# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.035 0.008 0.001 0.030 0.030 0.092 0.164 0.005 0.001 0.036 0.599 2 T 0.012 0.004 0.002 0.060 0.105 0.225 0.129 0.002 0.001 0.048 0.412 3 K 0.005 0.002 0.001 0.104 0.151 0.487 0.039 0.001 0.001 0.043 0.168 4 L 0.006 0.001 0.001 0.060 0.166 0.236 0.046 0.001 0.001 0.098 0.385 5 I 0.001 0.001 0.001 0.121 0.349 0.408 0.017 0.001 0.001 0.025 0.077 6 S 0.002 0.001 0.001 0.070 0.215 0.322 0.031 0.001 0.001 0.051 0.307 7 V 0.001 0.001 0.001 0.092 0.401 0.280 0.029 0.001 0.001 0.022 0.172 8 P 0.220 0.009 0.001 0.057 0.108 0.122 0.054 0.008 0.002 0.109 0.311 9 A 0.303 0.004 0.001 0.024 0.035 0.047 0.093 0.006 0.001 0.066 0.419 10 E 0.019 0.003 0.001 0.014 0.012 0.029 0.101 0.001 0.001 0.017 0.804 11 G 0.016 0.005 0.001 0.027 0.029 0.087 0.122 0.001 0.001 0.032 0.679 12 Y 0.012 0.006 0.001 0.040 0.169 0.120 0.100 0.001 0.001 0.083 0.468 13 K 0.007 0.013 0.001 0.060 0.204 0.217 0.055 0.001 0.001 0.051 0.391 14 V 0.021 0.036 0.001 0.053 0.117 0.161 0.063 0.005 0.001 0.044 0.498 15 Y 0.023 0.031 0.008 0.069 0.235 0.178 0.058 0.006 0.003 0.074 0.313 16 P 0.089 0.041 0.003 0.078 0.120 0.175 0.069 0.005 0.001 0.074 0.345 17 I 0.085 0.033 0.006 0.061 0.068 0.107 0.094 0.006 0.002 0.111 0.425 18 M 0.038 0.031 0.004 0.108 0.081 0.122 0.132 0.004 0.001 0.047 0.433 19 D 0.146 0.113 0.003 0.035 0.033 0.072 0.093 0.007 0.001 0.101 0.395 20 F 0.049 0.147 0.002 0.031 0.051 0.049 0.127 0.007 0.001 0.062 0.474 21 G 0.031 0.194 0.002 0.062 0.037 0.107 0.110 0.009 0.001 0.063 0.385 22 F 0.033 0.130 0.003 0.104 0.082 0.210 0.077 0.004 0.002 0.100 0.256 23 R 0.037 0.061 0.014 0.082 0.115 0.146 0.080 0.005 0.005 0.155 0.299 24 V 0.142 0.035 0.005 0.059 0.063 0.083 0.084 0.007 0.002 0.079 0.440 25 L 0.269 0.029 0.005 0.037 0.044 0.058 0.083 0.006 0.001 0.070 0.397 26 K 0.020 0.028 0.001 0.017 0.014 0.037 0.097 0.002 0.001 0.020 0.764 27 G 0.024 0.054 0.002 0.016 0.032 0.107 0.113 0.004 0.001 0.032 0.615 28 Y 0.022 0.029 0.003 0.032 0.220 0.174 0.106 0.003 0.001 0.111 0.299 29 R 0.010 0.030 0.002 0.058 0.156 0.411 0.053 0.003 0.001 0.063 0.214 30 L 0.025 0.022 0.002 0.034 0.175 0.266 0.048 0.005 0.001 0.064 0.359 31 A 0.003 0.006 0.001 0.055 0.212 0.560 0.020 0.001 0.001 0.042 0.100 32 T 0.008 0.006 0.001 0.033 0.276 0.341 0.029 0.001 0.001 0.084 0.223 33 L 0.005 0.002 0.002 0.036 0.395 0.303 0.031 0.001 0.001 0.042 0.183 34 E 0.016 0.004 0.003 0.035 0.292 0.290 0.044 0.002 0.003 0.049 0.261 35 S 0.329 0.005 0.003 0.017 0.052 0.076 0.069 0.005 0.002 0.079 0.363 36 K 0.052 0.003 