# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.022 0.017 0.041 0.064 0.074 0.076 0.004 0.001 0.005 0.473 2 K 0.019 0.002 0.002 0.020 0.020 0.036 0.028 0.001 0.001 0.001 0.872 3 I 0.062 0.001 0.005 0.047 0.061 0.102 0.040 0.001 0.001 0.001 0.682 4 P 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.939 5 K 0.020 0.001 0.001 0.133 0.111 0.236 0.078 0.001 0.001 0.002 0.420 6 I 0.091 0.003 0.002 0.418 0.071 0.086 0.071 0.001 0.001 0.004 0.254 7 Y 0.007 0.003 0.001 0.267 0.162 0.265 0.048 0.001 0.001 0.001 0.246 8 V 0.003 0.002 0.001 0.252 0.180 0.392 0.025 0.001 0.001 0.001 0.145 9 E 0.006 0.005 0.001 0.214 0.126 0.360 0.047 0.001 0.001 0.002 0.240 10 G 0.013 0.003 0.001 0.114 0.108 0.161 0.086 0.001 0.001 0.006 0.506 11 E 0.054 0.004 0.005 0.031 0.085 0.113 0.061 0.001 0.001 0.007 0.639 12 L 0.021 0.003 0.003 0.074 0.069 0.191 0.067 0.001 0.001 0.002 0.568 13 N 0.013 0.003 0.002 0.057 0.132 0.128 0.277 0.001 0.001 0.004 0.384 14 D 0.038 0.006 0.003 0.016 0.033 0.040 0.045 0.001 0.001 0.015 0.804 15 G 0.069 0.002 0.009 0.025 0.032 0.084 0.235 0.001 0.001 0.148 0.395 16 D 0.473 0.001 0.004 0.012 0.017 0.011 0.335 0.001 0.001 0.035 0.112 17 R 0.055 0.003 0.003 0.048 0.073 0.081 0.136 0.001 0.001 0.004 0.597 18 V 0.008 0.001 0.002 0.085 0.337 0.449 0.036 0.001 0.001 0.001 0.079 19 A 0.002 0.002 0.001 0.080 0.289 0.451 0.031 0.001 0.001 0.001 0.144 20 I 0.001 0.001 0.001 0.040 0.374 0.499 0.006 0.001 0.001 0.001 0.080 21 E 0.002 0.001 0.001 0.046 0.264 0.594 0.011 0.001 0.001 0.001 0.082 22 K 0.004 0.001 0.001 0.046 0.229 0.405 0.054 0.001 0.001 0.001 0.260 23 D 0.016 0.002 0.002 0.034 0.154 0.311 0.071 0.001 0.001 0.006 0.403 24 G 0.130 0.001 0.005 0.039 0.061 0.148 0.118 0.001 0.001 0.057 0.440 25 N 0.319 0.001 0.005 0.047 0.041 0.037 0.259 0.001 0.001 0.024 0.267 26 A 0.045 0.001 0.001 0.104 0.171 0.168 0.122 0.001 0.001 0.003 0.385 27 I 0.005 0.001 0.001 0.099 0.286 0.500 0.025 0.001 0.001 0.001 0.084 28 I 0.002 0.001 0.001 0.381 0.212 0.317 0.022 0.001 0.001 0.001 0.065 29 F 0.001 0.001 0.001 0.223 0.280 0.367 0.014 0.001 0.001 0.001 0.114 30 L 0.002 0.002 0.001 0.247 0.273 0.364 0.020 0.001 0.001 0.001 0.090 31 E 0.003 0.002 0.001 0.134 0.184 0.438 0.063 0.001 0.001 0.002 0.173 32 K 0.008 0.003 0.001 0.078 0.105 0.201 0.164 0.001 0.001 0.002 0.438 33 D 0.024 0.006 0.002 0.044 0.071 0.154 0.140 0.001 0.001 0.009 0.548 34 E 0.081 0.016 0.004 0.021 0.021 0.043 0.156 0.001 0.001 0.027 0.632 35 E 0.035 0.011 0.002 0.014 0.011 0.027 0.491 0.001 0.001 0.019 0.389 36 Y 0.297 0.038 0.011 0.011 0.063 0.084 0.148 0.005 0.001 0.029 0.313 37 S 0.110 0.107 0.033 0.014 0.073 0.114 0.088 0.005 0.001 0.010 0.445 38 G 0.060 0.021 0.008 0.016 0.040 0.063 0.103 0.002 0.001 0.005 0.682 39 N 0.221 0.013 0.015 0.016 0.035 0.036 0.112 0.001 0.001 0.011 0.540 40 G 0.217 0.007 0.008 0.025 0.084 0.078 0.122 0.001 0.001 0.013 0.445 41 K 0.112 0.006 0.015 0.033 0.225 0.179 0.182 0.001 0.001 0.005 