# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.056 0.006 0.003 0.047 0.047 0.087 0.098 0.001 0.001 0.005 0.651 2 T 0.056 0.003 0.002 0.026 0.047 0.069 0.063 0.001 0.001 0.003 0.730 3 K 0.035 0.004 0.001 0.089 0.151 0.175 0.109 0.001 0.001 0.005 0.431 4 L 0.044 0.009 0.003 0.094 0.129 0.187 0.105 0.001 0.001 0.005 0.423 5 I 0.017 0.006 0.001 0.178 0.333 0.390 0.019 0.001 0.001 0.003 0.053 6 S 0.009 0.006 0.001 0.049 0.091 0.259 0.056 0.001 0.001 0.001 0.528 7 V 0.024 0.003 0.001 0.150 0.330 0.420 0.015 0.001 0.001 0.002 0.056 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.980 9 A 0.002 0.001 0.001 0.037 0.236 0.569 0.015 0.001 0.001 0.001 0.138 10 E 0.016 0.006 0.001 0.036 0.105 0.152 0.094 0.001 0.001 0.006 0.585 11 G 0.188 0.006 0.001 0.047 0.057 0.093 0.075 0.001 0.001 0.019 0.513 12 Y 0.265 0.021 0.005 0.063 0.093 0.106 0.116 0.001 0.001 0.007 0.325 13 K 0.039 0.005 0.001 0.094 0.184 0.187 0.060 0.001 0.001 0.004 0.424 14 V 0.012 0.003 0.003 0.049 0.048 0.149 0.052 0.001 0.001 0.002 0.681 15 Y 0.062 0.003 0.001 0.267 0.195 0.300 0.036 0.001 0.001 0.003 0.133 16 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.986 17 I 0.004 0.002 0.001 0.247 0.146 0.383 0.024 0.001 0.001 0.002 0.190 18 M 0.066 0.012 0.001 0.333 0.125 0.189 0.056 0.001 0.001 0.010 0.209 19 D 0.027 0.017 0.001 0.087 0.134 0.114 0.132 0.001 0.001 0.010 0.476 20 F 0.039 0.023 0.001 0.076 0.068 0.124 0.100 0.001 0.001 0.009 0.560 21 G 0.054 0.014 0.002 0.056 0.037 0.082 0.420 0.001 0.001 0.014 0.320 22 F 0.213 0.027 0.011 0.050 0.060 0.069 0.183 0.002 0.001 0.019 0.366 23 R 0.043 0.062 0.006 0.083 0.174 0.186 0.086 0.002 0.001 0.005 0.353 24 V 0.020 0.047 0.004 0.099 0.176 0.213 0.053 0.001 0.001 0.002 0.385 25 L 0.018 0.081 0.001 0.077 0.294 0.327 0.055 0.002 0.001 0.003 0.143 26 K 0.052 0.083 0.002 0.037 0.088 0.148 0.089 0.005 0.001 0.005 0.491 27 G 0.194 0.071 0.007 0.052 0.053 0.116 0.058 0.015 0.001 0.022 0.413 28 Y 0.353 0.024 0.074 0.044 0.066 0.073 0.121 0.002 0.001 0.009 0.232 29 R 0.018 0.009 0.006 0.023 0.052 0.058 0.141 0.001 0.001 0.002 0.689 30 L 0.039 0.022 0.006 0.041 0.148 0.448 0.059 0.001 0.001 0.005 0.232 31 A 0.045 0.051 0.001 0.064 0.274 0.356 0.054 0.001 0.001 0.006 0.148 32 T 0.030 0.071 0.002 0.041 0.254 0.354 0.065 0.002 0.001 0.002 0.177 33 L 0.021 0.079 0.001 0.034 0.321 0.449 0.013 0.001 0.001 0.002 0.078 34 E 0.014 0.099 0.003 0.025 0.307 0.352 0.044 0.004 0.001 0.001 0.150 35 S 0.029 0.045 0.002 0.020 0.345 0.420 0.013 0.003 0.001 0.002 0.121 36 K 0.044 0.027 0.003 0.033 0.107 0.271 0.092 