# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.063 0.007 0.003 0.046 0.039 0.060 0.068 0.003 0.001 0.011 0.699 2 T 0.149 0.006 0.019 0.053 0.099 0.075 0.108 0.001 0.001 0.021 0.470 3 K 0.031 0.005 0.005 0.169 0.103 0.128 0.152 0.001 0.001 0.007 0.399 4 L 0.020 0.004 0.003 0.162 0.163 0.272 0.062 0.001 0.001 0.005 0.310 5 I 0.006 0.003 0.001 0.384 0.222 0.308 0.023 0.001 0.001 0.002 0.052 6 S 0.010 0.005 0.001 0.125 0.083 0.177 0.035 0.001 0.001 0.002 0.561 7 V 0.008 0.001 0.001 0.284 0.211 0.348 0.023 0.001 0.001 0.001 0.123 8 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 9 A 0.005 0.001 0.001 0.109 0.150 0.395 0.054 0.001 0.001 0.004 0.281 10 E 0.033 0.002 0.001 0.091 0.065 0.115 0.141 0.001 0.001 0.006 0.546 11 G 0.114 0.003 0.001 0.051 0.053 0.082 0.088 0.001 0.001 0.012 0.594 12 Y 0.204 0.010 0.003 0.083 0.074 0.059 0.112 0.001 0.001 0.007 0.447 13 K 0.033 0.007 0.004 0.166 0.082 0.095 0.131 0.001 0.001 0.006 0.476 14 V 0.021 0.005 0.004 0.100 0.035 0.074 0.038 0.001 0.001 0.004 0.719 15 Y 0.014 0.007 0.003 0.338 0.159 0.228 0.045 0.001 0.001 0.003 0.203 16 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 17 I 0.014 0.003 0.001 0.149 0.068 0.311 0.075 0.001 0.001 0.003 0.377 18 M 0.058 0.015 0.001 0.290 0.045 0.131 0.070 0.001 0.001 0.006 0.383 19 D 0.045 0.023 0.001 0.046 0.045 0.061 0.112 0.001 0.001 0.004 0.662 20 F 0.102 0.070 0.008 0.121 0.023 0.061 0.120 0.002 0.001 0.008 0.485 21 G 0.054 0.039 0.002 0.070 0.034 0.055 0.325 0.004 0.001 0.008 0.410 22 F 0.153 0.036 0.030 0.074 0.038 0.040 0.179 0.002 0.001 0.016 0.432 23 R 0.076 0.113 0.006 0.145 0.108 0.092 0.086 0.001 0.001 0.007 0.365 24 V 0.052 0.163 0.009 0.093 0.110 0.135 0.051 0.002 0.001 0.006 0.378 25 L 0.035 0.303 0.002 0.134 0.112 0.155 0.075 0.005 0.001 0.005 0.175 26 K 0.050 0.172 0.007 0.052 0.028 0.072 0.071 0.011 0.001 0.005 0.533 27 G 0.154 0.055 0.006 0.057 0.035 0.061 0.060 0.022 0.001 0.024 0.526 28 Y 0.518 0.008 0.110 0.022 0.024 0.021 0.055 0.002 0.001 0.031 0.207 29 R 0.022 0.014 0.031 0.113 0.088 0.136 0.149 0.001 0.001 0.008 0.437 30 L 0.011 0.006 0.008 0.076 0.159 0.511 0.044 0.001 0.001 0.008 0.176 31 A 0.010 0.015 0.002 0.141 0.295 0.416 0.029 0.001 0.001 0.002 0.091 32 T 0.015 0.025 0.001 0.076 0.207 0.415 0.044 0.002 0.001 0.002 0.213 33 L 0.057 0.010 0.001 0.073 0.285 0.428 0.012 0.001 0.001 0.001 0.135 34 E 0.013 0.023 0.001 0.055 0.211 0.372 0.057 0.003 0.001 0.005 0.259 35 S 0.017 0.012 0.002 0.035 0.348 0.407 0.034 0.002 0.001 0.006 0.138 36 K 0.038 