# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.010 0.114 0.074 0.121 0.002 0.109 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.043 0.040 0.059 0.061 0.152 0.191 0.001 2 K 0.008 0.008 0.091 0.064 0.175 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.095 0.062 0.048 0.071 0.142 0.199 0.002 3 I 0.011 0.010 0.078 0.069 0.121 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.095 0.068 0.036 0.018 0.164 0.290 0.003 4 P 0.026 0.029 0.092 0.042 0.149 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.016 0.067 0.164 0.139 0.055 0.012 0.048 0.126 0.010 5 K 0.057 0.065 0.055 0.042 0.071 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.021 0.019 0.061 0.222 0.164 0.100 0.017 0.013 0.013 0.012 0.043 6 I 0.112 0.144 0.025 0.018 0.057 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.028 0.039 0.091 0.305 0.050 0.075 0.002 0.003 0.006 0.004 0.034 7 Y 0.176 0.178 0.056 0.040 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.028 0.095 0.188 0.124 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 8 V 0.224 0.229 0.026 0.061 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.036 0.073 0.115 0.051 0.041 0.003 0.001 0.004 0.005 0.016 9 E 0.159 0.197 0.034 0.074 0.122 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.022 0.020 0.049 0.055 0.157 0.052 0.016 0.007 0.005 0.008 0.010 10 G 0.100 0.124 0.092 0.200 0.153 0.005 0.031 0.004 0.001 0.001 0.016 0.010 0.042 0.016 0.046 0.047 0.013 0.029 0.027 0.037 0.007 11 E 0.042 0.042 0.068 0.091 0.329 0.004 0.022 0.005 0.002 0.001 0.007 0.005 0.011 0.004 0.031 0.047 0.038 0.064 0.087 0.098 0.003 12 L 0.023 0.024 0.148 0.158 0.155 0.002 0.023 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.053 0.018 0.064 0.040 0.144 0.127 0.001 13 N 0.010 0.007 0.104 0.106 0.104 0.002 0.013 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.007 0.151 0.017 0.109 0.334 0.001 14 D 0.004 0.007 0.021 0.045 0.146 0.003 0.160 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.407 0.035 0.034 0.107 0.001 15 G 0.005 0.010 0.014 0.014 0.160 0.002 0.635 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.024 0.079 0.014 0.017 0.001 16 D 0.041 0.042 0.424 0.232 0.044 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.029 0.005 0.009 0.045 0.042 0.031 0.003 17 R 0.116 0.168 0.028 0.028 0.512 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.022 0.004 0.010 0.021 0.005 0.010 0.015 0.009 0.026 18 V 0.297 0.338 0.128 0.082 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.029 0.004 0.032 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 19 A 0.292 0.391 0.038 0.065 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.016 0.041 0.007 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 20 I 0.289 0.345 0.021 0.053 0.097 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.037 0.035 0.068 0.011 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 21 E 0.217 0.272 0.108 0.255 0.057 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.023 0.003 0.022 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 22 K 0.124 0.086 0.051 0.152 0.457 0.001 0.004 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.008 0.001 0.009 0.011 0.042 0.004 0.012 0.022 0.001 23 D 0.040 0.063 0.048 0.132 0.219 0.002 0.210 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.023 0.008 0.103 0.030 0.026 0.079 0.002 24 G 0.022 0.042 0.019 0.019 0.374 0.001 0.281 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.037 0.017 0.132 0.018 0.021 0.002 25 N 0.061 0.050 0.540 0.154 0.037 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.001 0.055 0.008 0.003 0.017 0.027 0.020 0.003 26 A 0.156 0.182 0.053 0.032 0.339 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.051 0.017 0.028 0.023 0.003 0.005 0.013 0.007 0.051 27 I 0.275 0.213 0.081 0.068 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.042 0.086 0.035 0.071 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 