# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.014 0.118 0.122 0.148 0.001 0.001 0.013 0.579 2 K 0.006 0.001 0.001 0.028 0.042 0.104 0.093 0.001 0.001 0.014 0.711 3 I 0.006 0.001 0.001 0.015 0.090 0.096 0.147 0.001 0.001 0.017 0.628 4 P 0.006 0.002 0.001 0.123 0.136 0.227 0.098 0.001 0.001 0.034 0.374 5 K 0.002 0.002 0.001 0.105 0.113 0.295 0.083 0.001 0.001 0.029 0.371 6 I 0.001 0.002 0.001 0.364 0.142 0.222 0.048 0.001 0.001 0.027 0.194 7 Y 0.002 0.003 0.001 0.429 0.140 0.210 0.024 0.001 0.001 0.038 0.153 8 V 0.016 0.010 0.001 0.347 0.166 0.184 0.039 0.002 0.001 0.047 0.188 9 E 0.025 0.010 0.002 0.127 0.171 0.191 0.052 0.002 0.001 0.104 0.316 10 G 0.026 0.016 0.002 0.125 0.133 0.167 0.071 0.003 0.001 0.055 0.401 11 E 0.111 0.014 0.012 0.043 0.123 0.139 0.069 0.007 0.003 0.097 0.384 12 L 0.074 0.005 0.007 0.019 0.094 0.116 0.117 0.006 0.002 0.058 0.500 13 N 0.280 0.012 0.004 0.009 0.033 0.046 0.052 0.004 0.001 0.047 0.513 14 D 0.104 0.011 0.001 0.007 0.020 0.027 0.083 0.003 0.001 0.029 0.714 15 G 0.011 0.020 0.002 0.010 0.037 0.052 0.111 0.001 0.001 0.028 0.727 16 D 0.011 0.037 0.001 0.014 0.153 0.195 0.073 0.002 0.001 0.028 0.488 17 R 0.015 0.051 0.001 0.029 0.215 0.298 0.054 0.001 0.001 0.055 0.282 18 V 0.010 0.040 0.001 0.033 0.216 0.326 0.039 0.001 0.001 0.051 0.284 19 A 0.010 0.014 0.003 0.037 0.267 0.427 0.030 0.001 0.001 0.061 0.149 20 I 0.082 0.011 0.007 0.042 0.198 0.258 0.049 0.003 0.002 0.080 0.268 21 E 0.232 0.008 0.003 0.019 0.125 0.132 0.053 0.002 0.001 0.073 0.352 22 K 0.102 0.019 0.002 0.025 0.034 0.059 0.089 0.003 0.001 0.029 0.637 23 D 0.015 0.017 0.003 0.021 0.049 0.091 0.097 0.002 0.001 0.020 0.685 24 G 0.009 0.016 0.001 0.029 0.121 0.162 0.077 0.001 0.001 0.023 0.560 25 N 0.005 0.021 0.001 0.067 0.374 0.353 0.022 0.001 0.001 0.021 0.134 26 A 0.008 0.041 0.001 0.100 0.218 0.370 0.027 0.002 0.001 0.030 0.202 27 I 0.009 0.018 0.001 0.101 0.341 0.336 0.028 0.001 0.001 0.034 0.132 28 I 0.011 0.024 0.001 0.186 0.260 0.355 0.017 0.001 0.001 0.027 0.119 29 F 0.021 0.033 0.002 0.145 0.197 0.256 0.046 0.003 0.001 0.052 0.244 30 L 0.041 0.030 0.004 0.080 0.200 0.194 0.081 0.005 0.001 0.073 0.291 31 E 0.083 0.093 0.004 0.047 0.108 0.140 0.066 0.006 0.001 0.059 0.392 32 K 0.097 0.142 0.004 0.017 0.045 0.073 0.069 0.012 0.001 0.048 0.491 33 D 0.201 0.054 0.009 0.009 0.035 0.057 0.090 0.012 0.004 0.150 0.380 34 E 0.100 0.033 0.010 0.021 0.068 0.101 0.099 0.006 0.003 0.098 0.461 35 E 0.048 0.011 0.010 0.012 0.048 0.091 0.086 0.004 0.003 0.094 0.594 36 Y 0.093 0.004 0.013 0.012 0.054 0.086 0.123 0.003 0.003 0.094 0.516 37 S 0.213 0.005 0.002 0.005 0.016 0.025 0.076 0.002 0.001 0.059 0.597 38 G 0.078 0.006 0.001 0.009 0.013 0.021 0.114 0.002 0.001 0.029 0.726 39 N 0.003 0.004 0.001 0.011 0.020 0.031 0.122 0.001 0.001 0.019 0.789 40 G 0.009 0.008 0.002 0.039 0.212 0.155 0.079 0.001 0.001 0.050 0.445 41 K 0.005 0.009 0.001 0.118 0.294 0.330 0.030 0.001 0.001 