# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.087 0.023 0.124 0.156 0.009 0.206 0.017 0.007 0.117 0.135 0.018 0.009 0.025 0.002 0.002 0.063 2 T 0.274 0.365 0.096 0.171 0.001 0.027 0.001 0.006 0.005 0.001 0.023 0.019 0.006 0.001 0.002 0.003 3 K 0.020 0.061 0.222 0.628 0.001 0.021 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.017 0.003 0.001 0.001 0.007 4 L 0.021 0.009 0.406 0.516 0.004 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 5 I 0.001 0.027 0.087 0.870 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 6 S 0.001 0.005 0.012 0.973 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.006 0.007 0.058 0.900 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.001 0.016 0.016 0.487 0.043 0.422 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.001 0.039 0.003 0.147 0.415 0.156 0.006 0.010 0.002 0.003 0.208 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 10 E 0.003 0.247 0.007 0.131 0.007 0.032 0.001 0.412 0.013 0.002 0.024 0.090 0.003 0.001 0.028 0.001 11 G 0.009 0.041 0.058 0.140 0.004 0.036 0.005 0.013 0.340 0.107 0.053 0.025 0.037 0.002 0.006 0.128 12 Y 0.431 0.038 0.170 0.174 0.003 0.024 0.007 0.005 0.006 0.003 0.037 0.055 0.035 0.001 0.003 0.008 13 K 0.025 0.068 0.328 0.401 0.005 0.065 0.005 0.005 0.003 0.002 0.015 0.025 0.039 0.001 0.002 0.010 14 V 0.006 0.056 0.096 0.793 0.002 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.012 0.001 0.001 0.005 15 Y 0.007 0.015 0.096 0.783 0.006 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 16 P 0.008 0.051 0.055 0.638 0.010 0.144 0.001 0.007 0.001 0.001 0.045 0.006 0.030 0.001 0.001 0.002 17 I 0.004 0.071 0.019 0.564 0.076 0.103 0.008 0.005 0.004 0.002 0.070 0.033 0.027 0.009 0.001 0.005 18 M 0.008 0.074 0.075 0.506 0.029 0.056 0.006 0.043 0.004 0.002 0.022 0.055 0.097 0.001 0.016 0.004 19 D 0.004 0.032 0.027 0.084 0.268 0.222 0.098 0.008 0.010 0.035 0.031 0.023 0.080 0.048 0.002 0.027 20 F 0.022 0.042 0.023 0.088 0.004 0.030 0.002 0.461 0.003 0.002 0.168 0.020 0.049 0.002 0.080 0.004 21 G 0.007 0.047 0.054 0.091 0.002 0.089 0.004 0.009 0.160 0.128 0.052 0.160 0.127 0.002 0.006 0.060 22 F 0.279 0.040 0.048 0.137 0.001 0.017 0.005 0.002 0.008 0.001 0.100 0.069 0.272 0.002 0.004 0.014 23 R 0.012 0.039 0.152 0.149 0.006 0.076 0.014 0.001 0.003 0.001 0.021 0.122 0.385 0.004 0.002 0.014 24 V 0.008 0.033 0.100 0.135 0.092 0.123 0.065 0.004 0.001 0.001 0.019 0.030 0.352 0.020 0.005 0.013 25 L 0.001 0.017 0.012 0.025 0.445 0.012 0.215 0.009 0.001 0.001 0.010 0.006 0.035 0.204 0.005 0.003 26 K 0.001 0.010 0.009 0.014 0.003 0.006 0.004 0.554 0.006 0.003 0.006 0.003 0.023 0.003 0.345 0.010 27 G 0.015 0.023 0.029 0.023 0.001 0.004 0.004 0.005 0.347 0.140 0.012 0.005 0.023 0.002 0.006 0.361 28 Y 0.871 0.010 0.041 0.023 0.001 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.015 0.013 0.001 0.002 0.004 29 R 0.028 0.105 0.491 0.097 0.003 0.163 0.003 0.004 0.002 0.001 0.040 0.023 0.029 0.002 0.001 0.008 30 L 0.013 0.080 0.106 0.521 0.008 0.101 0.003 0.010 0.003 0.001 0.067 0.047 0.035 0.002 0.002 0.002 31 A 0.003 0.117 0.173 0.606 0.001 0.015 0.001 0.007 0.003 0.001 0.009 0.022 0.035 0.001 0.003 0.004 32 T 0.005 0.005 0.080 0.841 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.029 0.001 0.001 0.007 33 L 0.012 0.018 0.240 0.586 0.036 0.043 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.041 0.001 0.001 0.003 34 E 0.002 0.043 0.033 0.751 0.073 0.046 0.006 0.012 0.002 0.003 0.006 0.003 0.010 0.005 0.001 0.005 35 S 0.003 0.016 0.005 0.065 