0.243 42 L 0.010 0.004 0.002 0.051 0.311 0.409 0.054 0.001 0.001 0.001 0.159 43 L 0.001 0.002 0.001 0.032 0.319 0.615 0.010 0.001 0.001 0.001 0.020 44 Y 0.001 0.004 0.001 0.060 0.371 0.544 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 45 Q 0.002 0.007 0.001 0.068 0.365 0.481 0.013 0.001 0.001 0.001 0.064 46 V 0.004 0.013 0.001 0.043 0.364 0.496 0.014 0.001 0.001 0.001 0.064 47 I 0.003 0.031 0.001 0.038 0.246 0.560 0.028 0.001 0.001 0.001 0.092 48 Y 0.006 0.050 0.001 0.022 0.186 0.571 0.036 0.002 0.001 0.001 0.125 49 D 0.032 0.148 0.005 0.025 0.069 0.165 0.093 0.005 0.001 0.005 0.451 50 D 0.085 0.231 0.007 0.007 0.012 0.022 0.164 0.005 0.001 0.007 0.461 51 L 0.111 0.294 0.006 0.005 0.004 0.011 0.133 0.004 0.001 0.004 0.428 52 A 0.067 0.512 0.008 0.009 0.006 0.013 0.102 0.005 0.001 0.004 0.273 53 K 0.101 0.654 0.007 0.006 0.005 0.005 0.051 0.009 0.001 0.003 0.159 54 Y 0.125 0.785 0.011 0.002 0.002 0.003 0.007 0.011 0.001 0.001 0.053 55 M 0.043 0.853 0.013 0.009 0.007 0.011 0.008 0.014 0.001 0.001 0.042 56 S 0.077 0.664 0.008 0.010 0.017 0.026 0.027 0.032 0.001 0.001 0.138 57 L 0.124 0.499 0.015 0.020 0.011 0.025 0.026 0.029 0.001 0.002 0.250 58 D 0.097 0.282 0.025 0.013 0.012 0.023 0.114 0.019 0.001 0.008 0.408 59 T 0.138 0.127 0.049 0.011 0.005 0.007 0.339 0.011 0.001 0.007 0.305 60 L 0.179 0.302 0.049 0.027 0.013 0.023 0.097 0.011 0.001 0.007 0.291 61 K 0.104 0.247 0.027 0.065 0.046 0.054 0.112 0.011 0.001 0.005 0.328 62 K 0.079 0.168 0.014 0.060 0.055 0.061 0.061 0.008 0.001 0.007 0.487 63 D 0.152 0.078 0.018 0.088 0.098 0.157 0.067 0.006 0.001 0.009 0.327 64 V 0.084 0.044 0.018 0.289 0.166 0.163 0.068 0.003 0.001 0.002 0.163 65 L 0.007 0.018 0.004 0.267 0.213 0.347 0.021 0.002 0.001 0.001 0.121 66 I 0.004 0.008 0.004 0.365 0.248 0.284 0.012 0.001 0.001 0.001 0.073 67 Q 0.006 0.005 0.004 0.186 0.168 0.305 0.031 0.001 0.001 0.002 0.293 68 Y 0.006 0.002 0.005 0.070 0.289 0.361 0.034 0.001 0.001 0.002 0.231 69 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.950 70 D 0.003 0.001 0.001 0.022 0.005 0.013 0.115 0.001 0.001 0.001 0.842 71 K 0.426 0.001 0.002 0.007 0.010 0.010 0.038 0.001 0.001 0.013 0.493 72 H 0.157 0.007 0.002 0.016 0.036 0.038 0.201 0.001 0.001 0.011 0.532 73 T 0.118 0.007 0.004 0.023 0.096 0.125 0.256 0.001 0.001 0.006 0.365 74 L 0.027 0.028 0.002 0.059 0.188 0.331 0.063 0.001 0.001 0.002 0.300 75 T 0.003 0.015 0.001 0.055 0.356 0.460 0.049 0.001 0.001 0.001 0.060 76 Y 0.006 0.031 0.001 0.079 0.288 0.382 0.048 0.001 0.001 0.001 0.162 77 L 0.004 0.033 0.002 0.069 0.352 0.462 0.011 0.001 0.001 0.001 0.066 78 K 0.006 0.068 0.002 0.053 0.260 0.477 0.017 0.002 0.001 0.001 0.113 79 A 0.032 0.119 0.005 0.074 0.198 0.344 0.035 0.006 0.001 0.005 0.184 80 G 0.158 0.045 0.005 0.049 0.128 0.268 0.049 0.013 0.001 0.009 0.276 81 T 0.168 0.039 0.058 0.049 0.100 0.107 0.086 0.010 0.001 0.011 0.372 82 K 0.014 0.006 0.004 0.021 0.026 0.042 0.058 0.001 0.001 0.002 0.826