# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.253 0.114 0.021 0.313 0.015 0.016 0.027 0.033 0.075 0.039 2 K 0.147 0.247 0.096 0.010 0.385 0.011 0.019 0.014 0.015 0.029 0.029 3 I 0.214 0.339 0.098 0.013 0.245 0.009 0.010 0.010 0.012 0.009 0.042 4 P 0.093 0.335 0.076 0.018 0.306 0.033 0.075 0.019 0.016 0.012 0.018 5 K 0.316 0.094 0.009 0.002 0.520 0.002 0.007 0.005 0.006 0.006 0.033 6 I 0.208 0.136 0.009 0.001 0.617 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.018 7 Y 0.264 0.079 0.006 0.001 0.604 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.033 8 V 0.396 0.068 0.024 0.030 0.258 0.018 0.010 0.010 0.004 0.015 0.166 9 E 0.046 0.096 0.061 0.283 0.075 0.181 0.133 0.039 0.022 0.033 0.030 10 G 0.053 0.098 0.217 0.230 0.069 0.027 0.013 0.016 0.020 0.187 0.069 11 E 0.110 0.256 0.091 0.019 0.378 0.010 0.009 0.030 0.022 0.043 0.032 12 L 0.142 0.234 0.100 0.026 0.194 0.033 0.045 0.081 0.066 0.032 0.046 13 N 0.061 0.036 0.155 0.191 0.039 0.171 0.096 0.093 0.062 0.052 0.045 14 D 0.018 0.137 0.092 0.148 0.037 0.071 0.207 0.165 0.087 0.027 0.011 15 G 0.027 0.012 0.024 0.071 0.012 0.025 0.008 0.014 0.020 0.629 0.159 16 D 0.032 0.478 0.141 0.018 0.210 0.014 0.029 0.013 0.013 0.032 0.018 17 R 0.376 0.077 0.008 0.003 0.471 0.005 0.010 0.004 0.004 0.007 0.036 18 V 0.216 0.134 0.014 0.005 0.598 0.004 0.004 0.002 0.002 0.002 0.019 19 A 0.241 0.079 0.006 0.001 0.648 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 20 I 0.297 0.125 0.014 0.003 0.499 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.052 21 E 0.285 0.147 0.097 0.053 0.252 0.033 0.027 0.007 0.004 0.016 0.079 22 K 0.078 0.048 0.163 0.257 0.067 0.112 0.083 0.050 0.045 0.047 0.049 23 D 0.023 0.082 0.110 0.402 0.039 0.124 0.081 0.037 0.042 0.048 0.011 24 G 0.040 0.025 0.028 0.183 0.029 0.059 0.027 0.019 0.037 0.452 0.100 25 N 0.063 0.318 0.095 0.039 0.207 0.029 0.046 0.027 0.032 0.096 0.047 26 A 0.253 0.077 0.007 0.002 0.615 0.004 0.010 0.007 0.006 0.006 0.014 27 I 0.314 0.061 0.004 0.002 0.596 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.011 28 I 0.227 0.109 0.011 0.003 0.578 0.009 0.008 0.006 0.003 0.004 0.041 29 F 0.407 0.077 0.012 0.003 0.387 0.003 0.005 0.006 0.003 0.017 0.078 30 L 0.158 0.205 0.053 0.031 0.271 0.020 0.021 0.026 0.019 0.072 0.123 31 E 0.108 0.199 0.199 0.065 0.243 0.034 0.034 0.035 0.020 0.030 0.032 32 K 0.050 0.212 0.089 0.056 0.094 0.047 0.084 0.140 0.124 0.076 0.029 33 D 0.102 0.123 0.094 0.046 0.147 0.027 0.028 0.096 0.081 0.173 0.081 34 E 0.050 0.113 0.049 0.013 0.112 0.021 0.041 0.278 0.215 0.077 0.031 35 E 0.084 0.171 0.066 0.014 0.145 0.017 0.062 0.206 0.090 0.097 0.048 36 Y 0.160 0.114 0.046 0.031 0.186 0.037 0.046 0.113 0.050 0.123 0.094 37 S 0.051 0.209 0.238 0.107 0.070 0.060 0.067 0.093 0.048 0.035 0.020 38 G 0.028 0.016 0.057 0.140 0.021 0.110 0.081 0.165 0.124 0.191 0.069 39 N 0.050 0.293 0.156 0.083 0.134 0.046 0.059 0.047 0.048 0.068 0.015 40 G 0.069 0.040 0.026 0.029 0.047 0.039 0.026 0.031 0.040 0.489 0.162 41 K 0.083 0.354 