0.074 0.774 0.004 0.024 0.003 0.004 0.007 0.006 0.012 0.001 0.003 0.001 36 K 0.002 0.066 0.007 0.014 0.115 0.019 0.033 0.029 0.006 0.008 0.642 0.007 0.007 0.038 0.001 0.006 37 K 0.024 0.185 0.023 0.075 0.001 0.004 0.002 0.171 0.031 0.002 0.006 0.131 0.004 0.001 0.337 0.005 38 G 0.033 0.010 0.247 0.072 0.001 0.015 0.003 0.001 0.142 0.052 0.004 0.003 0.019 0.001 0.004 0.394 39 D 0.455 0.128 0.216 0.179 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 40 L 0.013 0.005 0.260 0.599 0.002 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 41 R 0.001 0.063 0.164 0.755 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 Y 0.001 0.003 0.005 0.915 0.022 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 43 V 0.004 0.081 0.087 0.707 0.029 0.049 0.004 0.019 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 44 N 0.003 0.109 0.024 0.798 0.005 0.021 0.001 0.008 0.012 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 45 S 0.029 0.021 0.088 0.627 0.026 0.165 0.003 0.008 0.005 0.009 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 46 P 0.011 0.087 0.059 0.201 0.071 0.447 0.004 0.016 0.003 0.005 0.080 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 47 V 0.008 0.213 0.016 0.225 0.165 0.087 0.026 0.031 0.009 0.005 0.134 0.059 0.004 0.016 0.001 0.002 48 S 0.009 0.248 0.076 0.353 0.001 0.016 0.002 0.146 0.042 0.003 0.007 0.026 0.007 0.001 0.060 0.005 49 G 0.036 0.024 0.236 0.481 0.001 0.006 0.001 0.001 0.103 0.017 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.082 50 T 0.169 0.009 0.246 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.125 0.862 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.006 0.008 0.977 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.003 0.001 0.889 0.062 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 M 0.001 0.050 0.012 0.671 0.057 0.113 0.001 0.073 0.001 0.002 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 55 N 0.002 0.183 0.010 0.568 0.011 0.096 0.001 0.021 0.038 0.023 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.006 56 E 0.056 0.096 0.059 0.700 0.010 0.018 0.003 0.005 0.012 0.004 0.013 0.011 0.003 0.001 0.001 0.008 57 I 0.023 0.035 0.287 0.356 0.033 0.201 0.011 0.006 0.002 0.006 0.008 0.014 0.010 0.001 0.002 0.004 58 P 0.009 0.100 0.043 0.216 0.040 0.321 0.006 0.042 0.004 0.009 0.166 0.015 0.020 0.002 0.002 0.004 59 S 0.013 0.136 0.011 0.125 0.016 0.257 0.004 0.030 0.029 0.009 0.199 0.133 0.028 0.002 0.004 0.004 60 E 0.030 0.224 0.090 0.119 0.005 0.027 0.009 0.023 0.024 0.007 0.129 0.216 0.065 0.002 0.011 0.018 61 R 0.046 0.087 0.286 0.180 0.007 0.070 0.019 0.009 0.021 0.005 0.022 0.084 0.098 0.004 0.011 0.051 62 A 0.032 0.043 0.345 0.206 0.001 0.164 0.010 0.007 0.004 0.001 0.041 0.014 0.112 0.001 0.005 0.013 63 N 0.006 0.588 0.088 0.281 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.006 64 Y 0.012 0.004 0.099 0.866 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 65 V 0.002 0.011 0.611 0.368 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 F 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.002 0.009 0.979 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 M 0.001 0.008 0.006 0.962 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.023 0.008 0.740 0.039 0.181 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.001 0.056 0.005 0.141 0.266 0.436 0.006 0.015 0.001 0.004 0.059 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 71 E 0.002 0.284 0.008 0.097 0.053 0.058 0.007 0.182 0.013 0.006 0.217 0.054 0.004 0.006 0.008 0.002