# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.006 0.011 0.429 0.025 0.019 0.010 0.002 0.002 0.015 0.258 0.157 0.031 0.036 2 T 0.031 0.019 0.439 0.054 0.018 0.010 0.006 0.004 0.027 0.181 0.067 0.066 0.078 3 K 0.115 0.015 0.159 0.029 0.012 0.012 0.029 0.022 0.112 0.068 0.025 0.223 0.178 4 L 0.248 0.006 0.050 0.042 0.009 0.006 0.093 0.048 0.068 0.010 0.006 0.031 0.382 5 I 0.182 0.002 0.015 0.018 0.002 0.003 0.059 0.029 0.080 0.005 0.003 0.581 0.023 6 S 0.130 0.006 0.037 0.009 0.003 0.002 0.051 0.021 0.037 0.006 0.007 0.011 0.678 7 V 0.018 0.003 0.081 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.026 0.025 0.003 0.820 0.009 8 P 0.018 0.010 0.253 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.028 0.030 0.007 0.013 0.627 9 A 0.021 0.019 0.436 0.051 0.039 0.005 0.005 0.002 0.022 0.102 0.079 0.153 0.065 10 E 0.017 0.010 0.172 0.121 0.043 0.006 0.005 0.001 0.013 0.181 0.298 0.057 0.076 11 G 0.027 0.017 0.257 0.016 0.040 0.006 0.004 0.001 0.009 0.175 0.225 0.056 0.167 12 Y 0.054 0.014 0.353 0.050 0.029 0.008 0.007 0.003 0.015 0.107 0.060 0.129 0.170 13 K 0.087 0.016 0.106 0.012 0.009 0.009 0.021 0.005 0.051 0.042 0.024 0.498 0.121 14 V 0.060 0.031 0.144 0.020 0.009 0.008 0.027 0.010 0.046 0.025 0.030 0.021 0.570 15 Y 0.035 0.006 0.144 0.056 0.002 0.004 0.007 0.004 0.033 0.045 0.006 0.642 0.017 16 P 0.042 0.007 0.137 0.010 0.003 0.006 0.011 0.004 0.050 0.043 0.012 0.042 0.635 17 I 0.151 0.024 0.119 0.026 0.021 0.024 0.064 0.021 0.061 0.034 0.031 0.147 0.278 18 M 0.150 0.023 0.147 0.042 0.023 0.033 0.052 0.026 0.060 0.037 0.024 0.192 0.192 19 D 0.055 0.014 0.298 0.017 0.020 0.022 0.008 0.006 0.033 0.066 0.032 0.114 0.315 20 F 0.030 0.006 0.140 0.092 0.083 0.106 0.006 0.003 0.017 0.090 0.341 0.023 0.065 21 G 0.032 0.006 0.117 0.064 0.085 0.075 0.004 0.001 0.011 0.182 0.338 0.062 0.021 22 F 0.148 0.008 0.178 0.014 0.068 0.055 0.011 0.004 0.015 0.076 0.044 0.045 0.335 23 R 0.331 0.011 0.063 0.008 0.022 0.069 0.036 0.011 0.026 0.016 0.015 0.276 0.116 24 V 0.256 0.027 0.072 0.010 0.031 0.104 0.043 0.015 0.022 0.015 0.022 0.050 0.332 25 L 0.070 0.009 0.210 0.068 0.028 0.061 0.007 0.004 0.017 0.049 0.081 0.317 0.078 26 K 0.008 0.003 0.091 0.029 0.016 0.029 0.002 0.001 0.004 0.132 0.593 0.019 0.074 27 G 0.004 0.003 0.108 0.010 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.349 0.458 0.028 0.022 28 Y 0.033 0.010 0.457 0.016 0.007 0.010 0.001 0.001 0.007 0.151 0.033 0.123 0.152 29 R 0.129 0.011 0.162 0.011 0.007 0.020 0.013 0.003 0.021 0.042 0.021 0.115 0.444 30 L 0.341 0.008 0.070 0.078 0.015 0.040 0.045 0.012 0.024 0.017 0.012 0.139 0.201 31 A 0.602 0.001 0.012 0.046 0.007 0.013 0.040 0.007 0.011 0.003 0.003 0.142 0.113 32 T 0.716 0.001 0.007 0.017 0.004 0.007 0.043 0.006 0.008 0.001 0.002 0.067 0.122 33 L 0.676 0.002 0.014 0.009 0.003 0.008 0.044 0.006 0.013 0.002 0.003 0.102 0.116 34 E 0.409 0.005 0.051 0.010 0.005 0.008 0.018 0.003 0.011 0.008 0.012 0.185 0.276 35 S 0.129 0.007 0.216 0.025 0.016 0.011 0.006 0.002 0.008 0.055 0.068 0.116 0.342 36 K 0.016 0.002 0.098 0.043 0.012 0.007 0.001 0.001 0.004 0.272 0.323 0.189 0.033 37 