# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.033 0.029 0.069 0.177 0.007 0.095 0.013 0.006 0.241 0.135 0.032 0.019 0.028 0.002 0.004 0.112 2 T 0.481 0.147 0.077 0.188 0.001 0.026 0.002 0.007 0.005 0.001 0.015 0.030 0.011 0.001 0.002 0.006 3 K 0.024 0.130 0.228 0.455 0.002 0.090 0.003 0.003 0.009 0.002 0.013 0.021 0.010 0.001 0.002 0.006 4 L 0.013 0.057 0.302 0.574 0.003 0.026 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 5 I 0.005 0.016 0.092 0.864 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 6 S 0.003 0.017 0.072 0.892 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 V 0.004 0.006 0.040 0.891 0.014 0.039 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.001 0.043 0.023 0.406 0.105 0.373 0.001 0.027 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 9 A 0.002 0.047 0.002 0.212 0.425 0.077 0.009 0.036 0.008 0.010 0.141 0.020 0.002 0.009 0.001 0.001 10 E 0.006 0.126 0.010 0.202 0.013 0.044 0.002 0.374 0.021 0.008 0.033 0.105 0.008 0.001 0.047 0.001 11 G 0.014 0.053 0.056 0.143 0.014 0.035 0.014 0.009 0.260 0.125 0.042 0.030 0.030 0.002 0.005 0.167 12 Y 0.434 0.032 0.209 0.204 0.002 0.020 0.003 0.006 0.006 0.003 0.014 0.016 0.031 0.001 0.006 0.013 13 K 0.018 0.059 0.376 0.387 0.005 0.081 0.005 0.002 0.005 0.003 0.008 0.011 0.026 0.001 0.001 0.012 14 V 0.015 0.059 0.093 0.802 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 15 Y 0.003 0.012 0.084 0.805 0.005 0.066 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.002 16 P 0.009 0.030 0.067 0.720 0.010 0.092 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 17 I 0.002 0.044 0.016 0.576 0.062 0.175 0.006 0.006 0.005 0.003 0.036 0.033 0.026 0.007 0.001 0.002 18 M 0.012 0.153 0.032 0.434 0.029 0.045 0.007 0.052 0.007 0.002 0.076 0.054 0.075 0.002 0.015 0.006 19 D 0.004 0.023 0.023 0.096 0.316 0.128 0.157 0.013 0.011 0.016 0.022 0.041 0.051 0.086 0.002 0.012 20 F 0.045 0.051 0.060 0.081 0.010 0.021 0.021 0.293 0.007 0.003 0.132 0.012 0.059 0.003 0.192 0.009 21 G 0.008 0.036 0.042 0.095 0.005 0.053 0.009 0.009 0.233 0.200 0.021 0.120 0.068 0.004 0.008 0.088 22 F 0.441 0.031 0.082 0.186 0.002 0.015 0.003 0.006 0.008 0.003 0.039 0.035 0.122 0.002 0.007 0.018 23 R 0.027 0.052 0.254 0.310 0.008 0.069 0.010 0.003 0.007 0.003 0.020 0.074 0.138 0.005 0.003 0.017 24 V 0.020 0.053 0.113 0.232 0.096 0.150 0.028 0.010 0.002 0.001 0.044 0.026 0.207 0.006 0.003 0.009 25 L 0.002 0.018 0.015 0.064 0.502 0.032 0.149 0.028 0.002 0.003 0.035 0.019 0.033 0.094 0.002 0.002 26 K 0.006 0.021 0.015 0.057 0.011 0.024 0.013 0.515 0.017 0.007 0.029 0.021 0.030 0.004 0.222 0.007 27 G 0.011 0.022 0.024 0.040 0.004 0.011 0.007 0.007 0.373 0.137 0.020 0.018 0.029 0.002 0.006 0.290 28 Y 0.743 0.021 0.057 0.052 0.001 0.026 0.004 0.003 0.008 0.002 0.011 0.025 0.031 0.001 0.003 0.012 29 R 0.042 0.133 0.389 0.092 0.002 0.165 0.006 0.005 0.004 0.002 0.049 0.032 0.059 0.002 0.005 0.012 30 L 0.018 0.228 0.145 0.459 0.002 0.035 0.002 0.004 0.003 0.001 0.020 0.036 0.032 0.001 0.004 0.009 31 A 0.009 0.029 0.166 0.722 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.014 0.024 0.001 0.002 0.008 32 T 0.010 0.016 0.248 0.676 0.006 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.008 33 L 0.005 0.013 0.138 0.725 0.029 0.066 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 34 E 0.002 0.166 0.049 0.638 0.024 0.059 0.004 0.033 0.003 0.003 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 35 S 0.004 0.020 0.006 0.103 0.092 0.698 0.006 0.009 0.013 