# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.093 0.095 0.141 0.141 0.123 0.092 0.072 0.043 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 2 K 0.154 0.153 0.139 0.151 0.131 0.091 0.072 0.055 0.027 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 3 I 0.047 0.060 0.075 0.111 0.160 0.149 0.123 0.112 0.068 0.048 0.026 0.011 0.006 0.003 4 P 0.031 0.025 0.045 0.074 0.103 0.143 0.167 0.095 0.096 0.092 0.060 0.036 0.021 0.013 5 K 0.014 0.018 0.038 0.071 0.137 0.131 0.155 0.096 0.098 0.097 0.068 0.036 0.017 0.024 6 I 0.004 0.002 0.004 0.007 0.012 0.028 0.039 0.056 0.098 0.151 0.259 0.185 0.104 0.051 7 Y 0.008 0.007 0.011 0.033 0.038 0.054 0.091 0.122 0.148 0.124 0.138 0.120 0.064 0.042 8 V 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 0.022 0.046 0.135 0.181 0.186 0.203 0.134 0.051 0.016 9 E 0.005 0.010 0.015 0.031 0.049 0.084 0.106 0.268 0.179 0.106 0.093 0.031 0.019 0.005 10 G 0.067 0.108 0.099 0.123 0.131 0.111 0.091 0.079 0.062 0.048 0.052 0.018 0.006 0.005 11 E 0.105 0.130 0.186 0.155 0.159 0.103 0.067 0.035 0.037 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 12 L 0.075 0.089 0.108 0.188 0.201 0.138 0.078 0.054 0.045 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 13 N 0.253 0.251 0.197 0.137 0.078 0.039 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.471 0.236 0.150 0.068 0.043 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.382 0.233 0.159 0.099 0.069 0.031 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.348 0.184 0.125 0.112 0.098 0.057 0.034 0.020 0.010 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 17 R 0.074 0.089 0.105 0.145 0.193 0.118 0.105 0.085 0.045 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 18 V 0.028 0.018 0.027 0.055 0.086 0.138 0.132 0.211 0.106 0.101 0.057 0.024 0.014 0.003 19 A 0.054 0.062 0.097 0.141 0.176 0.127 0.107 0.086 0.064 0.039 0.021 0.018 0.004 0.003 20 I 0.045 0.019 0.027 0.057 0.092 0.129 0.109 0.136 0.125 0.146 0.060 0.038 0.015 0.004 21 E 0.125 0.132 0.137 0.201 0.164 0.099 0.062 0.030 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 22 K 0.180 0.123 0.138 0.178 0.143 0.094 0.057 0.033 0.028 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 23 D 0.310 0.229 0.186 0.119 0.076 0.039 0.020 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 24 G 0.365 0.230 0.158 0.102 0.069 0.038 0.017 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 25 N 0.199 0.169 0.137 0.144 0.153 0.088 0.050 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 26 A 0.049 0.064 0.086 0.146 0.210 0.154 0.121 0.084 0.045 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 27 I 0.018 0.018 0.031 0.058 0.100 0.135 0.163 0.204 0.118 0.076 0.047 0.020 0.009 0.003 28 I 0.046 0.049 0.074 0.120 0.131 0.135 0.120 0.131 0.081 0.050 0.034 0.018 0.007 0.004 29 F 0.027 0.023 0.038 0.068 0.122 0.135 0.117 0.161 0.124 0.093 0.049 0.028 0.010 0.005 30 L 0.037 0.030 0.046 0.102 0.149 0.164 0.132 0.118 0.095 0.066 0.035 0.016 0.006 0.002 31 E 0.243 0.206 0.181 0.179 0.093 0.044 0.026 0.011 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 32 K 0.381 0.223 0.136 0.124 0.065 0.039 0.014 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.393 0.316 0.115 0.108 0.043 0.014 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.613 0.278 0.077 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.582 0.226 0.131 0.032 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.189 0.098 0.137 0.190 0.216 0.098 0.045 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.455 0.212 0.121 0.096 0.070 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.491 0.202 0.120 0.095 0.049 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.417 0.223 0.143 0.092 0.063 0.033 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 G 0.129 0.112 0.128 0.159 0.167 0.137 0.077 0.039 0.024 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 41 K 0.110 0.083 0.098 0.117 0.150 0.142 0.134 0.074 0.046 0.020 0.015 0.006 0.002 0.002 42 L 0.027 