# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.711 0.102 0.020 0.048 0.031 0.022 0.025 0.016 0.012 0.009 0.005 2 T 0.209 0.112 0.045 0.134 0.100 0.095 0.113 0.076 0.058 0.038 0.020 3 K 0.061 0.136 0.055 0.188 0.156 0.145 0.124 0.063 0.041 0.020 0.010 4 L 0.010 0.011 0.011 0.024 0.038 0.047 0.086 0.129 0.196 0.194 0.255 5 I 0.019 0.035 0.043 0.112 0.140 0.133 0.172 0.141 0.099 0.069 0.037 6 S 0.034 0.048 0.056 0.142 0.127 0.120 0.141 0.101 0.104 0.083 0.045 7 V 0.010 0.008 0.008 0.019 0.032 0.052 0.100 0.141 0.214 0.221 0.196 8 P 0.071 0.094 0.051 0.179 0.154 0.095 0.124 0.091 0.073 0.043 0.026 9 A 0.016 0.013 0.016 0.028 0.040 0.045 0.095 0.124 0.190 0.193 0.242 10 E 0.100 0.136 0.087 0.208 0.189 0.098 0.082 0.047 0.028 0.015 0.010 11 G 0.191 0.102 0.059 0.130 0.092 0.079 0.119 0.079 0.071 0.050 0.028 12 Y 0.036 0.035 0.026 0.078 0.082 0.112 0.161 0.122 0.141 0.118 0.088 13 K 0.089 0.163 0.096 0.191 0.129 0.095 0.096 0.055 0.045 0.028 0.013 14 V 0.029 0.036 0.044 0.094 0.097 0.125 0.158 0.128 0.123 0.104 0.063 15 Y 0.022 0.026 0.028 0.062 0.073 0.128 0.187 0.145 0.145 0.120 0.064 16 P 0.027 0.038 0.034 0.094 0.092 0.097 0.163 0.148 0.142 0.109 0.056 17 I 0.005 0.006 0.011 0.019 0.028 0.043 0.081 0.110 0.208 0.239 0.251 18 M 0.010 0.010 0.014 0.037 0.063 0.081 0.156 0.160 0.189 0.160 0.119 19 D 0.027 0.054 0.069 0.136 0.131 0.119 0.148 0.106 0.097 0.072 0.040 20 F 0.007 0.010 0.013 0.031 0.057 0.079 0.162 0.182 0.189 0.154 0.115 21 G 0.067 0.056 0.037 0.101 0.085 0.088 0.131 0.112 0.136 0.119 0.069 22 F 0.030 0.029 0.031 0.079 0.085 0.121 0.185 0.136 0.140 0.103 0.062 23 R 0.039 0.064 0.051 0.135 0.156 0.148 0.157 0.103 0.073 0.046 0.029 24 V 0.010 0.008 0.014 0.023 0.032 0.036 0.082 0.117 0.197 0.218 0.263 25 L 0.022 0.053 0.042 0.088 0.106 0.150 0.189 0.104 0.104 0.090 0.052 26 K 0.068 0.153 0.100 0.216 0.158 0.102 0.092 0.047 0.035 0.020 0.011 27 G 0.446 0.134 0.044 0.104 0.067 0.054 0.061 0.038 0.025 0.018 0.010 28 Y 0.066 0.054 0.031 0.103 0.095 0.118 0.168 0.120 0.113 0.086 0.047 29 R 0.035 0.087 0.053 0.160 0.152 0.146 0.155 0.097 0.060 0.037 0.018 30 L 0.004 0.006 0.012 0.025 0.043 0.088 0.117 0.127 0.194 0.205 0.178 31 A 0.007 0.010 0.018 0.031 0.051 0.094 0.177 0.159 0.187 0.158 0.108 32 T 0.010 0.021 0.040 0.117 0.140 0.118 0.163 0.121 0.122 0.089 0.060 33 L 0.004 0.003 0.007 0.009 0.018 0.033 0.079 0.104 0.216 0.245 0.284 34 E 0.043 0.110 0.079 0.268 0.208 0.098 0.096 0.048 0.028 0.014 0.008 35 S 0.024 0.030 0.032 0.052 0.064 0.070 0.126 0.131 0.156 0.156 0.158 36 K 0.134 0.211 