# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.30604 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.312 0.163 0.129 0.133 0.102 0.070 0.046 0.021 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 2 T 0.217 0.132 0.135 0.138 0.121 0.100 0.077 0.038 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 3 K 0.123 0.095 0.118 0.141 0.152 0.123 0.090 0.069 0.045 0.021 0.012 0.005 0.004 0.002 4 L 0.043 0.024 0.037 0.057 0.095 0.130 0.147 0.149 0.114 0.082 0.061 0.037 0.016 0.006 5 I 0.044 0.032 0.041 0.059 0.088 0.116 0.133 0.137 0.115 0.098 0.071 0.038 0.019 0.010 6 S 0.062 0.043 0.052 0.074 0.102 0.098 0.101 0.120 0.111 0.091 0.072 0.042 0.021 0.012 7 V 0.042 0.030 0.035 0.049 0.076 0.090 0.100 0.119 0.128 0.117 0.098 0.070 0.031 0.016 8 P 0.055 0.048 0.066 0.089 0.110 0.129 0.128 0.123 0.087 0.066 0.049 0.028 0.014 0.008 9 A 0.040 0.032 0.042 0.068 0.111 0.119 0.128 0.140 0.119 0.092 0.057 0.029 0.014 0.008 10 E 0.120 0.133 0.139 0.162 0.127 0.107 0.074 0.051 0.038 0.023 0.014 0.007 0.003 0.002 11 G 0.131 0.098 0.120 0.134 0.132 0.121 0.099 0.064 0.047 0.026 0.015 0.008 0.004 0.002 12 Y 0.057 0.057 0.083 0.118 0.151 0.153 0.136 0.104 0.062 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 13 K 0.104 0.105 0.130 0.145 0.142 0.120 0.087 0.068 0.047 0.026 0.014 0.006 0.003 0.002 14 V 0.066 0.039 0.057 0.081 0.116 0.140 0.136 0.126 0.098 0.063 0.041 0.021 0.010 0.005 15 Y 0.071 0.054 0.063 0.092 0.117 0.125 0.121 0.113 0.090 0.066 0.045 0.024 0.012 0.006 16 P 0.052 0.039 0.053 0.073 0.095 0.112 0.118 0.119 0.106 0.092 0.067 0.042 0.020 0.011 17 I 0.032 0.025 0.033 0.044 0.070 0.098 0.111 0.137 0.131 0.118 0.097 0.059 0.027 0.015 18 M 0.043 0.034 0.039 0.051 0.078 0.102 0.124 0.133 0.121 0.100 0.083 0.052 0.026 0.014 19 D 0.063 0.048 0.059 0.086 0.108 0.114 0.118 0.120 0.100 0.072 0.054 0.032 0.015 0.009 20 F 0.026 0.022 0.030 0.046 0.078 0.097 0.127 0.135 0.131 0.119 0.087 0.062 0.027 0.015 21 G 0.065 0.062 0.082 0.108 0.123 0.132 0.118 0.105 0.076 0.056 0.038 0.020 0.009 0.005 22 F 0.069 0.052 0.067 0.087 0.122 0.118 0.117 0.112 0.100 0.070 0.044 0.025 0.012 0.005 23 R 0.104 0.092 0.116 0.158 0.166 0.125 0.081 0.069 0.046 0.023 0.012 0.005 0.003 0.001 24 V 0.078 0.045 0.064 0.093 0.128 0.146 0.133 0.116 0.079 0.053 0.035 0.019 0.008 0.003 25 L 0.094 0.085 0.112 0.151 0.155 0.148 0.110 0.069 0.038 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 26 K 0.192 0.189 0.176 0.153 0.098 0.074 0.050 0.028 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 27 G 0.152 0.141 0.131 0.150 0.137 0.108 0.076 0.044 0.032 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 28 Y 0.046 0.053 0.080 0.121 0.153 0.168 0.149 0.100 0.061 0.034 0.018 0.011 0.005 0.002 29 R 0.037 0.039 0.063 0.095 0.137 0.146 0.141 0.128 0.097 0.058 0.032 0.015 0.009 0.005 30 L 0.019 0.013 0.017 0.028 0.052 0.074 0.104 0.135 0.154 0.140 0.127 0.085 0.034 0.017 31 A 0.020 0.016 0.019 0.023 0.039 0.058 0.081 0.105 0.147 0.165 0.148 0.102 0.054 0.023 32 T 0.022 0.018 0.026 0.044 0.065 0.080 0.102 0.135 0.145 0.137 0.107 0.067 0.035 0.018 33 L 0.016 0.019 0.025 0.037 0.067 0.075 0.097 0.124 0.162 0.153 0.109 0.060 0.035 0.019 34 E 0.088 0.096 0.115 0.169 0.146 0.127 0.091 0.063 0.050 0.026 0.016 0.009 0.004 0.003 35 S 0.043 0.059 0.091 0.123 0.142 0.154 0.154 0.090 0.068 0.040 0.019 0.010 0.005 0.002 36 K 0.055 