28 I 0.246 0.369 0.022 0.031 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.031 0.079 0.072 0.023 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 29 F 0.214 0.254 0.011 0.037 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.065 0.127 0.089 0.023 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 30 L 0.191 0.267 0.032 0.046 0.079 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.024 0.080 0.085 0.120 0.026 0.005 0.002 0.003 0.002 0.015 31 E 0.143 0.169 0.104 0.175 0.103 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.012 0.012 0.027 0.017 0.090 0.048 0.011 0.007 0.020 0.040 0.006 32 K 0.038 0.041 0.040 0.068 0.394 0.002 0.022 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.007 0.050 0.050 0.087 0.035 0.030 0.108 0.002 33 D 0.013 0.014 0.076 0.125 0.111 0.007 0.079 0.026 0.005 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.038 0.019 0.049 0.052 0.166 0.203 0.001 34 E 0.007 0.005 0.062 0.049 0.104 0.010 0.043 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.390 0.061 0.066 0.135 0.001 35 E 0.004 0.006 0.036 0.044 0.140 0.027 0.283 0.118 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.008 0.107 0.082 0.054 0.074 0.001 36 Y 0.005 0.007 0.053 0.079 0.153 0.008 0.153 0.069 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 0.084 0.127 0.109 0.113 0.001 37 S 0.009 0.012 0.103 0.109 0.159 0.005 0.067 0.031 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.008 0.141 0.042 0.126 0.152 0.001 38 G 0.010 0.009 0.083 0.125 0.212 0.008 0.085 0.010 0.015 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.006 0.199 0.051 0.058 0.104 0.001 39 N 0.014 0.024 0.052 0.068 0.232 0.003 0.215 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.009 0.116 0.061 0.048 0.120 0.002 40 G 0.040 0.082 0.101 0.086 0.246 0.002 0.103 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.003 0.030 0.019 0.048 0.116 0.048 0.047 0.007 41 K 0.145 0.174 0.234 0.132 0.098 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.016 0.010 0.030 0.009 0.037 0.015 0.014 0.014 0.021 0.016 0.015 42 L 0.224 0.356 0.049 0.049 0.085 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.028 0.022 0.069 0.028 0.024 0.010 0.003 0.002 0.004 0.003 0.038 43 L 0.296 0.377 0.022 0.025 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.029 0.074 0.039 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 44 Y 0.296 0.449 0.023 0.034 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.023 0.059 0.036 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 45 Q 0.281 0.421 0.005 0.010 0.042 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.032 0.036 0.085 0.042 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 46 V 0.275 0.345 0.022 0.028 0.033 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.019 0.028 0.112 0.058 0.027 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 47 I 0.189 0.282 0.022 0.030 0.170 0.001 0.005 0.048 0.002 0.001 0.018 0.019 0.050 0.037 0.046 0.045 0.010 0.004 0.005 0.008 0.009 48 Y 0.112 0.098 0.039 0.062 0.060 0.005 0.030 0.164 0.012 0.002 0.016 0.018 0.026 0.032 0.144 0.023 0.109 0.014 0.012 0.016 0.006 49 D 0.026 0.033 0.029 0.039 0.035 0.029 0.071 0.406 0.022 0.004 0.005 0.004 0.014 0.012 0.030 0.010 0.173 0.025 0.008 0.023 0.002 50 D 0.007 0.010 0.008 0.013 0.042 0.029 0.126 0.485 0.034 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.008 0.097 0.054 0.030 0.034 0.001 51 L 0.002 0.003 0.007 0.008 0.019 0.007 0.043 0.334 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 0.415 0.056 0.022 0.026 0.001 52 A 0.002 0.004 0.008 0.006 0.009 0.022 0.080 0.630 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.166 0.013 0.007 0.026 0.001 53 K 0.003 0.007 0.004 0.006 0.016 0.057 0.107 0.663 0.018 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.070 0.020 0.005 0.009 0.001 54 Y 0.007 0.009 0.007 0.011 0.031 0.017 0.081 0.608 0.030 0.014 