# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.484 0.113 0.023 0.088 0.081 0.064 0.063 0.043 0.022 0.012 0.008 2 T 0.388 0.235 0.051 0.115 0.090 0.041 0.032 0.018 0.014 0.010 0.005 3 K 0.129 0.141 0.043 0.223 0.170 0.112 0.104 0.042 0.024 0.009 0.005 4 L 0.031 0.019 0.020 0.038 0.046 0.061 0.122 0.131 0.203 0.180 0.149 5 I 0.012 0.034 0.032 0.127 0.138 0.197 0.192 0.107 0.083 0.050 0.028 6 S 0.031 0.084 0.101 0.211 0.141 0.113 0.116 0.068 0.065 0.045 0.025 7 V 0.006 0.006 0.008 0.014 0.023 0.035 0.098 0.213 0.211 0.207 0.178 8 P 0.075 0.123 0.069 0.192 0.155 0.095 0.104 0.065 0.053 0.045 0.022 9 A 0.010 0.010 0.014 0.032 0.031 0.052 0.094 0.113 0.193 0.232 0.219 10 E 0.168 0.217 0.082 0.244 0.161 0.054 0.037 0.016 0.011 0.006 0.003 11 G 0.195 0.104 0.046 0.136 0.105 0.078 0.107 0.065 0.071 0.053 0.040 12 Y 0.035 0.029 0.017 0.057 0.065 0.092 0.132 0.114 0.155 0.140 0.164 13 K 0.108 0.162 0.076 0.236 0.145 0.111 0.086 0.033 0.024 0.013 0.007 14 V 0.059 0.042 0.046 0.108 0.099 0.106 0.143 0.121 0.120 0.091 0.065 15 Y 0.023 0.026 0.020 0.059 0.078 0.104 0.166 0.159 0.157 0.121 0.088 16 P 0.029 0.054 0.034 0.107 0.101 0.126 0.181 0.121 0.118 0.080 0.050 17 I 0.005 0.005 0.010 0.013 0.014 0.022 0.064 0.111 0.189 0.262 0.304 18 M 0.014 0.013 0.018 0.044 0.049 0.082 0.157 0.153 0.180 0.157 0.133 19 D 0.037 0.070 0.058 0.124 0.114 0.090 0.121 0.110 0.104 0.098 0.072 20 F 0.014 0.015 0.013 0.038 0.050 0.083 0.148 0.168 0.177 0.156 0.138 21 G 0.102 0.067 0.045 0.145 0.120 0.114 0.122 0.078 0.087 0.071 0.047 22 F 0.017 0.025 0.024 0.089 0.108 0.137 0.190 0.149 0.129 0.081 0.050 23 R 0.027 0.069 0.053 0.143 0.144 0.137 0.153 0.106 0.084 0.055 0.031 24 V 0.004 0.004 0.011 0.017 0.015 0.024 0.070 0.101 0.198 0.269 0.288 25 L 0.017 0.029 0.039 0.094 0.093 0.122 0.180 0.132 0.126 0.089 0.080 26 K 0.072 0.199 0.135 0.218 0.147 0.080 0.065 0.031 0.026 0.018 0.010 27 G 0.232 0.086 0.044 0.133 0.115 0.101 0.122 0.068 0.051 0.031 0.019 28 Y 0.040 0.039 0.029 0.079 0.098 0.114 0.157 0.136 0.138 0.114 0.055 29 R 0.025 0.064 0.049 0.192 0.155 0.170 0.179 0.080 0.049 0.025 0.012 30 L 0.004 0.010 0.025 0.035 0.037 0.062 0.129 0.139 0.205 0.206 0.149 31 A 0.005 0.013 0.025 0.044 0.053 0.087 0.172 0.200 0.177 0.126 0.097 32 T 0.007 0.033 0.078 0.159 0.130 0.116 0.151 0.101 0.094 0.085 0.045 33 L 0.002 0.004 0.011 0.015 0.021 0.042 0.109 0.177 0.217 0.208 0.194 34 E 0.075 0.125 0.148 0.275 0.215 0.054 0.051 0.024 0.016 0.013 0.004 35 S 0.031 0.035 0.041 0.082 0.071 0.097 0.158 0.114 0.144 0.147 0.080 36 K 0.093 0.205 0.075 0.196 