K 0.009 0.003 0.098 0.011 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.141 0.548 0.008 0.163 38 G 0.025 0.005 0.179 0.025 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.285 0.097 0.348 0.024 39 D 0.168 0.017 0.147 0.011 0.002 0.002 0.015 0.002 0.019 0.030 0.009 0.154 0.422 40 L 0.381 0.007 0.031 0.011 0.001 0.001 0.043 0.008 0.020 0.003 0.001 0.109 0.383 41 R 0.457 0.002 0.012 0.148 0.001 0.001 0.037 0.005 0.008 0.002 0.001 0.272 0.054 42 Y 0.470 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.043 0.003 0.013 0.001 0.001 0.069 0.388 43 V 0.461 0.003 0.032 0.034 0.003 0.001 0.048 0.005 0.013 0.006 0.007 0.193 0.193 44 N 0.136 0.007 0.141 0.013 0.005 0.001 0.015 0.004 0.016 0.070 0.034 0.379 0.181 45 S 0.017 0.012 0.376 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.007 0.171 0.070 0.082 0.251 46 P 0.009 0.015 0.521 0.017 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.153 0.157 0.042 0.059 47 V 0.004 0.009 0.292 0.025 0.024 0.003 0.001 0.001 0.005 0.365 0.204 0.042 0.025 48 S 0.008 0.009 0.305 0.025 0.015 0.002 0.002 0.001 0.005 0.224 0.298 0.015 0.091 49 G 0.065 0.010 0.322 0.048 0.005 0.002 0.008 0.005 0.018 0.216 0.034 0.206 0.062 50 T 0.338 0.006 0.052 0.018 0.001 0.002 0.087 0.026 0.052 0.018 0.003 0.134 0.263 51 V 0.472 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.193 0.103 0.045 0.001 0.001 0.060 0.108 52 I 0.511 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.259 0.081 0.030 0.001 0.001 0.041 0.034 53 F 0.481 0.002 0.014 0.014 0.001 0.002 0.125 0.066 0.073 0.002 0.002 0.102 0.116 54 M 0.317 0.003 0.078 0.058 0.010 0.004 0.075 0.021 0.069 0.013 0.013 0.073 0.265 55 N 0.098 0.004 0.145 0.024 0.013 0.004 0.021 0.007 0.083 0.073 0.073 0.408 0.048 56 E 0.029 0.034 0.302 0.008 0.025 0.005 0.007 0.003 0.031 0.164 0.112 0.015 0.268 57 I 0.004 0.019 0.599 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 0.207 0.020 0.118 0.012 58 P 0.001 0.018 0.694 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.005 0.139 0.042 0.005 0.079 59 S 0.001 0.030 0.399 0.005 0.057 0.014 0.001 0.001 0.002 0.225 0.220 0.027 0.019 60 E 0.002 0.022 0.364 0.007 0.060 0.017 0.001 0.001 0.002 0.222 0.257 0.012 0.034 61 R 0.003 0.021 0.464 0.012 0.062 0.024 0.001 0.001 0.004 0.253 0.097 0.033 0.026 62 A 0.009 0.015 0.356 0.024 0.068 0.038 0.002 0.001 0.009 0.162 0.187 0.023 0.108 63 N 0.066 0.013 0.294 0.059 0.036 0.028 0.006 0.002 0.012 0.132 0.107 0.125 0.119 64 Y 0.314 0.005 0.076 0.028 0.009 0.017 0.039 0.006 0.027 0.027 0.009 0.157 0.286 65 V 0.529 0.002 0.020 0.025 0.002 0.009 0.054 0.014 0.020 0.004 0.002 0.175 0.143 66 F 0.671 0.001 0.005 0.028 0.002 0.006 0.096 0.014 0.014 0.001 0.001 0.059 0.103 67 Y 0.669 0.001 0.006 0.016 0.002 0.007 0.087 0.013 0.018 0.002 0.003 0.118 0.058 68 M 0.570 0.002 0.024 0.013 0.005 0.006 0.049 0.007 0.019 0.004 0.006 0.055 0.241 69 L 0.157 0.006 0.238 0.016 0.004 0.005 0.013 0.003 0.048 0.035 0.013 0.358 0.105 70 E 0.021 0.013 0.507 0.008 0.008 0.008 0.003 0.001 0.023 0.122 0.079 0.032 0.176 71 E 0.004 0.013 0.610 0.004 0.013 0.011 0.001 0.001 0.009 0.208 0.053 0.049 0.025