# TARGET T0397 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0397.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.87914 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.037 0.020 0.055 0.015 0.137 0.008 0.065 0.291 0.005 0.367 0.001 2 T 0.177 0.188 0.381 0.105 0.082 0.027 0.015 0.003 0.015 0.004 0.003 3 K 0.102 0.369 0.278 0.077 0.065 0.038 0.038 0.006 0.022 0.003 0.002 4 L 0.054 0.554 0.286 0.037 0.030 0.018 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 5 I 0.022 0.801 0.107 0.015 0.034 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 6 S 0.015 0.595 0.191 0.029 0.051 0.068 0.006 0.001 0.042 0.001 0.001 7 V 0.001 0.731 0.132 0.001 0.042 0.006 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 8 P 0.015 0.003 0.944 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 9 A 0.320 0.232 0.286 0.052 0.057 0.027 0.004 0.006 0.011 0.003 0.001 10 E 0.202 0.171 0.263 0.219 0.071 0.025 0.022 0.002 0.018 0.003 0.002 11 G 0.031 0.014 0.045 0.023 0.110 0.009 0.133 0.432 0.005 0.197 0.001 12 Y 0.097 0.400 0.285 0.069 0.089 0.023 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 13 K 0.089 0.379 0.368 0.048 0.035 0.054 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 14 V 0.135 0.415 0.278 0.075 0.031 0.042 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 15 Y 0.027 0.475 0.228 0.003 0.109 0.015 0.002 0.001 0.140 0.001 0.001 16 P 0.191 0.011 0.720 0.009 0.003 0.038 0.002 0.001 0.004 0.001 0.022 17 I 0.278 0.421 0.183 0.047 0.027 0.028 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 18 M 0.267 0.375 0.216 0.033 0.048 0.026 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 19 D 0.332 0.101 0.227 0.145 0.029 0.086 0.033 0.003 0.040 0.002 0.002 20 F 0.339 0.069 0.116 0.393 0.026 0.016 0.028 0.002 0.008 0.002 0.001 21 G 0.136 0.011 0.040 0.030 0.115 0.005 0.061 0.321 0.004 0.277 0.001 22 F 0.333 0.174 0.286 0.075 0.071 0.025 0.017 0.003 0.015 0.002 0.001 23 R 0.273 0.356 0.220 0.049 0.031 0.048 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 24 V 0.225 0.311 0.347 0.040 0.011 0.041 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 25 L 0.348 0.253 0.200 0.094 0.023 0.050 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 26 K 0.225 0.117 0.142 0.313 0.063 0.030 0.082 0.004 0.020 0.003 0.001 27 G 0.024 0.005 0.015 0.010 0.057 0.004 0.096 0.630 0.003 0.157 0.001 28 Y 0.130 0.194 0.419 0.090 0.051 0.049 0.026 0.002 0.036 0.002 0.001 29 R 0.260 0.186 0.362 0.071 0.027 0.062 0.010 0.002 0.015 0.002 0.005 30 L 0.308 0.349 0.175 0.071 0.052 0.027 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 31 A 0.166 0.449 0.132 0.061 0.135 0.028 0.007 0.002 0.018 0.001 0.001 32 T 0.056 0.668 0.141 0.022 0.068 0.022 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 33 L 0.046 0.637 0.180 0.017 0.046 0.043 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 34 E 0.072 0.507 0.230 0.051 0.050 0.059 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 35 S 0.099 0.326 0.312 0.041 0.148 0.024 0.009 0.002 0.030 0.009 0.001 36 K 0.449 0.105 0.178 0.109 0.054 0.042 0.031 0.010 0.010 0.009 0.002 37 K 0.084 0.102 0.149 0.513 0.031 0.013 0.081 0.003 0.019 0.004 0.001 38 G 0.013 0.013 0.032 0.007 0.181 0.002 0.050 0.505 0.002 0.195 0.001 39 D 0.067 0.264 0.495 0.043 0.036 0.051 0.021 0.002 0.018 0.001 0.003 40 L 0.021 0.498 0.420 0.019 0.009 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 41 R 0.049 0.678 0.145 0.018 0.071 0.023 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 42 Y 0.030 0.580 0.172 0.030 0.084 0.050 0.007 0.003 0.041 0.001 0.001 43 V 0.047 0.662 0.176 0.030 0.035 0.026 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 44 N 0.061 0.214 0.311 0.081 0.056 0.129 0.039 0.006 0.093 0.004 0.004 45 S 0.012 0.355 0.384 0.004 0.103 0.014 0.005 0.001 0.116 0.007 0.001 46 P 0.113 0.005 0.816 0.009 0.002 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 47 V 0.221 0.327 0.291 0.078 0.046 0.013 0.005 0.002 0.014 0.003 0.001 48 S 0.101 0.098 0.345 0.310 0.050 0.019 0.046 0.004 0.020 0.003 0.004 49 G 0.009 0.051 0.066 0.013 0.318 0.004 0.077 0.362 0.004 0.095 0.001 50 T 0.012 0.600 0.311 0.011 0.033 0.017 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 51 V 0.003 0.796 0.171 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 I 0.007 0.838 0.084 0.002 0.045 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 53 F 0.017 0.577 0.231 0.008 0.045 0.067 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 54 M 0.121 0.545 0.196 0.028 0.050 0.028 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 55 N 0.176 0.169 0.254 0.114 0.092 0.071 0.074 0.015 0.024 0.008 0.003 56 E 0.154 0.232 0.197 0.150 0.080 0.066 0.055 0.017 0.041 0.007 0.001 57 I 0.027 0.230 0.447 0.005 0.029 0.024 0.004 0.001 0.233 0.001 0.001 58 P 0.185 0.006 0.714 0.025 0.002 0.028 0.002 0.001 0.003 0.001 0.035 59 S 0.470 0.110 0.213 0.100 0.055 0.014 0.011 0.008 0.010 0.008 0.001 60 E 0.427 0.090 0.180 0.183 0.037 0.039 0.015 0.007 0.015 0.005 0.003 61 R 0.044 0.241 0.365 0.049 0.066 0.038 0.052 0.003 0.129 0.012 0.001 62 A 0.354 0.023 0.511 0.049 0.007 0.016 0.010 0.003 0.003 0.002 0.021 63 N 0.154 0.167 0.196 0.273 0.054 0.024 0.076 0.028 0.024 0.002 0.001 64 Y 0.025 0.587 0.195 0.055 0.079 0.023 0.013 0.003 0.019 0.001 0.001 65 V 0.011 0.846 0.105 0.004 0.020 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 66 F 0.006 0.882 0.045 0.002 0.053 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 Y 0.011 0.794 0.080 0.004 0.067 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 M 0.025 0.396 0.383 0.018 0.018 0.088 0.003 0.001 0.065 0.001 0.001 69 L 0.024 0.302 0.515 0.010 0.035 0.031 0.003 0.001 0.078 0.001 0.001 70 E 0.323 0.041 0.526 0.031 0.017 0.028 0.008 0.002 0.007 0.003 0.014 71 E 0.328 0.135 0.212 0.149 0.053 0.036 0.037 0.021 0.022 0.007 0.002