0.096 0.116 42 L 0.005 0.012 0.001 0.164 0.198 0.312 0.030 0.001 0.001 0.071 0.203 43 L 0.002 0.005 0.001 0.098 0.282 0.488 0.019 0.001 0.001 0.027 0.077 44 Y 0.002 0.006 0.001 0.158 0.208 0.476 0.019 0.001 0.001 0.018 0.112 45 Q 0.003 0.006 0.001 0.118 0.284 0.451 0.024 0.001 0.001 0.037 0.075 46 V 0.003 0.011 0.002 0.243 0.258 0.239 0.047 0.001 0.001 0.048 0.149 47 I 0.031 0.084 0.003 0.161 0.234 0.195 0.043 0.006 0.001 0.060 0.183 48 Y 0.159 0.289 0.004 0.070 0.053 0.045 0.044 0.012 0.001 0.083 0.239 49 D 0.052 0.416 0.009 0.020 0.025 0.032 0.059 0.010 0.002 0.085 0.292 50 D 0.077 0.664 0.005 0.008 0.009 0.025 0.026 0.012 0.001 0.037 0.136 51 L 0.116 0.646 0.004 0.004 0.008 0.017 0.025 0.019 0.002 0.032 0.127 52 A 0.081 0.247 0.017 0.008 0.027 0.044 0.049 0.010 0.004 0.289 0.223 53 K 0.071 0.345 0.007 0.023 0.038 0.082 0.047 0.008 0.002 0.119 0.258 54 Y 0.097 0.195 0.009 0.017 0.031 0.042 0.076 0.011 0.003 0.135 0.384 55 M 0.014 0.041 0.015 0.026 0.089 0.097 0.126 0.005 0.003 0.175 0.409 56 S 0.109 0.275 0.006 0.013 0.023 0.038 0.059 0.006 0.002 0.073 0.395 57 L 0.174 0.292 0.003 0.008 0.010 0.009 0.065 0.011 0.001 0.046 0.381 58 D 0.072 0.175 0.010 0.009 0.012 0.021 0.124 0.008 0.004 0.103 0.462 59 T 0.070 0.098 0.020 0.023 0.018 0.042 0.114 0.005 0.004 0.139 0.467 60 L 0.069 0.079 0.007 0.035 0.022 0.042 0.111 0.006 0.001 0.080 0.546 61 K 0.268 0.102 0.004 0.017 0.020 0.043 0.094 0.008 0.001 0.062 0.381 62 K 0.019 0.042 0.003 0.036 0.031 0.099 0.119 0.002 0.001 0.080 0.568 63 D 0.011 0.020 0.003 0.089 0.059 0.188 0.098 0.001 0.001 0.090 0.441 64 V 0.011 0.007 0.001 0.228 0.250 0.286 0.048 0.001 0.001 0.042 0.125 65 L 0.010 0.003 0.001 0.190 0.158 0.205 0.050 0.001 0.001 0.075 0.307 66 I 0.003 0.001 0.001 0.192 0.296 0.289 0.043 0.001 0.001 0.037 0.138 67 Q 0.011 0.002 0.002 0.092 0.132 0.219 0.061 0.001 0.001 0.041 0.437 68 Y 0.241 0.002 0.003 0.043 0.115 0.094 0.087 0.003 0.001 0.092 0.319 69 P 0.208 0.004 0.001 0.019 0.017 0.020 0.119 0.003 0.001 0.069 0.540 70 D 0.026 0.004 0.001 0.022 0.014 0.028 0.125 0.002 0.001 0.029 0.750 71 K 0.009 0.002 0.001 0.018 0.022 0.032 0.122 0.001 0.001 0.060 0.732 72 H 0.003 0.008 0.001 0.079 0.240 0.219 0.091 0.001 0.001 0.083 0.275 73 T 0.005 0.071 0.001 0.066 0.156 0.296 0.049 0.002 0.001 0.052 0.302 74 L 0.013 0.063 0.001 0.038 0.243 0.352 0.032 0.002 0.001 0.053 0.203 75 T 0.004 0.037 0.001 0.058 0.246 0.511 0.016 0.001 0.001 0.032 0.093 76 Y 0.005 0.008 0.003 0.039 0.234 0.570 0.017 0.001 0.001 0.042 0.081 77 L 0.078 0.003 0.004 0.077 0.320 0.312 0.039 0.002 0.001 0.060 0.102 78 K 0.252 0.005 0.002 0.048 0.148 0.147 0.049 0.003 0.001 0.043 0.301 79 A 0.032 0.002 0.001 0.018 0.044 0.076 0.083 0.001 0.001 0.018 0.724 80 G 0.012 0.001 0.001 0.015 0.055 0.072 0.104 0.001 0.001 0.015 0.724 81 T 0.017 0.002 0.001 0.013 0.111 0.087 0.098 0.001 0.001 0.018 0.653 82 K 0.018 0.004 0.001 0.019 0.109 0.101 0.093 0.001 0.001 0.027 0.628