0.078 0.181 0.145 0.097 0.080 0.038 0.019 0.011 0.007 37 K 0.255 0.216 0.078 0.179 0.096 0.066 0.052 0.028 0.015 0.010 0.005 38 G 0.176 0.077 0.031 0.073 0.074 0.104 0.143 0.111 0.096 0.074 0.041 39 D 0.119 0.218 0.053 0.239 0.136 0.081 0.077 0.037 0.022 0.011 0.006 40 L 0.003 0.002 0.004 0.006 0.011 0.024 0.048 0.080 0.195 0.281 0.345 41 R 0.029 0.084 0.090 0.236 0.227 0.157 0.092 0.045 0.023 0.011 0.006 42 Y 0.006 0.011 0.021 0.042 0.058 0.070 0.141 0.173 0.181 0.162 0.134 43 V 0.005 0.005 0.006 0.017 0.029 0.049 0.088 0.108 0.204 0.225 0.263 44 N 0.190 0.167 0.081 0.197 0.129 0.070 0.077 0.039 0.027 0.015 0.007 45 S 0.085 0.076 0.066 0.173 0.151 0.120 0.120 0.083 0.059 0.038 0.029 46 P 0.134 0.148 0.045 0.114 0.096 0.090 0.124 0.085 0.068 0.055 0.042 47 V 0.121 0.121 0.043 0.130 0.109 0.126 0.150 0.083 0.059 0.036 0.021 48 S 0.272 0.211 0.087 0.178 0.099 0.058 0.046 0.023 0.014 0.008 0.005 49 G 0.051 0.040 0.032 0.065 0.064 0.077 0.141 0.118 0.172 0.147 0.093 50 T 0.016 0.037 0.022 0.080 0.093 0.115 0.170 0.136 0.149 0.110 0.071 51 V 0.003 0.007 0.010 0.024 0.034 0.071 0.101 0.126 0.200 0.219 0.206 52 I 0.003 0.005 0.012 0.023 0.057 0.071 0.143 0.206 0.190 0.161 0.130 53 F 0.001 0.003 0.011 0.019 0.034 0.023 0.067 0.164 0.220 0.253 0.206 54 M 0.001 0.002 0.005 0.011 0.020 0.033 0.072 0.107 0.241 0.264 0.244 55 N 0.035 0.041 0.058 0.139 0.151 0.137 0.183 0.096 0.085 0.045 0.028 56 E 0.012 0.015 0.035 0.061 0.108 0.101 0.198 0.212 0.119 0.082 0.057 57 I 0.021 0.036 0.040 0.056 0.064 0.079 0.145 0.136 0.164 0.158 0.100 58 P 0.169 0.170 0.078 0.146 0.102 0.084 0.124 0.052 0.041 0.023 0.012 59 S 0.384 0.230 0.101 0.140 0.062 0.032 0.024 0.012 0.008 0.004 0.003 60 E 0.357 0.229 0.066 0.133 0.074 0.046 0.045 0.024 0.013 0.008 0.004 61 R 0.160 0.163 0.052 0.136 0.104 0.104 0.107 0.073 0.048 0.034 0.019 62 A 0.135 0.127 0.083 0.157 0.128 0.123 0.111 0.066 0.036 0.022 0.012 63 N 0.089 0.098 0.121 0.193 0.135 0.116 0.112 0.064 0.038 0.023 0.011 64 Y 0.011 0.014 0.023 0.039 0.048 0.094 0.169 0.143 0.204 0.164 0.092 65 V 0.013 0.026 0.032 0.078 0.089 0.110 0.171 0.144 0.153 0.113 0.071 66 F 0.009 0.012 0.028 0.046 0.064 0.096 0.144 0.151 0.173 0.156 0.119 67 Y 0.014 0.015 0.028 0.048 0.080 0.091 0.163 0.179 0.163 0.125 0.093 68 M 0.011 0.016 0.025 0.047 0.069 0.059 0.132 0.180 0.185 0.154 0.122 69 L 0.030 0.025 0.034 0.072 0.098 0.101 0.187 0.155 0.142 0.093 0.063 70 E 0.223 0.198 0.141 0.177 0.096 0.055 0.056 0.024 0.017 0.008 0.005 71 E 0.100 0.073 0.064 0.129 0.143 0.103 0.162 0.111 0.060 0.032 0.023