# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.03359 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.080 0.086 0.129 0.170 0.144 0.116 0.078 0.044 0.023 0.020 0.006 0.003 0.002 2 K 0.133 0.123 0.142 0.145 0.136 0.108 0.071 0.056 0.042 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 3 I 0.035 0.032 0.039 0.075 0.114 0.120 0.131 0.146 0.106 0.078 0.059 0.033 0.020 0.010 4 P 0.012 0.016 0.021 0.040 0.067 0.103 0.116 0.134 0.162 0.132 0.091 0.066 0.027 0.014 5 K 0.011 0.014 0.024 0.043 0.086 0.094 0.140 0.156 0.130 0.122 0.087 0.047 0.021 0.025 6 I 0.003 0.003 0.004 0.006 0.013 0.025 0.045 0.060 0.154 0.192 0.244 0.139 0.080 0.032 7 Y 0.007 0.009 0.015 0.025 0.045 0.068 0.106 0.153 0.141 0.146 0.136 0.067 0.047 0.035 8 V 0.003 0.004 0.006 0.011 0.022 0.039 0.077 0.114 0.164 0.176 0.183 0.119 0.055 0.029 9 E 0.009 0.019 0.023 0.054 0.073 0.116 0.132 0.156 0.170 0.120 0.059 0.035 0.022 0.012 10 G 0.054 0.080 0.087 0.144 0.136 0.139 0.125 0.096 0.062 0.035 0.026 0.009 0.003 0.003 11 E 0.136 0.155 0.176 0.165 0.130 0.106 0.057 0.034 0.025 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 12 L 0.116 0.136 0.143 0.191 0.183 0.110 0.058 0.034 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 N 0.356 0.226 0.156 0.113 0.072 0.034 0.026 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 D 0.492 0.233 0.146 0.055 0.027 0.023 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 G 0.432 0.187 0.129 0.093 0.065 0.035 0.043 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.185 0.172 0.192 0.136 0.109 0.101 0.057 0.021 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 17 R 0.076 0.081 0.091 0.156 0.220 0.161 0.084 0.062 0.036 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 18 V 0.028 0.018 0.029 0.057 0.091 0.116 0.167 0.166 0.124 0.099 0.057 0.031 0.012 0.002 19 A 0.067 0.059 0.083 0.130 0.154 0.135 0.118 0.103 0.068 0.034 0.030 0.012 0.004 0.003 20 I 0.047 0.033 0.036 0.070 0.097 0.115 0.104 0.144 0.120 0.095 0.057 0.049 0.027 0.006 21 E 0.110 0.142 0.124 0.169 0.149 0.109 0.079 0.060 0.032 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 22 K 0.119 0.132 0.119 0.187 0.164 0.129 0.072 0.039 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 23 D 0.360 0.179 0.231 0.080 0.052 0.039 0.030 0.008 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 24 G 0.288 0.194 0.203 0.133 0.077 0.050 0.032 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 N 0.124 0.172 0.184 0.173 0.119 0.102 0.068 0.029 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 26 A 0.032 0.051 0.066 0.150 0.218 0.170 0.140 0.096 0.042 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 27 I 0.030 0.025 0.032 0.065 0.103 0.131 0.179 0.174 0.111 0.075 0.043 0.020 0.010 0.003 28 I 0.075 0.049 0.070 0.112 0.138 0.127 0.119 0.129 0.076 0.047 0.033 0.017 0.006 0.003 29 F 0.035 0.036 0.040 0.082 0.113 0.121 0.140 0.145 0.119 0.071 0.050 0.029 0.014 0.006 30 L 0.037 0.049 0.042 0.119 0.168 0.173 0.149 0.121 0.076 0.031 0.019 0.009 0.004 0.003 31 E 0.271 0.227 0.190 0.116 0.077 0.062 0.029 0.011 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.378 0.184 0.169 0.099 0.069 0.054 0.029 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 D 0.435 0.157 0.232 0.080 0.044 0.023 0.021 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.645 0.160 0.097 0.048 0.021 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 E 0.652 0.155 0.128 0.033 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Y 0.179 0.148 0.157 0.181 0.175 0.096 0.034 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 S 0.426 0.193 0.190 0.094 0.048 0.024 0.016 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 G 0.505 0.168 0.131 0.082 0.046 0.036 0.021 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.273 0.141 0.314 0.112 0.066 0.041 0.027 0.008 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 G 0.076 0.079 0.108 0.177 0.196 0.142 0.098 0.062 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 41 K 0.048 0.062 0.071 0.149 0.165 0.154 0.134 0.108 0.056 