0.051 0.004 0.417 0.006 0.022 0.020 0.014 0.016 0.012 42 L 0.300 0.048 0.003 0.001 0.619 0.002 0.005 0.007 0.003 0.002 0.010 43 L 0.308 0.094 0.007 0.006 0.479 0.011 0.015 0.016 0.008 0.005 0.051 44 Y 0.212 0.102 0.014 0.003 0.617 0.007 0.009 0.008 0.003 0.006 0.020 45 Q 0.273 0.088 0.007 0.002 0.582 0.001 0.002 0.006 0.002 0.005 0.031 46 V 0.253 0.174 0.019 0.005 0.405 0.006 0.007 0.012 0.005 0.015 0.100 47 I 0.204 0.220 0.068 0.017 0.309 0.018 0.022 0.037 0.010 0.025 0.069 48 Y 0.098 0.132 0.034 0.019 0.163 0.019 0.015 0.256 0.172 0.052 0.039 49 D 0.012 0.022 0.012 0.014 0.019 0.048 0.092 0.577 0.148 0.048 0.007 50 D 0.029 0.054 0.021 0.005 0.042 0.004 0.017 0.611 0.093 0.109 0.016 51 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.782 0.178 0.017 0.004 52 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.839 0.145 0.003 0.001 53 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.018 0.852 0.095 0.018 0.001 54 Y 0.015 0.006 0.002 0.001 0.013 0.002 0.028 0.791 0.080 0.050 0.012 55 M 0.019 0.067 0.021 0.003 0.047 0.007 0.021 0.592 0.169 0.044 0.010 56 S 0.071 0.092 0.038 0.005 0.104 0.011 0.049 0.450 0.081 0.062 0.035 57 L 0.014 0.077 0.020 0.006 0.041 0.012 0.051 0.471 0.274 0.029 0.006 58 D 0.017 0.020 0.016 0.014 0.024 0.020 0.078 0.519 0.169 0.105 0.018 59 T 0.030 0.024 0.007 0.003 0.037 0.003 0.022 0.509 0.189 0.154 0.022 60 L 0.074 0.129 0.047 0.008 0.122 0.012 0.025 0.290 0.139 0.117 0.037 61 K 0.123 0.147 0.092 0.010 0.197 0.017 0.026 0.253 0.078 0.037 0.022 62 K 0.064 0.142 0.026 0.006 0.141 0.028 0.088 0.328 0.131 0.029 0.018 63 D 0.160 0.070 0.017 0.010 0.215 0.023 0.129 0.173 0.066 0.076 0.062 64 V 0.229 0.090 0.009 0.002 0.546 0.004 0.012 0.049 0.028 0.013 0.019 65 L 0.217 0.082 0.004 0.002 0.595 0.005 0.014 0.031 0.013 0.008 0.028 66 I 0.277 0.099 0.010 0.002 0.511 0.005 0.011 0.015 0.006 0.010 0.054 67 Q 0.186 0.170 0.061 0.020 0.322 0.024 0.041 0.017 0.010 0.054 0.095 68 Y 0.142 0.272 0.227 0.035 0.230 0.011 0.009 0.009 0.007 0.020 0.037 69 P 0.044 0.149 0.083 0.151 0.070 0.122 0.109 0.092 0.122 0.037 0.020 70 D 0.040 0.074 0.086 0.115 0.064 0.068 0.083 0.077 0.096 0.249 0.047 71 K 0.114 0.114 0.040 0.019 0.131 0.018 0.037 0.100 0.090 0.220 0.117 72 H 0.073 0.330 0.116 0.009 0.215 0.020 0.026 0.058 0.033 0.078 0.041 73 T 0.186 0.190 0.027 0.007 0.376 0.011 0.027 0.081 0.034 0.029 0.033 74 L 0.392 0.068 0.008 0.005 0.384 0.006 0.006 0.052 0.028 0.010 0.042 75 T 0.101 0.160 0.041 0.015 0.328 0.054 0.054 0.159 0.036 0.022 0.030 76 Y 0.332 0.081 0.012 0.003 0.408 0.003 0.012 0.065 0.016 0.026 0.041 77 L 0.122 0.132 0.042 0.021 0.222 0.017 0.023 0.195 0.108 0.065 0.054 78 K 0.078 0.093 0.089 0.044 0.140 0.071 0.114 0.228 0.081 0.032 0.030 79 A 0.023 0.232 0.103 0.053 0.057 0.040 0.161 0.164 0.097 0.055 0.015 80 G 0.044 0.052 0.062 0.065 0.043 0.023 0.025 0.057 0.041 0.462 0.125 81 T 0.062 0.376 0.155 0.015 0.219 0.007 0.010 0.047 0.035 0.043 0.030 82 K 0.095 0.165 0.070 0.023 0.134 0.044 0.058 0.172 0.120 0.057 0.062