# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.002 0.001 0.049 0.026 0.051 0.150 0.001 0.001 0.017 0.690 2 K 0.008 0.004 0.001 0.054 0.056 0.107 0.090 0.002 0.001 0.038 0.640 3 I 0.022 0.003 0.001 0.033 0.074 0.050 0.106 0.002 0.001 0.078 0.629 4 P 0.006 0.005 0.001 0.291 0.138 0.198 0.063 0.001 0.001 0.068 0.229 5 K 0.005 0.004 0.001 0.239 0.072 0.313 0.038 0.001 0.001 0.062 0.265 6 I 0.001 0.002 0.001 0.311 0.284 0.284 0.013 0.001 0.001 0.020 0.083 7 Y 0.014 0.005 0.002 0.226 0.232 0.309 0.020 0.002 0.001 0.060 0.130 8 V 0.109 0.004 0.001 0.150 0.205 0.231 0.039 0.004 0.001 0.061 0.195 9 E 0.018 0.004 0.001 0.095 0.090 0.240 0.101 0.002 0.001 0.044 0.405 10 G 0.009 0.003 0.001 0.042 0.048 0.191 0.105 0.001 0.001 0.039 0.561 11 E 0.048 0.003 0.003 0.018 0.131 0.141 0.084 0.004 0.003 0.123 0.442 12 L 0.127 0.002 0.001 0.017 0.056 0.048 0.076 0.003 0.001 0.058 0.611 13 N 0.477 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.054 0.002 0.001 0.033 0.410 14 D 0.008 0.001 0.001 0.004 0.004 0.015 0.092 0.001 0.001 0.008 0.868 15 G 0.005 0.002 0.001 0.008 0.019 0.057 0.129 0.001 0.001 0.017 0.763 16 D 0.002 0.002 0.001 0.021 0.364 0.408 0.039 0.001 0.001 0.029 0.133 17 R 0.003 0.002 0.001 0.031 0.157 0.418 0.037 0.001 0.001 0.042 0.307 18 V 0.001 0.001 0.001 0.034 0.441 0.416 0.011 0.001 0.001 0.018 0.078 19 A 0.001 0.001 0.001 0.034 0.389 0.447 0.011 0.001 0.001 0.030 0.087 20 I 0.006 0.001 0.002 0.042 0.322 0.381 0.024 0.001 0.002 0.053 0.168 21 E 0.162 0.001 0.001 0.034 0.182 0.183 0.045 0.003 0.002 0.083 0.304 22 K 0.336 0.001 0.001 0.010 0.025 0.032 0.056 0.002 0.001 0.038 0.498 23 D 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.095 0.001 0.001 0.007 0.865 24 G 0.004 0.002 0.001 0.015 0.047 0.097 0.143 0.001 0.001 0.018 0.674 25 N 0.002 0.002 0.001 0.037 0.355 0.343 0.051 0.001 0.001 0.042 0.165 26 A 0.002 0.003 0.001 0.063 0.208 0.436 0.028 0.001 0.001 0.054 0.205 27 I 0.002 0.003 0.001 0.074 0.394 0.339 0.018 0.001 0.001 0.030 0.139 28 I 0.002 0.004 0.001 0.132 0.379 0.383 0.010 0.001 0.001 0.022 0.068 29 F 0.007 0.006 0.003 0.119 0.300 0.330 0.020 0.002 0.002 0.059 0.152 30 L 0.038 0.007 0.002 0.128 0.232 0.254 0.045 0.003 0.001 0.056 0.233 31 E 0.132 0.014 0.003 0.047 0.129 0.119 0.064 0.007 0.002 0.042 0.441 32 K 0.069 0.028 0.002 0.022 0.026 0.050 0.098 0.008 0.001 0.022 0.674 33 D 0.144 0.026 0.001 0.009 0.015 0.030 0.102 0.010 0.001 0.064 0.598 34 E 0.036 0.016 0.002 0.015 0.099 0.110 0.120 0.005 0.001 0.090 0.507 35 E 0.027 0.006 0.001 0.017 0.040 0.079 0.094 0.002 0.001 0.084 0.650 36 Y 0.033 0.004 0.004 0.017 0.090 0.099 0.113 0.002 0.002 0.082 0.553 37 S 0.141 0.005 0.001 0.017 0.030 0.042 0.087 0.003 0.001 0.047 0.628 38 G 0.195 0.003 0.001 0.006 0.019 0.032 0.085 0.002 0.001 0.036 0.620 39 N 0.005 0.002 0.001 0.004 0.013 0.032 0.110 0.001 0.001 0.009 0.824 40 G 0.003 0.003 0.001 0.017 0.137 0.341 0.082 0.001 0.001 0.014 0.401 41 K 0.001 0.002 0.001 0.021 0.379 