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 42 L 0.026 0.014 0.021 0.039 0.076 0.089 0.146 0.177 0.127 0.112 0.079 0.060 0.028 0.007 43 L 0.015 0.013 0.016 0.028 0.049 0.083 0.106 0.146 0.177 0.136 0.089 0.083 0.042 0.018 44 Y 0.012 0.008 0.011 0.018 0.033 0.056 0.093 0.107 0.153 0.183 0.164 0.095 0.046 0.022 45 Q 0.027 0.034 0.040 0.073 0.104 0.108 0.137 0.148 0.103 0.084 0.068 0.036 0.020 0.019 46 V 0.024 0.020 0.023 0.031 0.051 0.077 0.106 0.129 0.157 0.151 0.098 0.071 0.047 0.015 47 I 0.009 0.017 0.023 0.059 0.111 0.156 0.200 0.174 0.121 0.076 0.029 0.013 0.006 0.005 48 Y 0.018 0.029 0.043 0.078 0.119 0.145 0.175 0.162 0.096 0.060 0.048 0.014 0.007 0.004 49 D 0.151 0.186 0.155 0.165 0.141 0.091 0.048 0.030 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 50 D 0.076 0.129 0.175 0.199 0.166 0.121 0.056 0.042 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 51 L 0.026 0.026 0.028 0.081 0.140 0.198 0.211 0.157 0.081 0.028 0.015 0.005 0.003 0.001 52 A 0.135 0.188 0.254 0.170 0.111 0.083 0.035 0.012 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.516 0.203 0.160 0.056 0.028 0.024 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Y 0.059 0.078 0.091 0.195 0.209 0.171 0.101 0.053 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 55 M 0.086 0.054 0.064 0.106 0.160 0.169 0.157 0.124 0.042 0.017 0.014 0.004 0.003 0.001 56 S 0.234 0.167 0.158 0.143 0.118 0.083 0.044 0.025 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 57 L 0.142 0.093 0.113 0.174 0.172 0.118 0.076 0.055 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 58 D 0.313 0.170 0.154 0.124 0.090 0.074 0.041 0.013 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 59 T 0.106 0.135 0.179 0.189 0.159 0.120 0.055 0.031 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 60 L 0.057 0.056 0.034 0.095 0.157 0.162 0.182 0.142 0.053 0.029 0.023 0.006 0.004 0.002 61 K 0.040 0.081 0.117 0.176 0.167 0.151 0.102 0.080 0.050 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 62 K 0.022 0.019 0.029 0.059 0.108 0.121 0.154 0.148 0.129 0.095 0.062 0.033 0.014 0.008 63 D 0.020 0.027 0.041 0.060 0.100 0.124 0.143 0.128 0.135 0.094 0.069 0.032 0.018 0.011 64 V 0.010 0.007 0.016 0.021 0.040 0.060 0.099 0.129 0.136 0.161 0.154 0.091 0.054 0.023 65 L 0.008 0.012 0.013 0.030 0.047 0.083 0.106 0.145 0.178 0.137 0.087 0.078 0.050 0.025 66 I 0.014 0.015 0.015 0.032 0.049 0.079 0.125 0.148 0.147 0.142 0.118 0.065 0.035 0.015 67 Q 0.055 0.105 0.135 0.157 0.143 0.133 0.097 0.079 0.048 0.019 0.021 0.004 0.002 0.002 68 Y 0.029 0.042 0.068 0.125 0.180 0.177 0.123 0.117 0.071 0.032 0.019 0.009 0.006 0.002 69 P 0.097 0.150 0.158 0.201 0.157 0.106 0.065 0.029 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 70 D 0.348 0.223 0.183 0.098 0.050 0.058 0.020 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.346 0.177 0.237 0.090 0.061 0.036 0.028 0.008 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 72 H 0.120 0.124 0.145 0.167 0.158 0.114 0.085 0.044 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 73 T 0.131 0.114 0.105 0.150 0.150 0.133 0.086 0.061 0.038 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 74 L 0.045 0.027 0.034 0.065 0.109 0.120 0.140 0.147 0.113 0.085 0.053 0.038 0.019 0.005 75 T 0.108 0.063 0.079 0.084 0.102 0.112 0.099 0.108 0.091 0.060 0.056 0.026 0.008 0.005 76 Y 0.054 0.037 0.049 0.075 0.107 0.103 0.124 0.133 0.095 0.082 0.069 0.040 0.020 0.011 77 L 0.037 0.025 0.025 0.045 0.070 0.101 0.113 0.133 0.143 0.112 0.096 0.057 0.033 0.011 78 K 0.092 0.083 0.095 0.131 0.144 0.128 0.112 0.094 0.051 0.034 0.020 0.009 0.004 0.003 79 A 0.193 0.117 0.117 0.117 0.120 0.101 0.080 0.058 0.042 0.026 0.019 0.006 0.002 0.002 80 G 0.149 0.110 0.119 0.145 0.156 0.126 0.075 0.053 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 81 T 0.248 0.125 0.135 0.131 0.113 0.090 0.066 0.039 0.028 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 82 K 0.372 0.153 0.157 0.101 0.078 0.051 0.039 0.021 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001