# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.011 0.005 0.087 0.068 0.108 0.025 0.003 0.001 0.003 0.633 2 K 0.009 0.002 0.002 0.022 0.026 0.068 0.016 0.001 0.001 0.002 0.853 3 I 0.022 0.002 0.006 0.110 0.142 0.251 0.046 0.001 0.001 0.003 0.418 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 5 K 0.006 0.001 0.001 0.104 0.144 0.377 0.048 0.001 0.001 0.002 0.318 6 I 0.073 0.001 0.001 0.240 0.181 0.250 0.024 0.001 0.001 0.001 0.229 7 Y 0.005 0.001 0.001 0.210 0.296 0.391 0.011 0.001 0.001 0.002 0.083 8 V 0.005 0.002 0.001 0.215 0.301 0.327 0.020 0.001 0.001 0.001 0.129 9 E 0.002 0.001 0.001 0.130 0.196 0.463 0.035 0.001 0.001 0.001 0.172 10 G 0.006 0.001 0.001 0.067 0.220 0.292 0.057 0.001 0.001 0.006 0.352 11 E 0.069 0.001 0.001 0.035 0.146 0.154 0.106 0.001 0.001 0.008 0.480 12 L 0.015 0.003 0.001 0.037 0.078 0.136 0.096 0.001 0.001 0.005 0.629 13 N 0.017 0.005 0.001 0.022 0.210 0.280 0.182 0.001 0.001 0.015 0.267 14 D 0.083 0.014 0.006 0.018 0.038 0.072 0.101 0.001 0.001 0.024 0.642 15 G 0.069 0.009 0.004 0.010 0.026 0.024 0.328 0.002 0.001 0.027 0.501 16 D 0.285 0.003 0.029 0.007 0.016 0.017 0.247 0.001 0.001 0.122 0.273 17 R 0.069 0.013 0.019 0.033 0.063 0.072 0.362 0.001 0.001 0.020 0.348 18 V 0.009 0.007 0.003 0.033 0.179 0.280 0.079 0.001 0.001 0.006 0.404 19 A 0.010 0.008 0.001 0.043 0.256 0.493 0.043 0.001 0.001 0.003 0.142 20 I 0.013 0.013 0.001 0.021 0.297 0.436 0.034 0.001 0.001 0.001 0.184 21 E 0.020 0.020 0.001 0.033 0.227 0.399 0.033 0.001 0.001 0.002 0.264 22 K 0.020 0.042 0.001 0.026 0.109 0.135 0.104 0.003 0.001 0.005 0.556 23 D 0.058 0.024 0.001 0.025 0.041 0.097 0.152 0.007 0.001 0.013 0.583 24 G 0.283 0.018 0.014 0.033 0.064 0.083 0.058 0.005 0.001 0.041 0.400 25 N 0.228 0.007 0.083 0.060 0.111 0.074 0.227 0.001 0.001 0.023 0.187 26 A 0.011 0.006 0.014 0.085 0.060 0.101 0.178 0.001 0.001 0.007 0.537 27 I 0.007 0.005 0.001 0.203 0.206 0.475 0.017 0.001 0.001 0.003 0.082 28 I 0.006 0.019 0.002 0.169 0.154 0.263 0.074 0.001 0.001 0.003 0.310 29 F 0.013 0.015 0.001 0.129 0.163 0.347 0.054 0.001 0.001 0.001 0.276 30 L 0.015 0.019 0.001 0.091 0.124 0.300 0.085 0.001 0.001 0.002 0.362 31 E 0.017 0.033 0.001 0.036 0.080 0.127 0.154 0.002 0.001 0.006 0.544 32 K 0.080 0.050 0.002 0.024 0.037 0.090 0.136 0.002 0.001 0.004 0.575 33 D 0.073 0.182 0.002 0.011 0.066 0.107 0.106 0.005 0.001 0.009 0.441 34 E 0.153 0.160 0.007 0.008 0.050 0.059 0.069 0.005 0.001 0.007 0.482 35 E 0.098 0.205 0.007 0.008 0.041 0.050 0.228 0.011 0.001 0.006 0.346 36 Y 0.250 0.204 0.013 0.010 0.093 0.103 0.084 0.011 0.001 0.011 0.221 37 S 0.076 0.212 0.007 0.013 0.085 0.094 0.042 0.013 0.001 0.007 0.449 38 G 0.094 0.063 0.034 0.013 0.068 0.040 0.100 0.007 0.001 0.022 0.559 39 N 0.107 0.015 0.014 0.010 0.009 0.012 0.179 0.003 0.001 0.019 0.632 40 G 0.104 0.005 0.008 0.016 0.044 0.043 0.121 0.004 0.001 0.076 0.579 41 K 0.345 0.002 0.060 0.027 0.106 0.079 0.201 0.001 0.001 0.057 0.123 42 L 