# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.014 0.183 0.676 2 K 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.013 0.095 0.791 3 I 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.009 0.083 0.828 4 P 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.437 0.024 0.059 0.455 5 K 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.784 0.030 0.027 0.139 6 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.844 0.026 0.023 0.094 7 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.010 0.010 0.047 8 V 0.022 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.040 0.040 0.144 9 E 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.048 0.097 0.448 10 G 0.036 0.018 0.002 0.002 0.008 0.069 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.085 0.121 0.422 11 E 0.040 0.014 0.008 0.002 0.059 0.043 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.106 0.088 0.582 12 L 0.087 0.003 0.011 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.061 0.075 0.661 13 N 0.383 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.068 0.045 0.478 14 D 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.042 0.132 0.739 15 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.014 0.158 0.762 16 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.035 0.082 0.009 0.003 0.003 0.003 0.003 0.346 0.053 0.087 0.291 17 R 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.051 0.061 0.013 0.020 0.017 0.011 0.012 0.287 0.080 0.075 0.328 18 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.126 0.108 0.076 0.018 0.486 0.034 0.020 0.104 19 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.112 0.071 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.158 0.167 0.041 0.226 0.053 0.019 0.076 20 I 0.004 0.001 0.005 0.001 0.534 0.082 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.187 0.045 0.019 0.099 21 E 0.158 0.001 0.009 0.001 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.098 0.052 0.302 22 K 0.473 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.063 0.058 0.355 23 D 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.016 0.172 0.762 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.010 0.169 0.652 25 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.553 0.150 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.022 0.022 0.071 26 A 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.152 0.100 0.009 0.020 0.004 0.002 0.003 0.350 0.055 0.035 0.167 27 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.406 0.125 0.030 0.005 0.325 0.021 0.010 0.065 28 I 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.236 0.285 0.028 0.308 0.023 0.011 0.041 29 F 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.729 0.063 0.026 0.136 30 L 0.051 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.045 0.053 0.193 31 E 0.071 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.051 0.155 0.387 32 K 0.043 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.052 0.132 0.621 33 D 0.379 0.056 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.210 0.071 0.230 34 E 0.088 0.025 0.004 0.001 0.003 0.021 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.118 0.134 0.542 35 E 0.064 0.012 0.006 0.002 0.025 0.053 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.049 0.107 0.640 36 Y 0.079 0.006 0.039 0.003 0.098 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.066 0.109 0.552 37 S 0.311 0.004 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.063 0.079 0.510 38 G 0.186 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.075 0.087 0.632 39 N 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.030 0.146 0.775 40 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.060 0.146 0.458 41 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.114 0.030 0.006 0.004 0.002 0.002 0.003 0.275 0.067 0.082 0.229 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.016 0.004 0.037 0.023 0.006 0.004 0.706 0.038 0.024 0.120 43 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.080 0.110 0.036 0.012 0.493 0.033 0.033 0.191 44 Y 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.019 0.006 0.823 0.018 0.012 0.091 45 Q 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.730 0.057 0.026 0.143 46 V 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.038 0.030 0.159 47 I 0.041 0.276 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.087 0.034 0.175 48 Y 0.092 0.436 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.083 0.038 0.178 49 D 0.024 0.448 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.104 0.049 0.288 50 D 0.083 0.616 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.071 0.036 0.167 51 L 0.183 0.641 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.016 0.082 52 A 0.193 0.216 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.292 0.030 0.244 53 K 0.078 0.309 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.101 0.081 0.381 54 Y 0.076 0.135 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.091 0.126 0.509 55 M 0.034 0.025 0.029 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.071 0.311 0.110 0.402 56 S 0.095 0.301 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.099 0.074 0.371 57 L 0.184 0.213 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.057 0.073 0.437 58 D 0.033 0.182 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.068 0.146 0.473 59 T 0.042 0.072 0.012 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.078 0.144 0.498 60 L 0.130 0.066 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.088 0.108 0.423 61 K 0.175 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.180 0.059 0.113 0.412 62 K 0.011 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.274 0.024 0.109 0.553 63 D 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.517 0.052 0.078 0.315 64 V 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.782 0.056 0.029 0.094 65 L 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.016 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.491 0.056 0.050 0.316 66 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.056 0.253 0.164 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.345 0.034 0.028 0.098 67 Q 0.006 0.004 0.003 0.002 0.046 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.323 0.058 0.086 0.430 68 Y 0.478 0.011 0.005 0.002 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.123 0.048 0.217 69 P 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.055 0.108 0.736 70 D 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.031 0.125 0.762 71 K 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.048 0.128 0.603 72 H 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.241 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.044 0.071 0.286 73 T 0.009 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.259 0.013 0.104 0.016 0.008 0.006 0.200 0.044 0.053 0.207 74 L 0.011 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.063 0.188 0.123 0.024 0.287 0.043 0.033 0.174 75 T 0.012 0.036 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.091 0.174 0.028 0.462 0.038 0.023 0.090 76 Y 0.019 0.022 0.009 0.002 0.020 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.023 0.014 0.532 0.100 0.040 0.185 77 L 0.055 0.008 0.007 0.001 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.073 0.046 0.205 78 K 0.188 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.073 0.072 0.352 79 A 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.031 0.138 0.702 80 G 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.032 0.144 0.690 81 T 0.039 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.061 0.131 0.644 82 K 0.034 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.061 0.109 0.654