# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.013 0.276 0.490 0.001 0.018 0.004 0.005 0.007 0.002 0.004 0.005 0.010 0.001 0.007 0.008 2 K 0.016 0.050 0.456 0.447 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 3 I 0.014 0.003 0.027 0.917 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 P 0.001 0.090 0.030 0.779 0.004 0.084 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.001 0.029 0.004 0.938 0.002 0.011 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.006 0.008 0.036 0.923 0.003 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 7 Y 0.005 0.015 0.062 0.762 0.081 0.055 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.012 0.007 0.412 0.486 0.035 0.014 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 9 E 0.004 0.065 0.016 0.452 0.017 0.071 0.005 0.313 0.013 0.005 0.009 0.006 0.005 0.001 0.017 0.002 10 G 0.008 0.028 0.015 0.220 0.023 0.061 0.003 0.020 0.200 0.294 0.066 0.016 0.013 0.001 0.002 0.030 11 E 0.230 0.085 0.040 0.291 0.031 0.077 0.008 0.022 0.022 0.009 0.042 0.102 0.019 0.010 0.004 0.009 12 L 0.030 0.116 0.159 0.176 0.061 0.119 0.021 0.031 0.015 0.006 0.127 0.045 0.047 0.003 0.025 0.019 13 N 0.006 0.034 0.035 0.032 0.520 0.045 0.120 0.017 0.004 0.009 0.022 0.033 0.013 0.103 0.002 0.007 14 D 0.015 0.029 0.017 0.029 0.010 0.040 0.012 0.541 0.008 0.003 0.038 0.010 0.012 0.004 0.229 0.004 15 G 0.008 0.071 0.026 0.033 0.002 0.020 0.007 0.012 0.424 0.104 0.035 0.026 0.015 0.002 0.011 0.205 16 D 0.771 0.039 0.061 0.069 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.014 0.007 0.001 0.003 0.015 17 R 0.025 0.011 0.821 0.106 0.001 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 18 V 0.012 0.029 0.271 0.634 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.020 0.034 0.881 0.007 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 20 I 0.002 0.062 0.018 0.801 0.035 0.051 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 21 E 0.003 0.019 0.018 0.207 0.278 0.340 0.019 0.038 0.004 0.002 0.041 0.008 0.019 0.003 0.001 0.001 22 K 0.003 0.050 0.011 0.050 0.297 0.049 0.037 0.157 0.007 0.011 0.242 0.029 0.010 0.041 0.006 0.002 23 D 0.008 0.108 0.013 0.061 0.007 0.020 0.005 0.308 0.130 0.021 0.020 0.063 0.011 0.003 0.207 0.015 24 G 0.070 0.028 0.095 0.070 0.001 0.036 0.006 0.004 0.211 0.072 0.018 0.020 0.045 0.001 0.012 0.310 25 N 0.517 0.102 0.249 0.073 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.006 0.012 0.001 0.001 0.021 26 A 0.024 0.019 0.474 0.442 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 27 I 0.002 0.022 0.258 0.645 0.009 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 28 I 0.001 0.015 0.010 0.928 0.004 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 29 F 0.002 0.037 0.016 0.721 0.016 0.148 0.002 0.004 0.003 0.002 0.015 0.009 0.020 0.001 0.001 0.003 30 L 0.011 0.116 0.041 0.553 0.017 0.120 0.005 0.018 0.005 0.002 0.040 0.025 0.040 0.001 0.002 0.005 31 E 0.007 0.107 0.061 0.343 0.032 0.245 0.017 0.015 0.009 0.006 0.043 0.042 0.053 0.007 0.003 0.009 32 K 0.017 0.123 0.081 0.183 0.005 0.152 0.005 0.040 0.007 0.005 0.136 0.071 0.133 0.003 0.021 0.016 33 D 0.010 0.087 0.036 0.077 0.006 0.261 0.008 0.005 0.026 0.008 0.070 0.130 0.230 0.009 0.008 0.029 34 E 0.054 0.070 0.060 0.105 0.003 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.316 0.078 0.232 0.008 0.015 0.015 35 E 0.015 0.190 0.184 0.149 0.009 0.026 0.022 0.007 0.009 0.002 0.013 0.144 0.152 0.010 0.018 0.052 36 Y 0.007 0.004 0.079 0.052 0.186 0.016 0.445 0.004 0.001 0.002 0.009 0.003 0.075 0.106 0.003 0.008 37 S 0.013 0.025 0.065 0.039 0.077 0.055 0.042 0.427 0.005 0.002 0.025 0.009 0.070 0.006 0.132 0.008 38 G 0.003 0.006 0.003 0.010 0.239 0.029 0.090 0.027 0.043 0.209 0.109 0.015 0.013 0.178 0.003 0.023 39 N 0.049 0.041 0.010 0.010 0.002 0.006 0.002 0.340 0.019 0.004 0.013 0.026 0.007 0.002 0.465 0.005 40 G 0.014 0.020 0.080 0.022 0.001 0.005 0.002 0.001 0.378 0.055 0.005 0.010 0.012 0.001 0.005 0.389 41 K 0.683 0.009 0.259 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 42 L 0.012 