# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.24605 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.063 0.085 0.140 0.183 0.161 0.109 0.067 0.038 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 2 K 0.120 0.105 0.131 0.146 0.137 0.119 0.101 0.061 0.036 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 3 I 0.050 0.031 0.047 0.084 0.116 0.136 0.124 0.139 0.102 0.068 0.051 0.030 0.013 0.006 4 P 0.025 0.022 0.031 0.048 0.077 0.109 0.133 0.128 0.137 0.111 0.092 0.049 0.025 0.013 5 K 0.020 0.017 0.027 0.053 0.093 0.109 0.134 0.147 0.138 0.103 0.074 0.046 0.024 0.015 6 I 0.006 0.004 0.005 0.006 0.013 0.024 0.048 0.077 0.129 0.211 0.212 0.159 0.071 0.034 7 Y 0.019 0.016 0.020 0.031 0.046 0.062 0.083 0.130 0.141 0.153 0.143 0.090 0.045 0.022 8 V 0.009 0.009 0.013 0.024 0.044 0.057 0.072 0.122 0.143 0.176 0.148 0.106 0.050 0.027 9 E 0.013 0.022 0.038 0.067 0.095 0.132 0.153 0.170 0.113 0.105 0.051 0.024 0.010 0.007 10 G 0.087 0.104 0.130 0.162 0.122 0.110 0.107 0.068 0.048 0.034 0.016 0.008 0.003 0.002 11 E 0.299 0.200 0.130 0.126 0.094 0.059 0.038 0.019 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 12 L 0.155 0.100 0.154 0.193 0.150 0.126 0.073 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 13 N 0.317 0.147 0.164 0.154 0.098 0.056 0.043 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.685 0.152 0.072 0.045 0.023 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.634 0.158 0.087 0.062 0.026 0.015 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.405 0.180 0.144 0.102 0.065 0.042 0.043 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.119 0.100 0.138 0.141 0.182 0.133 0.089 0.052 0.028 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 18 V 0.052 0.037 0.060 0.084 0.145 0.156 0.143 0.132 0.080 0.056 0.031 0.015 0.008 0.002 19 A 0.058 0.042 0.061 0.089 0.133 0.125 0.102 0.129 0.094 0.079 0.049 0.023 0.012 0.004 20 I 0.049 0.036 0.049 0.079 0.128 0.122 0.098 0.119 0.105 0.092 0.064 0.035 0.016 0.007 21 E 0.085 0.082 0.095 0.125 0.133 0.128 0.104 0.081 0.067 0.047 0.028 0.014 0.006 0.003 22 K 0.159 0.122 0.121 0.130 0.117 0.100 0.092 0.057 0.043 0.028 0.016 0.009 0.004 0.002 23 D 0.227 0.192 0.139 0.127 0.095 0.072 0.058 0.031 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 24 G 0.116 0.080 0.107 0.139 0.165 0.140 0.100 0.063 0.045 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 25 N 0.143 0.122 0.122 0.136 0.131 0.108 0.096 0.057 0.043 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 26 A 0.087 0.058 0.077 0.114 0.147 0.139 0.119 0.117 0.068 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 27 I 0.066 0.041 0.051 0.062 0.096 0.113 0.126 0.132 0.108 0.095 0.062 0.031 0.013 0.005 28 I 0.095 0.070 0.100 0.154 0.151 0.128 0.089 0.093 0.051 0.037 0.019 0.008 0.003 0.001 29 F 0.046 0.040 0.066 0.108 0.134 0.156 0.136 0.127 0.076 0.064 0.027 0.013 0.005 0.002 30 L 0.068 0.075 0.115 0.171 0.151 0.164 0.128 0.071 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 31 E 0.555 0.210 0.100 0.057 0.032 0.018 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.446 0.180 0.121 0.107 0.072 0.036 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 D 0.590 0.145 0.097 0.088 0.043 0.019 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.796 0.107 0.046 0.029 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.736 0.156 0.056 0.031 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.201 0.093 0.185 0.187 0.146 0.106 0.059 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.496 0.177 0.123 0.089 0.053 0.030 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.581 0.139 0.105 0.072 0.048 0.025 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.367 0.180 0.154 0.129 0.072 0.043 0.035 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.110 0.069 0.124 0.138 0.195 0.159 0.094 0.058 0.028 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 41 K 0.082 0.066 0.085 0.118 0.168 0.166 0.123 0.089 0.050 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 42 L 