# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.452 0.105 0.039 0.073 0.072 0.062 0.076 0.048 0.036 0.023 0.014 2 K 0.180 0.197 0.072 0.212 0.160 0.073 0.053 0.023 0.017 0.009 0.004 3 I 0.035 0.024 0.025 0.051 0.048 0.074 0.152 0.153 0.189 0.130 0.118 4 P 0.078 0.105 0.066 0.177 0.195 0.128 0.119 0.058 0.041 0.023 0.011 5 K 0.072 0.098 0.085 0.187 0.156 0.118 0.109 0.063 0.061 0.033 0.017 6 I 0.012 0.011 0.017 0.032 0.045 0.066 0.147 0.167 0.207 0.170 0.126 7 Y 0.016 0.030 0.039 0.076 0.080 0.090 0.166 0.156 0.157 0.123 0.066 8 V 0.008 0.016 0.032 0.041 0.047 0.060 0.130 0.164 0.190 0.184 0.128 9 E 0.021 0.030 0.044 0.124 0.139 0.123 0.179 0.132 0.101 0.068 0.038 10 G 0.105 0.079 0.065 0.125 0.114 0.094 0.144 0.092 0.094 0.059 0.028 11 E 0.120 0.139 0.050 0.180 0.165 0.111 0.111 0.050 0.038 0.024 0.011 12 L 0.049 0.033 0.020 0.072 0.073 0.115 0.188 0.141 0.141 0.095 0.072 13 N 0.281 0.261 0.073 0.151 0.095 0.044 0.038 0.022 0.017 0.013 0.007 14 D 0.216 0.384 0.052 0.138 0.093 0.043 0.039 0.017 0.009 0.005 0.003 15 G 0.572 0.141 0.021 0.069 0.062 0.040 0.036 0.025 0.017 0.010 0.008 16 D 0.236 0.248 0.053 0.179 0.123 0.071 0.052 0.018 0.012 0.007 0.003 17 R 0.063 0.095 0.052 0.274 0.211 0.125 0.098 0.046 0.023 0.009 0.005 18 V 0.004 0.005 0.008 0.017 0.027 0.053 0.150 0.207 0.209 0.187 0.134 19 A 0.013 0.080 0.078 0.281 0.223 0.125 0.108 0.045 0.028 0.014 0.005 20 I 0.001 0.004 0.011 0.012 0.014 0.027 0.080 0.139 0.230 0.270 0.211 21 E 0.040 0.055 0.082 0.271 0.265 0.092 0.099 0.040 0.027 0.022 0.008 22 K 0.105 0.158 0.090 0.144 0.118 0.089 0.111 0.067 0.054 0.041 0.024 23 D 0.229 0.362 0.048 0.149 0.096 0.046 0.037 0.015 0.009 0.005 0.003 24 G 0.587 0.131 0.024 0.072 0.058 0.040 0.043 0.024 0.012 0.006 0.003 25 N 0.279 0.244 0.075 0.185 0.107 0.049 0.032 0.014 0.009 0.005 0.002 26 A 0.017 0.039 0.029 0.141 0.154 0.176 0.228 0.109 0.066 0.027 0.014 27 I 0.003 0.005 0.014 0.027 0.042 0.074 0.176 0.166 0.207 0.169 0.117 28 I 0.004 0.024 0.098 0.212 0.242 0.170 0.141 0.060 0.030 0.014 0.005 29 F 0.001 0.010 0.061 0.040 0.038 0.063 0.150 0.158 0.188 0.193 0.100 30 L 0.001 0.003 0.010 0.015 0.024 0.042 0.155 0.266 0.200 0.179 0.107 31 E 0.052 0.092 0.330 0.190 0.122 0.059 0.057 0.039 0.023 0.030 0.006 32 K 0.075 0.135 0.176 0.227 0.169 0.098 0.078 0.022 0.010 0.007 0.002 33 D 0.249 0.159 0.070 0.133 0.101 0.087 0.103 0.046 0.029 0.017 0.007 34 E 0.406 0.111 0.069 0.109 0.098 0.065 0.078 0.035 0.017 0.009 0.003 35 E 0.279 0.209 0.198 0.185 0.067 0.032 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 36 Y 0.014 0.019 0.026 0.040 0.047 0.131 0.221 0.158 0.161 0.104 0.079 37 S 0.211 0.213 0.112 0.195 0.134 0.054 0.045 0.018 0.010 0.005 0.002 38 G 0.218 0.184 0.117 0.114 0.092 0.084 0.078 0.042 0.036 0.021 0.013 39 N 0.266 0.299 0.093 0.144 0.107 0.039 0.026 0.011 0.008 0.005 0.002 40 G 0.208 0.082 0.031 0.100 0.106 0.114 0.172 0.085 0.058 0.029 0.015 41 K 0.037 0.076 0.067 0.225 0.254 0.141 0.095 0.046 