0.012 0.625 0.204 0.002 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 43 L 0.001 0.438 0.030 0.520 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 Y 0.001 0.006 0.005 0.985 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.002 0.002 0.260 0.731 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 V 0.001 0.001 0.025 0.890 0.042 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.056 0.002 0.707 0.026 0.195 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 48 Y 0.001 0.067 0.002 0.230 0.025 0.482 0.002 0.022 0.004 0.005 0.131 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 49 D 0.004 0.239 0.015 0.119 0.003 0.082 0.001 0.027 0.009 0.008 0.182 0.250 0.054 0.001 0.002 0.005 50 D 0.001 0.010 0.002 0.009 0.002 0.502 0.001 0.001 0.003 0.002 0.101 0.181 0.179 0.001 0.001 0.003 51 L 0.001 0.011 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.647 0.093 0.231 0.003 0.002 0.002 52 A 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.385 0.578 0.004 0.008 0.002 53 K 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.002 0.051 54 Y 0.019 0.008 0.077 0.017 0.002 0.006 0.064 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.655 0.028 0.003 0.112 55 M 0.018 0.019 0.480 0.057 0.003 0.012 0.033 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.312 0.003 0.028 0.018 56 S 0.002 0.019 0.052 0.035 0.079 0.306 0.053 0.008 0.002 0.009 0.009 0.021 0.170 0.203 0.003 0.029 57 L 0.017 0.026 0.011 0.024 0.004 0.036 0.003 0.071 0.002 0.001 0.467 0.014 0.129 0.010 0.177 0.009 58 D 0.007 0.123 0.018 0.017 0.001 0.016 0.003 0.003 0.045 0.008 0.041 0.409 0.116 0.005 0.013 0.174 59 T 0.277 0.063 0.236 0.049 0.001 0.004 0.023 0.001 0.004 0.001 0.013 0.012 0.116 0.002 0.010 0.186 60 L 0.019 0.005 0.654 0.036 0.003 0.158 0.031 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.064 0.004 0.003 0.006 61 K 0.009 0.586 0.128 0.143 0.004 0.036 0.008 0.012 0.005 0.001 0.019 0.003 0.024 0.002 0.006 0.017 62 K 0.028 0.038 0.020 0.814 0.001 0.030 0.002 0.002 0.009 0.002 0.006 0.034 0.007 0.001 0.001 0.005 63 D 0.030 0.113 0.550 0.258 0.001 0.021 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.009 64 V 0.008 0.006 0.052 0.922 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.002 0.016 0.181 0.778 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.001 0.005 0.008 0.977 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.029 0.024 0.926 0.003 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.006 0.007 0.153 0.131 0.686 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.002 0.132 0.006 0.067 0.183 0.167 0.004 0.102 0.002 0.002 0.320 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 70 D 0.002 0.155 0.002 0.036 0.022 0.138 0.003 0.211 0.045 0.023 0.130 0.200 0.003 0.004 0.024 0.002 71 K 0.039 0.166 0.090 0.041 0.003 0.013 0.006 0.026 0.185 0.024 0.083 0.077 0.024 0.002 0.069 0.153 72 H 0.278 0.065 0.338 0.086 0.001 0.020 0.006 0.003 0.022 0.006 0.007 0.028 0.029 0.001 0.006 0.104 73 T 0.087 0.037 0.674 0.099 0.001 0.057 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.017 0.001 0.001 0.011 74 L 0.015 0.056 0.262 0.443 0.007 0.138 0.003 0.003 0.001 0.001 0.027 0.013 0.027 0.001 0.001 0.002 75 T 0.003 0.134 0.045 0.728 0.002 0.036 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 0.017 0.018 0.001 0.001 0.002 76 Y 0.004 0.019 0.030 0.857 0.005 0.031 0.003 0.001 0.003 0.001 0.008 0.005 0.028 0.001 0.001 0.004 77 L 0.013 0.036 0.190 0.557 0.038 0.053 0.008 0.008 0.002 0.001 0.015 0.013 0.058 0.001 0.003 0.003 78 K 0.002 0.013 0.023 0.272 0.453 0.060 0.059 0.015 0.002 0.003 0.010 0.006 0.022 0.058 0.001 0.001 79 A 0.008 0.087 0.021 0.285 0.010 0.036 0.006 0.399 0.012 0.003 0.018 0.007 0.018 0.002 0.082 0.005 80 G 0.008 0.033 0.024 0.136 0.030 0.055 0.017 0.008 0.251 0.233 0.029 0.023 0.024 0.005 0.003 0.120 81 T 0.431 0.036 0.045 0.077 0.051 0.102 0.030 0.031 0.007 0.005 0.063 0.050 0.042 0.016 0.009 0.005 82 K 0.013 0.119 0.101 0.093 0.047 0.077 0.031 0.086 0.018 0.016 0.227 0.062 0.047 0.017 0.032 0.014