# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.530 0.113 0.051 0.076 0.059 0.040 0.052 0.035 0.022 0.013 0.008 2 K 0.197 0.201 0.077 0.173 0.112 0.083 0.081 0.035 0.023 0.011 0.006 3 I 0.040 0.034 0.029 0.057 0.068 0.068 0.121 0.127 0.178 0.143 0.135 4 P 0.059 0.086 0.068 0.148 0.140 0.111 0.141 0.108 0.070 0.047 0.021 5 K 0.028 0.081 0.130 0.233 0.163 0.120 0.095 0.062 0.048 0.028 0.013 6 I 0.014 0.011 0.018 0.037 0.052 0.077 0.152 0.200 0.170 0.164 0.106 7 Y 0.012 0.023 0.029 0.084 0.100 0.130 0.167 0.149 0.147 0.101 0.058 8 V 0.007 0.007 0.016 0.017 0.027 0.029 0.078 0.122 0.212 0.221 0.263 9 E 0.016 0.023 0.050 0.112 0.166 0.114 0.168 0.138 0.103 0.069 0.043 10 G 0.143 0.084 0.093 0.127 0.102 0.099 0.154 0.079 0.066 0.038 0.016 11 E 0.148 0.133 0.090 0.205 0.141 0.087 0.095 0.051 0.028 0.014 0.009 12 L 0.064 0.045 0.036 0.070 0.080 0.098 0.187 0.149 0.125 0.092 0.053 13 N 0.165 0.234 0.113 0.159 0.099 0.072 0.074 0.036 0.024 0.016 0.008 14 D 0.205 0.308 0.120 0.161 0.085 0.047 0.036 0.018 0.010 0.006 0.003 15 G 0.581 0.155 0.036 0.081 0.048 0.027 0.031 0.020 0.011 0.007 0.003 16 D 0.303 0.166 0.057 0.140 0.087 0.073 0.071 0.047 0.030 0.019 0.007 17 R 0.086 0.125 0.104 0.201 0.146 0.128 0.102 0.058 0.029 0.016 0.007 18 V 0.033 0.037 0.050 0.100 0.113 0.155 0.187 0.135 0.093 0.062 0.034 19 A 0.030 0.026 0.039 0.058 0.076 0.112 0.176 0.143 0.155 0.112 0.074 20 I 0.026 0.047 0.072 0.122 0.132 0.098 0.148 0.118 0.109 0.078 0.050 21 E 0.017 0.019 0.040 0.084 0.119 0.122 0.197 0.148 0.117 0.084 0.053 22 K 0.231 0.217 0.148 0.164 0.092 0.053 0.049 0.023 0.013 0.007 0.003 23 D 0.133 0.206 0.082 0.212 0.133 0.075 0.079 0.045 0.020 0.010 0.005 24 G 0.256 0.082 0.036 0.078 0.079 0.080 0.118 0.093 0.076 0.064 0.036 25 N 0.242 0.213 0.111 0.188 0.097 0.057 0.046 0.024 0.013 0.006 0.003 26 A 0.037 0.059 0.081 0.150 0.138 0.150 0.160 0.098 0.068 0.041 0.020 27 I 0.007 0.008 0.014 0.019 0.031 0.063 0.127 0.132 0.215 0.207 0.178 28 I 0.030 0.067 0.122 0.218 0.206 0.132 0.114 0.060 0.030 0.015 0.007 29 F 0.016 0.020 0.078 0.072 0.088 0.109 0.181 0.145 0.130 0.105 0.056 30 L 0.016 0.018 0.038 0.076 0.103 0.148 0.245 0.139 0.113 0.071 0.034 31 E 0.139 0.146 0.194 0.173 0.106 0.073 0.086 0.042 0.023 0.014 0.005 32 K 0.065 0.146 0.168 0.215 0.140 0.098 0.091 0.043 0.019 0.011 0.004 33 D 0.231 0.138 0.082 0.131 0.097 0.084 0.111 0.062 0.033 0.023 0.008 34 E 0.310 0.189 0.142 0.166 0.078 0.043 0.038 0.020 0.008 0.004 0.001 35 E 0.144 0.156 0.198 0.243 0.126 0.057 0.040 0.022 0.008 0.004 0.002 36 Y 0.011 0.014 0.015 0.016 0.025 0.092 0.177 0.132 0.196 0.206 0.117 37 S 0.082 0.340 0.156 0.226 0.116 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 38 G 0.492 0.127 0.065 0.074 0.055 0.045 0.062 0.039 0.021 0.014 0.007 39 N 0.456 0.194 0.058 0.137 0.064 0.032 0.027 0.015 0.010 0.005 0.003 40 G 0.142 0.103 0.034 0.105 0.087 0.108 0.157 0.112 0.080 0.051 0.021 41 K 0.030 0.057 0.056 0.157 0.164 0.189 0.139 0.089 0.059 0.038 