# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.076 0.006 0.029 0.030 0.039 0.125 0.015 0.679 2 T 0.110 0.004 0.059 0.089 0.086 0.087 0.017 0.548 3 K 0.043 0.002 0.083 0.099 0.109 0.152 0.005 0.506 4 L 0.008 0.001 0.079 0.280 0.289 0.028 0.001 0.313 5 I 0.001 0.001 0.116 0.345 0.483 0.015 0.001 0.038 6 S 0.004 0.001 0.063 0.197 0.305 0.023 0.002 0.405 7 V 0.003 0.001 0.168 0.283 0.481 0.016 0.001 0.048 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 A 0.002 0.001 0.081 0.104 0.569 0.039 0.001 0.203 10 E 0.027 0.003 0.022 0.063 0.065 0.173 0.009 0.638 11 G 0.392 0.004 0.020 0.025 0.052 0.060 0.050 0.397 12 Y 0.377 0.011 0.072 0.090 0.087 0.098 0.014 0.251 13 K 0.035 0.003 0.059 0.084 0.068 0.149 0.004 0.598 14 V 0.010 0.001 0.061 0.070 0.312 0.047 0.003 0.495 15 Y 0.020 0.001 0.153 0.266 0.329 0.059 0.002 0.170 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 I 0.009 0.001 0.296 0.087 0.256 0.051 0.002 0.299 18 M 0.033 0.003 0.393 0.123 0.141 0.059 0.004 0.244 19 D 0.012 0.010 0.154 0.090 0.132 0.110 0.003 0.490 20 F 0.019 0.009 0.175 0.035 0.176 0.098 0.005 0.484 21 G 0.057 0.009 0.061 0.036 0.053 0.462 0.019 0.303 22 F 0.178 0.018 0.050 0.050 0.051 0.219 0.035 0.401 23 R 0.105 0.096 0.040 0.090 0.088 0.108 0.008 0.465 24 V 0.051 0.093 0.059 0.100 0.201 0.087 0.004 0.404 25 L 0.035 0.127 0.062 0.182 0.265 0.081 0.007 0.239 26 K 0.051 0.107 0.032 0.060 0.124 0.063 0.019 0.545 27 G 0.161 0.059 0.065 0.060 0.124 0.060 0.063 0.408 28 Y 0.303 0.024 0.101 0.070 0.064 0.118 0.045 0.276 29 R 0.017 0.009 0.044 0.053 0.057 0.095 0.005 0.719 30 L 0.008 0.004 0.057 0.203 0.528 0.037 0.002 0.162 31 A 0.017 0.013 0.070 0.254 0.338 0.089 0.003 0.216 32 T 0.031 0.015 0.066 0.276 0.397 0.031 0.005 0.179 33 L 0.023 0.021 0.048 0.320 0.470 0.009 0.003 0.105 34 E 0.011 0.014 0.029 0.374 0.442 0.016 0.004 0.111 35 S 0.015 0.016 0.019 0.371 0.326 0.048 0.008 0.197 36 K 0.028 0.022 0.020 0.226 0.354 0.052 0.010 0.289 37 K 0.016 0.010 0.011 0.033 0.061 0.148 0.013 0.707 38 G 0.292 0.006 0.034 0.073 0.123 0.103 0.092 0.277 39 D 0.289 0.005 0.045 0.072 0.073 0.173 0.023 0.320 40 L 0.007 0.001 0.063 0.192 0.277 0.043 0.002 0.415 41 R 0.002 0.001 0.084 0.390 0.453 0.025 0.001 0.046 42 Y 0.008 0.002 0.040 0.128 0.154 0.063 0.002 0.604 43 V 0.003 0.001 0.134 0.227 0.570 0.011 0.001 0.053 44 N 0.006 0.003 0.065 0.143 0.279 0.054 0.004 0.445 45 S 0.030 0.002 0.071 0.143 0.213 0.065 0.006 0.470 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 47 V 0.016 0.001 0.025 0.055 0.124 0.156 0.004 0.619 48 S 0.074 0.003 0.018 0.025 0.041 0.083 0.006 0.750 49 G 0.215 0.005 0.063 0.063 0.117 0.070 0.015 0.452 50 T 0.163 0.004 0.193 0.173 0.115 0.114 0.007 0.230 51 V 0.007 0.002 0.274 0.218 0.267 0.044 0.002 0.185 52 I 0.003 0.001 0.364 0.279 0.287 0.013 0.001 0.052 53 F 0.002 0.001 0.515 0.102 0.228 0.023 0.001 0.129 54 M 0.002 0.001 0.332 0.245 0.316 0.021 0.001 0.083 55 N 0.002 0.001 0.205 0.195 0.350 0.043 0.002 0.201 56 E 0.014 0.002 0.087 0.083 0.144 0.124 0.008 0.539 57 I 0.023 0.006 0.056 0.057 0.123 0.228 0.004 0.502 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 59 S 0.013 0.004 0.004 0.012 0.030 0.212 0.003 0.721 60 E 0.321 0.013 0.006 0.015 0.023 0.067 0.013 0.543 61 R 0.255 0.062 0.009 0.029 0.034 0.108 0.010 0.493 62 A 0.120 0.046 0.016 0.051 0.062 0.075 0.012 0.618 63 N 0.166 0.049 0.043 0.078 0.127 0.094 0.020 0.424 64 Y 0.150 0.023 0.090 0.159 0.182 0.059 0.019 0.319 65 V 0.011 0.006 0.172 0.358 0.322 0.022 0.003 0.107 66 F 0.003 0.004 0.152 0.393 0.345 0.014 0.002 0.087 67 Y 0.005 0.006 0.175 0.253 0.431 0.013 0.002 0.114 68 M 0.006 0.008 0.184 0.208 0.451 0.016 0.002 0.126 69 L 0.010 0.011 0.092 0.220 0.405 0.032 0.004 0.226 70 E 0.018 0.014 0.050 0.124 0.285 0.060 0.006 0.444 71 E 0.031 0.021 0.024 0.043 0.103 0.136 0.009 0.632