0.014 0.004 0.037 0.081 0.190 0.122 0.002 0.001 0.009 0.504 37 K 0.029 0.006 0.004 0.020 0.053 0.101 0.249 0.002 0.001 0.022 0.514 38 G 0.205 0.006 0.009 0.027 0.116 0.099 0.133 0.002 0.001 0.060 0.343 39 D 0.130 0.007 0.020 0.063 0.091 0.136 0.226 0.002 0.001 0.018 0.308 40 L 0.017 0.005 0.008 0.072 0.170 0.254 0.052 0.001 0.001 0.004 0.416 41 R 0.003 0.002 0.001 0.058 0.453 0.421 0.019 0.001 0.001 0.002 0.042 42 Y 0.006 0.003 0.001 0.036 0.147 0.209 0.023 0.001 0.001 0.001 0.575 43 V 0.018 0.001 0.001 0.069 0.250 0.558 0.007 0.001 0.001 0.001 0.096 44 N 0.006 0.003 0.001 0.055 0.166 0.286 0.056 0.001 0.001 0.008 0.418 45 S 0.011 0.001 0.001 0.035 0.146 0.191 0.056 0.001 0.001 0.002 0.556 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 47 V 0.011 0.001 0.001 0.016 0.051 0.127 0.190 0.001 0.001 0.012 0.591 48 S 0.079 0.001 0.001 0.019 0.025 0.032 0.072 0.001 0.001 0.006 0.765 49 G 0.205 0.003 0.003 0.054 0.101 0.107 0.069 0.001 0.001 0.012 0.445 50 T 0.060 0.003 0.004 0.195 0.198 0.161 0.179 0.001 0.001 0.006 0.193 51 V 0.005 0.002 0.001 0.189 0.276 0.270 0.062 0.001 0.001 0.003 0.192 52 I 0.001 0.001 0.001 0.252 0.317 0.380 0.010 0.001 0.001 0.001 0.037 53 F 0.003 0.002 0.001 0.228 0.217 0.417 0.018 0.001 0.001 0.001 0.113 54 M 0.003 0.001 0.001 0.208 0.242 0.433 0.014 0.001 0.001 0.001 0.097 55 N 0.002 0.002 0.001 0.100 0.243 0.376 0.031 0.001 0.001 0.003 0.241 56 E 0.021 0.003 0.003 0.076 0.080 0.196 0.126 0.002 0.001 0.010 0.484 57 I 0.061 0.004 0.002 0.048 0.087 0.178 0.220 0.001 0.001 0.005 0.394 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 59 S 0.009 0.003 0.001 0.008 0.030 0.073 0.092 0.001 0.001 0.004 0.779 60 E 0.206 0.011 0.003 0.013 0.015 0.027 0.099 0.001 0.001 0.008 0.618 61 R 0.204 0.029 0.002 0.013 0.015 0.025 0.101 0.002 0.001 0.005 0.604 62 A 0.168 0.034 0.008 0.030 0.045 0.058 0.120 0.003 0.001 0.011 0.524 63 N 0.160 0.024 0.004 0.059 0.116 0.125 0.086 0.003 0.001 0.013 0.410 64 Y 0.086 0.020 0.025 0.120 0.181 0.235 0.067 0.002 0.001 0.007 0.257 65 V 0.006 0.009 0.005 0.179 0.303 0.377 0.035 0.001 0.001 0.003 0.082 66 F 0.004 0.006 0.001 0.120 0.312 0.462 0.014 0.001 0.001 0.001 0.079 67 Y 0.006 0.006 0.001 0.160 0.266 0.450 0.010 0.001 0.001 0.001 0.101 68 M 0.006 0.005 0.001 0.092 0.236 0.464 0.020 0.001 0.001 0.001 0.177 69 L 0.006 0.006 0.001 0.087 0.209 0.457 0.034 0.001 0.001 0.002 0.198 70 E 0.008 0.008 0.001 0.040 0.167 0.333 0.070 0.001 0.001 0.003 0.368 71 E 0.031 0.017 0.001 0.027 0.069 0.203 0.147 0.002 0.001 0.007 0.496