# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.024 0.073 0.103 0.119 0.014 0.657 2 K 0.015 0.008 0.027 0.066 0.091 0.076 0.038 0.680 3 I 0.020 0.008 0.032 0.091 0.082 0.117 0.058 0.592 4 P 0.015 0.013 0.120 0.085 0.147 0.080 0.053 0.487 5 K 0.005 0.008 0.116 0.119 0.315 0.050 0.038 0.349 6 I 0.004 0.003 0.316 0.226 0.154 0.037 0.057 0.203 7 Y 0.008 0.003 0.234 0.189 0.272 0.035 0.031 0.228 8 V 0.079 0.006 0.129 0.160 0.173 0.056 0.076 0.321 9 E 0.036 0.005 0.046 0.080 0.144 0.081 0.050 0.558 10 G 0.025 0.006 0.031 0.073 0.126 0.087 0.031 0.621 11 E 0.028 0.003 0.050 0.136 0.157 0.088 0.059 0.477 12 L 0.054 0.003 0.023 0.052 0.058 0.085 0.030 0.695 13 N 0.388 0.007 0.007 0.020 0.019 0.063 0.049 0.448 14 D 0.082 0.013 0.002 0.005 0.008 0.086 0.028 0.776 15 G 0.027 0.015 0.004 0.012 0.030 0.104 0.024 0.785 16 D 0.016 0.026 0.011 0.154 0.232 0.077 0.045 0.438 17 R 0.012 0.036 0.026 0.183 0.321 0.056 0.061 0.304 18 V 0.012 0.029 0.031 0.260 0.331 0.042 0.058 0.239 19 A 0.011 0.011 0.075 0.258 0.329 0.036 0.076 0.203 20 I 0.036 0.004 0.069 0.216 0.271 0.042 0.094 0.268 21 E 0.237 0.003 0.030 0.102 0.107 0.066 0.067 0.388 22 K 0.108 0.005 0.020 0.030 0.035 0.112 0.044 0.646 23 D 0.022 0.006 0.015 0.015 0.048 0.124 0.033 0.737 24 G 0.019 0.009 0.031 0.058 0.126 0.124 0.038 0.596 25 N 0.005 0.010 0.056 0.293 0.337 0.048 0.049 0.202 26 A 0.010 0.023 0.100 0.140 0.279 0.047 0.092 0.310 27 I 0.014 0.029 0.080 0.291 0.312 0.037 0.053 0.184 28 I 0.018 0.025 0.126 0.220 0.302 0.036 0.071 0.202 29 F 0.039 0.031 0.076 0.165 0.267 0.052 0.094 0.275 30 L 0.074 0.046 0.059 0.126 0.122 0.091 0.079 0.403 31 E 0.055 0.049 0.036 0.078 0.108 0.110 0.059 0.505 32 K 0.051 0.063 0.014 0.035 0.082 0.090 0.062 0.602 33 D 0.225 0.054 0.010 0.044 0.053 0.078 0.188 0.349 34 E 0.038 0.016 0.018 0.084 0.122 0.096 0.095 0.531 35 E 0.025 0.003 0.019 0.060 0.090 0.084 0.058 0.662 36 Y 0.143 0.002 0.024 0.083 0.091 0.082 0.085 0.492 37 S 0.152 0.001 0.005 0.013 0.019 0.077 0.023 0.711 38 G 0.128 0.002 0.004 0.011 0.014 0.102 0.025 0.714 39 N 0.014 0.002 0.012 0.012 0.048 0.148 0.015 0.749 40 G 0.004 0.002 0.024 0.121 0.263 0.099 0.030 0.458 41 K 0.001 0.002 0.046 0.259 0.487 0.028 0.043 0.133 42 L 0.002 0.004 0.064 0.308 0.420 0.019 0.083 0.099 43 L 0.003 0.006 0.048 0.359 0.401 0.014 0.078 0.091 44 Y 0.002 0.004 0.056 0.397 0.486 0.005 0.020 0.030 45 Q 0.004 0.006 0.090 0.325 0.400 0.023 0.046 0.105 46 V 0.005 0.014 0.094 0.405 0.331 0.036 0.022 0.094 47 I 0.014 0.156 0.074 0.130 0.240 0.059 0.046 0.281 48 Y 0.080 0.360 0.039 0.060 0.083 0.056 0.098 0.225 49 D 0.073 0.357 0.033 0.025 0.025 0.061 0.188 0.239 50 D 0.115 0.541 0.016 0.012 0.015 0.039 0.102 0.159 51 L 0.153 0.456 0.012 0.005 0.011 0.046 0.110 0.207 52 A 0.065 0.119 0.021 0.010 0.017 0.074 0.437 0.257 53 K 0.037 0.313 0.021 0.019 0.042 0.082 0.110 0.378 54 Y 0.072 0.182 0.061 0.039 0.054 0.084 0.164 0.343 55 M 0.039 0.079 0.102 0.097 0.065 0.090 0.250 0.279 56 S 0.094 0.275 0.021 0.017 0.041 0.065 0.115 0.373 57 L 0.122 0.233 0.030 0.017 0.018 0.075 0.132 0.373 58 D 0.047 0.221 0.040 0.027 0.048 0.101 0.104 0.413 59 T 0.065 0.137 0.025 0.021 0.040 0.086 0.082 0.543 60 L 0.071 0.133 0.073 0.058 0.072 0.102 0.079 0.413 61 K 0.051 0.098 0.042 0.027 0.064 0.114 0.075 0.530 62 K 0.021 0.049 0.070 0.057 0.133 0.103 0.068 0.500 63 D 0.010 0.020 0.128 0.104 0.277 0.082 0.078 0.301 64 V 0.006 0.007 0.113 0.286 0.322 0.045 0.057 0.165 65 L 0.007 0.005 0.138 0.203 0.316 0.043 0.078 0.210 66 I 0.003 0.001 0.109 0.309 0.362 0.037 0.033 0.145 67 Q 0.003 0.001 0.102 0.162 0.316 0.051 0.029 0.337 68 Y 0.180 0.003 0.047 0.121 0.093 0.082 0.158 0.317 69 P 0.126 0.006 0.018 0.014 0.017 0.097 0.081 0.641 70 D 0.089 0.018 0.009 0.008 0.013 0.104 0.073 0.686 71 K 0.038 0.015 0.019 0.036 0.094 0.109 0.091 0.598 72 H 0.007 0.035 0.031 0.179 0.246 0.067 0.052 0.384 73 T 0.007 0.076 0.033 0.230 0.345 0.037 0.073 0.199 74 L 0.009 0.148 0.042 0.256 0.249 0.028 0.075 0.193 75 T 0.010 0.210 0.041 0.225 0.397 0.013 0.028 0.076 76 Y 0.021 0.034 0.124 0.279 0.300 0.022 0.107 0.112 77 L 0.124 0.017 0.079 0.206 0.197 0.037 0.136 0.205 78 K 0.218 0.007 0.034 0.072 0.084 0.070 0.073 0.441 79 A 0.014 0.002 0.012 0.017 0.029 0.106 0.014 0.805 80 G 0.026 0.003 0.016 0.017 0.032 0.114 0.029 0.763 81 T 0.036 0.003 0.026 0.041 0.044 0.129 0.057 0.662 82 K 0.025 0.005 0.035 0.025 0.037 0.113 0.051 0.708