0.142 0.110 0.089 0.033 0.029 0.018 0.011 37 K 0.356 0.283 0.057 0.139 0.083 0.033 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 38 G 0.437 0.119 0.046 0.090 0.078 0.064 0.065 0.039 0.029 0.020 0.012 39 D 0.096 0.210 0.053 0.244 0.208 0.079 0.060 0.024 0.016 0.007 0.004 40 L 0.005 0.005 0.008 0.019 0.019 0.040 0.099 0.121 0.232 0.218 0.234 41 R 0.030 0.073 0.083 0.283 0.264 0.125 0.083 0.029 0.018 0.008 0.003 42 Y 0.007 0.035 0.049 0.081 0.066 0.076 0.132 0.139 0.172 0.135 0.107 43 V 0.005 0.006 0.009 0.023 0.028 0.048 0.128 0.164 0.206 0.199 0.183 44 N 0.094 0.142 0.122 0.229 0.155 0.081 0.078 0.042 0.030 0.019 0.010 45 S 0.068 0.068 0.062 0.147 0.128 0.119 0.147 0.087 0.078 0.056 0.039 46 P 0.216 0.107 0.045 0.144 0.118 0.085 0.105 0.057 0.055 0.040 0.027 47 V 0.116 0.105 0.034 0.121 0.107 0.118 0.141 0.088 0.080 0.051 0.038 48 S 0.175 0.235 0.063 0.199 0.141 0.077 0.053 0.024 0.016 0.010 0.006 49 G 0.060 0.044 0.024 0.068 0.098 0.105 0.171 0.163 0.127 0.080 0.061 50 T 0.022 0.036 0.026 0.088 0.122 0.132 0.181 0.134 0.125 0.082 0.052 51 V 0.002 0.004 0.008 0.014 0.017 0.032 0.086 0.131 0.223 0.240 0.244 52 I 0.002 0.005 0.011 0.020 0.029 0.045 0.116 0.189 0.231 0.202 0.149 53 F 0.002 0.005 0.010 0.015 0.018 0.024 0.071 0.133 0.212 0.251 0.260 54 M 0.003 0.006 0.010 0.019 0.024 0.041 0.098 0.132 0.210 0.237 0.220 55 N 0.021 0.026 0.036 0.087 0.112 0.110 0.173 0.151 0.129 0.098 0.056 56 E 0.019 0.029 0.027 0.087 0.101 0.111 0.185 0.174 0.132 0.091 0.043 57 I 0.021 0.027 0.025 0.061 0.073 0.112 0.178 0.160 0.148 0.128 0.067 58 P 0.187 0.231 0.082 0.172 0.112 0.069 0.064 0.034 0.023 0.018 0.008 59 S 0.252 0.115 0.046 0.100 0.095 0.107 0.106 0.070 0.048 0.037 0.023 60 E 0.489 0.285 0.061 0.092 0.037 0.013 0.009 0.005 0.004 0.003 0.002 61 R 0.127 0.080 0.030 0.108 0.125 0.147 0.165 0.099 0.061 0.033 0.025 62 A 0.319 0.155 0.102 0.146 0.094 0.069 0.053 0.026 0.019 0.013 0.006 63 N 0.037 0.058 0.080 0.241 0.214 0.182 0.116 0.037 0.021 0.010 0.004 64 Y 0.003 0.007 0.020 0.025 0.036 0.058 0.136 0.209 0.219 0.161 0.126 65 V 0.006 0.015 0.046 0.102 0.126 0.149 0.213 0.123 0.109 0.079 0.032 66 F 0.002 0.007 0.044 0.035 0.039 0.059 0.122 0.160 0.225 0.187 0.120 67 Y 0.004 0.017 0.053 0.076 0.095 0.126 0.206 0.160 0.132 0.091 0.040 68 M 0.003 0.005 0.016 0.014 0.012 0.024 0.080 0.126 0.200 0.297 0.221 69 L 0.006 0.012 0.022 0.046 0.057 0.090 0.174 0.206 0.163 0.128 0.096 70 E 0.141 0.260 0.168 0.173 0.107 0.049 0.039 0.027 0.017 0.014 0.005 71 E 0.345 0.113 0.062 0.133 0.116 0.077 0.077 0.038 0.021 0.014 0.006