0.033 0.018 0.008 42 L 0.005 0.017 0.031 0.070 0.083 0.117 0.226 0.193 0.139 0.074 0.045 43 L 0.005 0.013 0.034 0.062 0.067 0.088 0.175 0.148 0.174 0.146 0.088 44 Y 0.002 0.007 0.024 0.039 0.047 0.076 0.148 0.187 0.207 0.152 0.111 45 Q 0.013 0.035 0.146 0.276 0.266 0.094 0.083 0.037 0.026 0.017 0.006 46 V 0.004 0.005 0.017 0.017 0.019 0.044 0.124 0.174 0.235 0.223 0.138 47 I 0.023 0.056 0.075 0.135 0.117 0.115 0.171 0.097 0.103 0.078 0.030 48 Y 0.018 0.022 0.046 0.070 0.081 0.121 0.204 0.148 0.141 0.102 0.047 49 D 0.163 0.108 0.198 0.204 0.139 0.071 0.057 0.026 0.018 0.012 0.005 50 D 0.033 0.061 0.067 0.108 0.108 0.127 0.205 0.117 0.092 0.057 0.024 51 L 0.008 0.010 0.018 0.027 0.029 0.053 0.132 0.146 0.207 0.191 0.179 52 A 0.043 0.048 0.150 0.203 0.180 0.151 0.117 0.048 0.032 0.022 0.008 53 K 0.038 0.070 0.251 0.293 0.200 0.077 0.044 0.015 0.007 0.003 0.001 54 Y 0.010 0.012 0.024 0.037 0.037 0.072 0.183 0.171 0.190 0.150 0.114 55 M 0.013 0.014 0.030 0.032 0.034 0.060 0.161 0.159 0.202 0.182 0.113 56 S 0.023 0.140 0.297 0.209 0.129 0.072 0.064 0.029 0.019 0.013 0.005 57 L 0.018 0.030 0.047 0.100 0.108 0.195 0.232 0.120 0.085 0.041 0.026 58 D 0.514 0.151 0.095 0.101 0.058 0.023 0.025 0.012 0.010 0.008 0.003 59 T 0.128 0.187 0.058 0.241 0.188 0.084 0.067 0.025 0.013 0.006 0.003 60 L 0.008 0.007 0.012 0.019 0.017 0.036 0.078 0.093 0.213 0.216 0.301 61 K 0.046 0.124 0.115 0.307 0.253 0.078 0.048 0.014 0.009 0.004 0.002 62 K 0.044 0.087 0.141 0.177 0.151 0.126 0.120 0.061 0.053 0.028 0.014 63 D 0.021 0.027 0.045 0.107 0.137 0.171 0.179 0.101 0.095 0.078 0.039 64 V 0.005 0.016 0.029 0.050 0.057 0.078 0.190 0.251 0.165 0.103 0.057 65 L 0.003 0.010 0.038 0.042 0.041 0.045 0.114 0.150 0.199 0.222 0.136 66 I 0.005 0.010 0.041 0.050 0.059 0.089 0.184 0.149 0.182 0.146 0.086 67 Q 0.033 0.073 0.147 0.257 0.248 0.089 0.079 0.034 0.021 0.014 0.005 68 Y 0.012 0.014 0.013 0.032 0.039 0.096 0.204 0.186 0.171 0.130 0.103 69 P 0.240 0.296 0.069 0.147 0.094 0.045 0.043 0.027 0.019 0.015 0.006 70 D 0.592 0.235 0.039 0.060 0.033 0.014 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 71 K 0.382 0.192 0.049 0.144 0.107 0.058 0.034 0.016 0.010 0.006 0.003 72 H 0.131 0.089 0.037 0.105 0.110 0.122 0.163 0.092 0.077 0.050 0.024 73 T 0.068 0.150 0.083 0.208 0.176 0.114 0.104 0.046 0.030 0.015 0.007 74 L 0.010 0.013 0.025 0.047 0.060 0.110 0.179 0.171 0.172 0.125 0.088 75 T 0.044 0.065 0.121 0.247 0.196 0.110 0.103 0.047 0.034 0.023 0.009 76 Y 0.009 0.026 0.048 0.086 0.094 0.099 0.178 0.167 0.142 0.097 0.056 77 L 0.005 0.007 0.020 0.026 0.025 0.042 0.106 0.126 0.212 0.236 0.193 78 K 0.016 0.031 0.077 0.166 0.189 0.147 0.169 0.082 0.062 0.042 0.018 79 A 0.120 0.152 0.195 0.207 0.154 0.061 0.052 0.026 0.017 0.011 0.004 80 G 0.156 0.089 0.049 0.097 0.093 0.104 0.160 0.094 0.075 0.053 0.029 81 T 0.113 0.100 0.038 0.088 0.076 0.094 0.144 0.112 0.106 0.078 0.050 82 K 0.393 0.205 0.087 0.133 0.076 0.039 0.031 0.017 0.010 0.006 0.003