0.021 42 L 0.009 0.018 0.028 0.042 0.061 0.116 0.204 0.172 0.158 0.122 0.070 43 L 0.004 0.007 0.020 0.050 0.073 0.093 0.149 0.165 0.179 0.161 0.098 44 Y 0.003 0.004 0.011 0.016 0.025 0.054 0.145 0.144 0.241 0.235 0.123 45 Q 0.017 0.048 0.121 0.258 0.204 0.110 0.102 0.058 0.041 0.025 0.015 46 V 0.005 0.005 0.014 0.017 0.028 0.051 0.117 0.147 0.209 0.240 0.166 47 I 0.009 0.026 0.030 0.089 0.110 0.132 0.199 0.152 0.124 0.090 0.039 48 Y 0.007 0.007 0.016 0.023 0.035 0.079 0.164 0.162 0.201 0.193 0.113 49 D 0.054 0.054 0.133 0.166 0.152 0.139 0.132 0.073 0.048 0.031 0.018 50 D 0.017 0.033 0.048 0.074 0.096 0.119 0.229 0.150 0.115 0.080 0.039 51 L 0.005 0.008 0.012 0.023 0.035 0.056 0.125 0.133 0.222 0.217 0.164 52 A 0.096 0.089 0.116 0.180 0.143 0.121 0.124 0.060 0.039 0.022 0.010 53 K 0.063 0.108 0.218 0.251 0.139 0.094 0.074 0.030 0.014 0.007 0.003 54 Y 0.013 0.014 0.023 0.040 0.063 0.097 0.181 0.166 0.154 0.145 0.104 55 M 0.019 0.016 0.019 0.034 0.052 0.095 0.163 0.147 0.181 0.172 0.101 56 S 0.036 0.204 0.223 0.224 0.130 0.071 0.058 0.026 0.016 0.009 0.004 57 L 0.027 0.017 0.033 0.061 0.105 0.149 0.235 0.147 0.108 0.072 0.047 58 D 0.565 0.184 0.097 0.086 0.031 0.015 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 59 T 0.082 0.103 0.088 0.241 0.169 0.108 0.118 0.050 0.023 0.011 0.006 60 L 0.009 0.008 0.012 0.015 0.025 0.040 0.095 0.113 0.194 0.250 0.239 61 K 0.028 0.138 0.221 0.285 0.166 0.071 0.046 0.022 0.012 0.007 0.002 62 K 0.007 0.019 0.104 0.096 0.110 0.178 0.194 0.125 0.081 0.063 0.024 63 D 0.016 0.030 0.066 0.114 0.116 0.177 0.178 0.124 0.083 0.069 0.027 64 V 0.004 0.006 0.012 0.019 0.030 0.099 0.222 0.186 0.208 0.160 0.054 65 L 0.007 0.012 0.035 0.054 0.069 0.065 0.118 0.139 0.178 0.188 0.134 66 I 0.004 0.004 0.012 0.015 0.028 0.059 0.142 0.132 0.227 0.233 0.143 67 Q 0.044 0.120 0.167 0.252 0.179 0.098 0.076 0.031 0.019 0.009 0.005 68 Y 0.007 0.008 0.011 0.019 0.040 0.058 0.153 0.199 0.176 0.162 0.167 69 P 0.157 0.307 0.073 0.166 0.101 0.059 0.054 0.033 0.023 0.017 0.009 70 D 0.441 0.204 0.048 0.114 0.060 0.042 0.046 0.021 0.013 0.007 0.004 71 K 0.571 0.160 0.045 0.100 0.051 0.030 0.020 0.011 0.006 0.004 0.002 72 H 0.114 0.124 0.044 0.130 0.110 0.131 0.147 0.089 0.059 0.036 0.016 73 T 0.046 0.082 0.041 0.110 0.110 0.138 0.153 0.115 0.098 0.068 0.041 74 L 0.008 0.009 0.013 0.027 0.045 0.087 0.147 0.150 0.198 0.173 0.143 75 T 0.085 0.107 0.148 0.236 0.149 0.088 0.076 0.050 0.032 0.020 0.010 76 Y 0.010 0.010 0.018 0.050 0.076 0.091 0.165 0.175 0.173 0.126 0.107 77 L 0.010 0.010 0.013 0.030 0.043 0.037 0.082 0.140 0.192 0.203 0.240 78 K 0.033 0.055 0.065 0.134 0.158 0.131 0.160 0.103 0.079 0.052 0.029 79 A 0.115 0.116 0.122 0.202 0.157 0.095 0.087 0.054 0.029 0.015 0.009 80 G 0.241 0.144 0.049 0.101 0.078 0.071 0.120 0.079 0.057 0.038 0.022 81 T 0.233 0.201 0.046 0.112 0.078 0.066 0.093 0.060 0.054 0.035 0.022 82 K 0.562 0.219 0.050 0.087 0.040 0.017 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001