# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.018 0.026 0.051 0.031 0.154 0.001 0.252 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.024 0.017 0.080 0.200 0.047 0.074 0.003 2 T 0.046 0.039 0.223 0.065 0.193 0.002 0.071 0.004 0.001 0.001 0.007 0.009 0.014 0.006 0.054 0.030 0.068 0.020 0.049 0.089 0.009 3 K 0.050 0.106 0.164 0.109 0.259 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.012 0.012 0.026 0.019 0.073 0.042 0.017 0.021 0.019 0.016 0.018 4 L 0.202 0.156 0.053 0.037 0.237 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.030 0.039 0.066 0.040 0.056 0.026 0.005 0.003 0.008 0.005 0.021 5 I 0.171 0.234 0.184 0.209 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.040 0.024 0.043 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 6 S 0.123 0.176 0.005 0.008 0.530 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.029 0.014 0.006 0.038 0.001 0.003 0.002 0.002 0.026 7 V 0.113 0.169 0.296 0.128 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.043 0.026 0.145 0.004 0.001 0.001 0.003 0.010 0.011 8 P 0.039 0.055 0.004 0.017 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.003 0.004 0.043 0.003 0.002 0.006 0.007 0.007 9 A 0.081 0.090 0.154 0.207 0.047 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.006 0.342 0.007 0.011 0.005 0.008 0.012 0.003 10 E 0.027 0.030 0.104 0.346 0.212 0.002 0.079 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.002 0.034 0.024 0.066 0.006 0.013 0.033 0.002 11 G 0.071 0.115 0.037 0.051 0.149 0.002 0.301 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.003 0.026 0.014 0.021 0.154 0.020 0.016 0.003 12 Y 0.130 0.049 0.307 0.101 0.141 0.002 0.020 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.048 0.012 0.014 0.078 0.032 0.039 0.003 13 K 0.062 0.094 0.077 0.089 0.448 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.005 0.031 0.022 0.031 0.016 0.031 0.050 0.005 14 V 0.080 0.083 0.069 0.083 0.237 0.002 0.029 0.005 0.003 0.001 0.014 0.014 0.042 0.024 0.127 0.039 0.048 0.025 0.041 0.028 0.008 15 Y 0.079 0.065 0.139 0.201 0.087 0.002 0.017 0.007 0.002 0.001 0.010 0.010 0.024 0.028 0.131 0.023 0.034 0.010 0.036 0.089 0.007 16 P 0.073 0.064 0.022 0.032 0.398 0.004 0.031 0.015 0.001 0.001 0.007 0.011 0.016 0.026 0.032 0.072 0.065 0.040 0.038 0.046 0.008 17 I 0.055 0.071 0.072 0.078 0.079 0.007 0.042 0.039 0.003 0.001 0.019 0.016 0.038 0.058 0.173 0.044 0.070 0.045 0.057 0.025 0.006 18 M 0.063 0.071 0.091 0.065 0.163 0.008 0.047 0.056 0.004 0.001 0.013 0.016 0.036 0.026 0.085 0.041 0.066 0.024 0.055 0.060 0.008 19 D 0.086 0.084 0.054 0.073 0.175 0.006 0.053 0.043 0.011 0.002 0.012 0.012 0.023 0.035 0.061 0.035 0.068 0.036 0.061 0.064 0.006 20 F 0.041 0.042 0.053 0.101 0.122 0.005 0.081 0.029 0.004 0.002 0.006 0.008 0.017 0.016 0.075 0.028 0.241 0.021 0.033 0.069 0.005 21 G 0.048 0.106 0.067 0.072 0.098 0.006 0.174 0.042 0.002 0.002 0.008 0.006 0.015 0.013 0.057 0.035 0.095 0.052 0.044 0.051 0.005 22 F 0.092 0.069 0.063 0.039 0.159 0.009 0.079 0.073 0.002 0.001 0.009 0.011 0.017 0.017 0.059 0.043 0.086 0.059 0.055 0.047 0.009 23 R 0.056 0.078 0.150 0.107 0.113 0.013 0.035 0.107 0.004 0.002 0.013 0.009 0.028 0.028 0.075 0.027 0.050 0.028 0.037 0.031 0.010 24 V 0.061 0.076 0.031 0.050 0.298 0.007 0.047 0.065 0.004 0.003 0.009 0.011 0.025 0.021 0.044 0.050 0.077 0.028 0.057 0.022 0.013 25 L 0.081 0.058 0.153 