# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.008 0.002 0.001 0.022 0.045 0.067 0.100 0.001 0.001 0.029 0.725 2 T 0.012 0.001 0.001 0.046 0.267 0.219 0.063 0.001 0.001 0.057 0.332 3 K 0.007 0.002 0.001 0.145 0.297 0.312 0.037 0.001 0.001 0.033 0.166 4 L 0.009 0.001 0.001 0.090 0.194 0.219 0.052 0.001 0.001 0.039 0.394 5 I 0.001 0.001 0.001 0.082 0.305 0.432 0.034 0.001 0.001 0.005 0.141 6 S 0.003 0.001 0.001 0.072 0.135 0.276 0.055 0.001 0.001 0.020 0.439 7 V 0.001 0.001 0.001 0.052 0.390 0.257 0.074 0.001 0.001 0.017 0.208 8 P 0.448 0.009 0.002 0.035 0.038 0.048 0.063 0.006 0.001 0.032 0.318 9 A 0.438 0.004 0.001 0.015 0.027 0.025 0.065 0.003 0.001 0.036 0.386 10 E 0.015 0.004 0.001 0.026 0.009 0.028 0.120 0.001 0.001 0.020 0.776 11 G 0.016 0.003 0.002 0.052 0.045 0.095 0.100 0.001 0.001 0.035 0.652 12 Y 0.018 0.002 0.001 0.051 0.149 0.121 0.127 0.001 0.001 0.047 0.483 13 K 0.003 0.004 0.001 0.046 0.201 0.345 0.071 0.001 0.001 0.020 0.309 14 V 0.005 0.009 0.001 0.038 0.082 0.127 0.068 0.001 0.001 0.030 0.640 15 Y 0.019 0.016 0.001 0.079 0.296 0.249 0.057 0.002 0.001 0.051 0.231 16 P 0.106 0.057 0.002 0.117 0.089 0.147 0.063 0.007 0.001 0.083 0.329 17 I 0.089 0.018 0.009 0.148 0.072 0.093 0.091 0.006 0.003 0.123 0.349 18 M 0.046 0.028 0.006 0.137 0.056 0.101 0.110 0.004 0.001 0.040 0.472 19 D 0.194 0.072 0.003 0.052 0.036 0.077 0.068 0.009 0.001 0.054 0.433 20 F 0.042 0.070 0.002 0.032 0.063 0.084 0.140 0.005 0.001 0.046 0.517 21 G 0.023 0.127 0.004 0.025 0.070 0.182 0.093 0.003 0.001 0.043 0.429 22 F 0.026 0.056 0.002 0.040 0.150 0.228 0.080 0.003 0.001 0.055 0.359 23 R 0.054 0.033 0.013 0.062 0.189 0.293 0.051 0.007 0.004 0.099 0.197 24 V 0.106 0.015 0.009 0.038 0.125 0.172 0.071 0.004 0.002 0.079 0.379 25 L 0.286 0.024 0.003 0.040 0.053 0.069 0.066 0.003 0.001 0.058 0.397 26 K 0.042 0.058 0.001 0.043 0.023 0.049 0.091 0.002 0.001 0.023 0.667 27 G 0.020 0.073 0.002 0.015 0.019 0.037 0.082 0.003 0.001 0.020 0.730 28 Y 0.012 0.016 0.003 0.029 0.202 0.145 0.078 0.001 0.001 0.292 0.221 29 R 0.012 0.073 0.002 0.121 0.166 0.253 0.042 0.003 0.001 0.199 0.128 30 L 0.044 0.157 0.001 0.074 0.138 0.185 0.048 0.008 0.001 0.123 0.221 31 A 0.014 0.043 0.004 0.078 0.186 0.271 0.042 0.004 0.001 0.132 0.225 32 T 0.009 0.023 0.002 0.034 0.183 0.486 0.024 0.001 0.001 0.101 0.137 33 L 0.014 0.015 0.005 0.053 0.301 0.276 0.042 0.002 0.001 0.076 0.216 34 E 0.041 0.005 0.013 0.028 0.213 0.252 0.098 0.003 0.003 0.098 0.246 35 S 0.337 0.004 0.005 0.016 0.047 0.077 0.072 0.003 0.001 0.085 0.353 36 K 0.127 0.005 