# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.021 0.017 0.031 0.033 0.051 0.008 0.765 2 K 0.042 0.014 0.039 0.052 0.110 0.051 0.012 0.680 3 I 0.088 0.008 0.071 0.126 0.120 0.090 0.006 0.490 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.009 0.001 0.081 0.115 0.291 0.070 0.002 0.431 6 I 0.092 0.005 0.172 0.132 0.169 0.045 0.004 0.380 7 Y 0.009 0.003 0.227 0.264 0.345 0.018 0.002 0.133 8 V 0.005 0.003 0.185 0.271 0.399 0.020 0.002 0.116 9 E 0.006 0.005 0.181 0.189 0.349 0.032 0.003 0.235 10 G 0.009 0.004 0.096 0.218 0.348 0.070 0.006 0.249 11 E 0.025 0.005 0.028 0.118 0.137 0.071 0.010 0.606 12 L 0.036 0.006 0.049 0.137 0.270 0.063 0.007 0.433 13 N 0.026 0.014 0.015 0.155 0.142 0.304 0.007 0.337 14 D 0.043 0.010 0.009 0.029 0.067 0.062 0.010 0.771 15 G 0.046 0.010 0.008 0.017 0.030 0.497 0.020 0.373 16 D 0.628 0.003 0.009 0.017 0.020 0.095 0.074 0.154 17 R 0.129 0.017 0.038 0.070 0.076 0.204 0.014 0.453 18 V 0.010 0.004 0.038 0.184 0.195 0.168 0.002 0.398 19 A 0.005 0.002 0.045 0.249 0.509 0.034 0.001 0.155 20 I 0.006 0.008 0.037 0.256 0.438 0.028 0.002 0.224 21 E 0.009 0.016 0.056 0.241 0.411 0.036 0.003 0.228 22 K 0.017 0.028 0.056 0.177 0.249 0.077 0.010 0.386 23 D 0.049 0.021 0.041 0.062 0.109 0.113 0.027 0.578 24 G 0.183 0.016 0.070 0.070 0.124 0.097 0.053 0.387 25 N 0.130 0.010 0.105 0.133 0.106 0.206 0.018 0.291 26 A 0.014 0.005 0.068 0.087 0.137 0.118 0.003 0.569 27 I 0.007 0.002 0.104 0.272 0.465 0.027 0.001 0.121 28 I 0.007 0.007 0.125 0.188 0.335 0.064 0.002 0.272 29 F 0.009 0.014 0.108 0.203 0.353 0.048 0.003 0.263 30 L 0.013 0.019 0.099 0.164 0.363 0.054 0.004 0.283 31 E 0.024 0.027 0.036 0.113 0.171 0.127 0.009 0.493 32 K 0.039 0.035 0.028 0.070 0.151 0.152 0.015 0.510 33 D 0.054 0.081 0.018 0.049 0.114 0.138 0.012 0.534 34 E 0.058 0.083 0.009 0.025 0.045 0.098 0.012 0.670 35 E 0.134 0.131 0.013 0.041 0.059 0.178 0.023 0.421 36 Y 0.237 0.163 0.022 0.058 0.082 0.082 0.028 0.328 37 S 0.093 0.182 0.041 0.080 0.109 0.083 0.021 0.391 38 G 0.075 0.056 0.035 0.049 0.064 0.078 0.036 0.608 39 N 0.170 0.020 0.034 0.034 0.038 0.121 0.044 0.537 40 G 0.136 0.010 0.090 0.073 0.086 0.065 0.034 0.505 41 K 0.060 0.004 0.200 0.225 0.139 0.172 0.008 0.191 42 L 0.008 0.002 0.119 0.107 0.141 0.089 0.002 0.533 43 L 0.002 0.001 0.179 0.301 0.449 0.010 0.001 0.058 44 Y 0.003 0.002 0.247 0.215 0.349 0.026 0.001 0.158 45 Q 0.005 0.003 0.233 0.261 0.340 0.028 0.002 0.130 46 V 0.009 0.005 0.258 0.193 0.280 0.031 0.002 0.223 47 I 0.011 0.008 0.190 0.130 0.321 0.045 0.004 0.291 48 Y 0.014 0.014 0.197 0.116 0.340 0.070 0.004 0.245 49 D 0.010 0.028 0.060 0.033 0.108 0.222 0.004 0.535 50 D 0.036 0.036 0.021 0.011 0.039 0.258 0.009 0.591 51 L 0.111 0.192 0.036 0.012 0.038 0.264 0.013 0.334 52 A 0.060 0.239 0.023 0.009 0.013 0.385 0.013 0.259 53 K 0.214 0.373 0.009 0.007 0.010 0.080 0.028 0.279 54 Y 0.176 0.617 0.010 0.008 0.017 0.016 0.011 0.145 55 M 0.105 0.529 0.057 0.046 0.043 0.038 0.014 0.167 56 S 0.053 0.348 0.075 0.045 0.062 0.094 0.026 0.295 57 L 0.128 0.263 0.105 0.044 0.109 0.032 0.026 0.293 58 D 0.030 0.106 0.035 0.019 0.022 0.145 0.020 0.623 59 T 0.193 0.051 0.058 0.016 0.017 0.215 0.048 0.404 60 L 0.236 0.236 0.070 0.027 0.033 0.114 0.017 0.267 61 K 0.108 0.148 0.071 0.074 0.083 0.127 0.012 0.376 62 K 0.045 0.064 0.038 0.048 0.064 0.059 0.013 0.669 63 D 0.141 0.048 0.123 0.096 0.161 0.058 0.024 0.349 64 V 0.099 0.038 0.189 0.165 0.167 0.066 0.013 0.263 65 L 0.007 0.006 0.423 0.276 0.198 0.020 0.002 0.068 66 I 0.003 0.002 0.243 0.344 0.320 0.011 0.001 0.076 67 Q 0.004 0.002 0.204 0.203 0.372 0.021 0.002 0.190 68 Y 0.005 0.002 0.119 0.217 0.344 0.074 0.002 0.237 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 70 D 0.004 0.001 0.018 0.027 0.062 0.232 0.003 0.654 71 K 0.200 0.003 0.016 0.012 0.026 0.103 0.021 0.620 72 H 0.378 0.005 0.019 0.026 0.030 0.225 0.021 0.295 73 T 0.099 0.006 0.051 0.079 0.081 0.237 0.010 0.437 74 L 0.013 0.005 0.085 0.251 0.373 0.061 0.002 0.209 75 T 0.004 0.006 0.048 0.285 0.451 0.056 0.001 0.149 76 Y 0.007 0.020 0.080 0.221 0.400 0.048 0.002 0.223 77 L 0.008 0.048 0.078 0.271 0.472 0.027 0.002 0.095 78 K 0.013 0.088 0.087 0.226 0.346 0.038 0.007 0.194 79 A 0.039 0.117 0.064 0.113 0.250 0.084 0.045 0.289 80 G 0.408 0.044 0.043 0.054 0.091 0.054 0.133 0.175 81 T 0.180 0.048 0.066 0.081 0.074 0.176 0.037 0.339 82 K 0.012 0.012 0.038 0.028 0.047 0.092 0.004 0.766