0.181 0.054 0.004 0.034 0.017 0.023 0.005 0.014 0.010 0.025 0.029 0.136 0.010 0.041 0.024 0.048 0.048 0.004 26 K 0.026 0.023 0.033 0.068 0.190 0.004 0.132 0.006 0.003 0.001 0.004 0.006 0.009 0.010 0.018 0.042 0.221 0.031 0.043 0.127 0.003 27 G 0.020 0.038 0.041 0.030 0.096 0.003 0.269 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.008 0.059 0.023 0.066 0.193 0.049 0.076 0.004 28 Y 0.043 0.045 0.115 0.075 0.123 0.002 0.028 0.011 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.008 0.038 0.062 0.076 0.048 0.111 0.187 0.005 29 R 0.067 0.106 0.088 0.065 0.307 0.002 0.027 0.025 0.001 0.001 0.006 0.008 0.018 0.016 0.071 0.033 0.053 0.015 0.032 0.048 0.010 30 L 0.110 0.185 0.064 0.116 0.136 0.005 0.057 0.031 0.003 0.001 0.021 0.024 0.048 0.036 0.065 0.023 0.023 0.008 0.013 0.009 0.021 31 A 0.237 0.318 0.067 0.103 0.098 0.002 0.013 0.015 0.001 0.001 0.014 0.014 0.035 0.018 0.028 0.008 0.003 0.002 0.003 0.003 0.017 32 T 0.299 0.369 0.022 0.053 0.149 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.009 0.010 0.023 0.011 0.009 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.019 33 L 0.293 0.273 0.064 0.129 0.113 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 0.011 0.022 0.012 0.024 0.010 0.002 0.003 0.003 0.002 0.016 34 E 0.138 0.259 0.086 0.120 0.263 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.020 0.005 0.027 0.009 0.004 0.006 0.007 0.010 0.015 35 S 0.194 0.173 0.059 0.119 0.222 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.004 0.024 0.016 0.012 0.033 0.047 0.047 0.012 36 K 0.049 0.031 0.224 0.251 0.184 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.049 0.008 0.076 0.014 0.020 0.064 0.001 37 K 0.015 0.044 0.073 0.103 0.130 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.021 0.009 0.086 0.028 0.020 0.062 0.002 38 G 0.065 0.057 0.119 0.035 0.176 0.001 0.297 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.002 0.028 0.010 0.042 0.085 0.017 0.047 0.003 39 D 0.089 0.120 0.306 0.126 0.215 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.004 0.022 0.008 0.006 0.024 0.010 0.021 0.008 40 L 0.082 0.141 0.022 0.013 0.656 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.018 0.004 0.013 0.016 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 41 R 0.145 0.181 0.190 0.196 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.047 0.012 0.141 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 42 Y 0.232 0.189 0.011 0.039 0.415 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.038 0.010 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 43 V 0.211 0.188 0.118 0.223 0.076 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.015 0.010 0.112 0.006 0.003 0.005 0.005 0.004 0.007 44 N 0.132 0.123 0.060 0.093 0.343 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.020 0.009 0.034 0.030 0.017 0.022 0.024 0.043 0.006 45 S 0.061 0.034 0.124 0.134 0.142 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.055 0.021 0.036 0.047 0.114 0.199 0.003 46 P 0.013 0.016 0.036 0.055 0.238 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.028 0.026 0.194 0.087 0.082 0.171 0.002 47 V 0.014 0.011 0.125 0.083 0.093 0.002 0.128 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.071 0.016 0.189 0.029 0.074 0.152 0.002 48 S 0.016 0.022 0.074 0.089 0.139 0.002 0.212 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.007 0.044 0.038 0.122 