# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.061 0.009 0.015 0.023 0.068 0.100 0.045 0.680 2 T 0.018 0.007 0.037 0.105 0.150 0.099 0.089 0.496 3 K 0.015 0.003 0.086 0.170 0.409 0.058 0.056 0.204 4 L 0.008 0.001 0.048 0.174 0.225 0.041 0.039 0.464 5 I 0.002 0.001 0.122 0.347 0.397 0.026 0.011 0.094 6 S 0.003 0.001 0.073 0.121 0.350 0.040 0.032 0.381 7 V 0.006 0.001 0.102 0.424 0.219 0.051 0.035 0.162 8 P 0.096 0.005 0.083 0.060 0.090 0.087 0.059 0.520 9 A 0.235 0.007 0.029 0.040 0.040 0.089 0.085 0.475 10 E 0.050 0.005 0.044 0.026 0.065 0.094 0.032 0.684 11 G 0.032 0.006 0.050 0.036 0.134 0.091 0.066 0.586 12 Y 0.006 0.002 0.084 0.142 0.161 0.104 0.052 0.449 13 K 0.005 0.003 0.133 0.199 0.224 0.076 0.037 0.323 14 V 0.011 0.006 0.072 0.089 0.122 0.087 0.046 0.568 15 Y 0.022 0.015 0.223 0.179 0.162 0.064 0.081 0.253 16 P 0.050 0.044 0.254 0.116 0.167 0.057 0.088 0.224 17 I 0.022 0.047 0.226 0.080 0.124 0.069 0.082 0.350 18 M 0.054 0.061 0.248 0.115 0.127 0.075 0.046 0.274 19 D 0.210 0.121 0.071 0.053 0.087 0.080 0.109 0.269 20 F 0.051 0.166 0.048 0.037 0.082 0.098 0.042 0.475 21 G 0.034 0.112 0.057 0.058 0.162 0.082 0.074 0.422 22 F 0.057 0.068 0.054 0.153 0.142 0.075 0.130 0.321 23 R 0.023 0.032 0.100 0.230 0.210 0.060 0.114 0.232 24 V 0.112 0.023 0.061 0.062 0.105 0.089 0.045 0.503 25 L 0.432 0.018 0.029 0.053 0.051 0.061 0.042 0.314 26 K 0.026 0.021 0.012 0.015 0.035 0.063 0.009 0.819 27 G 0.027 0.053 0.016 0.015 0.067 0.072 0.019 0.732 28 Y 0.025 0.049 0.053 0.218 0.119 0.096 0.095 0.345 29 R 0.023 0.122 0.048 0.180 0.197 0.053 0.082 0.295 30 L 0.116 0.072 0.054 0.092 0.197 0.045 0.051 0.373 31 A 0.018 0.013 0.051 0.364 0.324 0.043 0.050 0.137 32 T 0.007 0.013 0.048 0.090 0.282 0.054 0.113 0.393 33 L 0.015 0.014 0.048 0.293 0.338 0.047 0.075 0.169 34 E 0.048 0.008 0.038 0.175 0.271 0.075 0.067 0.317 35 S 0.194 0.007 0.021 0.038 0.052 0.087 0.108 0.493 36 K 0.129 0.011 0.019 0.042 0.066 0.108 0.040 0.583 37 K 0.019 0.003 0.012 0.008 0.033 0.076 0.016 0.833 38 G 0.011 0.004 0.052 0.086 0.125 0.113 0.037 0.572 39 D 0.016 0.005 0.071 0.184 0.251 0.077 0.075 0.322 40 L 0.007 0.002 0.071 0.193 0.233 0.038 0.066 0.391 41 R 0.007 0.001 0.105 0.345 0.386 0.020 0.029 0.106 42 Y 0.013 0.001 0.060 0.241 0.293 0.037 0.048 0.308 43 V 0.007 0.001 0.060 0.203 0.244 0.056 0.020 0.409 44 N 0.028 0.001 0.040 0.099 0.208 0.069 0.041 0.514 45 S 0.036 0.002 0.022 0.073 0.091 0.118 0.060 0.598 46 P 0.043 0.003 0.039 0.034 0.054 0.132 0.062 0.634 47 V 0.059 0.010 0.040 0.062 0.088 0.135 0.078 0.527 48 S 0.010 0.009 0.063 0.057 0.146 0.119 0.043 0.553 49 G 0.003 0.008 0.165 0.124 0.310 0.067 0.054 0.270 50 T 0.003 0.007 0.367 0.241 0.250 0.025 0.050 0.057 51 V 0.002 0.006 0.445 0.185 0.199 0.017 0.062 0.084 52 I 0.003 0.006 0.573 0.169 0.187 0.009 0.030 0.025 53 F 0.039 0.019 0.332 0.154 0.294 0.030 0.065 0.068 54 M 0.055 0.020 0.197 0.147 0.195 0.065 0.069 0.253 55 N 0.019 0.021 0.080 0.115 0.191 0.088 0.063 0.423 56 E 0.029 0.030 0.047 0.037 0.072 0.139 0.056 0.589 57 I 0.118 0.033 0.042 0.122 0.088 0.112 0.089 0.395 58 P 0.238 0.028 0.011 0.024 0.033 0.077 0.069 0.521 59 S 0.092 0.015 0.009 0.017 0.027 0.080 0.123 0.636 60 E 0.085 0.009 0.010 0.013 0.027 0.126 0.056 0.674 61 R 0.125 0.013 0.009 0.012 0.023 0.105 0.082 0.631 62 A 0.019 0.015 0.032 0.033 0.093 0.186 0.028 0.594 63 N 0.005 0.008 0.087 0.051 0.370 0.082 0.066 0.332 64 Y 0.002 0.003 0.081 0.314 0.408 0.027 0.042 0.123 65 V 0.001 0.001 0.187 0.343 0.398 0.010 0.022 0.038 66 F 0.003 0.001 0.105 0.372 0.366 0.014 0.017 0.123 67 Y 0.001 0.001 0.160 0.413 0.375 0.009 0.009 0.032 68 M 0.004 0.001 0.124 0.183 0.336 0.044 0.036 0.270 69 L 0.166 0.007 0.051 0.262 0.199 0.051 0.102 0.163 70 E 0.114 0.009 0.014 0.046 0.062 0.078 0.046 0.630 71 E 0.036 0.007 0.012 0.016 0.048 0.105 0.030 0.745