0.046 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.143 0.682 0.030 0.018 24 G 0.019 0.007 0.203 0.024 0.005 0.004 0.003 0.001 0.008 0.195 0.458 0.033 0.041 25 N 0.163 0.022 0.283 0.015 0.005 0.004 0.018 0.003 0.023 0.068 0.015 0.180 0.202 26 A 0.361 0.016 0.031 0.014 0.003 0.002 0.048 0.009 0.033 0.009 0.002 0.125 0.346 27 I 0.458 0.005 0.018 0.039 0.001 0.003 0.084 0.024 0.027 0.004 0.002 0.175 0.160 28 I 0.358 0.005 0.038 0.043 0.003 0.006 0.060 0.019 0.033 0.005 0.002 0.188 0.240 29 F 0.156 0.006 0.143 0.018 0.014 0.032 0.028 0.012 0.068 0.019 0.016 0.147 0.340 30 L 0.076 0.012 0.226 0.034 0.032 0.096 0.008 0.002 0.039 0.074 0.067 0.128 0.206 31 E 0.024 0.017 0.264 0.011 0.070 0.141 0.003 0.001 0.015 0.138 0.090 0.105 0.120 32 K 0.010 0.020 0.239 0.008 0.114 0.179 0.001 0.001 0.008 0.124 0.156 0.039 0.102 33 D 0.008 0.015 0.261 0.013 0.133 0.215 0.001 0.001 0.005 0.121 0.110 0.054 0.064 34 E 0.006 0.010 0.135 0.005 0.177 0.335 0.001 0.001 0.004 0.082 0.138 0.041 0.066 35 E 0.015 0.023 0.174 0.006 0.123 0.268 0.001 0.001 0.006 0.065 0.186 0.035 0.096 36 Y 0.017 0.034 0.270 0.005 0.078 0.163 0.001 0.001 0.008 0.117 0.135 0.089 0.084 37 S 0.008 0.014 0.282 0.007 0.038 0.075 0.001 0.001 0.006 0.100 0.398 0.016 0.054 38 G 0.005 0.006 0.143 0.010 0.026 0.047 0.001 0.001 0.003 0.139 0.577 0.022 0.020 39 N 0.006 0.005 0.177 0.018 0.016 0.018 0.001 0.001 0.005 0.150 0.564 0.016 0.023 40 G 0.030 0.011 0.183 0.036 0.009 0.014 0.003 0.001 0.011 0.236 0.332 0.067 0.067 41 K 0.152 0.021 0.207 0.018 0.005 0.005 0.015 0.005 0.035 0.048 0.011 0.143 0.335 42 L 0.447 0.008 0.037 0.026 0.002 0.001 0.043 0.008 0.036 0.007 0.002 0.149 0.232 43 L 0.493 0.002 0.017 0.067 0.002 0.002 0.065 0.036 0.064 0.004 0.003 0.114 0.132 44 Y 0.692 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 0.075 0.020 0.015 0.001 0.001 0.068 0.092 45 Q 0.628 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.068 0.026 0.032 0.002 0.001 0.135 0.080 46 V 0.614 0.001 0.011 0.008 0.001 0.003 0.054 0.015 0.021 0.002 0.002 0.053 0.214 47 I 0.434 0.004 0.047 0.033 0.003 0.011 0.040 0.021 0.057 0.012 0.008 0.235 0.095 48 Y 0.154 0.008 0.134 0.012 0.023 0.094 0.033 0.017 0.070 0.040 0.055 0.051 0.308 49 D 0.068 0.021 0.182 0.029 0.025 0.189 0.012 0.007 0.027 0.141 0.079 0.150 0.070 50 D 0.026 0.017 0.287 0.009 0.047 0.226 0.004 0.001 0.012 0.106 0.094 0.048 0.124 51 L 0.005 0.004 0.075 0.005 0.108 0.624 0.001 0.001 0.003 0.037 0.091 0.010 0.037 52 A 0.002 0.002 0.025 0.005 0.170 0.699 0.001 0.001 0.002 0.020 0.064 