0.001 0.022 0.017 0.027 0.095 0.002 0.001 0.027 0.677 37 K 0.010 0.001 0.001 0.008 0.013 0.025 0.118 0.001 0.001 0.017 0.805 38 G 0.007 0.002 0.001 0.030 0.165 0.119 0.096 0.001 0.001 0.030 0.550 39 D 0.007 0.003 0.001 0.098 0.219 0.319 0.059 0.001 0.001 0.062 0.231 40 L 0.003 0.001 0.001 0.045 0.248 0.277 0.057 0.001 0.001 0.044 0.326 41 R 0.002 0.001 0.001 0.090 0.398 0.370 0.017 0.001 0.001 0.023 0.098 42 Y 0.005 0.001 0.001 0.042 0.241 0.407 0.030 0.001 0.001 0.039 0.235 43 V 0.005 0.001 0.001 0.035 0.300 0.325 0.066 0.001 0.001 0.025 0.243 44 N 0.028 0.001 0.002 0.039 0.123 0.188 0.075 0.001 0.001 0.061 0.482 45 S 0.045 0.001 0.002 0.027 0.043 0.054 0.124 0.001 0.001 0.077 0.626 46 P 0.137 0.001 0.002 0.011 0.016 0.017 0.113 0.002 0.001 0.069 0.631 47 V 0.044 0.001 0.001 0.026 0.030 0.040 0.148 0.002 0.001 0.074 0.634 48 S 0.002 0.001 0.001 0.043 0.024 0.066 0.165 0.001 0.001 0.049 0.650 49 G 0.001 0.001 0.001 0.099 0.200 0.309 0.078 0.001 0.001 0.051 0.261 50 T 0.001 0.002 0.001 0.225 0.259 0.360 0.020 0.001 0.001 0.035 0.097 51 V 0.001 0.002 0.001 0.185 0.350 0.273 0.014 0.001 0.001 0.067 0.106 52 I 0.001 0.002 0.001 0.307 0.345 0.250 0.011 0.001 0.001 0.031 0.053 53 F 0.018 0.006 0.001 0.290 0.177 0.294 0.029 0.002 0.001 0.051 0.131 54 M 0.038 0.003 0.001 0.156 0.124 0.186 0.108 0.003 0.001 0.097 0.284 55 N 0.007 0.004 0.001 0.064 0.079 0.164 0.161 0.001 0.001 0.062 0.457 56 E 0.007 0.007 0.001 0.030 0.045 0.100 0.144 0.001 0.001 0.043 0.622 57 I 0.123 0.028 0.005 0.020 0.038 0.042 0.124 0.012 0.002 0.072 0.534 58 P 0.306 0.031 0.007 0.009 0.016 0.019 0.087 0.012 0.004 0.088 0.421 59 S 0.105 0.013 0.009 0.010 0.009 0.019 0.096 0.004 0.002 0.091 0.642 60 E 0.111 0.015 0.004 0.012 0.010 0.022 0.115 0.003 0.001 0.054 0.655 61 R 0.059 0.016 0.002 0.015 0.013 0.028 0.147 0.003 0.001 0.053 0.664 62 A 0.008 0.013 0.002 0.030 0.037 0.083 0.145 0.001 0.001 0.068 0.613 63 N 0.005 0.020 0.002 0.113 0.094 0.250 0.088 0.001 0.001 0.083 0.344 64 Y 0.003 0.012 0.001 0.151 0.249 0.357 0.035 0.001 0.001 0.045 0.146 65 V 0.003 0.008 0.001 0.182 0.288 0.388 0.015 0.001 0.001 0.026 0.088 66 F 0.003 0.004 0.001 0.157 0.297 0.423 0.014 0.001 0.001 0.022 0.079 67 Y 0.004 0.002 0.001 0.219 0.305 0.337 0.019 0.001 0.001 0.027 0.086 68 M 0.014 0.002 0.002 0.116 0.338 0.331 0.032 0.001 0.001 0.038 0.126 69 L 0.060 0.004 0.001 0.082 0.182 0.176 0.081 0.002 0.001 0.031 0.381 70 E 0.034 0.003 0.001 0.025 0.070 0.088 0.097 0.002 0.001 0.021 0.658 71 E 0.014 0.003 0.001 0.019 0.039 0.068 0.106 0.001 0.001 0.018 0.731