0.005 0.025 0.006 0.006 0.001 0.001 0.003 36 K 0.007 0.090 0.011 0.022 0.223 0.021 0.057 0.028 0.002 0.003 0.485 0.012 0.003 0.033 0.001 0.002 37 K 0.012 0.315 0.034 0.125 0.003 0.004 0.007 0.185 0.036 0.002 0.004 0.039 0.001 0.001 0.228 0.005 38 G 0.030 0.009 0.210 0.171 0.001 0.015 0.004 0.002 0.275 0.062 0.002 0.003 0.008 0.001 0.004 0.204 39 D 0.631 0.037 0.143 0.173 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 40 L 0.022 0.005 0.180 0.537 0.009 0.232 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.318 0.039 0.622 0.002 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Y 0.001 0.002 0.004 0.955 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.011 0.039 0.202 0.642 0.040 0.027 0.004 0.023 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 N 0.001 0.048 0.018 0.884 0.004 0.020 0.001 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 45 S 0.015 0.030 0.032 0.390 0.023 0.454 0.002 0.009 0.011 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 46 P 0.013 0.098 0.031 0.116 0.136 0.342 0.004 0.014 0.005 0.002 0.218 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 47 V 0.005 0.189 0.009 0.126 0.138 0.069 0.026 0.054 0.004 0.004 0.235 0.116 0.003 0.021 0.002 0.001 48 S 0.007 0.439 0.054 0.164 0.002 0.018 0.003 0.114 0.044 0.003 0.006 0.035 0.004 0.001 0.100 0.009 49 G 0.055 0.036 0.161 0.339 0.001 0.007 0.003 0.001 0.151 0.022 0.006 0.004 0.008 0.001 0.002 0.205 50 T 0.256 0.013 0.412 0.314 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 51 V 0.002 0.002 0.388 0.591 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.008 0.008 0.981 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.003 0.002 0.728 0.046 0.217 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.002 0.111 0.007 0.619 0.054 0.097 0.001 0.047 0.002 0.001 0.049 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 N 0.002 0.120 0.005 0.692 0.005 0.081 0.001 0.023 0.023 0.007 0.013 0.022 0.003 0.001 0.001 0.002 56 E 0.032 0.134 0.104 0.582 0.008 0.032 0.004 0.004 0.024 0.007 0.016 0.018 0.009 0.001 0.001 0.026 57 I 0.033 0.034 0.297 0.355 0.017 0.183 0.016 0.006 0.003 0.003 0.012 0.013 0.020 0.002 0.002 0.004 58 P 0.004 0.060 0.041 0.093 0.020 0.635 0.004 0.026 0.002 0.002 0.061 0.017 0.030 0.002 0.003 0.002 59 S 0.004 0.104 0.006 0.069 0.024 0.079 0.004 0.014 0.008 0.004 0.530 0.100 0.036 0.006 0.003 0.008 60 E 0.027 0.112 0.034 0.064 0.009 0.033 0.010 0.024 0.014 0.003 0.088 0.442 0.090 0.008 0.026 0.018 61 R 0.024 0.051 0.246 0.056 0.013 0.058 0.076 0.010 0.017 0.006 0.043 0.053 0.209 0.023 0.037 0.078 62 A 0.084 0.170 0.236 0.138 0.002 0.054 0.010 0.027 0.011 0.003 0.029 0.023 0.112 0.003 0.040 0.058 63 N 0.050 0.278 0.214 0.294 0.001 0.021 0.004 0.001 0.020 0.002 0.004 0.007 0.015 0.001 0.002 0.087 64 Y 0.053 0.030 0.468 0.434 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 65 V 0.002 0.011 0.365 0.618 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.027 0.969 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.003 0.010 0.974 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 M 0.001 0.008 0.002 0.923 0.014 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.060 0.003 0.499 0.073 0.322 0.001 0.016 0.001 0.002 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 70 E 0.002 0.295 0.006 0.340 0.109 0.069 0.007 0.056 0.013 0.007 0.060 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 71 E 0.014 0.064 0.033 0.316 0.065 0.132 0.039 0.073 0.036 0.030 0.074 0.074 0.023 0.005 0.014 0.007