# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.023 0.004 0.035 0.076 0.112 0.089 0.002 0.001 0.005 0.580 2 K 0.048 0.007 0.002 0.044 0.046 0.103 0.062 0.002 0.001 0.006 0.679 3 I 0.041 0.004 0.004 0.059 0.069 0.081 0.086 0.001 0.001 0.002 0.653 4 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.969 5 K 0.006 0.001 0.001 0.079 0.107 0.181 0.049 0.001 0.001 0.001 0.575 6 I 0.016 0.004 0.001 0.183 0.180 0.136 0.047 0.001 0.001 0.002 0.431 7 Y 0.044 0.002 0.001 0.213 0.193 0.429 0.011 0.001 0.001 0.003 0.104 8 V 0.012 0.008 0.001 0.204 0.194 0.177 0.092 0.001 0.001 0.004 0.308 9 E 0.019 0.008 0.001 0.118 0.143 0.282 0.076 0.001 0.001 0.003 0.350 10 G 0.022 0.011 0.001 0.062 0.129 0.146 0.129 0.002 0.001 0.011 0.486 11 E 0.080 0.006 0.007 0.028 0.071 0.087 0.153 0.002 0.001 0.003 0.562 12 L 0.136 0.004 0.002 0.027 0.176 0.318 0.042 0.001 0.001 0.003 0.292 13 N 0.016 0.006 0.001 0.018 0.078 0.116 0.256 0.001 0.001 0.005 0.503 14 D 0.062 0.006 0.001 0.013 0.039 0.074 0.136 0.001 0.001 0.010 0.658 15 G 0.138 0.009 0.003 0.018 0.060 0.084 0.139 0.003 0.001 0.041 0.506 16 D 0.249 0.003 0.013 0.014 0.072 0.071 0.254 0.001 0.001 0.014 0.309 17 R 0.048 0.001 0.004 0.011 0.060 0.074 0.101 0.001 0.001 0.002 0.698 18 V 0.011 0.001 0.001 0.014 0.316 0.602 0.015 0.001 0.001 0.001 0.040 19 A 0.005 0.001 0.001 0.029 0.295 0.577 0.020 0.001 0.001 0.001 0.071 20 I 0.002 0.001 0.001 0.016 0.361 0.550 0.010 0.001 0.001 0.001 0.058 21 E 0.002 0.002 0.001 0.013 0.425 0.527 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 22 K 0.001 0.003 0.001 0.010 0.351 0.446 0.047 0.001 0.001 0.001 0.140 23 D 0.010 0.003 0.001 0.012 0.120 0.297 0.102 0.001 0.001 0.004 0.452 24 G 0.140 0.003 0.002 0.019 0.063 0.129 0.120 0.001 0.001 0.043 0.480 25 N 0.219 0.005 0.011 0.021 0.063 0.062 0.277 0.001 0.001 0.017 0.324 26 A 0.078 0.004 0.003 0.035 0.136 0.165 0.123 0.001 0.001 0.006 0.449 27 I 0.025 0.005 0.003 0.065 0.280 0.515 0.021 0.001 0.001 0.002 0.084 28 I 0.007 0.003 0.001 0.104 0.334 0.493 0.017 0.001 0.001 0.001 0.039 29 F 0.006 0.005 0.001 0.069 0.298 0.459 0.017 0.001 0.001 0.001 0.144 30 L 0.004 0.007 0.001 0.099 0.276 0.564 0.010 0.001 0.001 0.001 0.038 31 E 0.005 0.013 0.001 0.051 0.275 0.377 0.074 0.001 0.001 0.003 0.200 32 K 0.011 0.010 0.002 0.027 0.071 0.170 0.137 0.002 0.001 0.005 0.566 33 D 0.057 0.009 0.002 0.021 0.038 0.140 0.150 0.001 0.001 0.013 0.568 34 E 0.078 0.008 0.002 0.009 0.009 0.017 0.116 0.001 0.001 0.017 0.742 35 E 0.070 0.013 0.004 0.006 0.010 0.013 0.344 0.002 0.001 0.009 0.528 36 Y 0.418 0.067 0.006 0.020 0.029 0.052 0.099 0.007 0.001 0.007 0.295 37 S 0.118 0.113 0.007 0.029 0.058 0.078 0.074 0.007 0.001 0.008 0.508 38 G 0.051 0.017 0.004 0.012 0.024 0.034 0.071 0.007 0.001 0.009 0.769 39 N 0.079 0.005 0.003 0.007 0.010 0.019 0.184 0.002 0.001 0.002 0.689 40 G 0.095 0.008 0.003 0.015 0.035 0.048 0.143 0.002 0.001 0.020 0.630 41 K 0.282 0.010 0.024 0.037 0.101 0.099 0.226 0.001 0.001 0.009 0.212 42 L 