0.075 0.111 0.140 0.175 0.163 0.108 0.083 0.049 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 37 K 0.159 0.212 0.161 0.148 0.115 0.078 0.052 0.029 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 38 G 0.079 0.087 0.115 0.152 0.151 0.138 0.109 0.074 0.051 0.022 0.011 0.006 0.003 0.001 39 D 0.072 0.091 0.105 0.150 0.179 0.132 0.121 0.073 0.042 0.018 0.009 0.003 0.003 0.001 40 L 0.020 0.015 0.022 0.032 0.067 0.100 0.146 0.166 0.149 0.109 0.082 0.058 0.027 0.008 41 R 0.057 0.048 0.063 0.112 0.138 0.120 0.109 0.118 0.103 0.060 0.040 0.019 0.009 0.004 42 Y 0.026 0.015 0.022 0.040 0.057 0.074 0.091 0.118 0.130 0.144 0.129 0.098 0.037 0.020 43 V 0.022 0.030 0.037 0.040 0.066 0.095 0.111 0.125 0.130 0.141 0.101 0.053 0.034 0.016 44 N 0.079 0.098 0.125 0.154 0.133 0.114 0.091 0.080 0.057 0.033 0.020 0.010 0.005 0.002 45 S 0.109 0.135 0.122 0.143 0.132 0.099 0.078 0.059 0.057 0.033 0.018 0.008 0.005 0.003 46 P 0.064 0.079 0.106 0.132 0.154 0.149 0.128 0.084 0.048 0.026 0.015 0.009 0.004 0.002 47 V 0.044 0.067 0.106 0.141 0.159 0.149 0.116 0.091 0.058 0.037 0.018 0.007 0.004 0.002 48 S 0.074 0.107 0.122 0.129 0.129 0.116 0.103 0.084 0.072 0.034 0.017 0.006 0.004 0.003 49 G 0.018 0.020 0.036 0.065 0.102 0.130 0.138 0.139 0.133 0.091 0.062 0.038 0.018 0.010 50 T 0.007 0.008 0.014 0.026 0.051 0.085 0.131 0.138 0.157 0.153 0.112 0.060 0.033 0.025 51 V 0.003 0.003 0.003 0.006 0.012 0.023 0.044 0.077 0.136 0.184 0.197 0.168 0.084 0.060 52 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.020 0.038 0.099 0.171 0.238 0.228 0.114 0.072 53 F 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.024 0.042 0.087 0.162 0.212 0.235 0.130 0.085 54 M 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.013 0.029 0.051 0.115 0.202 0.210 0.163 0.129 0.072 55 N 0.010 0.015 0.025 0.050 0.077 0.089 0.112 0.152 0.153 0.125 0.089 0.054 0.029 0.017 56 E 0.015 0.024 0.041 0.082 0.120 0.122 0.112 0.125 0.137 0.109 0.062 0.027 0.013 0.010 57 I 0.018 0.033 0.069 0.121 0.154 0.181 0.146 0.120 0.077 0.044 0.021 0.009 0.003 0.002 58 P 0.084 0.116 0.165 0.182 0.152 0.123 0.086 0.041 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 59 S 0.328 0.208 0.173 0.117 0.074 0.044 0.032 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.424 0.232 0.146 0.094 0.052 0.025 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.240 0.209 0.179 0.157 0.101 0.057 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.142 0.149 0.172 0.165 0.140 0.108 0.065 0.032 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 63 N 0.081 0.091 0.109 0.132 0.156 0.146 0.117 0.080 0.049 0.021 0.011 0.004 0.003 0.001 64 Y 0.013 0.011 0.018 0.039 0.078 0.110 0.141 0.167 0.161 0.114 0.077 0.044 0.019 0.008 65 V 0.010 0.008 0.012 0.021 0.039 0.061 0.095 0.122 0.147 0.170 0.141 0.099 0.045 0.029 66 F 0.009 0.007 0.008 0.009 0.016 0.025 0.040 0.065 0.120 0.185 0.196 0.171 0.099 0.050 67 Y 0.014 0.011 0.014 0.019 0.032 0.046 0.070 0.104 0.149 0.164 0.158 0.122 0.065 0.033 68 M 0.016 0.014 0.017 0.029 0.049 0.068 0.089 0.130 0.158 0.151 0.133 0.079 0.039 0.028 69 L 0.021 0.024 0.029 0.055 0.100 0.111 0.142 0.149 0.127 0.098 0.071 0.041 0.019 0.013 70 E 0.080 0.092 0.123 0.153 0.152 0.128 0.102 0.065 0.046 0.030 0.016 0.009 0.003 0.002 71 E 0.094 0.093 0.127 0.154 0.161 0.128 0.089 0.061 0.048 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001