0.004 0.007 53 K 0.003 0.001 0.018 0.002 0.111 0.754 0.001 0.001 0.003 0.020 0.070 0.008 0.008 54 Y 0.012 0.003 0.028 0.002 0.042 0.778 0.002 0.002 0.008 0.014 0.066 0.013 0.031 55 M 0.069 0.023 0.052 0.008 0.032 0.593 0.007 0.005 0.009 0.023 0.076 0.061 0.042 56 S 0.058 0.015 0.154 0.013 0.041 0.433 0.005 0.003 0.010 0.033 0.117 0.028 0.089 57 L 0.012 0.003 0.097 0.009 0.078 0.583 0.001 0.001 0.003 0.037 0.132 0.015 0.029 58 D 0.007 0.003 0.091 0.011 0.139 0.399 0.001 0.001 0.004 0.062 0.257 0.011 0.014 59 T 0.017 0.013 0.161 0.008 0.138 0.221 0.003 0.002 0.009 0.108 0.238 0.041 0.042 60 L 0.031 0.026 0.349 0.009 0.078 0.106 0.005 0.005 0.022 0.112 0.087 0.044 0.129 61 K 0.029 0.023 0.468 0.032 0.056 0.043 0.005 0.004 0.034 0.119 0.038 0.062 0.085 62 K 0.019 0.006 0.291 0.052 0.061 0.039 0.006 0.005 0.045 0.222 0.133 0.050 0.070 63 D 0.042 0.004 0.274 0.047 0.031 0.021 0.023 0.021 0.129 0.146 0.097 0.036 0.128 64 V 0.161 0.007 0.110 0.029 0.014 0.007 0.095 0.081 0.156 0.033 0.009 0.238 0.061 65 L 0.221 0.005 0.018 0.015 0.005 0.005 0.148 0.215 0.166 0.007 0.004 0.035 0.156 66 I 0.265 0.007 0.019 0.016 0.002 0.002 0.146 0.248 0.100 0.005 0.003 0.135 0.051 67 Q 0.153 0.026 0.116 0.027 0.007 0.006 0.065 0.098 0.220 0.022 0.017 0.035 0.209 68 Y 0.009 0.008 0.573 0.005 0.005 0.003 0.004 0.006 0.074 0.130 0.033 0.103 0.048 69 P 0.002 0.008 0.224 0.016 0.013 0.004 0.001 0.001 0.010 0.174 0.504 0.008 0.035 70 D 0.001 0.003 0.071 0.011 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.255 0.624 0.012 0.004 71 K 0.004 0.013 0.185 0.020 0.034 0.008 0.001 0.001 0.004 0.357 0.323 0.015 0.035 72 H 0.034 0.032 0.295 0.018 0.026 0.008 0.007 0.001 0.014 0.232 0.081 0.148 0.103 73 T 0.156 0.030 0.143 0.023 0.016 0.009 0.030 0.012 0.054 0.040 0.013 0.070 0.404 74 L 0.346 0.008 0.073 0.080 0.003 0.006 0.050 0.016 0.028 0.014 0.003 0.243 0.130 75 T 0.534 0.003 0.014 0.027 0.003 0.005 0.071 0.012 0.018 0.003 0.002 0.137 0.171 76 Y 0.483 0.002 0.010 0.010 0.005 0.012 0.082 0.025 0.029 0.002 0.004 0.073 0.261 77 L 0.434 0.007 0.032 0.059 0.011 0.029 0.036 0.026 0.048 0.007 0.014 0.169 0.127 78 K 0.135 0.008 0.183 0.027 0.047 0.083 0.020 0.010 0.062 0.052 0.075 0.096 0.203 79 A 0.026 0.013 0.147 0.016 0.069 0.056 0.007 0.002 0.021 0.114 0.436 0.031 0.061 80 G 0.005 0.016 0.297 0.006 0.017 0.024 0.002 0.001 0.009 0.222 0.365 0.022 0.015 81 T 0.001 0.017 0.562 0.001 0.010 0.012 0.001 0.001 0.004 0.321 0.042 0.012 0.016 82 K 0.001 0.023 0.576 0.002 0.040 0.033 0.001 0.001 0.004 0.222 0.073 0.011 0.015