# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.637 0.173 0.093 0.060 0.028 0.008 0.001 2 K 0.528 0.280 0.120 0.048 0.017 0.006 0.001 3 I 0.189 0.139 0.177 0.222 0.171 0.085 0.017 4 P 0.260 0.242 0.180 0.138 0.112 0.058 0.011 5 K 0.182 0.212 0.206 0.188 0.123 0.070 0.018 6 I 0.061 0.057 0.077 0.134 0.250 0.314 0.107 7 Y 0.069 0.097 0.123 0.177 0.221 0.229 0.084 8 V 0.048 0.066 0.096 0.181 0.265 0.261 0.082 9 E 0.089 0.164 0.200 0.208 0.208 0.115 0.015 10 G 0.154 0.226 0.237 0.222 0.118 0.040 0.003 11 E 0.343 0.316 0.197 0.095 0.037 0.011 0.001 12 L 0.264 0.194 0.259 0.205 0.064 0.014 0.001 13 N 0.651 0.226 0.080 0.032 0.010 0.002 0.001 14 D 0.677 0.240 0.056 0.021 0.005 0.001 0.001 15 G 0.595 0.260 0.090 0.039 0.013 0.003 0.001 16 D 0.376 0.333 0.172 0.087 0.027 0.005 0.001 17 R 0.185 0.355 0.273 0.134 0.043 0.009 0.001 18 V 0.032 0.064 0.123 0.241 0.374 0.158 0.008 19 A 0.034 0.172 0.304 0.285 0.147 0.056 0.002 20 I 0.022 0.059 0.142 0.280 0.310 0.177 0.010 21 E 0.119 0.265 0.308 0.217 0.078 0.014 0.001 22 K 0.237 0.290 0.230 0.161 0.071 0.011 0.001 23 D 0.523 0.346 0.087 0.031 0.010 0.002 0.001 24 G 0.284 0.367 0.197 0.108 0.036 0.007 0.001 25 N 0.188 0.312 0.256 0.177 0.054 0.012 0.001 26 A 0.046 0.173 0.271 0.285 0.163 0.058 0.003 27 I 0.018 0.036 0.071 0.157 0.366 0.320 0.033 28 I 0.014 0.093 0.240 0.318 0.226 0.105 0.006 29 F 0.009 0.040 0.093 0.156 0.334 0.335 0.033 30 L 0.011 0.055 0.185 0.329 0.293 0.121 0.006 31 E 0.179 0.329 0.268 0.152 0.064 0.009 0.001 32 K 0.364 0.396 0.152 0.068 0.018 0.002 0.001 33 D 0.566 0.300 0.092 0.032 0.009 0.001 0.001 34 E 0.583 0.323 0.067 0.022 0.005 0.001 0.001 35 E 0.728 0.250 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.163 0.162 0.364 0.262 0.046 0.003 0.001 37 S 0.739 0.207 0.045 0.007 0.001 0.001 0.001 38 G 0.607 0.279 0.083 0.025 0.004 0.001 0.001 39 N 0.504 0.382 0.082 0.023 0.007 0.001 0.001 40 G 0.046 0.125 0.207 0.340 0.218 0.061 0.003 41 K 0.047 0.170 0.296 0.270 0.156 0.056 0.004 42 L 0.014 0.037 0.102 0.192 0.256 0.319 0.080 43 L 0.012 0.028 0.078 0.169 0.244 0.296 0.174 44 Y 0.006 0.017 0.034 0.087 0.224 0.426 0.207 45 Q 0.022 0.098 0.186 0.272 0.230 0.141 0.051 46 V 0.009 0.019 0.037 0.111 0.227 0.425 0.172 47 I 0.015 0.053 0.093 0.172 0.273 0.297 0.096 48 Y 0.021 0.057 0.116 0.206 0.299 0.243 0.058 49 D 0.085 0.230 0.274 0.236 0.120 0.048 0.007 50 D 0.085 0.147 0.198 0.234 0.212 0.107 0.017 51 L 0.057 0.077 0.096 0.192 0.267 0.243 0.067 52 A 0.159 0.224 0.273 0.198 0.103 0.038 0.005 53 K 0.132 0.257 0.299 0.227 0.057 0.024 0.003 54 Y 0.062 0.078 0.137 0.247 0.292 0.167 0.018 55 M 0.066 0.063 0.097 0.220 0.265 0.245 0.043 56 S 0.176 0.270 0.267 0.168 0.079 0.036 0.004 57 L 0.196 0.234 0.219 0.212 0.098 0.037 0.004 58 D 0.498 0.301 0.109 0.059 0.026 0.008 0.001 59 T 0.390 0.323 0.151 0.084 0.036 0.014 0.002 60 L 0.106 0.090 0.151 0.236 0.277 0.119 0.021 61 K 0.172 0.276 0.212 0.153 0.117 0.059 0.011 62 K 0.066 0.127 0.182 0.224 0.222 0.148 0.032 63 D 0.083 0.132 0.182 0.213 0.211 0.143 0.036 64 V 0.024 0.039 0.060 0.124 0.276 0.365 0.112 65 L 0.037 0.057 0.095 0.170 0.239 0.294 0.109 66 I 0.028 0.061 0.120 0.190 0.276 0.278 0.048 67 Q 0.108 0.313 0.300 0.184 0.073 0.020 0.001 68 Y 0.051 0.097 0.214 0.354 0.222 0.060 0.002 69 P 0.451 0.320 0.132 0.064 0.028 0.004 0.001 70 D 0.647 0.277 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 71 K 0.484 0.353 0.119 0.036 0.007 0.001 0.001 72 H 0.190 0.292 0.252 0.197 0.058 0.010 0.001 73 T 0.063 0.211 0.281 0.281 0.122 0.039 0.002 74 L 0.019 0.041 0.097 0.213 0.357 0.256 0.018 75 T 0.037 0.172 0.279 0.253 0.180 0.075 0.004 76 Y 0.015 0.062 0.149 0.258 0.310 0.182 0.024 77 L 0.016 0.040 0.082 0.183 0.300 0.325 0.053 78 K 0.054 0.146 0.272 0.322 0.162 0.041 0.002 79 A 0.445 0.402 0.101 0.035 0.012 0.004 0.001 80 G 0.299 0.254 0.191 0.172 0.065 0.018 0.001 81 T 0.467 0.214 0.148 0.107 0.050 0.013 0.001 82 K 0.720 0.210 0.049 0.015 0.004 0.001 0.001