# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.005 0.006 0.020 0.007 0.051 0.004 0.045 0.535 0.002 0.325 0.001 2 T 0.097 0.286 0.392 0.087 0.101 0.013 0.008 0.002 0.009 0.003 0.002 3 K 0.036 0.507 0.223 0.038 0.119 0.029 0.012 0.003 0.027 0.004 0.001 4 L 0.014 0.626 0.273 0.014 0.030 0.032 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 5 I 0.008 0.839 0.103 0.005 0.024 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 6 S 0.012 0.528 0.307 0.011 0.032 0.089 0.004 0.001 0.013 0.001 0.004 7 V 0.002 0.531 0.189 0.001 0.031 0.007 0.001 0.001 0.236 0.001 0.001 8 P 0.014 0.004 0.915 0.002 0.003 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 9 A 0.236 0.151 0.436 0.066 0.037 0.028 0.006 0.003 0.027 0.003 0.008 10 E 0.177 0.182 0.307 0.195 0.062 0.016 0.037 0.005 0.011 0.005 0.002 11 G 0.031 0.036 0.060 0.057 0.206 0.013 0.081 0.367 0.009 0.140 0.001 12 Y 0.059 0.371 0.413 0.056 0.057 0.021 0.005 0.002 0.012 0.002 0.001 13 K 0.058 0.502 0.314 0.031 0.042 0.034 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 14 V 0.117 0.497 0.219 0.067 0.044 0.035 0.005 0.001 0.012 0.001 0.003 15 Y 0.015 0.502 0.172 0.003 0.114 0.005 0.001 0.001 0.187 0.001 0.001 16 P 0.081 0.021 0.792 0.007 0.005 0.054 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 17 I 0.092 0.513 0.239 0.054 0.029 0.045 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 18 M 0.131 0.528 0.163 0.058 0.067 0.019 0.003 0.001 0.027 0.002 0.001 19 D 0.081 0.143 0.286 0.084 0.101 0.147 0.076 0.002 0.072 0.007 0.002 20 F 0.376 0.144 0.158 0.228 0.039 0.011 0.020 0.005 0.012 0.005 0.003 21 G 0.142 0.037 0.079 0.054 0.130 0.018 0.066 0.294 0.006 0.174 0.001 22 F 0.347 0.237 0.231 0.082 0.066 0.016 0.008 0.002 0.010 0.002 0.001 23 R 0.279 0.346 0.203 0.050 0.057 0.032 0.008 0.001 0.022 0.002 0.001 24 V 0.301 0.343 0.233 0.036 0.037 0.026 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 25 L 0.279 0.294 0.253 0.056 0.036 0.033 0.004 0.001 0.042 0.001 0.002 26 K 0.196 0.112 0.405 0.122 0.050 0.021 0.062 0.004 0.020 0.006 0.002 27 G 0.031 0.009 0.030 0.018 0.059 0.006 0.048 0.556 0.003 0.240 0.001 28 Y 0.235 0.176 0.419 0.061 0.055 0.021 0.009 0.002 0.017 0.004 0.001 29 R 0.364 0.180 0.280 0.073 0.032 0.039 0.012 0.001 0.014 0.002 0.001 30 L 0.299 0.335 0.153 0.092 0.073 0.021 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 31 A 0.202 0.428 0.124 0.052 0.148 0.014 0.008 0.002 0.020 0.001 0.001 32 T 0.105 0.527 0.196 0.035 0.075 0.031 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 33 L 0.082 0.572 0.224 0.023 0.043 0.029 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 34 E 0.101 0.451 0.265 0.037 0.056 0.054 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 35 S 0.104 0.295 0.350 0.051 0.082 0.051 0.014 0.001 0.046 0.004 0.001 36 K 0.446 0.145 0.204 0.091 0.037 0.024 0.013 0.002 0.029 0.005 0.004 37 K 0.131 0.083 0.226 0.346 0.038 0.019 0.129 0.007 0.015 0.005 0.001 38 G 0.015 0.016 0.033 0.016 0.064 0.004 0.084 0.594 0.002 0.171 0.001 39 D 0.061 0.337 0.420 0.062 0.061 0.035 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 40 L 0.021 0.659 0.235 0.016 0.029 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 41 R 0.025 0.726 0.146 0.010 0.056 0.021 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 42 Y 0.017 0.515 0.300 0.018 0.045 0.084 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 43 V 0.042 0.731 0.111 0.026 0.049 0.014 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 44 N 0.031 0.366 0.253 0.059 0.123 0.083 0.043 0.004 0.031 0.006 0.002 45 S 0.008 0.306 0.392 0.004 0.036 0.019 0.006 0.001 0.224 0.003 0.001 46 P 0.146 0.007 0.728 0.016 0.006 0.023 0.001 0.001 0.006 0.004 0.064 47 V 0.151 0.314 0.267 0.154 0.036 0.028 0.013 0.006 0.025 0.002 0.004 48 S 0.050 0.156 0.345 0.197 0.081 0.019 0.105 0.015 0.016 0.013 0.003 49 G 0.010 0.060 0.073 0.035 0.361 0.012 0.067 0.265 0.007 0.109 0.001 50 T 0.009 0.737 0.173 0.010 0.050 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 51 V 0.003 0.796 0.144 0.002 0.015 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 I 0.003 0.875 0.067 0.001 0.026 0.020 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 53 F 0.007 0.572 0.239 0.005 0.043 0.114 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 54 M 0.062 0.620 0.170 0.027 0.061 0.022 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 55 N 0.077 0.306 0.167 0.092 0.218 0.041 0.057 0.005 0.026 0.009 0.001 56 E 0.081 0.347 0.274 0.093 0.088 0.041 0.031 0.005 0.030 0.005 0.003 57 I 0.022 0.250 0.594 0.004 0.016 0.020 0.003 0.001 0.087 0.002 0.002 58 P 0.157 0.005 0.742 0.009 0.002 0.030 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 59 S 0.453 0.095 0.251 0.119 0.023 0.025 0.009 0.005 0.015 0.002 0.002 60 E 0.296 0.139 0.243 0.182 0.049 0.031 0.021 0.007 0.024 0.007 0.001 61 R 0.182 0.188 0.269 0.186 0.041 0.043 0.039 0.004 0.042 0.005 0.003 62 A 0.233 0.140 0.300 0.177 0.035 0.028 0.055 0.007 0.015 0.006 0.005 63 N 0.067 0.273 0.163 0.180 0.164 0.036 0.064 0.018 0.026 0.008 0.001 64 Y 0.012 0.689 0.178 0.019 0.067 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 65 V 0.004 0.842 0.116 0.003 0.012 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 F 0.004 0.861 0.084 0.002 0.024 0.020 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 Y 0.004 0.816 0.092 0.003 0.045 0.026 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 68 M 0.006 0.587 0.272 0.003 0.045 0.055 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 69 L 0.040 0.237 0.576 0.010 0.035 0.064 0.005 0.001 0.027 0.001 0.004 70 E 0.227 0.238 0.354 0.040 0.067 0.029 0.010 0.001 0.027 0.003 0.004 71 E 0.238 0.247 0.266 0.085 0.078 0.033 0.017 0.003 0.028 0.003 0.002