0.029 0.017 0.027 0.045 0.084 0.112 0.130 0.164 0.138 0.114 0.073 0.041 0.018 0.007 43 L 0.026 0.017 0.020 0.038 0.065 0.093 0.118 0.146 0.141 0.129 0.113 0.057 0.024 0.014 44 Y 0.015 0.014 0.017 0.021 0.037 0.056 0.092 0.102 0.147 0.163 0.155 0.104 0.054 0.025 45 Q 0.072 0.049 0.062 0.102 0.137 0.119 0.116 0.116 0.094 0.056 0.037 0.022 0.013 0.007 46 V 0.023 0.017 0.021 0.029 0.051 0.084 0.125 0.134 0.151 0.132 0.112 0.073 0.033 0.015 47 I 0.018 0.017 0.024 0.053 0.086 0.160 0.195 0.217 0.120 0.064 0.029 0.010 0.004 0.003 48 Y 0.017 0.034 0.057 0.109 0.191 0.156 0.139 0.113 0.085 0.053 0.027 0.011 0.004 0.003 49 D 0.175 0.152 0.167 0.156 0.130 0.094 0.056 0.034 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 50 D 0.060 0.110 0.173 0.213 0.182 0.124 0.072 0.035 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 51 L 0.035 0.022 0.036 0.063 0.123 0.189 0.177 0.183 0.114 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 52 A 0.129 0.256 0.215 0.182 0.106 0.066 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.426 0.260 0.148 0.071 0.041 0.025 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.059 0.052 0.089 0.160 0.243 0.176 0.110 0.064 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 55 M 0.082 0.047 0.062 0.111 0.186 0.164 0.133 0.113 0.063 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 56 S 0.224 0.150 0.149 0.148 0.118 0.081 0.069 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 57 L 0.121 0.082 0.108 0.169 0.186 0.124 0.076 0.054 0.042 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 58 D 0.330 0.203 0.149 0.122 0.074 0.056 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 T 0.140 0.156 0.163 0.165 0.132 0.103 0.067 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 60 L 0.026 0.032 0.051 0.092 0.170 0.185 0.179 0.144 0.064 0.028 0.015 0.010 0.004 0.001 61 K 0.049 0.070 0.097 0.174 0.205 0.143 0.117 0.072 0.039 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 62 K 0.013 0.011 0.022 0.055 0.090 0.134 0.169 0.183 0.150 0.080 0.054 0.023 0.011 0.005 63 D 0.018 0.018 0.027 0.069 0.130 0.128 0.133 0.148 0.143 0.075 0.055 0.034 0.013 0.008 64 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.020 0.044 0.063 0.109 0.205 0.241 0.199 0.074 0.025 65 L 0.007 0.007 0.010 0.014 0.026 0.044 0.073 0.133 0.168 0.191 0.155 0.092 0.054 0.025 66 I 0.009 0.012 0.014 0.018 0.034 0.042 0.073 0.103 0.163 0.176 0.150 0.108 0.071 0.026 67 Q 0.057 0.050 0.065 0.127 0.169 0.122 0.138 0.100 0.083 0.043 0.025 0.014 0.005 0.004 68 Y 0.016 0.028 0.056 0.113 0.154 0.159 0.153 0.120 0.079 0.060 0.033 0.016 0.008 0.005 69 P 0.053 0.090 0.124 0.173 0.168 0.149 0.107 0.066 0.042 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 70 D 0.179 0.228 0.199 0.142 0.096 0.068 0.041 0.019 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 71 K 0.292 0.230 0.141 0.110 0.085 0.055 0.044 0.018 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 72 H 0.077 0.094 0.124 0.165 0.162 0.135 0.103 0.064 0.040 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 73 T 0.040 0.040 0.067 0.109 0.162 0.158 0.148 0.116 0.075 0.042 0.022 0.011 0.006 0.003 74 L 0.022 0.020 0.027 0.033 0.064 0.091 0.114 0.140 0.138 0.135 0.102 0.062 0.038 0.014 75 T 0.037 0.031 0.039 0.060 0.083 0.093 0.102 0.132 0.149 0.108 0.084 0.047 0.025 0.010 76 Y 0.021 0.016 0.023 0.047 0.067 0.079 0.094 0.125 0.139 0.132 0.119 0.083 0.035 0.021 77 L 0.013 0.014 0.018 0.023 0.044 0.068 0.106 0.126 0.135 0.162 0.134 0.088 0.045 0.024 78 K 0.055 0.065 0.092 0.127 0.131 0.128 0.107 0.103 0.081 0.051 0.031 0.016 0.008 0.003 79 A 0.098 0.099 0.102 0.122 0.135 0.110 0.097 0.075 0.077 0.043 0.024 0.010 0.006 0.003 80 G 0.074 0.076 0.099 0.134 0.163 0.157 0.126 0.079 0.044 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 81 T 0.146 0.128 0.151 0.139 0.145 0.110 0.083 0.045 0.026 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 82 K 0.386 0.227 0.124 0.093 0.071 0.038 0.025 0.015 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001