0.003 0.003 0.002 0.003 0.010 0.007 0.088 0.033 0.019 0.015 0.001 55 M 0.014 0.023 0.028 0.019 0.059 0.007 0.055 0.521 0.009 0.003 0.001 0.003 0.005 0.007 0.018 0.014 0.085 0.029 0.027 0.070 0.003 56 S 0.011 0.016 0.027 0.026 0.073 0.013 0.069 0.381 0.038 0.007 0.004 0.003 0.005 0.007 0.023 0.020 0.095 0.050 0.047 0.081 0.003 57 L 0.008 0.007 0.016 0.022 0.052 0.006 0.075 0.220 0.018 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.029 0.011 0.391 0.033 0.034 0.061 0.002 58 D 0.005 0.010 0.024 0.023 0.029 0.016 0.150 0.399 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.006 0.143 0.059 0.043 0.060 0.001 59 T 0.005 0.006 0.014 0.019 0.046 0.037 0.094 0.282 0.019 0.007 0.002 0.001 0.004 0.003 0.011 0.019 0.249 0.092 0.050 0.036 0.001 60 L 0.010 0.020 0.030 0.031 0.136 0.004 0.134 0.181 0.020 0.008 0.002 0.002 0.004 0.005 0.030 0.027 0.171 0.051 0.054 0.078 0.001 61 K 0.021 0.030 0.050 0.043 0.112 0.006 0.155 0.106 0.009 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.065 0.039 0.186 0.044 0.032 0.079 0.002 62 K 0.044 0.082 0.084 0.087 0.108 0.020 0.096 0.096 0.015 0.004 0.007 0.006 0.016 0.022 0.046 0.021 0.113 0.044 0.023 0.060 0.007 63 D 0.080 0.113 0.030 0.035 0.187 0.012 0.075 0.085 0.008 0.003 0.021 0.014 0.047 0.056 0.032 0.060 0.041 0.027 0.026 0.023 0.025 64 V 0.109 0.165 0.107 0.082 0.056 0.002 0.014 0.029 0.002 0.001 0.027 0.024 0.044 0.088 0.138 0.026 0.021 0.013 0.012 0.011 0.028 65 L 0.171 0.179 0.028 0.028 0.089 0.002 0.009 0.014 0.002 0.001 0.046 0.043 0.087 0.121 0.041 0.040 0.010 0.007 0.009 0.006 0.065 66 I 0.143 0.165 0.097 0.108 0.042 0.002 0.006 0.006 0.002 0.001 0.034 0.040 0.074 0.129 0.070 0.020 0.008 0.005 0.008 0.011 0.028 67 Q 0.087 0.112 0.028 0.045 0.304 0.001 0.014 0.003 0.002 0.001 0.016 0.019 0.038 0.055 0.051 0.110 0.021 0.017 0.025 0.033 0.017 68 Y 0.033 0.033 0.135 0.195 0.064 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.006 0.008 0.015 0.126 0.028 0.031 0.017 0.130 0.164 0.003 69 P 0.007 0.007 0.022 0.025 0.211 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.024 0.043 0.345 0.020 0.042 0.219 0.001 70 D 0.005 0.007 0.049 0.055 0.046 0.005 0.337 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.014 0.111 0.074 0.082 0.165 0.001 71 K 0.006 0.007 0.028 0.024 0.133 0.002 0.146 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.047 0.183 0.178 0.091 0.115 0.001 72 H 0.023 0.024 0.230 0.129 0.081 0.005 0.089 0.020 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.003 0.047 0.021 0.062 0.058 0.089 0.097 0.002 73 T 0.064 0.085 0.061 0.062 0.320 0.003 0.039 0.029 0.001 0.001 0.011 0.007 0.022 0.008 0.034 0.043 0.048 0.058 0.049 0.046 0.010 74 L 0.173 0.183 0.127 0.116 0.095 0.002 0.011 0.037 0.001 0.001 0.024 0.018 0.034 0.009 0.072 0.017 0.023 0.011 0.018 0.018 0.009 75 T 0.172 0.262 0.045 0.058 0.175 0.004 0.007 0.073 0.001 0.001 0.017 0.016 0.056 0.026 0.020 0.024 0.010 0.005 0.006 0.009 0.014 76 Y 0.138 0.292 0.030 0.054 0.192 0.002 0.009 0.089 0.001 0.001 0.023 0.019 0.046 0.023 0.024 0.026 0.006 0.006 0.005 0.006 0.009 77 L 0.163 0.200 0.041 0.083 0.113 0.002 0.025 0.080 0.004 0.002 0.018 0.017 0.059 0.036 0.081 0.021 0.022 0.006 0.009 0.005 0.012 78 K 0.120 0.124 0.099 0.207 0.114 0.007 0.027 0.036 0.024 0.008 0.013 0.010 0.024 0.011 0.040 0.014 0.040 0.013 0.026 0.037 0.005 79 A 0.032 0.044 0.030 0.050 0.184 0.007 0.104 0.040 0.009 0.003 0.003 0.004 0.008 0.005 0.029 0.026 0.282 0.033 0.027 0.077 0.003 80 G 0.010 0.015 0.032 0.044 0.114 0.007 0.228 0.033 0.006 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.031 0.013 0.120 0.188 0.057 0.085 0.002 81 T 0.008 0.009 0.074 0.052 0.077 0.006 0.067 0.035 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.017 0.092 0.065 0.185 0.275 0.001 82 K 0.007 0.008 0.061 0.047 0.129 0.008 0.044 0.033 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.040 0.015 0.339 0.073 0.073 0.106 0.002