# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.014 0.553 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.026 0.061 0.008 0.281 0.033 2 K 0.003 0.016 0.652 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.053 0.014 0.020 0.197 3 I 0.002 0.010 0.817 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.057 0.007 0.032 0.027 4 P 0.007 0.005 0.597 0.101 0.006 0.003 0.003 0.001 0.085 0.090 0.014 0.043 0.044 5 K 0.101 0.006 0.108 0.033 0.011 0.004 0.044 0.026 0.286 0.030 0.008 0.150 0.193 6 I 0.163 0.002 0.009 0.011 0.002 0.002 0.150 0.202 0.234 0.001 0.001 0.028 0.197 7 Y 0.337 0.003 0.005 0.015 0.002 0.001 0.145 0.248 0.119 0.001 0.001 0.088 0.037 8 V 0.213 0.002 0.011 0.010 0.003 0.002 0.083 0.153 0.299 0.001 0.002 0.062 0.161 9 E 0.097 0.005 0.084 0.177 0.018 0.004 0.036 0.030 0.105 0.044 0.125 0.110 0.166 10 G 0.019 0.005 0.178 0.013 0.003 0.001 0.003 0.003 0.019 0.360 0.120 0.239 0.038 11 E 0.027 0.054 0.460 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.018 0.093 0.012 0.070 0.252 12 L 0.017 0.122 0.427 0.003 0.015 0.003 0.003 0.002 0.012 0.080 0.031 0.067 0.219 13 N 0.005 0.015 0.468 0.020 0.023 0.002 0.001 0.001 0.004 0.144 0.138 0.097 0.081 14 D 0.001 0.002 0.033 0.014 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.820 0.008 0.024 15 G 0.001 0.001 0.039 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.567 0.020 0.004 16 D 0.033 0.024 0.461 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.164 0.029 0.137 0.130 17 R 0.140 0.018 0.121 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.009 0.005 0.073 0.614 18 V 0.301 0.005 0.021 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.520 0.107 19 A 0.485 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.018 0.001 0.005 0.001 0.001 0.213 0.265 20 I 0.584 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.086 0.267 21 E 0.229 0.003 0.051 0.017 0.004 0.003 0.011 0.001 0.005 0.008 0.009 0.414 0.246 22 K 0.078 0.002 0.069 0.013 0.012 0.003 0.003 0.001 0.002 0.049 0.177 0.135 0.457 23 D 0.008 0.002 0.062 0.021 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.149 0.647 0.053 0.042 24 G 0.003 0.002 0.117 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.428 0.396 0.023 0.015 25 N 0.052 0.018 0.423 0.025 0.004 0.003 0.003 0.001 0.006 0.220 0.042 0.104 0.099 26 A 0.256 0.013 0.087 0.013 0.002 0.006 0.048 0.013 0.027 0.028 0.010 0.127 0.371 27 I 0.517 0.002 0.014 0.026 0.001 0.003 0.144 0.039 0.027 0.003 0.001 0.083 0.141 28 I 0.645 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 0.142 0.028 0.011 0.001 0.001 0.079 0.048 29 F 0.620 0.001 0.005 0.006 0.002 0.002 0.109 0.030 0.026 0.001 0.001 0.066 0.128 30 L 0.418 0.005 0.058 0.038 0.009 0.009 0.086 0.030 0.056 0.013 0.011 0.085 0.182 31 E 0.114 0.011 0.264 0.022 0.017 0.011 0.015 0.008 0.066 0.071 0.050 0.228 0.123 32 K 0.024 0.021 0.331 0.015 0.063 0.030 0.003 0.002 0.022 0.128 0.195 0.028 0.136 33 D 0.009 0.011 0.332 0.015 0.125 0.034 0.001 0.001 0.007 0.198 0.190 0.052 0.027 34 E 0.009 0.015 0.191 0.009 0.252 0.053 0.001 0.001 0.005 0.143 0.231 0.031 0.061 35 E 0.027 0.074 0.219 0.007 0.181 0.059 0.003 0.002 0.005 0.103 0.182 0.051 0.088 36 Y 0.022 0.066 0.350 0.006 0.060 0.047 0.003 0.002 0.008 0.112 0.094 0.094 0.136 37 S 0.007 0.028 0.320 0.011 0.057 0.029 0.001 0.001 0.004 0.080 0.321 0.035 0.106 38 G 0.002 0.004 0.062 0.019 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.168 0.672 0.036 0.010 39 N 0.003 0.004 0.090 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.280 0.538 0.011 0.046 40 G 0.021 0.006 0.170 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.409 0.187 