0.004 0.002 0.006 0.049 0.132 0.214 0.180 0.001 0.001 0.004 0.408 43 L 0.001 0.001 0.001 0.034 0.253 0.686 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 44 Y 0.001 0.002 0.001 0.042 0.312 0.552 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 45 Q 0.002 0.002 0.001 0.062 0.293 0.476 0.014 0.001 0.001 0.001 0.150 46 V 0.006 0.002 0.001 0.110 0.283 0.413 0.022 0.001 0.001 0.001 0.163 47 I 0.005 0.008 0.001 0.103 0.231 0.408 0.059 0.001 0.001 0.005 0.180 48 Y 0.022 0.012 0.003 0.083 0.142 0.430 0.053 0.001 0.001 0.002 0.252 49 D 0.008 0.039 0.001 0.029 0.084 0.186 0.086 0.001 0.001 0.004 0.563 50 D 0.037 0.051 0.001 0.006 0.010 0.024 0.206 0.002 0.001 0.007 0.655 51 L 0.074 0.322 0.002 0.007 0.008 0.018 0.235 0.007 0.001 0.004 0.324 52 A 0.134 0.520 0.003 0.006 0.006 0.015 0.114 0.010 0.001 0.004 0.190 53 K 0.141 0.638 0.006 0.004 0.003 0.004 0.059 0.014 0.001 0.002 0.128 54 Y 0.265 0.609 0.010 0.003 0.004 0.006 0.007 0.011 0.001 0.002 0.082 55 M 0.085 0.720 0.044 0.011 0.014 0.012 0.012 0.012 0.001 0.002 0.088 56 S 0.055 0.388 0.049 0.019 0.018 0.039 0.052 0.023 0.001 0.002 0.356 57 L 0.069 0.341 0.055 0.035 0.030 0.074 0.033 0.011 0.001 0.004 0.348 58 D 0.035 0.198 0.003 0.013 0.022 0.021 0.159 0.011 0.001 0.005 0.533 59 T 0.196 0.116 0.019 0.017 0.012 0.019 0.247 0.008 0.001 0.011 0.355 60 L 0.151 0.382 0.007 0.034 0.025 0.041 0.080 0.005 0.001 0.004 0.271 61 K 0.140 0.236 0.009 0.037 0.038 0.077 0.157 0.016 0.001 0.009 0.283 62 K 0.151 0.221 0.020 0.054 0.050 0.074 0.039 0.009 0.001 0.004 0.379 63 D 0.069 0.138 0.008 0.044 0.174 0.159 0.029 0.006 0.001 0.006 0.367 64 V 0.083 0.080 0.019 0.117 0.197 0.234 0.048 0.004 0.001 0.005 0.211 65 L 0.026 0.051 0.006 0.133 0.223 0.350 0.027 0.002 0.001 0.002 0.181 66 I 0.010 0.020 0.003 0.150 0.335 0.405 0.011 0.001 0.001 0.002 0.064 67 Q 0.013 0.017 0.002 0.102 0.130 0.308 0.025 0.005 0.001 0.002 0.396 68 Y 0.019 0.005 0.001 0.077 0.246 0.399 0.030 0.001 0.001 0.001 0.221 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 D 0.003 0.001 0.001 0.011 0.042 0.127 0.090 0.001 0.001 0.005 0.719 71 K 0.367 0.001 0.002 0.014 0.008 0.015 0.045 0.001 0.001 0.016 0.530 72 H 0.270 0.003 0.005 0.013 0.029 0.028 0.236 0.001 0.001 0.013 0.401 73 T 0.101 0.006 0.010 0.070 0.081 0.108 0.211 0.001 0.001 0.016 0.395 74 L 0.021 0.011 0.002 0.107 0.284 0.273 0.066 0.001 0.001 0.004 0.232 75 T 0.008 0.011 0.002 0.229 0.279 0.245 0.068 0.001 0.001 0.003 0.155 76 Y 0.014 0.016 0.001 0.144 0.194 0.300 0.053 0.001 0.001 0.001 0.277 77 L 0.011 0.019 0.001 0.258 0.153 0.396 0.029 0.001 0.001 0.002 0.129 78 K 0.011 0.047 0.001 0.131 0.137 0.214 0.115 0.003 0.001 0.006 0.335 79 A 0.036 0.042 0.004 0.118 0.058 0.167 0.079 0.004 0.001 0.007 0.483 80 G 0.092 0.026 0.005 0.057 0.054 0.121 0.142 0.008 0.001 0.020 0.475 81 T 0.185 0.015 0.049 0.029 0.040 0.054 0.166 0.002 0.001 0.027 0.432 82 K 0.024 0.014 0.006 0.021 0.025 0.031 0.108 0.001 0.001 0.005 0.765