# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.002 0.041 0.042 0.086 0.122 0.016 0.686 2 K 0.024 0.003 0.036 0.060 0.084 0.127 0.025 0.641 3 I 0.038 0.003 0.042 0.092 0.062 0.114 0.049 0.600 4 P 0.003 0.002 0.259 0.068 0.175 0.079 0.065 0.348 5 K 0.001 0.001 0.525 0.111 0.209 0.025 0.032 0.097 6 I 0.001 0.001 0.308 0.219 0.195 0.033 0.012 0.233 7 Y 0.001 0.001 0.511 0.232 0.208 0.008 0.014 0.026 8 V 0.082 0.003 0.220 0.157 0.260 0.033 0.069 0.176 9 E 0.052 0.002 0.149 0.096 0.109 0.065 0.033 0.496 10 G 0.037 0.001 0.043 0.055 0.153 0.091 0.018 0.603 11 E 0.017 0.001 0.025 0.082 0.099 0.096 0.049 0.630 12 L 0.131 0.001 0.013 0.044 0.051 0.079 0.043 0.639 13 N 0.467 0.001 0.010 0.020 0.043 0.052 0.027 0.380 14 D 0.014 0.001 0.003 0.009 0.020 0.113 0.005 0.836 15 G 0.003 0.001 0.002 0.038 0.076 0.124 0.007 0.751 16 D 0.002 0.002 0.019 0.235 0.550 0.046 0.039 0.108 17 R 0.003 0.002 0.029 0.333 0.395 0.035 0.034 0.169 18 V 0.001 0.001 0.027 0.494 0.352 0.018 0.019 0.088 19 A 0.001 0.001 0.066 0.456 0.409 0.011 0.018 0.040 20 I 0.006 0.001 0.050 0.424 0.313 0.024 0.048 0.134 21 E 0.164 0.001 0.037 0.178 0.188 0.059 0.070 0.303 22 K 0.343 0.001 0.014 0.025 0.054 0.073 0.021 0.469 23 D 0.009 0.001 0.004 0.011 0.018 0.119 0.007 0.831 24 G 0.005 0.003 0.007 0.053 0.092 0.143 0.023 0.674 25 N 0.004 0.007 0.048 0.303 0.368 0.050 0.050 0.171 26 A 0.003 0.004 0.130 0.262 0.386 0.035 0.041 0.139 27 I 0.002 0.004 0.106 0.422 0.299 0.024 0.028 0.115 28 I 0.004 0.006 0.188 0.280 0.423 0.016 0.031 0.052 29 F 0.016 0.010 0.129 0.279 0.317 0.033 0.059 0.157 30 L 0.049 0.009 0.083 0.180 0.218 0.073 0.062 0.325 31 E 0.121 0.035 0.062 0.080 0.177 0.107 0.063 0.355 32 K 0.051 0.042 0.018 0.026 0.045 0.082 0.026 0.711 33 D 0.302 0.055 0.007 0.025 0.030 0.072 0.118 0.391 34 E 0.073 0.017 0.017 0.067 0.069 0.095 0.134 0.527 35 E 0.063 0.003 0.022 0.028 0.077 0.072 0.044 0.690 36 Y 0.234 0.004 0.014 0.031 0.045 0.079 0.091 0.503 37 S 0.105 0.002 0.009 0.027 0.041 0.101 0.016 0.700 38 G 0.053 0.002 0.004 0.008 0.041 0.100 0.008 0.784 39 N 0.010 0.003 0.005 0.055 0.071 0.148 0.017 0.692 40 G 0.006 0.005 0.012 0.117 0.192 0.113 0.038 0.517 41 K 0.005 0.011 0.065 0.456 0.310 0.025 0.084 0.043 42 L 0.018 0.008 0.074 0.188 0.399 0.050 0.028 0.235 43 L 0.003 0.007 0.201 0.281 0.348 0.036 0.038 0.087 44 Y 0.003 0.014 0.122 0.273 0.394 0.029 0.047 0.118 45 Q 0.002 0.017 0.156 0.365 0.322 0.022 0.038 0.078 46 V 0.004 0.035 0.272 0.268 0.200 0.032 0.048 0.140 47 I 0.025 0.223 0.137 0.178 0.208 0.033 0.081 0.115 48 Y 0.150 0.439 0.045 0.047 0.044 0.039 0.125 0.111 49 D 0.050 0.415 0.041 0.031 0.023 0.041 0.151 0.249 50 D 0.099 0.626 0.014 0.005 0.014 0.022 0.074 0.146 51 L 0.144 0.666 0.010 0.004 0.006 0.019 0.064 0.087 52 A 0.040 0.301 0.022 0.010 0.014 0.065 0.291 0.258 53 K 0.018 0.534 0.018 0.019 0.027 0.053 0.095 0.236 54 Y 0.065 0.439 0.041 0.018 0.047 0.067 0.112 0.212 55 M 0.022 0.130 0.074 0.059 0.035 0.123 0.279 0.279 56 S 0.047 0.528 0.016 0.012 0.019 0.063 0.120 0.193 57 L 0.129 0.432 0.022 0.009 0.008 0.052 0.132 0.215 58 D 0.036 0.345 0.027 0.026 0.013 0.063 0.156 0.335 59 T 0.049 0.192 0.051 0.015 0.033 0.089 0.081 0.489 60 L 0.108 0.105 0.095 0.040 0.058 0.080 0.097 0.418 61 K 0.075 0.041 0.086 0.043 0.054 0.110 0.101 0.490 62 K 0.035 0.028 0.058 0.042 0.091 0.111 0.080 0.555 63 D 0.012 0.011 0.107 0.058 0.178 0.117 0.079 0.439 64 V 0.007 0.008 0.199 0.143 0.320 0.054 0.070 0.199 65 L 0.005 0.002 0.164 0.185 0.222 0.076 0.033 0.313 66 I 0.001 0.001 0.226 0.218 0.287 0.053 0.038 0.175 67 Q 0.010 0.001 0.235 0.093 0.197 0.065 0.038 0.362 68 Y 0.265 0.005 0.044 0.045 0.048 0.103 0.110 0.379 69 P 0.031 0.002 0.010 0.012 0.014 0.158 0.028 0.744 70 D 0.042 0.022 0.016 0.018 0.046 0.139 0.061 0.656 71 K 0.027 0.016 0.010 0.032 0.044 0.132 0.097 0.641 72 H 0.008 0.048 0.057 0.212 0.177 0.100 0.106 0.292 73 T 0.019 0.076 0.044 0.163 0.302 0.055 0.083 0.257 74 L 0.009 0.051 0.036 0.316 0.277 0.039 0.050 0.222 75 T 0.015 0.055 0.061 0.265 0.446 0.024 0.057 0.077 76 Y 0.036 0.033 0.056 0.260 0.282 0.042 0.111 0.180 77 L 0.092 0.015 0.050 0.179 0.181 0.068 0.119 0.296 78 K 0.218 0.021 0.038 0.075 0.128 0.073 0.068 0.380 79 A 0.030 0.008 0.029 0.023 0.051 0.101 0.026 0.732 80 G 0.019 0.008 0.021 0.025 0.040 0.137 0.028 0.722 81 T 0.067 0.022 0.023 0.054 0.063 0.129 0.068 0.574 82 K 0.084 0.016 0.023 0.034 0.046 0.105 0.054 0.639