# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.018 0.052 0.082 0.093 0.043 0.012 0.623 2 K 0.068 0.006 0.052 0.067 0.114 0.105 0.008 0.581 3 I 0.023 0.002 0.083 0.056 0.082 0.042 0.002 0.710 4 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.986 5 K 0.011 0.001 0.155 0.058 0.193 0.062 0.001 0.521 6 I 0.045 0.001 0.398 0.171 0.206 0.026 0.001 0.153 7 Y 0.007 0.001 0.556 0.160 0.162 0.025 0.001 0.089 8 V 0.003 0.001 0.370 0.248 0.266 0.020 0.001 0.092 9 E 0.002 0.001 0.227 0.173 0.385 0.053 0.001 0.158 10 G 0.010 0.001 0.072 0.178 0.310 0.060 0.003 0.366 11 E 0.047 0.002 0.039 0.133 0.189 0.134 0.010 0.446 12 L 0.026 0.003 0.022 0.108 0.179 0.046 0.006 0.610 13 N 0.024 0.005 0.017 0.106 0.179 0.301 0.008 0.359 14 D 0.021 0.002 0.006 0.015 0.024 0.071 0.005 0.856 15 G 0.100 0.004 0.016 0.020 0.035 0.190 0.056 0.580 16 D 0.337 0.002 0.013 0.046 0.025 0.434 0.029 0.113 17 R 0.056 0.005 0.037 0.076 0.124 0.157 0.010 0.535 18 V 0.005 0.001 0.019 0.394 0.505 0.023 0.001 0.051 19 A 0.003 0.001 0.041 0.345 0.489 0.016 0.001 0.105 20 I 0.002 0.001 0.017 0.351 0.493 0.006 0.001 0.130 21 E 0.001 0.001 0.017 0.297 0.586 0.018 0.001 0.080 22 K 0.006 0.002 0.019 0.224 0.427 0.063 0.001 0.257 23 D 0.011 0.002 0.018 0.068 0.138 0.107 0.007 0.650 24 G 0.141 0.002 0.018 0.034 0.054 0.156 0.066 0.529 25 N 0.303 0.002 0.026 0.054 0.035 0.412 0.029 0.138 26 A 0.027 0.002 0.060 0.116 0.178 0.110 0.004 0.502 27 I 0.003 0.001 0.047 0.279 0.600 0.022 0.001 0.048 28 I 0.003 0.001 0.097 0.378 0.469 0.011 0.001 0.042 29 F 0.001 0.001 0.129 0.257 0.471 0.010 0.001 0.131 30 L 0.002 0.001 0.110 0.319 0.481 0.034 0.001 0.053 31 E 0.003 0.002 0.054 0.287 0.483 0.044 0.001 0.126 32 K 0.009 0.004 0.035 0.063 0.204 0.224 0.005 0.456 33 D 0.052 0.007 0.017 0.038 0.080 0.295 0.028 0.483 34 E 0.236 0.010 0.009 0.021 0.029 0.091 0.054 0.551 35 E 0.120 0.027 0.012 0.034 0.038 0.305 0.021 0.442 36 Y 0.166 0.046 0.019 0.087 0.140 0.111 0.019 0.410 37 S 0.088 0.052 0.024 0.090 0.130 0.116 0.014 0.486 38 G 0.051 0.018 0.017 0.035 0.054 0.080 0.010 0.734 39 N 0.088 0.012 0.021 0.027 0.040 0.197 0.014 0.600 40 G 0.064 0.010 0.019 0.039 0.055 0.090 0.012 0.711 41 K 0.122 0.013 0.041 0.096 0.122 0.272 0.013 0.320 42 L 0.036 0.012 0.059 0.236 0.227 0.086 0.003 0.342 43 L 0.005 0.012 0.070 0.255 0.513 0.029 0.001 0.115 44 Y 0.004 0.011 0.061 0.326 0.524 0.014 0.001 0.058 45 Q 0.005 0.025 0.088 0.230 0.447 0.022 0.001 0.180 46 V 0.011 0.047 0.080 0.257 0.444 0.029 0.002 0.130 47 I 0.013 0.086 0.065 0.185 0.508 0.021 0.003 0.118 48 Y 0.025 0.169 0.065 0.136 0.410 0.025 0.007 0.164 49 D 0.035 0.175 0.024 0.058 0.127 0.097 0.011 0.473 50 D 0.083 0.270 0.012 0.012 0.027 0.096 0.020 0.480 51 L 0.059 0.538 0.019 0.007 0.022 0.048 0.015 0.293 52 A 0.028 0.432 0.007 0.005 0.007 0.274 0.008 0.239 53 K 0.068 0.755 0.007 0.003 0.004 0.068 0.011 0.083 54 Y 0.099 0.824 0.021 0.001 0.002 0.003 0.011 0.039 55 M 0.022 0.865 0.046 0.008 0.006 0.006 0.005 0.041 56 S 0.044 0.688 0.022 0.016 0.026 0.023 0.016 0.167 57 L 0.129 0.611 0.026 0.014 0.026 0.013 0.029 0.152 58 D 0.119 0.368 0.035 0.022 0.017 0.076 0.051 0.312 59 T 0.179 0.203 0.042 0.015 0.012 0.124 0.038 0.386 60 L 0.095 0.358 0.114 0.037 0.056 0.073 0.019 0.248 61 K 0.063 0.251 0.055 0.069 0.090 0.146 0.011 0.315 62 K 0.065 0.247 0.053 0.068 0.107 0.037 0.011 0.413 63 D 0.078 0.256 0.149 0.081 0.123 0.040 0.023 0.251 64 V 0.120 0.141 0.135 0.197 0.174 0.044 0.020 0.169 65 L 0.014 0.091 0.165 0.280 0.360 0.013 0.006 0.070 66 I 0.016 0.030 0.206 0.351 0.318 0.013 0.003 0.063 67 Q 0.011 0.016 0.101 0.191 0.270 0.022 0.005 0.384 68 Y 0.012 0.008 0.110 0.265 0.394 0.047 0.004 0.160 69 P 0.001 0.001 0.004 0.006 0.017 0.006 0.001 0.966 70 D 0.008 0.001 0.015 0.030 0.075 0.067 0.004 0.800 71 K 0.195 0.002 0.013 0.019 0.027 0.127 0.026 0.592 72 H 0.301 0.006 0.023 0.061 0.060 0.250 0.018 0.281 73 T 0.067 0.008 0.043 0.098 0.163 0.164 0.009 0.449 74 L 0.016 0.006 0.041 0.306 0.427 0.037 0.002 0.165 75 T 0.009 0.006 0.047 0.368 0.427 0.060 0.001 0.081 76 Y 0.011 0.009 0.047 0.239 0.410 0.036 0.001 0.248 77 L 0.005 0.017 0.055 0.281 0.556 0.026 0.001 0.059 78 K 0.014 0.031 0.042 0.258 0.405 0.059 0.003 0.187 79 A 0.029 0.051 0.055 0.086 0.224 0.061 0.013 0.480 80 G 0.166 0.039 0.056 0.055 0.145 0.092 0.065 0.382 81 T 0.277 0.021 0.056 0.064 0.062 0.112 0.026 0.382 82 K 0.011 0.012 0.034 0.038 0.052 0.048 0.003 0.803