0.038 0.008 0.002 0.049 0.134 0.138 0.176 0.001 0.001 0.003 0.451 43 L 0.012 0.006 0.001 0.078 0.238 0.591 0.022 0.001 0.001 0.002 0.049 44 Y 0.006 0.014 0.001 0.077 0.297 0.488 0.027 0.001 0.001 0.001 0.088 45 Q 0.008 0.026 0.001 0.104 0.302 0.397 0.031 0.001 0.001 0.002 0.129 46 V 0.004 0.057 0.001 0.085 0.353 0.355 0.027 0.001 0.001 0.002 0.115 47 I 0.007 0.062 0.002 0.105 0.236 0.427 0.041 0.001 0.001 0.002 0.116 48 Y 0.041 0.121 0.005 0.152 0.150 0.311 0.020 0.001 0.001 0.003 0.196 49 D 0.025 0.242 0.004 0.067 0.071 0.103 0.086 0.002 0.001 0.005 0.395 50 D 0.049 0.187 0.004 0.030 0.015 0.028 0.235 0.003 0.001 0.010 0.439 51 L 0.097 0.457 0.007 0.020 0.005 0.018 0.106 0.005 0.001 0.005 0.279 52 A 0.091 0.478 0.008 0.007 0.005 0.007 0.195 0.003 0.001 0.008 0.197 53 K 0.116 0.718 0.007 0.003 0.003 0.004 0.045 0.007 0.001 0.002 0.095 54 Y 0.120 0.798 0.010 0.002 0.002 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.045 55 M 0.036 0.845 0.033 0.005 0.020 0.008 0.006 0.008 0.001 0.001 0.038 56 S 0.039 0.656 0.019 0.008 0.032 0.026 0.024 0.022 0.001 0.001 0.172 57 L 0.134 0.555 0.005 0.014 0.021 0.058 0.012 0.025 0.001 0.001 0.175 58 D 0.153 0.403 0.006 0.017 0.020 0.035 0.064 0.036 0.001 0.004 0.264 59 T 0.245 0.170 0.046 0.030 0.017 0.020 0.125 0.025 0.001 0.010 0.313 60 L 0.159 0.236 0.094 0.080 0.030 0.037 0.141 0.015 0.001 0.008 0.199 61 K 0.131 0.123 0.029 0.095 0.113 0.115 0.125 0.008 0.001 0.012 0.248 62 K 0.040 0.037 0.006 0.057 0.064 0.103 0.053 0.008 0.001 0.004 0.628 63 D 0.133 0.026 0.016 0.112 0.119 0.188 0.128 0.006 0.001 0.012 0.260 64 V 0.200 0.010 0.007 0.228 0.258 0.159 0.051 0.001 0.001 0.006 0.080 65 L 0.007 0.006 0.006 0.317 0.207 0.204 0.049 0.001 0.001 0.002 0.200 66 I 0.002 0.001 0.001 0.538 0.119 0.318 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 67 Q 0.004 0.004 0.001 0.261 0.130 0.326 0.020 0.001 0.001 0.001 0.253 68 Y 0.004 0.003 0.001 0.251 0.202 0.304 0.037 0.001 0.001 0.001 0.196 69 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.976 70 D 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 0.042 0.119 0.001 0.001 0.002 0.801 71 K 0.303 0.002 0.001 0.016 0.017 0.033 0.070 0.001 0.001 0.013 0.546 72 H 0.140 0.010 0.002 0.027 0.076 0.071 0.162 0.001 0.001 0.015 0.496 73 T 0.130 0.007 0.002 0.027 0.069 0.092 0.181 0.001 0.001 0.005 0.487 74 L 0.105 0.015 0.005 0.074 0.168 0.259 0.058 0.001 0.001 0.004 0.313 75 T 0.010 0.008 0.001 0.068 0.377 0.390 0.060 0.001 0.001 0.002 0.084 76 Y 0.008 0.019 0.001 0.066 0.208 0.393 0.055 0.001 0.001 0.002 0.248 77 L 0.008 0.036 0.001 0.142 0.241 0.484 0.018 0.001 0.001 0.003 0.067 78 K 0.012 0.075 0.001 0.067 0.360 0.261 0.104 0.001 0.001 0.004 0.115 79 A 0.035 0.147 0.002 0.048 0.158 0.204 0.089 0.006 0.001 0.006 0.304 80 G 0.237 0.064 0.008 0.045 0.049 0.151 0.069 0.015 0.001 0.031 0.331 81 T 0.306 0.028 0.099 0.024 0.022 0.029 0.167 0.006 0.001 0.006 0.312 82 K 0.021 0.005 0.003 0.010 0.017 0.028 0.039 0.002 0.001 0.004 0.870