# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.670 0.167 0.113 0.035 0.012 0.003 0.001 2 K 0.497 0.266 0.167 0.049 0.016 0.005 0.001 3 I 0.125 0.154 0.193 0.273 0.171 0.077 0.007 4 P 0.240 0.258 0.220 0.152 0.084 0.041 0.005 5 K 0.125 0.219 0.260 0.230 0.112 0.047 0.008 6 I 0.059 0.101 0.131 0.204 0.263 0.208 0.034 7 Y 0.048 0.087 0.150 0.238 0.258 0.185 0.034 8 V 0.054 0.060 0.095 0.174 0.324 0.258 0.036 9 E 0.097 0.163 0.251 0.284 0.150 0.051 0.004 10 G 0.407 0.302 0.191 0.067 0.025 0.009 0.001 11 E 0.438 0.356 0.134 0.052 0.015 0.004 0.001 12 L 0.245 0.237 0.226 0.193 0.087 0.012 0.001 13 N 0.652 0.241 0.075 0.028 0.003 0.001 0.001 14 D 0.756 0.164 0.062 0.013 0.004 0.001 0.001 15 G 0.515 0.302 0.128 0.046 0.007 0.001 0.001 16 D 0.563 0.265 0.134 0.028 0.009 0.001 0.001 17 R 0.143 0.401 0.252 0.165 0.033 0.005 0.001 18 V 0.018 0.049 0.114 0.279 0.396 0.142 0.002 19 A 0.043 0.211 0.341 0.259 0.120 0.024 0.001 20 I 0.016 0.033 0.086 0.246 0.438 0.177 0.004 21 E 0.124 0.358 0.292 0.171 0.050 0.005 0.001 22 K 0.374 0.365 0.159 0.082 0.016 0.003 0.001 23 D 0.682 0.202 0.094 0.016 0.005 0.001 0.001 24 G 0.461 0.337 0.121 0.071 0.008 0.002 0.001 25 N 0.491 0.260 0.195 0.036 0.016 0.003 0.001 26 A 0.070 0.274 0.252 0.260 0.112 0.031 0.002 27 I 0.013 0.024 0.088 0.168 0.395 0.295 0.018 28 I 0.037 0.168 0.254 0.263 0.170 0.099 0.008 29 F 0.020 0.061 0.183 0.270 0.284 0.172 0.009 30 L 0.018 0.044 0.120 0.240 0.436 0.136 0.007 31 E 0.207 0.436 0.210 0.120 0.023 0.005 0.001 32 K 0.499 0.348 0.110 0.032 0.010 0.001 0.001 33 D 0.541 0.311 0.103 0.039 0.005 0.001 0.001 34 E 0.557 0.249 0.135 0.048 0.009 0.001 0.001 35 E 0.549 0.366 0.069 0.014 0.002 0.001 0.001 36 Y 0.187 0.203 0.278 0.237 0.087 0.007 0.001 37 S 0.535 0.295 0.119 0.042 0.008 0.001 0.001 38 G 0.571 0.279 0.090 0.045 0.012 0.002 0.001 39 N 0.572 0.223 0.144 0.038 0.016 0.005 0.001 40 G 0.095 0.202 0.236 0.240 0.164 0.057 0.005 41 K 0.054 0.161 0.241 0.267 0.190 0.077 0.010 42 L 0.017 0.036 0.085 0.168 0.312 0.319 0.063 43 L 0.018 0.027 0.058 0.100 0.196 0.389 0.212 44 Y 0.013 0.032 0.060 0.125 0.264 0.341 0.165 45 Q 0.033 0.114 0.217 0.279 0.180 0.110 0.068 46 V 0.013 0.025 0.046 0.100 0.219 0.404 0.192 47 I 0.024 0.062 0.099 0.169 0.245 0.293 0.109 48 Y 0.025 0.063 0.117 0.241 0.279 0.226 0.048 49 D 0.133 0.247 0.259 0.185 0.105 0.059 0.012 50 D 0.077 0.140 0.230 0.244 0.187 0.105 0.017 51 L 0.069 0.085 0.097 0.192 0.267 0.245 0.047 52 A 0.234 0.270 0.250 0.162 0.059 0.022 0.004 53 K 0.265 0.352 0.233 0.101 0.033 0.014 0.002 54 Y 0.056 0.095 0.179 0.309 0.237 0.116 0.008 55 M 0.069 0.092 0.130 0.227 0.287 0.175 0.021 56 S 0.172 0.305 0.253 0.162 0.076 0.029 0.003 57 L 0.150 0.183 0.233 0.248 0.142 0.040 0.004 58 D 0.339 0.377 0.156 0.092 0.025 0.011 0.001 59 T 0.278 0.289 0.234 0.116 0.060 0.021 0.002 60 L 0.040 0.074 0.130 0.278 0.303 0.160 0.016 61 K 0.080 0.230 0.289 0.227 0.107 0.056 0.011 62 K 0.042 0.134 0.169 0.271 0.231 0.131 0.022 63 D 0.045 0.101 0.206 0.257 0.238 0.126 0.026 64 V 0.018 0.044 0.083 0.168 0.281 0.337 0.070 65 L 0.034 0.067 0.120 0.172 0.279 0.287 0.041 66 I 0.025 0.061 0.103 0.265 0.290 0.235 0.021 67 Q 0.154 0.360 0.301 0.125 0.045 0.014 0.001 68 Y 0.075 0.119 0.207 0.380 0.167 0.050 0.002 69 P 0.514 0.286 0.139 0.047 0.012 0.002 0.001 70 D 0.704 0.220 0.053 0.019 0.003 0.001 0.001 71 K 0.694 0.194 0.093 0.014 0.004 0.001 0.001 72 H 0.105 0.274 0.252 0.241 0.103 0.024 0.001 73 T 0.125 0.294 0.264 0.195 0.086 0.032 0.003 74 L 0.017 0.039 0.098 0.206 0.363 0.255 0.021 75 T 0.043 0.165 0.288 0.313 0.141 0.044 0.006 76 Y 0.013 0.032 0.078 0.156 0.333 0.334 0.054 77 L 0.021 0.032 0.063 0.133 0.319 0.367 0.064 78 K 0.058 0.167 0.252 0.301 0.157 0.059 0.008 79 A 0.294 0.316 0.206 0.116 0.051 0.015 0.002 80 G 0.252 0.237 0.228 0.184 0.071 0.026 0.002 81 T 0.524 0.251 0.141 0.057 0.021 0.006 0.001 82 K 0.690 0.236 0.050 0.018 0.004 0.001 0.001