# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.015 0.009 0.005 0.014 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.293 0.011 0.084 0.483 2 K 0.011 0.006 0.004 0.001 0.020 0.029 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.003 0.040 0.761 3 I 0.016 0.003 0.003 0.001 0.007 0.014 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.003 0.057 0.605 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 5 K 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.590 0.002 0.069 0.315 6 I 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.001 0.038 0.203 7 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.001 0.018 0.097 8 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.827 0.001 0.030 0.123 9 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.011 0.715 0.001 0.050 0.184 10 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.013 0.106 0.087 0.028 0.302 0.005 0.096 0.341 11 E 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.212 0.256 0.062 0.011 0.041 0.004 0.090 0.277 12 L 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.034 0.003 0.075 0.007 0.001 0.001 0.125 0.003 0.124 0.560 13 N 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.540 0.038 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.047 0.153 14 D 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.102 0.707 15 G 0.021 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 0.314 0.594 16 D 0.397 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.225 0.086 0.262 17 R 0.149 0.023 0.018 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.018 0.257 0.432 18 V 0.005 0.002 0.010 0.001 0.190 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.067 0.001 0.059 0.631 19 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.121 0.401 0.141 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.067 0.023 0.007 0.102 0.001 0.011 0.079 20 I 0.009 0.005 0.001 0.001 0.005 0.020 0.042 0.015 0.001 0.003 0.034 0.006 0.312 0.072 0.007 0.006 0.199 0.003 0.033 0.229 21 E 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.237 0.023 0.003 0.020 0.004 0.001 0.002 0.374 0.003 0.038 0.208 22 K 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.028 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.002 0.057 0.311 23 D 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.006 0.140 0.685 24 G 0.146 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.083 0.159 0.429 25 N 0.245 0.010 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.049 0.254 0.214 26 A 0.026 0.013 0.012 0.003 0.027 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.469 0.006 0.086 0.345 27 I 0.006 0.007 0.002 0.002 0.282 0.246 0.092 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.002 0.023 0.094 28 I 0.008 0.009 0.002 0.001 0.013 0.054 0.177 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.508 0.002 0.038 0.144 29 F 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.557 0.005 0.043 0.315 30 L 0.013 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.004 0.003 0.573 0.006 0.078 0.275 31 E 0.028 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.167 0.010 0.208 0.538 32 K 0.090 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.078 0.017 0.160 0.602 33 D 0.125 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.062 0.015 0.172 0.492 34 E 0.069 0.125 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.008 0.002 0.024 0.020 0.106 0.628 35 E 0.059 0.159 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.003 0.001 0.009 0.020 0.399 0.322 36 Y 0.348 0.158 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.002 0.020 0.011 0.001 0.001 0.013 0.065 0.060 0.287 37 S 0.152 0.336 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.063 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.038 0.054 0.291 38 G 0.104 0.061 0.032 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.035 0.079 0.604 39 N 0.069 0.036 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.164 0.648 40 G 0.131 0.027 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.050 0.125 0.582 41 K 0.177 0.020 0.021 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.021 0.399 0.230 42 L 0.056 0.010 0.011 0.002 0.011 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.632 0.005 0.071 0.185 43 L 0.009 0.020 0.001 0.001 0.048 0.084 0.023 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.001 0.031 0.104 44 Y 0.004 0.008 0.001 0.001 0.007 0.011 0.052 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.846 0.002 0.010 0.046 45 Q 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.001 0.012 0.051 46 V 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.883 0.001 0.021 0.066 47 I 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.036 0.012 0.006 0.781 0.003 0.035 0.095 48 Y 0.017 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.026 0.009 0.003 0.003 0.436 0.007 0.073 0.391 49 D 0.025 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.499 0.010 0.079 0.310 50 D 0.021 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.006 0.188 0.682 51 L 0.052 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.019 0.168 0.591 52 A 0.105 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.050 0.252 0.471 53 K 0.189 0.149 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.388 0.220 54 Y 0.142 0.443 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.023 0.059 0.279 55 M 0.140 0.359 0.043 0.004 0.031 0.023 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.020 0.073 0.162 56 S 0.092 0.244 0.009 0.001 0.003 0.014 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.026 0.104 0.384 57 L 0.107 0.265 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.041 0.026 0.374 58 D 0.041 0.122 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.019 0.197 0.557 59 T 0.250 0.084 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.336 0.249 60 L 0.236 0.478 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.009 0.041 0.159 61 K 0.081 0.312 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.284 0.012 0.066 0.227 62 K 0.154 0.185 0.017 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.023 0.030 0.415 63 D 0.165 0.088 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.033 0.034 0.293 64 V 0.109 0.032 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.013 0.050 0.130 65 L 0.013 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.002 0.786 0.002 0.027 0.117 66 I 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.106 0.220 0.021 0.574 0.001 0.007 0.040 67 Q 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.063 0.050 0.005 0.005 0.560 0.003 0.023 0.259 68 Y 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.198 0.214 0.007 0.056 0.014 0.006 0.004 0.308 0.002 0.028 0.134 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 70 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.002 0.199 0.620 71 K 0.295 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.047 0.055 0.557 72 H 0.185 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.024 0.277 0.451 73 T 0.105 0.006 0.034 0.003 0.020 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.023 0.173 0.420 74 L 0.021 0.010 0.004 0.002 0.058 0.267 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.283 0.002 0.072 0.248 75 T 0.008 0.007 0.002 0.001 0.052 0.094 0.247 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.335 0.002 0.063 0.153 76 Y 0.011 0.022 0.002 0.001 0.002 0.013 0.008 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.005 0.002 0.007 0.483 0.004 0.052 0.357 77 L 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.860 0.002 0.032 0.062 78 K 0.016 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.006 0.002 0.003 0.004 0.003 0.003 0.444 0.008 0.106 0.320 79 A 0.036 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.309 0.029 0.035 0.491 80 G 0.160 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.194 0.062 0.102 0.437 81 T 0.123 0.018 0.111 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.022 0.158 0.498 82 K 0.029 0.037 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.144 0.007 0.070 0.692