# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.320 0.317 0.075 0.071 0.020 0.067 0.011 0.030 0.006 0.001 2 K 0.078 0.311 0.457 0.054 0.020 0.044 0.012 0.001 0.017 0.001 0.004 3 I 0.003 0.314 0.518 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.138 0.001 0.001 4 P 0.052 0.005 0.874 0.008 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.043 5 K 0.020 0.648 0.129 0.041 0.108 0.014 0.011 0.008 0.021 0.001 0.001 6 I 0.002 0.905 0.060 0.002 0.023 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 7 Y 0.003 0.811 0.133 0.002 0.028 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 8 V 0.004 0.856 0.082 0.002 0.031 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 E 0.032 0.422 0.354 0.031 0.055 0.045 0.004 0.001 0.055 0.001 0.001 10 G 0.040 0.096 0.116 0.023 0.381 0.024 0.050 0.148 0.017 0.105 0.001 11 E 0.066 0.437 0.300 0.042 0.075 0.044 0.008 0.002 0.022 0.003 0.001 12 L 0.210 0.238 0.389 0.075 0.027 0.030 0.007 0.002 0.016 0.004 0.002 13 N 0.185 0.181 0.135 0.201 0.095 0.034 0.079 0.030 0.036 0.022 0.001 14 D 0.070 0.044 0.148 0.436 0.027 0.017 0.220 0.015 0.013 0.007 0.001 15 G 0.007 0.003 0.010 0.006 0.025 0.001 0.050 0.753 0.001 0.145 0.001 16 D 0.060 0.197 0.522 0.112 0.043 0.017 0.024 0.004 0.014 0.005 0.002 17 R 0.028 0.344 0.444 0.050 0.044 0.033 0.021 0.004 0.024 0.002 0.005 18 V 0.005 0.836 0.108 0.003 0.037 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 19 A 0.008 0.606 0.311 0.004 0.029 0.023 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 20 I 0.006 0.846 0.103 0.002 0.019 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 E 0.027 0.653 0.207 0.006 0.051 0.028 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 K 0.111 0.547 0.124 0.041 0.113 0.026 0.009 0.003 0.021 0.005 0.001 23 D 0.034 0.063 0.125 0.359 0.037 0.035 0.294 0.015 0.029 0.006 0.001 24 G 0.005 0.002 0.006 0.005 0.027 0.001 0.061 0.734 0.001 0.158 0.001 25 N 0.062 0.222 0.396 0.145 0.072 0.027 0.045 0.008 0.016 0.005 0.002 26 A 0.017 0.622 0.260 0.030 0.034 0.019 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 27 I 0.006 0.809 0.135 0.003 0.029 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 28 I 0.013 0.727 0.169 0.004 0.043 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 29 F 0.028 0.597 0.215 0.011 0.054 0.054 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 30 L 0.075 0.466 0.324 0.021 0.040 0.042 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 31 E 0.187 0.261 0.321 0.046 0.087 0.046 0.014 0.003 0.026 0.007 0.002 32 K 0.341 0.167 0.208 0.129 0.073 0.027 0.020 0.007 0.019 0.008 0.001 33 D 0.260 0.087 0.202 0.192 0.068 0.047 0.079 0.020 0.034 0.010 0.001 34 E 0.578 0.071 0.168 0.093 0.021 0.029 0.020 0.008 0.008 0.003 0.001 35 E 0.558 0.125 0.135 0.118 0.020 0.017 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 36 Y 0.286 0.247 0.173 0.175 0.040 0.034 0.014 0.003 0.025 0.002 0.001 37 S 0.196 0.114 0.250 0.269 0.047 0.021 0.075 0.006 0.015 0.008 0.001 38 G 0.044 0.009 0.020 0.018 0.070 0.003 0.050 0.466 0.002 0.317 0.001 39 N 0.059 0.074 0.250 0.400 0.030 0.023 0.134 0.005 0.018 0.004 0.002 40 G 0.013 0.025 0.068 0.012 0.070 0.009 0.173 0.485 0.009 0.135 0.001 41 K 0.029 0.448 0.434 0.014 0.043 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 42 L 0.030 0.533 0.352 0.015 0.022 0.034 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 43 L 0.057 0.586 0.261 0.020 0.034 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 44 Y 0.028 0.696 0.095 0.016 0.131 0.014 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 45 Q 0.028 0.659 0.210 0.009 0.049 0.019 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 46 V 0.023 0.630 0.287 0.005 0.015 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 47 I 0.076 0.518 0.230 0.009 0.044 0.099 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 48 Y 0.487 0.159 0.163 0.051 0.043 0.066 0.005 0.001 0.023 0.001 0.002 49 D 0.703 0.025 0.045 0.091 0.029 0.039 0.042 0.009 0.013 0.002 0.001 50 D 0.662 0.021 0.034 0.173 0.014 0.049 0.026 0.004 0.015 0.001 0.001 51 L 0.940 0.008 0.011 0.036 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.978 0.003 0.004 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.956 0.002 0.004 0.030 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.837 0.015 0.024 0.103 0.003 0.005 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 55 M 0.704 0.065 0.127 0.069 0.003 0.018 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 56 S 0.628 0.110 0.101 0.074 0.019 0.044 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 57 L 0.826 0.044 0.042 0.054 0.011 0.014 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 58 D 0.701 0.018 0.030 0.141 0.010 0.031 0.053 0.005 0.010 0.001 0.001 59 T 0.634 0.084 0.049 0.147 0.023 0.019 0.030 0.004 0.009 0.001 0.001 60 L 0.575 0.130 0.137 0.095 0.011 0.033 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 61 K 0.363 0.193 0.230 0.122 0.029 0.037 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 62 K 0.334 0.282 0.205 0.080 0.060 0.014 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 63 D 0.228 0.160 0.274 0.124 0.040 0.079 0.033 0.004 0.056 0.001 0.002 64 V 0.079 0.685 0.120 0.037 0.058 0.008 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 65 L 0.056 0.580 0.279 0.019 0.016 0.026 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 66 I 0.016 0.711 0.216 0.007 0.018 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 67 Q 0.032 0.536 0.272 0.025 0.030 0.069 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 68 Y 0.003 0.231 0.422 0.001 0.031 0.022 0.002 0.001 0.286 0.001 0.001 69 P 0.349 0.004 0.526 0.015 0.002 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.084 70 D 0.050 0.068 0.091 0.376 0.046 0.037 0.204 0.091 0.029 0.007 0.001 71 K 0.158 0.146 0.317 0.229 0.030 0.031 0.049 0.012 0.021 0.003 0.004 72 H 0.102 0.352 0.256 0.132 0.076 0.022 0.034 0.006 0.015 0.004 0.001 73 T 0.023 0.697 0.143 0.028 0.074 0.021 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 74 L 0.031 0.656 0.238 0.011 0.029 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 75 T 0.062 0.679 0.118 0.011 0.093 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 76 Y 0.077 0.549 0.124 0.019 0.125 0.068 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 77 L 0.119 0.517 0.247 0.017 0.024 0.044 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 78 K 0.297 0.351 0.200 0.035 0.036 0.047 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 79 A 0.306 0.139 0.234 0.181 0.056 0.032 0.024 0.001 0.022 0.002 0.001 80 G 0.066 0.008 0.034 0.027 0.099 0.008 0.077 0.408 0.004 0.270 0.001 81 T 0.191 0.139 0.388 0.145 0.062 0.024 0.022 0.003 0.020 0.006 0.001 82 K 0.306 0.111 0.270 0.122 0.051 0.039 0.050 0.019 0.013 0.016 0.003