0.050 0.047 0.112 0.005 49 G 0.124 0.104 0.067 0.032 0.223 0.002 0.107 0.003 0.001 0.001 0.014 0.019 0.029 0.030 0.064 0.045 0.040 0.038 0.020 0.021 0.017 50 T 0.171 0.261 0.108 0.055 0.055 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.027 0.026 0.077 0.073 0.064 0.021 0.003 0.006 0.007 0.004 0.033 51 V 0.188 0.264 0.012 0.012 0.130 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 0.044 0.096 0.108 0.020 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 52 I 0.112 0.172 0.023 0.021 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.041 0.049 0.168 0.278 0.079 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 53 F 0.182 0.191 0.004 0.014 0.105 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.028 0.041 0.101 0.236 0.016 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 54 M 0.135 0.131 0.043 0.059 0.048 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.018 0.018 0.041 0.104 0.326 0.028 0.012 0.004 0.007 0.005 0.007 55 N 0.098 0.123 0.070 0.073 0.097 0.009 0.107 0.009 0.003 0.003 0.018 0.015 0.029 0.043 0.108 0.049 0.052 0.021 0.024 0.045 0.004 56 E 0.045 0.046 0.044 0.032 0.178 0.007 0.153 0.006 0.001 0.002 0.006 0.006 0.011 0.010 0.057 0.042 0.091 0.137 0.064 0.059 0.003 57 I 0.009 0.007 0.066 0.073 0.045 0.002 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.021 0.081 0.050 0.205 0.393 0.001 58 P 0.003 0.003 0.017 0.023 0.108 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.276 0.032 0.126 0.366 0.001 59 S 0.003 0.003 0.024 0.039 0.047 0.008 0.232 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.329 0.044 0.076 0.156 0.001 60 E 0.002 0.002 0.035 0.037 0.041 0.004 0.382 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.223 0.060 0.068 0.116 0.001 61 R 0.006 0.007 0.066 0.075 0.092 0.001 0.204 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.016 0.160 0.074 0.116 0.156 0.002 62 A 0.018 0.019 0.119 0.119 0.160 0.002 0.117 0.008 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.028 0.029 0.178 0.046 0.039 0.101 0.004 63 N 0.066 0.131 0.092 0.073 0.202 0.003 0.163 0.012 0.001 0.001 0.009 0.011 0.024 0.012 0.048 0.026 0.026 0.041 0.017 0.029 0.014 64 Y 0.216 0.283 0.060 0.045 0.131 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.025 0.018 0.052 0.035 0.035 0.033 0.006 0.009 0.009 0.004 0.020 65 V 0.229 0.339 0.052 0.042 0.071 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 0.018 0.065 0.057 0.053 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 66 F 0.261 0.310 0.020 0.037 0.066 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.029 0.033 0.087 0.091 0.024 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 67 Y 0.229 0.312 0.021 0.050 0.060 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.021 0.027 0.082 0.108 0.047 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 68 M 0.299 0.328 0.017 0.038 0.112 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.013 0.017 0.034 0.044 0.036 0.025 0.002 0.005 0.004 0.004 0.011 69 L 0.192 0.190 0.065 0.106 0.123 0.002 0.005 0.016 0.002 0.001 0.010 0.010 0.029 0.030 0.112 0.035 0.023 0.012 0.015 0.016 0.006 70 E 0.122 0.136 0.059 0.068 0.191 0.007 0.051 0.041 0.003 0.004 0.006 0.006 0.014 0.013 0.086 0.020 0.079 0.023 0.028 0.039 0.002 71 E 0.049 0.046 0.077 0.100 0.105 0.010 0.153 0.043 0.002 0.005 0.003 0.003 0.006 0.004 0.071 0.009 0.144 0.048 0.053 0.067 0.001