# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.032 0.016 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.011 0.050 0.473 2 K 0.036 0.009 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.006 0.088 0.635 3 I 0.031 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.002 0.074 0.593 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.986 5 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.001 0.059 0.315 6 I 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.001 0.017 0.138 7 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.882 0.001 0.015 0.089 8 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.006 0.760 0.001 0.030 0.176 9 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.011 0.010 0.812 0.001 0.034 0.101 10 G 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.037 0.260 0.109 0.015 0.156 0.002 0.035 0.365 11 E 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.136 0.004 0.187 0.047 0.029 0.009 0.060 0.009 0.058 0.412 12 L 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.426 0.036 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.105 0.008 0.045 0.304 13 N 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.034 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.281 0.303 14 D 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.085 0.879 15 G 0.159 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.123 0.109 0.532 16 D 0.521 0.003 0.050 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.019 0.209 0.157 17 R 0.008 0.003 0.005 0.003 0.016 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.001 0.090 0.775 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.180 0.114 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.001 0.020 0.044 19 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.139 0.068 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.084 0.099 0.018 0.372 0.001 0.022 0.120 20 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.296 0.168 0.070 0.037 0.287 0.001 0.009 0.083 21 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.101 0.035 0.004 0.039 0.006 0.003 0.004 0.646 0.001 0.021 0.125 22 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.481 0.053 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.001 0.056 0.267 23 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.001 0.133 0.705 24 G 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.055 0.159 0.589 25 N 0.487 0.002 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.030 0.121 0.256 26 A 0.012 0.002 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.001 0.175 0.305 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.087 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.444 0.001 0.022 0.057 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.166 0.060 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.006 0.608 0.001 0.018 0.061 29 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.019 0.015 0.764 0.001 0.022 0.114 30 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.007 0.005 0.850 0.001 0.027 0.081 31 E 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.006 0.003 0.006 0.005 0.005 0.004 0.667 0.002 0.080 0.190 32 K 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.265 0.005 0.105 0.580 33 D 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.003 0.004 0.005 0.003 0.003 0.162 0.030 0.143 0.567 34 E 0.064 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.032 0.019 0.111 0.736 35 E 0.080 0.034 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.006 0.007 0.004 0.001 0.042 0.019 0.340 0.434 36 Y 0.241 0.076 0.018 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.010 0.013 0.061 0.004 0.037 0.007 0.002 0.003 0.042 0.039 0.121 0.302 37 S 0.089 0.120 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.103 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.026 0.073 0.491 38 G 0.081 0.033 0.015 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.084 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.033 0.155 0.538 39 N 0.090 0.025 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.161 0.657 40 G 0.084 0.025 0.011 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.022 0.121 0.574 41 K 0.273 0.008 0.034 0.010 0.018 0.009 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.011 0.158 0.265 42 L 0.009 0.008 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.590 0.001 0.067 0.291 43 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.059 0.061 0.086 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.634 0.001 0.037 0.090 44 Y 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.011 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.821 0.002 0.025 0.091 45 Q 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.008 0.819 0.002 0.028 0.094 46 V 0.009 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.050 0.028 0.011 0.596 0.003 0.042 0.186 47 I 0.011 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.003 0.019 0.031 0.020 0.005 0.411 0.004 0.130 0.277 48 Y 0.019 0.105 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.012 0.003 0.008 0.005 0.002 0.003 0.441 0.012 0.075 0.289 49 D 0.028 0.159 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.014 0.153 0.493 50 D 0.043 0.132 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 0.396 0.358 51 L 0.101 0.340 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.113 0.160 0.217 52 A 0.036 0.606 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 0.125 0.082 53 K 0.128 0.648 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.056 0.122 54 Y 0.081 0.871 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.026 55 M 0.059 0.840 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.009 0.048 56 S 0.032 0.706 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.034 0.049 0.135 57 L 0.118 0.546 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.042 0.014 0.181 58 D 0.039 0.564 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.073 0.287 59 T 0.250 0.194 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.076 0.171 0.273 60 L 0.130 0.555 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.028 0.087 0.136 61 K 0.077 0.431 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.036 0.158 0.164 62 K 0.129 0.267 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.058 0.056 0.293 63 D 0.224 0.155 0.058 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.068 0.076 0.239 64 V 0.085 0.095 0.029 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.483 0.021 0.083 0.190 65 L 0.014 0.029 0.012 0.003 0.010 0.005 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 0.004 0.693 0.007 0.061 0.123 66 I 0.009 0.015 0.007 0.002 0.005 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.074 0.119 0.076 0.021 0.458 0.006 0.033 0.161 67 Q 0.015 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.002 0.015 0.014 0.015 0.006 0.595 0.006 0.047 0.247 68 Y 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.113 0.074 0.008 0.012 0.005 0.002 0.006 0.301 0.004 0.064 0.275 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.975 70 D 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.010 0.284 0.627 71 K 0.456 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.029 0.061 0.417 72 H 0.115 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.007 0.346 0.343 73 T 0.054 0.010 0.006 0.004 0.128 0.022 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.005 0.172 0.410 74 L 0.027 0.020 0.003 0.001 0.029 0.097 0.030 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.464 0.004 0.058 0.242 75 T 0.007 0.014 0.002 0.001 0.010 0.023 0.130 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.010 0.006 0.561 0.003 0.057 0.141 76 Y 0.010 0.024 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.011 0.010 0.009 0.578 0.004 0.055 0.248 77 L 0.009 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.003 0.003 0.010 0.008 0.005 0.006 0.704 0.004 0.039 0.148 78 K 0.017 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.004 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.426 0.004 0.118 0.322 79 A 0.055 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.218 0.021 0.086 0.530 80 G 0.182 0.059 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.206 0.064 0.080 0.380 81 T 0.148 0.020 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.022 0.208 0.471 82 K 0.018 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.007 0.080 0.766