0.008 0.001 0.008 0.408 37 K 0.087 0.014 0.013 0.025 0.020 0.025 0.395 0.004 0.001 0.012 0.405 38 G 0.235 0.016 0.008 0.035 0.093 0.102 0.049 0.005 0.001 0.227 0.230 39 D 0.159 0.004 0.046 0.056 0.044 0.041 0.289 0.002 0.001 0.007 0.351 40 L 0.019 0.001 0.006 0.031 0.057 0.083 0.114 0.001 0.001 0.002 0.687 41 R 0.008 0.001 0.001 0.075 0.318 0.572 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 42 Y 0.003 0.002 0.001 0.058 0.067 0.098 0.065 0.001 0.001 0.001 0.706 43 V 0.012 0.001 0.001 0.219 0.227 0.507 0.005 0.001 0.001 0.002 0.028 44 N 0.005 0.004 0.001 0.055 0.108 0.167 0.144 0.001 0.001 0.002 0.513 45 S 0.013 0.003 0.001 0.088 0.259 0.314 0.052 0.001 0.001 0.003 0.266 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.970 47 V 0.025 0.002 0.001 0.053 0.092 0.153 0.276 0.001 0.001 0.010 0.387 48 S 0.099 0.005 0.001 0.018 0.043 0.061 0.120 0.001 0.001 0.020 0.633 49 G 0.197 0.007 0.003 0.050 0.126 0.162 0.067 0.001 0.001 0.021 0.367 50 T 0.111 0.005 0.005 0.112 0.185 0.173 0.184 0.001 0.001 0.005 0.219 51 V 0.014 0.003 0.001 0.123 0.359 0.370 0.026 0.001 0.001 0.001 0.103 52 I 0.002 0.002 0.001 0.152 0.329 0.478 0.007 0.001 0.001 0.001 0.029 53 F 0.002 0.003 0.001 0.206 0.308 0.419 0.009 0.001 0.001 0.001 0.052 54 M 0.002 0.005 0.001 0.186 0.294 0.471 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 55 N 0.003 0.009 0.001 0.084 0.266 0.386 0.046 0.001 0.001 0.002 0.204 56 E 0.019 0.007 0.002 0.065 0.084 0.280 0.097 0.001 0.001 0.005 0.439 57 I 0.070 0.006 0.004 0.049 0.062 0.116 0.211 0.001 0.001 0.007 0.474 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 59 S 0.009 0.002 0.001 0.006 0.024 0.075 0.050 0.001 0.001 0.001 0.832 60 E 0.166 0.018 0.001 0.012 0.022 0.032 0.090 0.001 0.001 0.008 0.651 61 R 0.368 0.023 0.002 0.011 0.025 0.036 0.076 0.002 0.001 0.006 0.451 62 A 0.057 0.011 0.001 0.008 0.012 0.018 0.048 0.001 0.001 0.001 0.843 63 N 0.066 0.024 0.002 0.051 0.128 0.171 0.122 0.001 0.001 0.006 0.427 64 Y 0.163 0.031 0.007 0.073 0.166 0.177 0.074 0.001 0.001 0.008 0.301 65 V 0.032 0.025 0.003 0.160 0.311 0.322 0.046 0.001 0.001 0.003 0.098 66 F 0.011 0.015 0.002 0.161 0.312 0.385 0.021 0.001 0.001 0.002 0.090 67 Y 0.005 0.008 0.001 0.171 0.338 0.436 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 68 M 0.007 0.017 0.001 0.170 0.248 0.407 0.023 0.001 0.001 0.002 0.125 69 L 0.008 0.017 0.001 0.166 0.236 0.453 0.024 0.001 0.001 0.003 0.092 70 E 0.005 0.008 0.001 0.034 0.054 0.129 0.080 0.001 0.001 0.002 0.685 71 E 0.008 0.004 0.001 0.015 0.019 0.045 0.120 0.001 0.001 0.002 0.785