0.423 0.028 0.001 0.001 0.017 0.129 42 L 0.001 0.002 0.001 0.028 0.379 0.448 0.014 0.001 0.001 0.017 0.111 43 L 0.002 0.003 0.001 0.033 0.360 0.398 0.016 0.001 0.001 0.042 0.144 44 Y 0.001 0.004 0.001 0.042 0.396 0.448 0.010 0.001 0.001 0.022 0.076 45 Q 0.003 0.010 0.001 0.043 0.380 0.409 0.014 0.001 0.001 0.028 0.111 46 V 0.002 0.014 0.001 0.044 0.540 0.289 0.011 0.001 0.001 0.017 0.082 47 I 0.018 0.167 0.002 0.048 0.359 0.221 0.017 0.005 0.001 0.032 0.130 48 Y 0.086 0.407 0.003 0.032 0.112 0.110 0.028 0.010 0.001 0.032 0.178 49 D 0.050 0.404 0.012 0.026 0.067 0.042 0.050 0.007 0.003 0.061 0.279 50 D 0.081 0.661 0.007 0.008 0.009 0.013 0.026 0.012 0.001 0.043 0.138 51 L 0.156 0.670 0.005 0.003 0.006 0.006 0.018 0.031 0.001 0.032 0.071 52 A 0.077 0.353 0.011 0.009 0.014 0.018 0.050 0.009 0.002 0.187 0.269 53 K 0.058 0.316 0.007 0.021 0.017 0.054 0.062 0.006 0.001 0.128 0.330 54 Y 0.078 0.175 0.010 0.015 0.030 0.042 0.094 0.015 0.002 0.126 0.414 55 M 0.029 0.109 0.015 0.057 0.058 0.080 0.121 0.005 0.005 0.136 0.385 56 S 0.097 0.320 0.007 0.012 0.024 0.038 0.058 0.012 0.002 0.076 0.353 57 L 0.169 0.154 0.007 0.006 0.012 0.013 0.089 0.031 0.002 0.053 0.464 58 D 0.068 0.126 0.012 0.019 0.032 0.048 0.122 0.011 0.005 0.091 0.468 59 T 0.069 0.038 0.008 0.021 0.022 0.056 0.147 0.003 0.002 0.147 0.486 60 L 0.032 0.020 0.005 0.058 0.041 0.063 0.150 0.005 0.002 0.113 0.510 61 K 0.026 0.009 0.004 0.110 0.035 0.068 0.109 0.003 0.001 0.090 0.543 62 K 0.013 0.006 0.003 0.159 0.090 0.150 0.097 0.002 0.001 0.074 0.406 63 D 0.006 0.004 0.001 0.208 0.055 0.158 0.068 0.002 0.001 0.103 0.394 64 V 0.003 0.002 0.001 0.302 0.160 0.310 0.031 0.001 0.001 0.057 0.133 65 L 0.006 0.001 0.001 0.305 0.144 0.195 0.034 0.001 0.001 0.092 0.223 66 I 0.001 0.001 0.001 0.350 0.205 0.207 0.033 0.001 0.001 0.039 0.163 67 Q 0.004 0.001 0.001 0.315 0.062 0.133 0.068 0.001 0.001 0.061 0.354 68 Y 0.202 0.003 0.002 0.056 0.038 0.056 0.114 0.005 0.002 0.104 0.418 69 P 0.143 0.003 0.001 0.013 0.009 0.013 0.109 0.003 0.001 0.073 0.632 70 D 0.035 0.006 0.001 0.006 0.005 0.016 0.107 0.001 0.001 0.022 0.801 71 K 0.013 0.008 0.001 0.011 0.031 0.054 0.128 0.001 0.001 0.057 0.696 72 H 0.006 0.028 0.001 0.027 0.154 0.167 0.095 0.001 0.001 0.072 0.449 73 T 0.013 0.060 0.001 0.034 0.204 0.272 0.054 0.003 0.001 0.069 0.289 74 L 0.013 0.056 0.001 0.049 0.219 0.280 0.050 0.003 0.001 0.055 0.273 75 T 0.009 0.047 0.002 0.103 0.229 0.398 0.029 0.002 0.001 0.054 0.127 76 Y 0.025 0.040 0.006 0.090 0.191 0.333 0.039 0.004 0.002 0.101 0.170 77 L 0.064 0.016 0.007 0.086 0.150 0.191 0.072 0.007 0.004 0.170 0.232 78 K 0.103 0.011 0.004 0.055 0.140 0.159 0.079 0.005 0.002 0.076 0.366 79 A 0.039 0.007 0.002 0.032 0.027 0.055 0.111 0.002 0.001 0.042 0.683 80 G 0.020 0.007 0.002 0.026 0.022 0.043 0.143 0.002 0.001 0.039 0.696 81 T 0.067 0.017 0.002 0.023 0.031 0.039 0.128 0.005 0.001 0.057 0.631 82 K 0.057 0.019 0.002 0.025 0.027 0.039 0.129 0.004 0.001 0.050 0.648