0.001 0.015 0.038 0.072 0.118 0.002 0.001 0.030 0.669 37 K 0.005 0.002 0.001 0.020 0.025 0.113 0.105 0.001 0.001 0.018 0.711 38 G 0.004 0.002 0.001 0.042 0.230 0.256 0.073 0.001 0.001 0.045 0.346 39 D 0.002 0.001 0.001 0.064 0.262 0.439 0.024 0.001 0.001 0.047 0.158 40 L 0.004 0.001 0.001 0.052 0.309 0.304 0.025 0.001 0.001 0.052 0.251 41 R 0.001 0.001 0.001 0.115 0.330 0.469 0.010 0.001 0.001 0.025 0.049 42 Y 0.007 0.001 0.001 0.065 0.196 0.331 0.034 0.001 0.001 0.078 0.287 43 V 0.002 0.001 0.001 0.103 0.330 0.352 0.034 0.001 0.001 0.027 0.151 44 N 0.044 0.002 0.001 0.029 0.182 0.219 0.061 0.002 0.002 0.095 0.364 45 S 0.039 0.001 0.001 0.017 0.052 0.074 0.121 0.002 0.001 0.075 0.616 46 P 0.099 0.001 0.001 0.009 0.010 0.017 0.098 0.002 0.001 0.036 0.727 47 V 0.080 0.002 0.001 0.015 0.021 0.039 0.167 0.002 0.001 0.043 0.632 48 S 0.003 0.001 0.001 0.021 0.018 0.065 0.133 0.001 0.001 0.029 0.728 49 G 0.002 0.002 0.001 0.063 0.173 0.311 0.060 0.001 0.001 0.069 0.319 50 T 0.001 0.002 0.001 0.136 0.310 0.338 0.026 0.001 0.001 0.072 0.115 51 V 0.002 0.002 0.001 0.177 0.336 0.307 0.016 0.001 0.001 0.046 0.114 52 I 0.001 0.001 0.001 0.276 0.310 0.313 0.009 0.001 0.001 0.031 0.057 53 F 0.010 0.002 0.001 0.242 0.230 0.357 0.018 0.002 0.001 0.049 0.089 54 M 0.057 0.002 0.001 0.149 0.168 0.226 0.051 0.004 0.001 0.100 0.241 55 N 0.008 0.002 0.001 0.130 0.120 0.223 0.099 0.001 0.001 0.043 0.372 56 E 0.008 0.003 0.001 0.044 0.032 0.080 0.120 0.001 0.001 0.037 0.674 57 I 0.082 0.011 0.003 0.023 0.070 0.045 0.126 0.009 0.001 0.077 0.552 58 P 0.310 0.016 0.001 0.012 0.014 0.017 0.081 0.009 0.001 0.072 0.467 59 S 0.112 0.010 0.002 0.009 0.010 0.023 0.108 0.003 0.001 0.070 0.652 60 E 0.035 0.012 0.001 0.011 0.018 0.030 0.106 0.002 0.001 0.034 0.750 61 R 0.081 0.014 0.002 0.015 0.031 0.040 0.154 0.004 0.001 0.055 0.604 62 A 0.011 0.010 0.002 0.052 0.072 0.137 0.180 0.002 0.001 0.053 0.479 63 N 0.004 0.008 0.001 0.115 0.102 0.348 0.068 0.001 0.001 0.069 0.283 64 Y 0.003 0.005 0.001 0.093 0.221 0.397 0.032 0.001 0.001 0.091 0.157 65 V 0.003 0.004 0.001 0.192 0.256 0.346 0.022 0.001 0.001 0.061 0.115 66 F 0.003 0.002 0.001 0.199 0.307 0.328 0.014 0.001 0.001 0.045 0.100 67 Y 0.003 0.001 0.001 0.192 0.330 0.335 0.016 0.001 0.001 0.035 0.088 68 M 0.006 0.002 0.001 0.188 0.178 0.270 0.056 0.001 0.001 0.055 0.239 69 L 0.053 0.006 0.003 0.124 0.147 0.167 0.092 0.005 0.002 0.064 0.338 70 E 0.151 0.012 0.001 0.026 0.023 0.037 0.116 0.007 0.001 0.052 0.573 71 E 0.039 0.010 0.001 0.013 0.007 0.015 0.136 0.003 0.001 0.033 0.742