0.016 0.026 0.046 0.085 0.129 0.114 0.154 0.121 0.115 0.092 0.040 0.027 0.008 43 L 0.039 0.023 0.028 0.056 0.086 0.095 0.117 0.092 0.116 0.094 0.089 0.112 0.033 0.021 44 Y 0.032 0.019 0.024 0.046 0.046 0.071 0.093 0.135 0.144 0.150 0.125 0.073 0.032 0.012 45 Q 0.058 0.046 0.055 0.070 0.093 0.103 0.120 0.130 0.126 0.074 0.059 0.041 0.015 0.011 46 V 0.031 0.022 0.029 0.047 0.067 0.103 0.105 0.164 0.136 0.130 0.095 0.041 0.024 0.007 47 I 0.037 0.051 0.070 0.129 0.181 0.160 0.135 0.073 0.081 0.042 0.020 0.013 0.003 0.004 48 Y 0.043 0.049 0.071 0.115 0.158 0.174 0.130 0.096 0.080 0.048 0.024 0.008 0.003 0.002 49 D 0.207 0.188 0.170 0.141 0.122 0.071 0.042 0.029 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 50 D 0.152 0.143 0.148 0.168 0.157 0.104 0.057 0.035 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 51 L 0.073 0.045 0.057 0.112 0.166 0.168 0.138 0.095 0.089 0.036 0.014 0.005 0.002 0.001 52 A 0.274 0.213 0.183 0.143 0.081 0.047 0.031 0.014 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 53 K 0.485 0.243 0.135 0.060 0.036 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.093 0.073 0.101 0.148 0.205 0.141 0.116 0.068 0.033 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 55 M 0.048 0.044 0.071 0.115 0.176 0.176 0.160 0.121 0.048 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 56 S 0.251 0.175 0.144 0.144 0.121 0.077 0.041 0.019 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 57 L 0.150 0.096 0.117 0.169 0.173 0.123 0.073 0.037 0.031 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 58 D 0.283 0.189 0.172 0.142 0.105 0.054 0.028 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 T 0.147 0.137 0.159 0.173 0.172 0.095 0.048 0.033 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 60 L 0.056 0.044 0.064 0.127 0.169 0.181 0.145 0.103 0.049 0.039 0.013 0.006 0.003 0.001 61 K 0.109 0.135 0.147 0.169 0.152 0.106 0.079 0.044 0.029 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 62 K 0.024 0.033 0.056 0.113 0.150 0.148 0.136 0.092 0.093 0.071 0.051 0.019 0.008 0.006 63 D 0.019 0.022 0.034 0.062 0.094 0.109 0.142 0.146 0.161 0.088 0.066 0.034 0.013 0.009 64 V 0.004 0.003 0.006 0.012 0.020 0.041 0.058 0.180 0.162 0.171 0.160 0.084 0.075 0.025 65 L 0.005 0.004 0.006 0.015 0.033 0.047 0.069 0.136 0.165 0.164 0.110 0.128 0.076 0.042 66 I 0.012 0.007 0.009 0.019 0.027 0.046 0.062 0.101 0.124 0.183 0.196 0.121 0.072 0.021 67 Q 0.051 0.072 0.092 0.147 0.142 0.122 0.139 0.072 0.076 0.031 0.033 0.014 0.004 0.005 68 Y 0.028 0.034 0.048 0.108 0.143 0.201 0.146 0.095 0.097 0.054 0.034 0.008 0.003 0.002 69 P 0.130 0.171 0.178 0.169 0.155 0.083 0.046 0.031 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 70 D 0.351 0.244 0.160 0.106 0.066 0.032 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.282 0.249 0.199 0.110 0.086 0.038 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 H 0.182 0.123 0.133 0.141 0.142 0.114 0.077 0.047 0.020 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 73 T 0.105 0.096 0.107 0.135 0.199 0.135 0.096 0.056 0.035 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 74 L 0.032 0.023 0.032 0.070 0.107 0.128 0.136 0.135 0.109 0.094 0.069 0.039 0.019 0.007 75 T 0.066 0.045 0.052 0.085 0.080 0.099 0.130 0.130 0.117 0.074 0.058 0.039 0.015 0.008 76 Y 0.022 0.016 0.023 0.038 0.061 0.088 0.099 0.176 0.142 0.126 0.105 0.065 0.028 0.011 77 L 0.028 0.014 0.018 0.030 0.047 0.081 0.098 0.136 0.129 0.143 0.117 0.096 0.050 0.014 78 K 0.081 0.074 0.094 0.139 0.140 0.121 0.115 0.070 0.065 0.047 0.029 0.017 0.005 0.004 79 A 0.099 0.066 0.083 0.115 0.138 0.138 0.111 0.078 0.074 0.050 0.028 0.013 0.004 0.002 80 G 0.111 0.090 0.095 0.131 0.148 0.142 0.104 0.077 0.053 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 81 T 0.176 0.145 0.138 0.149 0.133 0.093 0.065 0.044 0.028 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 82 K 0.294 0.157 0.158 0.117 0.100 0.067 0.045 0.027 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001