# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.013 0.056 0.106 0.120 0.083 0.024 0.512 2 K 0.130 0.006 0.066 0.090 0.132 0.084 0.036 0.456 3 I 0.045 0.001 0.114 0.117 0.137 0.059 0.004 0.523 4 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.991 5 K 0.004 0.001 0.146 0.158 0.391 0.044 0.001 0.256 6 I 0.019 0.001 0.366 0.193 0.219 0.018 0.002 0.182 7 Y 0.005 0.001 0.368 0.246 0.294 0.014 0.001 0.071 8 V 0.004 0.001 0.233 0.264 0.333 0.025 0.001 0.140 9 E 0.002 0.001 0.182 0.150 0.430 0.037 0.001 0.198 10 G 0.006 0.001 0.049 0.225 0.311 0.073 0.004 0.331 11 E 0.048 0.001 0.027 0.067 0.126 0.107 0.006 0.618 12 L 0.033 0.003 0.031 0.141 0.201 0.109 0.005 0.477 13 N 0.032 0.005 0.015 0.090 0.154 0.217 0.012 0.474 14 D 0.043 0.005 0.011 0.037 0.046 0.104 0.018 0.735 15 G 0.114 0.013 0.025 0.059 0.047 0.157 0.065 0.519 16 D 0.380 0.002 0.031 0.047 0.063 0.302 0.024 0.152 17 R 0.031 0.001 0.036 0.109 0.148 0.126 0.003 0.546 18 V 0.012 0.001 0.034 0.311 0.559 0.036 0.001 0.046 19 A 0.005 0.001 0.044 0.351 0.473 0.016 0.001 0.110 20 I 0.002 0.001 0.028 0.319 0.513 0.011 0.001 0.124 21 E 0.002 0.001 0.031 0.285 0.592 0.020 0.001 0.068 22 K 0.009 0.004 0.024 0.166 0.384 0.105 0.004 0.305 23 D 0.022 0.006 0.020 0.067 0.128 0.145 0.013 0.599 24 G 0.160 0.006 0.025 0.049 0.048 0.130 0.080 0.501 25 N 0.238 0.002 0.039 0.031 0.031 0.386 0.021 0.251 26 A 0.053 0.002 0.105 0.113 0.160 0.206 0.008 0.353 27 I 0.025 0.004 0.119 0.238 0.512 0.048 0.002 0.052 28 I 0.004 0.001 0.315 0.302 0.338 0.010 0.001 0.029 29 F 0.002 0.003 0.124 0.281 0.433 0.015 0.001 0.141 30 L 0.004 0.002 0.209 0.192 0.537 0.014 0.001 0.041 31 E 0.008 0.006 0.066 0.206 0.371 0.117 0.004 0.224 32 K 0.028 0.006 0.061 0.056 0.211 0.121 0.012 0.504 33 D 0.038 0.008 0.016 0.025 0.063 0.144 0.009 0.696 34 E 0.070 0.006 0.007 0.015 0.019 0.113 0.014 0.756 35 E 0.058 0.014 0.011 0.029 0.038 0.310 0.013 0.527 36 Y 0.162 0.050 0.020 0.057 0.078 0.120 0.013 0.501 37 S 0.033 0.072 0.029 0.087 0.106 0.111 0.009 0.551 38 G 0.041 0.036 0.021 0.052 0.078 0.097 0.027 0.647 39 N 0.113 0.019 0.017 0.029 0.028 0.151 0.028 0.615 40 G 0.131 0.027 0.042 0.128 0.064 0.118 0.092 0.397 41 K 0.503 0.002 0.020 0.039 0.103 0.257 0.007 0.069 42 L 0.016 0.002 0.040 0.211 0.195 0.097 0.002 0.437 43 L 0.006 0.002 0.032 0.335 0.575 0.028 0.001 0.021 44 Y 0.005 0.003 0.064 0.374 0.478 0.015 0.001 0.060 45 Q 0.002 0.004 0.064 0.317 0.523 0.014 0.001 0.076 46 V 0.003 0.006 0.094 0.286 0.467 0.028 0.001 0.116 47 I 0.005 0.021 0.149 0.230 0.434 0.043 0.002 0.116 48 Y 0.006 0.061 0.155 0.169 0.318 0.037 0.003 0.250 49 D 0.019 0.088 0.079 0.075 0.162 0.117 0.009 0.451 50 D 0.077 0.092 0.021 0.020 0.040 0.199 0.018 0.532 51 L 0.118 0.179 0.014 0.007 0.028 0.368 0.016 0.270 52 A 0.073 0.263 0.005 0.004 0.008 0.392 0.016 0.238 53 K 0.082 0.637 0.002 0.002 0.003 0.109 0.013 0.151 54 Y 0.063 0.871 0.004 0.002 0.003 0.008 0.006 0.044 55 M 0.028 0.893 0.007 0.008 0.011 0.011 0.006 0.036 56 S 0.022 0.839 0.014 0.019 0.028 0.008 0.009 0.060 57 L 0.057 0.683 0.022 0.025 0.059 0.012 0.017 0.125 58 D 0.110 0.498 0.019 0.036 0.035 0.061 0.033 0.208 59 T 0.154 0.328 0.026 0.022 0.023 0.091 0.030 0.327 60 L 0.123 0.505 0.032 0.032 0.042 0.090 0.016 0.160 61 K 0.102 0.354 0.045 0.058 0.080 0.112 0.025 0.224 62 K 0.052 0.321 0.047 0.042 0.057 0.077 0.023 0.380 63 D 0.109 0.303 0.087 0.071 0.074 0.090 0.031 0.237 64 V 0.082 0.310 0.177 0.127 0.129 0.052 0.025 0.098 65 L 0.041 0.185 0.220 0.133 0.243 0.046 0.019 0.113 66 I 0.026 0.071 0.324 0.259 0.208 0.021 0.015 0.075 67 Q 0.031 0.090 0.160 0.175 0.218 0.028 0.025 0.274 68 Y 0.027 0.019 0.211 0.183 0.285 0.044 0.012 0.218 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 70 D 0.004 0.001 0.012 0.040 0.097 0.095 0.005 0.745 71 K 0.236 0.002 0.011 0.012 0.014 0.059 0.019 0.648 72 H 0.306 0.005 0.034 0.059 0.050 0.211 0.015 0.319 73 T 0.124 0.003 0.066 0.096 0.118 0.182 0.007 0.403 74 L 0.025 0.006 0.149 0.230 0.295 0.058 0.002 0.234 75 T 0.007 0.003 0.096 0.366 0.421 0.027 0.001 0.080 76 Y 0.006 0.004 0.087 0.255 0.403 0.019 0.002 0.225 77 L 0.006 0.006 0.140 0.224 0.522 0.022 0.002 0.078 78 K 0.008 0.019 0.088 0.281 0.389 0.073 0.003 0.140 79 A 0.010 0.029 0.052 0.078 0.167 0.048 0.007 0.610 80 G 0.127 0.026 0.053 0.070 0.102 0.087 0.048 0.487 81 T 0.349 0.009 0.040 0.027 0.031 0.113 0.027 0.403 82 K 0.029 0.017 0.049 0.047 0.061 0.081 0.009 0.707