0.109 0.073 41 K 0.223 0.010 0.105 0.014 0.002 0.006 0.014 0.002 0.009 0.039 0.017 0.240 0.320 42 L 0.440 0.003 0.013 0.012 0.001 0.004 0.067 0.011 0.014 0.004 0.003 0.104 0.324 43 L 0.616 0.001 0.006 0.135 0.001 0.003 0.082 0.008 0.005 0.002 0.001 0.090 0.052 44 Y 0.753 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.059 0.005 0.006 0.001 0.001 0.072 0.086 45 Q 0.766 0.001 0.004 0.017 0.001 0.002 0.048 0.005 0.005 0.001 0.001 0.070 0.080 46 V 0.703 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.088 0.008 0.013 0.001 0.001 0.059 0.118 47 I 0.591 0.003 0.027 0.026 0.003 0.009 0.060 0.009 0.025 0.007 0.006 0.119 0.115 48 Y 0.258 0.013 0.141 0.014 0.014 0.091 0.019 0.005 0.028 0.046 0.039 0.113 0.220 49 D 0.032 0.013 0.247 0.017 0.018 0.186 0.005 0.002 0.020 0.174 0.105 0.092 0.088 50 D 0.009 0.011 0.233 0.005 0.047 0.361 0.001 0.001 0.004 0.136 0.097 0.018 0.078 51 L 0.002 0.002 0.031 0.003 0.098 0.789 0.001 0.001 0.001 0.018 0.046 0.003 0.006 52 A 0.001 0.001 0.007 0.003 0.181 0.735 0.001 0.001 0.001 0.006 0.061 0.002 0.002 53 K 0.003 0.002 0.013 0.002 0.133 0.741 0.001 0.001 0.001 0.011 0.086 0.003 0.006 54 Y 0.006 0.002 0.013 0.002 0.053 0.849 0.001 0.001 0.001 0.009 0.051 0.002 0.009 55 M 0.015 0.008 0.039 0.004 0.028 0.768 0.002 0.001 0.004 0.024 0.069 0.022 0.015 56 S 0.015 0.011 0.105 0.009 0.040 0.627 0.002 0.001 0.007 0.034 0.084 0.014 0.050 57 L 0.004 0.004 0.080 0.009 0.042 0.693 0.001 0.001 0.004 0.061 0.078 0.011 0.013 58 D 0.003 0.003 0.066 0.011 0.091 0.458 0.001 0.001 0.004 0.092 0.245 0.011 0.017 59 T 0.013 0.007 0.096 0.006 0.143 0.389 0.002 0.002 0.009 0.063 0.182 0.025 0.063 60 L 0.023 0.014 0.139 0.018 0.078 0.312 0.005 0.006 0.025 0.119 0.136 0.041 0.084 61 K 0.019 0.013 0.274 0.042 0.046 0.185 0.004 0.002 0.022 0.114 0.191 0.044 0.043 62 K 0.035 0.008 0.218 0.084 0.060 0.082 0.005 0.003 0.030 0.148 0.168 0.056 0.102 63 D 0.094 0.005 0.175 0.117 0.016 0.029 0.012 0.014 0.044 0.221 0.077 0.077 0.118 64 V 0.367 0.002 0.044 0.022 0.003 0.007 0.067 0.051 0.091 0.030 0.007 0.181 0.130 65 L 0.570 0.001 0.007 0.011 0.001 0.002 0.155 0.065 0.037 0.002 0.001 0.031 0.118 66 I 0.599 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.151 0.075 0.034 0.001 0.001 0.096 0.032 67 Q 0.525 0.009 0.027 0.008 0.001 0.004 0.125 0.071 0.040 0.007 0.004 0.056 0.124 68 Y 0.051 0.006 0.480 0.006 0.001 0.001 0.007 0.006 0.046 0.052 0.007 0.181 0.156 69 P 0.006 0.003 0.236 0.029 0.017 0.003 0.002 0.001 0.008 0.177 0.464 0.010 0.045 70 D 0.002 0.003 0.080 0.006 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.238 0.621 0.020 0.005 71 K 0.008 0.009 0.235 0.008 0.040 0.008 0.001 0.001 0.002 0.370 0.241 0.013 0.065 72 H 0.065 0.024 0.338 0.015 0.024 0.018 0.003 0.001 0.007 0.178 0.073 0.169 0.083 73 T 0.154 0.028 0.161 0.019 0.015 0.044 0.025 0.004 0.021 0.043 0.030 0.057 0.400 74 L 0.315 0.011 0.071 0.053 0.010 0.054 0.040 0.009 0.027 0.015 0.006 0.237 0.151 75 T 0.424 0.004 0.025 0.078 0.007 0.043 0.050 0.009 0.016 0.007 0.006 0.176 0.156 76 Y 0.405 0.004 0.019 0.014 0.010 0.052 0.055 0.015 0.025 0.004 0.008 0.115 0.276 77 L 0.379 0.005 0.048 0.073 0.034 0.089 0.057 0.011 0.023 0.008 0.015 0.076 0.182 78 K 0.180 0.005 0.094 0.056 0.069 0.084 0.014 0.004 0.021 0.036 0.066 0.257 0.113 79 A 0.038 0.007 0.125 0.026 0.080 0.088 0.005 0.001 0.013 0.074 0.344 0.035 0.163 80 G 0.012 0.011 0.261 0.010 0.030 0.033 0.002 0.001 0.011 0.233 0.300 0.057 0.039 81 T 0.006 0.021 0.619 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.017 0.168 0.034 0.049 0.055 82 K 0.005 0.034 0.632 0.004 0.011 0.022 0.001 0.001 0.016 0.128 0.034 0.043 0.068